鸭源新城疫病毒SS1株全基因序列测定及遗传进化分析

对从贵州省某三穗鸭养殖场病死鸭体内分离的1株新城疫病毒(NDV)Sheldrakeduck/China/Guizhou/SS1/2014(简称SS1株)进行部分生物学特性测定及全基因测序与分析。结果表明:SS1株的MDT、ICPI和IVPI分别为52 h、1.89和2.80,F基因编码蛋白的裂解位点序列为~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),HN基因编码571个氨基酸,均符合NDV强毒株特征;SS1株基因组全长为15 192 bp,各基因片段核苷酸序列与代表性基因Ⅶ型毒株ZJ1、NA-1、SF02和FP1/02相似性最高,达96.3%~98.7%,而与疫苗株V4、La Sota和Mukteswar同源性最低,为82.8%~85.4%;根据F基因序列绘制的系统进化树显示SS1株属于ClassⅡ基因Ⅶd亚型。F和HN蛋白氨基酸序列分析发现,SS1株F蛋白中和抗原位点第170位氨基酸、HN蛋白抗原区及其邻近氨基酸位点与国内当前流行的基因Ⅶd亚型NDV毒株一致,而与疫苗株有较大的差异。此外,交叉血凝抑制试验结果表明,SS1株与传统疫苗株La Sota的抗原同源性为84.5%,而与新型基因Ⅶ型疫苗株A-Ⅶ的抗原同源性为100%,表明分离株与疫苗株存在一定的抗原差异。     

2008-2009年部分地区新城疫病毒分离株的进化分析

本研究旨在从分子水平上掌握中国新城疫病毒的变异情况和新城疫的流行规律,对2008-2009年从中国部分省市养殖场分离的9株新城疫病毒毒株,采用RT-PCR方法扩增其F和HN基因,经克隆和测序,对所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,9株分离株有8株为基因Ⅶ型,1株为基因Ⅱ型,F基因开放性阅读框架(ORF)为1662 bp,强毒株同La Sota的核苷酸同源性为83.5%~84.2%。HN基因开放性阅读框架(ORF)为1716或1734 bp,强毒株在538位缺失1个糖基化位点。结果表明,近年流行的ND疫情主要是由基因Ⅶ型NDV引起,F和HN基因的变异可能与频繁的疫苗免疫选择压力有关。     

一株鸽新城疫病毒的分离鉴定及F与HN基因序列分析

从广东珠三角地区某鸽场的发病鸽群采样,接种10日龄SPF鸡胚后分离到一株病毒,命名为JP株。系列微量血凝和微量血凝抑制试验结果表明,新城疫病毒(NDV)阳性。测序结果显示,该NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特点;F基因分型表明,JP株属于基因Ⅵ型。Blast结果显示,JP株F、HN基因序列均与基因Ⅵ型pi/CH/LGD/110208株同源性最高,均达99%。同源性比较发现,F和HN基因、蛋白都与基因Ⅵ型新城疫毒株同源性较高,分别为92.5%~99%、95.5%~99.1%和90.6%~98.7%、91.9%~99%,而与国内常用疫苗株B1、La Sota、Mukteswar等同源性较低,分别为83.2%~85.9%、89.2%~91%和79.3%~83.4%、86%~89.5%。分离的JP株属于基因Ⅵ型,并与国内常用疫苗株存在一定的差异。     

