不同生理阶段荷斯坦奶牛瘤胃细菌多样性研究

本试验旨在探究不同生理阶段荷斯坦奶牛瘤胃细菌多样性。选取处于围产前期、泌乳前期、泌乳中期和泌乳后期的经产荷斯坦奶牛各4头,共16头,采集瘤胃液用于测定瘤胃发酵参数和提取微生物DNA,采用Illumina Miseq PE300平台测定瘤胃细菌组成。结果表明:1)围产前期奶牛瘤胃微生物蛋白、乙酸、丁酸、总挥发性脂肪酸浓度与乙酸/丙酸显著高于泌乳期(P0.05)。围产前期奶牛瘤胃丙酸浓度显著低于泌乳期(P0.05)。2)在门的水平上,围产前期奶牛瘤胃内的优势菌门为拟杆菌门和厚壁菌门,泌乳期奶牛瘤胃内的优势菌门则为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门。围产前期奶牛瘤胃内的拟杆菌门、SR1细菌、蓝菌门、柔膜菌门、TM7细菌和纤维杆菌门的相对丰度显著高于泌乳期(P0.05),而泌乳期各阶段之间差异不显著(P0.05);围产前期奶牛瘤胃内的变形菌门的相对丰度显著低于泌乳期(P0.05)。3)在科的水平上,围产前期奶牛瘤胃内的优势菌科为普雷沃氏菌科,而泌乳期奶牛瘤胃内的优势菌科为琥珀酸弧菌科和普雷沃氏菌科。围产前期奶牛瘤胃内的普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、理研菌科、BS11细菌、RF16细菌、SR1细菌、Gastranaerophilales、克里斯滕森菌科、TM7细菌、RF9细菌和纤维杆菌科的相对丰度显著高于泌乳期(P0.05);围产前期奶牛瘤胃内的琥珀酸弧菌科、毛螺菌科和韦荣球菌科则显著低于泌乳期(P0.05)。综上得出,奶牛从围产前期进入到泌乳期,瘤胃细菌多样性显著降低;泌乳期各阶段瘤胃细菌组成差异较小。     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1) HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P0.01)。2) HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P0.01)。3) LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P0.01)。4) LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P0.01)。5) LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P0.05); HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

以16S rDNA高通量测序法研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响

试验通过16S rDNA高通量测序技术研究果寡糖对奶牛瘤胃菌群结构及多样性的影响。采用2×2交叉设计,选用4头泌乳阶段相近、胎次相同的中国荷斯坦泌乳奶牛为试验动物,随机分为2组(试验组和对照组),对照组饲喂基础日粮,试验组在基础日粮中添加果寡糖60g/(d·头),每期21d,预饲期14d,正试期7d,交叉试验过渡期14d。分别于饲喂前(0h)和饲喂后2、4、6、9、12h通过口腔导管采集瘤胃液,每期连续采集3d(第16、17、18天),利用16S rDNA高通量测序技术测定瘤胃液中菌群结构及其多样性。结果显示,从Alpha多样性指数(Simpson、Shannon)、丰富度指数(Chao、Ace)及Beta diversity热图可知,果寡糖具有降低奶牛瘤胃中细菌多样性的趋势。从门水平上分析,试验组及对照组中奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门和变形细菌门占总细菌的95%以上,果寡糖显著降低了奶牛瘤胃未注释细菌门的丰度(P0.05),互养菌门丰度有增加的趋势(P=0.075)。从属水平上分析,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃假单胞菌属丰度(P0.05),极显著提高了拟杆菌属丰度(P0.01),而脱盐杆菌属丰度显著降低(P0.05)。与对照组相比,添加果寡糖的试验组奶牛瘤胃中瘤胃球菌属、丁酸弧菌属、琥珀酸菌属、未注释毛螺菌属丰度分别增加80.0%、7.5%、127.9%和20.0%,但差异均不显著(P0.05)。综上所述,本试验条件下,果寡糖的添加对奶牛瘤胃细菌菌群多样性及结构存在一定的影响,果寡糖显著提高了奶牛瘤胃中不发酵糖类的假单胞菌属的丰度,使碳水化合物为发酵源的瘤胃拟杆菌丰度极显著增加,对瘤胃纤维降解菌丰度的增加具有促进作用。     

围产期奶牛瘤胃发酵参数及细菌菌群的变化研究

本实验旨在研究围产期奶牛瘤胃微生物区系的反应。选择年龄、胎次、体况和预产期相近的干奶牛30头,产前21 d设为围产前期组,产后21 d设为围产后期组。选择14头奶牛分别在产前7 d和产后14 d采集瘤胃液,测定瘤胃发酵参数和微生物细菌菌群。结果表明：1)与围产前期相比,围产后期奶牛瘤胃液的pH和乙酸/丙酸降低(P<0.01),乙酸、丙酸、丁酸及总挥发性脂肪酸(TVFA)浓度均提高(P<0.01);2)门水平上,围产后期奶牛瘤胃液拟杆菌门、变形菌门、蓝藻门和放线菌门相对丰度高于围产前期(P<0.01或P<0.05),厚壁菌门、纤维杆菌门、Kiritimatiellaeota和软壁菌门相对丰度低于围产前期(P<0.01或P<0.05);属水平上,围产后期奶牛瘤胃液普雷沃氏菌属＿7、毛螺旋菌科NK3A20群、琥珀酸弧菌科UCG-001和Shuttleworthia相对丰度高于围产前期(P<0.01),瘤胃球菌科＿NK4A214群属、克里斯滕森菌R-7群属、理研菌科RC9肠道群属、产乙酸糖发酵菌、普雷沃氏菌科UCG-003属和丁酸弧菌属＿2相对丰度均低...     

复合菌剂发酵玉米秸秆对绵羊瘤胃液细菌多样性的影响

旨在通过16SrDNA高通量测序技术研究发酵玉米秸秆对绵羊瘤胃液细菌多样性的影响。本研究选用装有瘤胃瘘管的南非肉用美利奴♂×东北细毛羊♀的F1代成年公羊12只,随机平均分为两组,分别饲喂青贮玉米秸秆和发酵玉米秸秆。分别在饲喂前1天、饲喂第7、21天晨饲后6h取瘤胃液。同一时间所采取的同一处理的样品混合均匀,分别命名为青贮组(CS:YD0、YD7、YD21)和发酵组(FCS:YS0、YS7、YS21),之后通过高通量测序进行分析。结果显示:1)绵羊瘤胃内细菌群落包括29个门,74个纲,135个目,215个科和428个属。2)青贮组以拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,其次为黏胶球形菌门(Lentisphaerae)、厚壁菌门(Firmicutes)和纤维杆菌门(Fibrobacteres),发酵组优势菌亦为拟杆菌门,其次为厚壁菌门、黏胶球形菌门和纤维杆菌门。通过21d的饲喂试验可知,青贮组拟杆菌门和厚壁菌门所占比例较发酵组降低,两组黏胶球形菌门和纤维杆菌门菌群数量都有所增加,但青贮组增加幅度更大。3)拟杆菌门的普雷沃氏菌属(Prevotella)在发酵组饲喂7d后成为最优势菌属(丰度达15.56%),而在青贮组明显降低(丰度从10.48%降至3.17%);纤维杆菌属(Fibrobacter)相对丰度在饲喂21d后青贮组增加量大于发酵组。4)在97%相似性水平下,饲喂21d后发酵组的Shannon和Simpson指数更高,表明它拥有更高的瘤胃细菌多样性。复合菌剂发酵玉米秸秆提高了绵羊瘤胃细菌多样性。饲喂发酵玉米秸秆的绵羊瘤胃内拟杆菌门和厚壁菌门菌群的比例降低,而黏胶球形菌门和纤维杆菌门菌群的数量增加。     