一株鸭源新城疫病毒毒力基因分析及其对鸭的致病性研究

为了解中国鸭源新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的毒力特点,从2009年广东地区发病鸭群中分离和鉴定出1株新城疫病毒(简称NDV-104),对其生物学特性、致病性和融合蛋白(fusion,F)、血凝素神经氨酸酶(hemagglutinin-neuraminidase,HN)基因进行了研究。结果显示,分离株的MDT、ICPI和IVPI分别为56.4 h、1.95和1.64,结合F蛋白裂解位点(112~117位)的氨基酸序列分析,确定了分离株为新城疫强毒。致病性结果表明,分离病毒对雏鸭具有感染性和致病性。F基因遗传进化结果显示,分离株属于基因Ⅶd亚型。F、HN蛋白的氨基酸同源性结果表明,分离株与2000年以来国内外分离到的基因Ⅶ型NDV同源性较高,分别为96.6%~99.3%和97.0%~99.7%,而其与常用疫苗株B1、V4、Clone30、Mukteswar和LaSota的F、HN蛋白氨基酸序列的同源性较低,且与LaSota株和V4株的同源性最低,分别仅为88.1%和87.6%,说明分离株与经典新城疫病毒毒株存在一定的差异。     

4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析

对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。     

1株广东鸡源新城疫病毒的分离鉴定和毒力基因分析

从广东粤东地区某商品蛋鸡场的发病鸡群中分离到1株病毒（YS株）,经血凝和血凝抑制试验确定为新城疫病毒（NDV）.对该分离株的F蛋白氨基酸序列的分析结果表明,其F0裂解位点的氨基酸序列为1nR-R-Q-K-R-F117,且含有101K和121V,符合典型NDV强毒株的分子特点.遗传分析结果显示分离株属于基因Ⅶd亚型.F和HN基因的氨基酸相似性分析表明,分离株与基因Ⅶ型NDV Chicken/China/Shandong/02/2010株的相似性最高,均达到99％,而与常用疫苗株B1、V4、Clone30、Mukteswar和La Sota的相似性则较低,分别在86.8％～ 90.4％和87.2％～88.3％之间,说明分离株与经典的NDV毒株存在一定的差异.     

新城疫病毒西藏分离株HN基因克隆与序列分析

为确定西藏新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)分离株HN基因结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,本试验应用RT-PCR技术对西藏NDV分离株HN基因进行扩增,然后克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前疫苗株进行比对及系统发育分析。结果表明,NDV分离株HN基因片段长度为1734 bp, 编码577个氨基酸;推导的氨基酸序列均有5个糖基化位点, XZ10和XZ17有12个半胱氨酸残基,XZ20只有11个半胱氨酸残基。NDV西藏分离株HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性在81.1%~93.0%之间,氨基酸同源性在81.1%~93.6%之间;与疫苗株核苷酸同源性在87.8%~98.7%之间,氨基酸同源性在88.0%~98.9%之间。系统进化分析结果表明,NDV西藏分离株HN基因均属于Ⅱ型。     

2018〜2019年我国部分地区新城疫病毒的F基因序列分析

本研究自2018-2019年从疑似感染新城疫的家禽病料分离鉴定出13株新城疫病毒(Newcastle disease viruses,NDV),采用RT-PCR方法对这13株NDV分离株的F基因进行扩增,产物经TA克隆并测序后与GenBank数据库中的参考毒株进行遗传进化分析。结果显示,其中的7株属于基因Ⅱ型,5株属于基因VI型,1株属于ClassⅠ亚型。F基因相似性分析结果显示,7株基因Ⅱ型毒株与疫苗株La Sota.Bl sClone 30的核昔酸相似性在9&1%-100%之间,氨基酸的相似性在97.6%~100%之间。5株基因VI型分离株与Ⅱ、Ⅶ型疫苗株及VIb亚型代表株之间的核昔酸相似性在79.7%-98.4%之间,氨基酸的相似性在76.6%-97.6%之间。1株基因Ⅰ型的分离株与Ⅱ,Ⅶ型疫苗株及Class Ⅰ代表毒株的核昔酸相似性在52.1%-97.3%之间,氨基酸的相似性在68.5%-96.8%之间,表明当前部分地区的NDV分离株与传统疫苗株之间存在较明显的遗传特征差异。     