发酵玉米蛋白粉对奶牛瘤胃体外发酵特性及微生物菌群的影响

本试验旨在研究全混合日粮(TMR)中添加发酵玉米蛋白粉(fermented corn gluten meal,FCGM)对奶牛瘤胃体外发酵特性及微生物菌群的影响。选用3头体重(600±25)kg,安装永久性瘤胃瘘管的荷斯坦奶牛作为瘤胃液供体,发酵底物为TMR,分为对照组和3个试验组,各组分别在发酵液中添加0、0.3、0.6、0.9g/L FCGM(干物质基础),每个处理3个重复。记录体外发酵12、24、36和48h产气量,测定体外发酵12、24和48h发酵液pH、体外干物质消失率(IVDMD)、纤维素酶活性、氨态氮(NH3-N)、挥发性脂肪酸(VFA)和菌体蛋白浓度,并测定体外发酵24h发酵液中瘤胃微生物菌群相对丰度。结果显示:(1)添加不同水平FCGM组的体外产气量(除12h外)、慢速产气部分、潜在产气部分和有效产气速率均显著或极显著高于对照组(P0.05;P0.01);(2)与对照组相比,添加不同水平FCGM处理组的发酵液pH显著或极显著低于对照组,纤维素酶活性、菌体蛋白、挥发性脂肪酸、氨态氮含量和体外干物质消失率均显著或极显著升高(P0.05;P0.01),且0.9g/L FCGM组达到最高。(3)添加0.6和0.9g/L FCGM组发酵液中白色瘤胃球菌、黄色瘤胃球菌、产琥珀酸丝状杆菌、牛链球菌、普雷沃氏菌、溶纤维丁酸弧菌、嗜淀粉瘤胃杆菌、真菌和原虫相对丰度均显著高于对照组(P0.05),且0.9g/L FCGM组达到最高,而产甲烷菌相对丰度显著低于对照组(P0.05),且0.9g/L FCGM组达到最低。综上所述,TMR中添加FCGM可提高体外发酵产气量,增加发酵液内纤维素酶活性、VFA、NH3-N及菌体蛋白含量,提高瘤胃内某些纤维降解菌、蛋白降解菌、淀粉降解菌、真菌和原虫相对丰度,降低产甲烷菌相对丰度,调节瘤胃微生物菌群结构,改善瘤胃发酵,其中以添加0.9g/L FCGM为宜。     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究北大核心CSCD

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1)HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P<0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P<0.01)。2)HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P<0.01)。3)LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P<0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P<0.01)。4)LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P<0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P<0.01)。5)LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P<0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P<0.05);HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P<0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P<0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

添加黄芪超细粉和抗生素对瘤胃体外发酵的影响

为探究添加中药黄芪对模拟瘤胃体外发酵的影响,以苜蓿为发酵底物,分别添加苜蓿5%DM的黄芪超细粉和四环素,并以空白处理(不添加)作为对照,瘤胃液供体为6头牦牛。结果表明:在体外发酵各个时间点,黄芪组的干物质降解率显著高于其他两组;且在发酵过程中,黄芪组和对照组的干物质降解率显著提高(P0.05),而四环素组的变化不大。对照和四环素组的NH_(3~-)N显著升高(P0.05),黄芪组显著降低(P0.05)。在发酵过程中,对照组和黄芪组的总挥发性脂肪酸(TVFA)显著升高(P0.05),而四环素组的变化不大。黄芪组的乙酸显著升高(P0.05),而对照组和四环素组的的乙酸显著降低(P0.05);且在发酵的各个时间点黄芪组的TVFA均显著高于对照组和四环素组(P0.05)。瘤胃微生物经过16SrRNA基因测序,在门水平上的优势菌群为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门。在发酵过程中,黄芪组的显著高于其他两组(P0.05);对照组和黄芪组的厚壁菌显著升高(P0.05),而四环素组显著降低(P0.05);黄芪组的变形菌门显著升高(P0.05)。3个处理组在属水平上的优势菌群为普雷沃氏菌属。在发酵过程中,黄芪组和四环素组的普雷沃氏菌属显著降低(P0.05),且黄芪组显著高于其他两组(P0.05)。综上所述,黄芪的添加显著提高了发酵底物的干物质降解率和瘤胃微生物的多样性。     

日粮硝酸钾添加量对湖羊瘤胃细菌群落结构的影响

试验旨在研究湖羊采食高剂量硝酸钾日粮的瘤胃细菌群落结构的变化规律。采用高通量测序和RT-PCR方法,以不添加硝酸钾为对照,研究了日粮添加6、12、18、24 g/d和30 g/d硝酸钾的瘤胃细菌多样性、群落结构和硝酸盐还原菌相对丰度。结果表明,30 g/d以内的硝酸钾剂量不影响瘤胃细菌群落的丰度和多样性。拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门是优势菌群,12 g/d和18 g/d的日粮硝酸钾显著增加了拟杆菌门和普雷沃氏菌属的相对丰度(P<0.05),但随着硝酸钾剂量的升高,细菌相对丰度下降。日粮添加30 g/d以内硝酸钾不影响反刍兽新月单胞菌的相对丰度,但显著升高胎儿弯曲杆菌的相对丰度(P<0.05)。湖羊瘤胃细菌群落结构与日粮硝酸钾含量相关。     

海带粉对饲喂高精料饲粮奶牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响

本试验旨在探究海带粉作为饲料原料对饲喂高精料饲粮奶牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响。试验选用体重为(605±36)kg的健康泌乳中后期荷斯坦奶牛15头,随机分为3组,每组5头。采用随机试验设计,3组奶牛分别饲喂45%低精料饲粮、55%高精料饲粮和55%高精料+5%海带粉饲粮。试验期为35d,于试验末对晨饲前奶牛经口腔采集瘤胃液,测定其pH,氨态氮、微生物蛋白、挥发性脂肪酸浓度和菌群结构。结果显示:1)相比55%高精料饲粮,在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中pH显著升高(P<0.05),氨态氮和微生物蛋白的浓度显著降低(P<0.05),总挥发性脂肪酸的浓度以及挥发性脂肪酸中丁酸、异丁酸和异戊酸的比例显著增加(P<0.05)。2)在55%高精料饲粮中添加5%海带粉降低了样本独有的操作分类单元(OUT)数量,但对瘤胃细菌α多样性的影响不显著(P>0.05)。在门水平上,与44%低精料饲粮相比,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中SR1_Absconditabacteria的相对丰度(P<0.05);而在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,瘤胃中拟杆菌门的相对丰度显著降低(P<0.05),瘤胃中厚壁菌门的相对丰度显著增加(P<0.05),同时进一步显著增加了瘤胃中放线菌门的相对丰度(P<0.05)。在属水平上,相对于45%低精料饲粮,55%高精料饲粮显著增加了瘤胃中瘤胃球菌属2(Ruminococcus_2)和毛螺菌科NK3A20类群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)的相对丰度(P<0.05),显著降低了瘤胃中普雷沃氏菌属1(Prevotella_1)和普雷沃氏菌科UCG-003(Prevotellaceae_UCG-003)的相对丰度(P<0.05);在55%高精料饲粮中添加5%海带粉后,进一步显著降低了瘤胃中Prevotella_1的相对丰度(P<0.05),并显著增加了瘤胃中Ruminococcus_2的相对丰度(P<0.05)。综上可见,在55%高精料饲粮中添加5%的海带粉可以改善饲喂高精料饲粮奶牛的瘤胃发酵环境,调整瘤胃菌群结构,对瘤胃细菌多样性的影响较小。     

基于宏基因组学解析瘤胃微生物调节荷斯坦奶牛乳蛋白含量的研究

本试验旨在研究相同饲粮结构及饲养环境下,基于宏基因组学解析乳蛋白含量与瘤胃微生物之间的潜在关系。以荷斯坦奶牛为研究对象,选择乳蛋白含量长期偏高(3.7%)、长期偏低(3.0%～3.3%)的奶牛各3头,采集瘤胃内容物,通过宏基因组学方法分析二者之间的潜在调节作用。结果表明:拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、拟杆菌目(Bacteroidales)、栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)相对含量在2组间呈现显著差异(P0.05),其中Prevotella ruminicola为主要差异微生物,并首次发现三角酵母属(Trigonopsis)可能对调节乳蛋白含量具有一定作用。在乳蛋白含量长期偏高的奶牛瘤胃内,与乳蛋白前体物生成过程相关的氨基酸代谢和其他氨基酸代谢功能基因的相对丰度显著升高(P0.05),与蛋白质降解及氨基酸代谢过程密切相关的COG0542、COG0612、COG1404、COG1506、 COG2755、 COG4870基因的相对丰度显著升高(P0.05),COG1404基因相对丰度富集度最高,其在微生物降解蛋白质过程中通过表达多肽酶发挥功能。综上,在相同饲粮结构及饲养环境下,瘤胃内Prevotella ruminicola和Trigonopsis这2种微生物相对含量的差异对调节乳蛋白含量具有一定作用;微生物通过高表达COG0542、COG0612、COG1404、COG1506、COG2755、COG4870基因增强瘤胃内蛋白质降解及氨基酸代谢作用,影响乳蛋白前体物合成情况,进而调节乳蛋白的含量。     