4株新城疫病毒株的分离与鉴定

对近三年采集的213份临床样品进行了新城疫病毒的分离与鉴定,得到4株NDV分离株,其中3株来源于鸡,1株来源于鸭。通过RT-PCR方法对毒株的F和HN基因进行了扩增与序列测定,与Gen Bank中的NDV序列进行了同源性和遗传进化分析,并测定了其致病指数。结果显示:HB0601和HB0804株为强毒株,属于基因Ⅶb亚型,其F基因与Chicken-Jiangxi-07-2009同源性最高,为99.5%和99.7%,与La Sota株的同源性为82%。SC1805和HB1906为弱毒株,属于基因Ⅰ型,其F基因与Chicken-Colombia-1326-14475-2009同源性最高,分别为99.8%和99.9%,与La Sota株的同源性为89%。4株NDV分离株与传统疫苗株的遗传进化关系较远。研究为ND的防控及分子流行病学研究提供了数据支撑。     

一株Ⅶb型新城疫病毒的生物学特性研究

本研究对2013年新分离的一株鸡源新城疫病毒(NDV)(P1125)进行了致病指数测定、F基因测序和遗传进化分析,并对La Sota疫苗免疫的保护效力进行了评价。结果显示,该分离株致死鸡胚平均死亡时间为44 h,1日龄雏鸡脑内接种致病指数为1.988,6周龄雏鸡静脉接种致病指数为2.71。F基因测序表明其编码区长度为1 662 bp,共编码553个氨基酸,F基因裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,具有NDV强毒典型的分子特征,HN蛋白由571个氨基酸残基组成,属于C类NDV,表明该分离株为强毒株。遗传进化分析表明该分离株属于Ⅶb亚型。同源性分析显示该分离株与La Sota氨基酸相似率为88.4%。免疫保护试验表明,La Sota灭活疫苗能够对该分离株标准剂量攻击提供临床保护,但在攻毒1 d、3 d、5 d后均可以检测到排毒现象。本研究为研制专门针对我国流行株的新城疫新型疫苗及我国新城疫的防控具有重要意义。     

6株鸽源新城疫病毒广西分离株F基因的遗传演化分析

应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示:只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%~99.3%(与比利时分离株11(JX901124)的同源性最高),与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%~89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%~84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%~92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%~85.1%和82.6%~84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%~91.3%和87.7%~90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%~83.9%和82.0%~83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%~89.9%和86.6%~89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11(JX901124)和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。     

云南省新城疫病毒分离株F基因和HN基因克隆与序列分析

为了确定云南NDV毒株F基因和HN基因的结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,应用RT-PCR技术对云南省部分地州养殖场采集的鸡或鸭喉气管组织样品4 700份进行新城疫病毒(NDV)检测,共检出阳性样品25份。对其中8份阳性样品进行NDV F基因与HN基因扩增后,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前流行疫苗毒株进行比对及系统发育分析。结果表明,云南省NDV毒株F基因与国内代表性毒株核苷酸序列同源性介于93.0%～99.2%之间,氨基酸同源性介于90.7%～99.1%之间;与疫苗毒株的核苷酸同源性在83.3%～86.9%之间,氨基酸同源性在86.0%～88.7%之间。HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性介于96.4%～99.1%之间,氨基酸同源性介于95.6%～99.3%之间;而与当前疫苗毒株相比,同源性较低,核苷酸同源性介于81.3%～82.0%之间,氨基酸同源性介于87.6%～88.8%之间。系统进化分析表明,云南NDV F基因有2株属于基因Ⅱ型,其余6株均属于基因Ⅶe型。云南NDV HN基因则均属于基因Ⅶ型。     

鸽新城疫病毒北京分离株F基因的遗传进化分析

对一株分离自北京市的鸽源新城疫病毒BJP13株的F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示,F基因核苷酸序列长为1 662bp,编码553个氨基酸,蛋白裂解位点的序列为112RRQKRF117,具备强毒株的序列特征;同源性比较显示,BJP13与国内外不同基因型毒株的同源性在87.9%~99.1%;与新城疫基因Ⅵ型的同源性较高,为93.7%~99.1%,其中与基因Ⅵb亚型中的毒株11和毒株LLN713同源性最高为99.1%,与1996年北京分离株STP96的同源性最低为93.7%;与基因Ⅰ型疫苗株V4株和基因Ⅱ型疫苗株La Sota株的同源性分别为90.3%和88.6%;遗传进化分析显示,北京分离株BJP13与比利时毒株11、4940和中国毒株SDS、LLN713最为接近,位于同一进化分支上,属于基因Ⅵb亚型。     