发酵玉米蛋白粉对奶牛瘤胃体外发酵特性及微生物菌群的影响

本试验旨在研究全混合日粮（TMR）中添加发酵玉米蛋白粉（fermented corn gluten meal,FCGM）对奶牛瘤胃体外发酵特性及微生物菌群的影响。选用3头体重（600±25）kg,安装永久性瘤胃瘘管的荷斯坦奶牛作为瘤胃液供体,发酵底物为TMR,分为对照组和3个试验组,各组分别在发酵液中添加0、0.3、0.6、0.9 g/L FCGM（干物质基础）,每个处理3个重复。记录体外发酵12、24、36和48 h产气量,测定体外发酵12、24和48 h发酵液pH、体外干物质消失率（IVDMD）、纤维素酶活性、氨态氮（NH₃-N）、挥发性脂肪酸（VFA）和菌体蛋白浓度,并测定体外发酵24 h发酵液中瘤胃微生物菌群相对丰度。结果显示：①添加不同水平FCGM组的体外产气量（除12 h外）、慢速产气部分、潜在产气部分和有效产气速率均显著或极显著高于对照组（P < 0.05;P < 0.01）;②与对照组相比,添加不同水平FCGM处理组的发酵液pH显著或极显著低于对照组,纤维素酶活性、菌体蛋白、挥发性脂肪酸、氨态氮含量和体外干物质消失率均显著或极显著升高（P < 0.05;P < 0.01）,且0.9 g/L FCGM组达到最高。③添加0.6和0.9 g/L FCGM组发酵液中白色瘤胃球菌、黄色瘤胃球菌、产琥珀酸丝状杆菌、牛链球菌、普雷沃氏菌、溶纤维丁酸弧菌、嗜淀粉瘤胃杆菌、真菌和原虫相对丰度均显著高于对照组（P < 0.05）,且0.9 g/L FCGM组达到最高,而产甲烷菌相对丰度显著低于对照组（P < 0.05）,且0.9 g/L FCGM组达到最低。综上所述,TMR中添加FCGM可提高体外发酵产气量,增加发酵液内纤维素酶活性、VFA、NH3-N及菌体蛋白含量,提高瘤胃内某些纤维降解菌、蛋白降解菌、淀粉降解菌、真菌和原虫相对丰度,降低产甲烷菌相对丰度,调节瘤胃微生物菌群结构,改善瘤胃发酵,其中以添加0.9 g/L FCGM为宜。     

基于16S rDNA高通量测序分析技术研究甘露寡糖对奶牛瘤胃菌群结构的影响

本试验旨在利用16S rDNA高通量测序分析技术研究甘露寡糖对奶牛瘤胃菌群结构的影响。选择泌乳阶段相近、胎次相同的泌乳早期奶牛4头,随机分为2组,对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂基础饲粮,同时添加60 g/头甘露寡糖,通过口腔灌注添加。采用2×2交叉试验设计,每期21 d,预试期14 d,采样期7 d。结果表明:1)与对照组相比,添加甘露寡糖极显著提高了瘤胃液乙酸的浓度(P0.01),乙酸/丙酸提高了8.47%(P0.05)。2)与对照组相比,门水平上,试验组蓝藻门相对丰度极显著降低(P 0.01),装甲菌门的相对丰度极显著提高(P 0.01);属水平上,试验组厌氧螺菌属的相对丰度显著提高(P 0.05),梭菌属的相对丰度显著降低(P0.05),锥形杆菌属的相对丰度极显著降低(P0.01),瘤胃球菌属、假丁酸弧菌属以及毛螺菌属的相对丰度分别增加24.34%、12.83%、31.80%(P0.05),普雷沃氏菌属的相对丰度降低4.66%(P0.05),未注释韦荣氏菌属的相对丰度提高143.11%(P 0.05),脱硫弧菌属的相对丰度提高4.88%(P0.05)。在本试验条件下,添加甘露寡糖降低了瘤胃细菌的多样性,对纤维素降解菌群、半纤维素降解菌群影响明显,显著提高了瘤胃液乙酸浓度,提高了瘤胃液pH,但差异不显著。     

高通量测序分析不同断奶时间对南方黄牛犊牛瘤胃细菌菌群的影响

本试验旨在研究不同断奶时间对南方黄牛犊牛瘤胃微生物多样性、物种丰度的影响。选用18头南方黄牛犊牛,依据出生体重相近原则随机分成对照组(NW,n=3)和早期断奶组(EW,n=15)。NW组不早期断奶;3个早期断奶组逐渐增加开食料、青饲料的饲喂量,当犊牛连续3 d每日进食固体饲料干物质分别达500 g(EW500,n=5)、750 g(EW750,n=5)和1 000 g(EW1000,n=5)时,停喂代乳粉。犊牛断奶后利用口腔取样装置获取瘤胃内容物样品,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析瘤胃细菌结构和组成的变化。结果表明:NW组瘤胃细菌最多的是厚壁菌门(P0.05);EW组拟杆菌门相对较高,EW750和EW1000组较NW组差异显著(P0.05);瘤胃内细菌在属水平上普雷沃氏菌占比例较多,EW组的普雷沃氏菌较NW组有所增加(P0.05),丁酸弧菌属和琥珀酸菌属均显著增加(P0.05),但EW500、EW750和EW1000组间差异不显著(P0.05);EW组分支杆菌属和颤螺菌属较NW组显著降低(P0.05)。由此可见,早期断奶能显著影响犊牛瘤胃细菌多样性及物种丰度,但是不同早期断奶时间处理组之间差异不显著,从瘤胃微生物角度,推荐日采食固体饲料干物质达500 g时断奶。     

复合菌发酵稻草对安格斯牛生长性能、瘤胃发酵参数及菌群结构的影响

本试验旨在研究复合菌发酵稻草对安格斯牛生长性能、瘤胃发酵参数以及菌群结构的影响。选择14月龄左右、体重[(390.47±50.14) kg]相近的健康安格斯牛20头,随机分为2组,每组10个重复,每个重复1头牛。稻草组(RS组)饲喂稻草+玉米青贮+精料全混合日粮,发酵稻草组(FRS组)饲喂发酵稻草+玉米青贮+精料全混合日粮,2组全混合日粮营养水平基本一致。预试期7 d,正试期93 d。结果表明:1)复合菌发酵稻草表面出现空鼓和开裂,纤维结构发生改变。相比稻草和发酵对照,复合菌发酵稻草的中性洗涤纤维(NDF)、酸性洗涤纤维(ADF)、玉米赤酶烯酮含量和霉菌总数下降,粗蛋白质(CP)含量和细菌总数提高,未检出黄曲霉毒素B1和呕吐霉素。2)与RS组相比,FRS组的平均日增重和平均日采食量显著提高(P0.05),料重比显著降低(P0.05)。3)与RS组相比,FRS组的瘤胃微生物蛋白含量极显著提高(P0.01),瘤胃pH和氨态氮、总挥发性脂肪酸、丁酸含量及乙酸/丙酸差异不显著(P0.05)。4)与RS组相比,FRS组的Sobs指数显著提高(P 0.05),Ace指数和Chao指数极显著提高(P 0.01),Shannon指数有升高趋势(P=0.093),Simpson指数差异不显著(P0.05)。5)门水平上,2组的优势菌门主要为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。FRS组的拟杆菌门相对丰度显著高于RS组(P0.05),厚壁菌门相对丰度显著低于RS组(P0.05)。属水平上,2组优势菌属均为瘤胃球菌属_2(Ruminococcus_2),RS组其余相对丰度高于5%的菌属依次为毛螺菌科_NK3A20群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)、瘤胃球菌科_NK4A214群(Ruminococcaceae_NK4A214_group)、理研菌科_RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)以及普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1);FRS组依次为普雷沃氏菌属_1、理研菌科_RC9肠道群和毛螺菌科_NK3A20群等。其中,RS组毛螺菌科_NK3A20群相对丰度极显著高于FRS组(P0.01)。由此可见,复合菌发酵能改变稻草纤维结构,提高营养价值,减缓霉变。饲喂复合菌发酵稻草能提高安格斯牛生长性能、改善瘤胃发酵环境以及增加微生物菌群多样性和丰富度,同时影响门和属水平的菌群结构。     