某规模场产蛋量下降鸡群新城疫病毒分离与鉴定

对某规模场鸡群采集的23份鸡咽喉或泄殖腔棉拭子进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证实分离出17株新城疫病毒(NDV)。对F、HN基因经RT-PCR扩增、克隆并对其进行测序,选取具有代表性的4个毒株进行序列比对及遗传演化分析。系统发育分析结果表明,4株病毒均属于基因Ⅶe型,F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,具备NDV强毒株裂解位点氨基酸排列特征。其F基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于96.1%~96.7%、97.3%~98.0%;与P1株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于95.0%~95.4%、96.2%~96.7%,其HN基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于96.2%~96.5%、95.3%~95.9%;与SN-5-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于94.9%~95.3%、96.4%~96.8%。血清学交叉试验显示,NDV分离毒株为抗原测得的同批血清样品抗体效价存在显著差异。近年流行的新城疫疫情主要由基因Ⅶ型NDV引起的,该规模场产蛋量下降可能与F和HN基因的变异有关。     

4株NDV流行株的分离鉴定、生物学特性及遗传学特性的研究

为研究近年国内的新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）流行株与传统疫苗株（Mukteswar、La Sota及Clone 30）的亲缘关系和遗传演化情况,试验从广东、广西和海南地区患病的免疫鸡群病料中分离鉴定得到4株NDV流行株。通过RT-PCR技术对各毒株的F和HN基因进行扩增、克隆与序列分析,然后与GenBank上发表的NDV序列进行同源性比对、遗传进化树分析,并测定各毒株致病指数。结果显示,本试验中HN-08株的鸡胚半数感染量（EID₅₀）、平均死亡时间（MDT）、脑内致病指数（ICPI）和静脉致病指数（IVPI）分别为10^-8.37/0.2 mL、58.5 h、1.78和2.45,XX-08株分别为10^-6.50/0.2 mL、75.0 h、1.61和2.41,YS-09株分别为10^-7.75/0.2 mL、64.5 h、1.71和2.38,LF-09株分别为10^-7.60/0.2 mL、63.8 h、1.84和2.38。4株鸡源NDV流行株彼此间F和HN基因推导的氨基酸序列同源性在95.8%以上,与鸡源流行株GX11/03、GM株的同源性为96.8%~98.6%,而疫苗株Mukteswar、La Sota及Clone 30株的同源性为86.7%~90.6%,与标准强毒株F₄₈E₉的同源性为88.4%~91.3%。表明4株NDV流行株均为强毒株,与近年来国内流行的GX11/03、GM株有较近的亲缘关系,而与传统疫苗株的关系相对较远。     

六株鸽源新城疫病毒的分离、鉴定及生物信息学分析

新城疫是严重危害世界养禽业的一种禽类传染病。近年来,鸽新城疫的流行越来越严重,引起了养殖户和兽医工作者的广泛关注。本研究在4批发病鸽组织病料中分离到了4株鸽源新城疫强毒株和2株鸽源弱毒株。病毒分离株经鸡胚有限稀释法纯化5次后,新鲜尿囊液用于提取病毒RNA。经RT-PCR扩增、测序得到分离株的F基因和HN基因序列。通过对F基因的遗传进化分析发现,4株鸽源强毒株属于ClassⅡ基因Ⅵb亚型,2株鸽源弱毒株与Class II基因II型疫苗株La Sota高度同源。进一步遗传进化分析结果显示,4株鸽源新城疫病毒强毒株与目前国内流行株属于同一遗传分支,这些毒株与欧洲流行株亲缘关系十分相近,而与中国20世纪90年代鸽源分离株遗传距离稍远,因此推测当前鸽源流行强毒株可能源自欧洲。生物信息学分析显示鸽源毒株HN蛋白345~353位的一个线性抗原表位发生了改变,而血清学实验显示La Sota疫苗株和鸽源毒株的交叉血凝抑制存在明显差异,暗示鸽源毒株已经发生了抗原性变异。因此,使用鸡疫苗株La Sota免疫鸽存在免疫失败的风险,需要研发鸽专用新城疫病毒疫苗用于鸽新城疫的防疫工作。     