不同粗料组成对泌乳中后期奶牛瘤胃菌群与瘤胃发酵参数的影响

本研究旨在探讨燕麦干草组合过瘤胃赖氨酸和蛋氨酸添加剂替代高质量苜蓿干草对奶牛瘤胃微生物菌群和原虫构成及其丰度、瘤胃发酵参数的影响,以降低奶牛养殖对苜蓿的依赖度,实现精准饲养和精细饲喂。选择45头健康的泌乳中后期荷斯坦奶牛,按照产奶量、胎次、泌乳天数相近的原则,分为3组,每组15头牛（每组15个重复,每个重复1头牛）,分别饲喂三种不同粗料组成的TMR。试验1组以燕麦干草组合过瘤胃赖氨酸、蛋氨酸添加剂部分替代高质量苜蓿干草,试验2组为苜蓿干草组,试验3组为燕麦干草组,预饲期7 d,试验期56 d。结果表明：（1）从门水平分析,三个试验组奶牛瘤胃液中主要菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和纤维杆菌门。苜蓿组奶牛瘤胃中厚壁菌门丰度显著优于燕麦组（P <0.05）,过瘤胃氨基酸组与苜蓿组无显著差异（P> 0.05）;与苜蓿组相比,过瘤胃氨基酸组和燕麦组有提高拟杆菌门丰度的趋势。从属水平分析,普雷沃氏菌属的丰度最高,过瘤胃氨基酸组和燕麦组较苜蓿组有提高趋势,但未达显著水平（P> 0.05）;丁酸弧菌属丰度苜蓿组最高,显著高于燕麦组（P <0.05）,过瘤胃氨基酸组与苜蓿组并无显著差异...     

驼绒藜和苜蓿对苏尼特羊增重及瘤胃细菌区系的影响

试验旨在通过二代测序技术分析饲喂驼绒藜和苜蓿对苏尼特羊增重以及瘤胃细菌区系的影响。分别以驼绒藜和苜蓿作为饲料主要成分,选择 4 对 3 月龄断奶雌性双胞胎苏尼特羊进行分组饲喂试验,试验结束后提取瘤胃内容物微生物的总 DNA,PCR 扩增细菌 16S rDNA 并通过二代测序技术获得序列信息,分析比较驼绒藜和苜蓿 2 种颗粒饲料对瘤胃细菌结构的影响。结果表明:2 个组样品测序共鉴定出 12 个门、28 个属的细菌;相对丰度最高且具有显著差异的细菌为拟杆菌门普雷沃菌属,饲喂苜蓿比驼绒藜增重效果显著并且可显著提高瘤胃拟杆菌门的相对丰度(P<0.05);多样性分析结果表明,饲喂驼绒藜会显著增加瘤胃中细菌多样性(P<0.05)。综上,饲喂苜蓿一类高蛋白饲草能够促进苏尼特羊增肥,但降低了羊瘤胃细菌多样性,瘤胃细菌优势细菌为拟杆菌门,优势菌种为普雷沃菌。而饲喂驼绒藜一类高纤维饲料对羊的增肥效果不明显,但提高了瘤胃细菌多样性和微生态环境,可能更有利于羊的健康。     

烟酸对水牛瘤胃发酵指标及微生物区系的影响

本试验旨在研究饲粮添加烟酸对水牛瘤胃发酵指标及微生物区系的影响。试验选用36头健康状况良好,体重接近的杂交泌乳水牛,随机分为4个组,分别在基础饲粮中添加0(对照)、4、8、12 g/d烟酸,烟酸与精料混合饲喂,进行预试期14 d,正试期42 d的饲养试验。试验结束后,胃管采集瘤胃液测定瘤胃发酵指标,并采用Illumina Miseq PE250高通量测序平台分别测序瘤胃细菌和甲烷菌16S rRNA基因以确定二者区系组成。结果表明:1)与对照组相比,添加12 g/d烟酸提高了水牛日均采食量(P0.05)和瘤胃液氨态氮浓度(P0.05),烟酸各组均显著降低了瘤胃液总挥发性脂肪(TVFA)浓度(P0.05),但未显著影响瘤胃液p H(P0.05)。2)水牛瘤胃内细菌在门水平上主要以拟杆菌门和厚壁菌门为主,科水平上为普雷沃氏菌科和黄杆菌科;甲烷菌以甲烷短杆菌属为主,占90%以上,其次为甲烷球菌属和热原体属,水牛瘤胃微生物区系总体上与奶牛等其他利用植物纤维的反刍动物相似。3)与对照组相比,饲粮添加烟酸显著降低了瘤胃内厚壁菌门的比例(P0.05),显著提高了黄杆菌科细菌的比例(P0.05),但对瘤胃甲烷菌区系无显著影响(P0.05)。饲粮添加烟酸改变了水牛瘤胃发酵指标和微生物区系组成,瘤胃发酵指标的变化除了与烟酸对水牛热应激的缓解和消化吸收的影响有关,还与烟酸添加对瘤胃细菌区系的影响有关。     

代乳粉对沂蒙黑山羊羔羊早期生长性能及其瘤胃微生物区系的影响

本试验旨在研究哺喂代乳粉对沂蒙黑山羊羔羊早期生长性能及其瘤胃微生物区系的影响。采用单因子试验设计,选用沂蒙黑山双胎羔羊36只,分为2组,每组18只羔羊。对照组(B组)羔羊哺喂母乳,试验组(R组)于10日龄开始哺喂代乳粉,试验期为75 d,在10、15、25、45和75日龄时随机称取3头羔羊空腹活体重,且屠宰后收集瘤胃内容物样品,采用IIIumina测序技术分析瘤胃细菌组成。结果表明:R组羔羊体重在15日龄时低于B组,且差异极显著(P<0.01),到75日龄时显著高于B组(P<0.05)。另外,R组15日龄时Alpha和Beta多样性与B组相比有显著差异(P<0.05)。在门水平上,R组厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度在25、45、75日龄时低于B组,其中25日龄时差异显著(P<0.05),与此相反,拟杆菌门(Bacteroides)相对丰度在25、45、75日龄时均显著高于B组(P<0.05),变形菌门(Proteobacteria)相对丰度在25、45、75日龄时显著低于B组(P<0.05)。在属水平上,R组普雷沃菌属(Prevotella)为优势菌属,15日龄时相对丰度高于B组(P>0.05),且在75日龄时显著高于B组(P<0.05);拟杆菌属(Bacteroides)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)相对丰度在25日龄时高于B组(P>0.05),而大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichla-shigella)相对丰度在15~25日龄呈下降趋势,到25日龄时低于B组(P>0.05)。综上,早期哺喂代乳粉影响羔羊体增重,而45日龄后获得与哺喂母乳羔羊一样的增重效果;25日龄后哺喂代乳粉羔羊瘤胃微生物区系的变化明显,其中拟杆菌门成为优势菌群,并且普雷沃菌属等有益菌相对丰度逐步增加,从而改善羔羊瘤胃微生物区系结构,有助于促进羔羊的生长。     

饲粮中添加酵母培养物对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响

本试验旨在研究饲粮中添加酵母培养物(YC)对舍饲牦牛瘤胃发酵参数及微生物区系的影响。试验选取4岁、初始体重为(180.31±29.73)kg的健康麦洼公牦牛36头,随机分为4组,每组9个重复,每个重复1头牦牛,分别饲喂YC添加水平为0(Ⅰ组)、0.5%(Ⅱ组)、1.0%(Ⅲ组)和1.5%(Ⅳ组)的全混合日粮。预试期10 d,正试期80 d。结果表明:1)随着饲粮YC添加水平的升高,瘤胃微生物蛋白(MCP)含量显著升高(P<0.05),pH有呈线性降低的趋势(P=0.058),氨态氮(NH3-N)含量有呈二次曲线变化的趋势(P=0.055),乙酸比例及乙酸/丙酸呈显著线性降低(P<0.05),丙酸和丁酸比例呈显著线性增加(P<0.05),总挥发性脂肪酸(TVFA)含量无显著变化(P>0.05)。2)舍饲牦牛瘤胃微生物多样性指数除Chao指数外,其余各指数组间无显著差异(P>0.05)。3)门水平上,4组的优势菌门均为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门。随着饲粮YC添加水平的升高,疣微菌门的相对丰度呈显著线性升高(P<0.05),Saccharibacteria的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),互养菌门的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05),变形菌门和纤维杆菌门的相对丰度有呈二次曲线变化的趋势(P=0.065,P=0.064)。属水平上,普雷沃菌属、拟杆菌目BS11和理研菌科RC9为优势菌属,随着饲粮YC添加水平的升高,克里斯滕森菌科R7的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH和NH3-N含量呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),奎因氏菌属的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与TVFA含量呈显著正相关(r=0.460,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-001和瘤胃球菌科UCG-014的相对丰度呈显著线性降低(P<0.05),与pH呈显著正相关(r>0.500,P<0.05),瘤胃球菌科UCG-011和瘤胃球菌属2的相对丰度呈显著二次曲线变化(P<0.05)。综上所述,在舍饲牦牛饲粮中添加YC显著影响了瘤胃中微生物的丰富度,影响门和属水平微生物的组成,进而对瘤胃发酵参数产生影响。