山东地区2株基因Ⅶ型新城疫病毒的全基因组测序及其序列分析

测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91％～97％之间.2株基因Ⅶ型分离株与中国标准强毒F48E8、国外标准强毒Herts/33及疫苗株chicken/N.Ireland/Ulster/67、B1、Clone30、LaSota、Mukteswar核苷酸序列同源性在83％～87％之间;其F蛋白前体F0裂解位点附近的氨基酸序列均为112RRQKRF117,符合NDV强毒株的特征;与单抗1E5反应阴性,结合对各蛋白的抗原位点的分析初步推测2株病毒的抗原性可能发生了变化.     

一例鸡新城疫病毒和腺病毒混合感染的研究

为了确定山西地区某养鸡场鸡群出现发病和死亡的原因,试验对发病鸡进行采样,采用PCR方法检测新城疫病毒和腺病毒,并利用PCR方法扩增新城疫病毒F基因,通过序列分析确定新城疫病毒的毒力强弱。结果表明:样品中扩增出362 bp的新城疫病毒特异性条带和421 bp的腺病毒特异性条带;新城疫病毒F基因扩增出特有的363 bp条带,其序列中第112～117位氨基酸顺序为GRQGRL,第101位氨基酸为R,第121位氨基酸为I,均与弱毒株相同;分离株与La Sota株和Clone 30株等弱毒株均有较高的同源性,为98.9%;分离株与La Sota株和Clone 30株处于同一个大分支,确定其属于基因Ⅱ型弱毒株。说明此鸡场鸡群发病的原因为新城疫病毒弱毒株和腺病毒混合感染。     

鹅源新城疫病毒F基因和HN基因的克隆及序列分析

为了解近年鹅群中新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的流行变异情况,试验于2018年从广东地区疑似患有新城疫病死鹅的病料中分离到1株NDV,对其进行了生物学毒力测定及致病性研究,并利用RT-PCR技术扩增该分离株F基因和HN基因全长片段,进行克隆与序列分析。结果表明:分离株GD299的生物学毒力指标鸡胚平均致死时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内致死指数(ICPI)和6周龄静脉接种指数(IVPI)分别为58 h、1.56和2.2,F基因裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,GD299株为强毒株;F基因和HN基因核苷酸序列和氨基酸序列与参考毒株的同源性为82.9%～99.5%,属于基因群Ⅶ型,其中F基因属于Ⅶf亚型;与经典强毒株La Sota株、F48E9株氨基酸序列进行比较,F基因氨基酸序列出现多处位点变异。说明目前流行的NDV已发生一定变异。     

几株鸡新城疫病毒的分离鉴定及其基因型分析

从几个发生禽病的地区分离到6株病毒,经过血凝试验、血凝抑制试验、中和试验、分子生物学试验等确定为鸡新城疫病毒;根据GenBank公布的新城疫F基因强弱毒株相关基因序列设计合成1对特异性引物,扩增出的F基因片段长度约为610 bp,测序后进行序列比对,并分析其核苷酸序列和氨基酸序列,结果显示,有3株具有新城疫强毒株特性,同时还具备新城疫Ⅶ基因型特征,另外根据平均死亡时间(MDT)、脑内致病指数(ICPI)和静脉致病指数(IVPI)指标测定结果,最终判定这3株是新城疫强毒株且属于基因Ⅶ型,其余3株病毒分离株与La Sota的核酸序列同源性与氨基酸序列同源性均为99%。