肉羊CYP19基因C242T位点多态性研究

试验旨在研究芳香化酶(CYP19)基因C242T位点多态性,对4个肉羊品种CYP19基因多态位点等位基因频率和基因型频率进行分析。试验选取巴西马林加的4个绵羊品种(杜泊羊、圣伊内斯羊、特克塞尔羊、白杜泊羊)187只,采集血样,采用碱性裂解法提取基因组DNA,并用特异性引物对CYP19基因片段进行扩增,PCR扩增产物经Dpn Ⅱ内切酶酶切后进行10%聚丙烯酰胺凝胶电泳,硝酸银染色。分型结果显示,CYP19基因C242T位点存在3种基因型:CC、CT、TT。用POPGENE软件对所得数据进行分析,P<0.05为差异显著性判断标准。4个肉羊品种CYP19基因C242T位点的基因型频率分别为:特克赛尔羊(CC,0.426;CT,0.511;TT,0.064)、杜泊羊(CC,0.073;CT,0.732;TT,0.439)、白杜泊羊(CC,0.021;CT,0.255;TT,0.723)和圣伊内斯羊(CC,0.115;CT,0.462;TT,0.423)。     

中原黄牛GHR基因5'端PCR-RFLP多态性分析

本文采用两种限制性内切酶(Cfr13 I和Sat I)对我国中原黄牛生长激素受体(GHR)基因5’端部分序列进行PCR-RFLP分析。结果表明:在Cfr13 I酶切位点上,GHR基因有CC、CT、TT三个基因型,C等位基因频率为0.829,T等位基因为0.171,χ2检验表明在此位点符合Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量为0.236;在Sat I酶切位点上,GHR基因有CC、CT、TT三个基因型,C等位基因频率为0.849,T等位基因为0.151,χ2检验表明在此位点符合Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量小、为0.229。     

鸭前胰岛素原基因的单核苷酸多态性研究

为了研究前胰岛素原(Preproinsulin)基因在鸭群体中的遗传变异情况,本试验运用连接酶检测反应(PCR-LDR)的方法对北京鸭、莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、建昌鸭等六个鸭种的前胰岛素原基因C195T位点进行基因分型,并分析了该位点在各鸭群体中的基因型频率、等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡情况。结果表明:鸭前胰岛素原基因C195T多态位点在除绍兴鸭外的品种中均检测到CC、CT和TT三种基因型。北京鸭等位基因C的频率与等位基因T的频率相同,其他品种等位基因T的频率均高于等位基因C的频率。连城白鸭在此位点基因型分布不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),其他品种均符合Hard-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

不同牛群体间钙蛋白酶1基因第14内含子4685bp位点的多态性分析

本研究采用PCR-RFLP技术分析了钙蛋白酶1(CAPN1)基因第14内含子4685bp位点在东北地区特色养殖品种草原红牛、延边黄牛及不同二元杂交品种红安格斯牛×西门塔尔、利木赞×西门塔尔、德国黄牛×西门塔尔和夏洛莱×西门塔尔等群体间的多态性。结果表明,4685bp位点无论是基因型频率还是等位基因频率,在以上牛群体间均存在较大差异。延边黄牛中CT基因型作为优势基因型其频率达到0.53,CC及TT基因型频率差异不大,分别为0.27和0.20;德国黄牛×西门塔尔二元杂交牛中TT、CT基因型具有非常高的基因型频率,分别达到0.50和0.40,而CC基因型则只有0.10,T等位基因频率高达0.70,C等位基因频率仅为0.30。其他二元杂交品种无论是基因型频率还是等位基因频率上均与延边黄牛相类似。本研究中最值得关注的是草原红牛中4685bp位点仅存在1种基因型,即为TT型,未发现C等位基因的存在。3种牛群体间4685bp位点基因型频率的比较,为进一步分析该位点与肉质嫩度的相关性奠定了基础。     

高邮鸭MSTN 5′端非编码区SNP突变与生长性状的关联分析

研究利用连接酶检测反应,在高邮鸭群体中筛选出了对肌肉行负调控作用的MSTN基因5′端非编码区的一个SNP位点,该位点为C627452T(BGI_duck_1.0)的突变。此突变位点处于中度多态,具有较高的遗传多样性。其中CC基因型群体在49日龄的体重、胸大肌重、胸大肌横截面积以及胸大肌纤维直径均显著高于TT基因型群体(P0.05),CT基因型上述表型值均介于CC基因型和TT基因型之间,且显著高于TT基因型(P0.05)。结果表明,在肉用性能上C等位基因明显优于T等位基因,可以通过精准剔除T等位基因达到加速育种进程的目的。     

中国美利奴羊IGFBP-3基因内含子4区的PCR-RFLP多态性分析

本研究针对在绵羊IGFBP-3基因内含子4区新发现的1个SNP位点(C218T),建立了PCR-RFLP的基因分型方法。利用该方法对353只中国美利奴羊(新疆军垦型)进行了多态性检测,结果显示,有CC（249 bp）、CT（249/216/33 bp）和TT（216/33 bp）3种基因型,基因型频率分别为0.52、0.41和0.07;有C、T 2种等位基因,等位基因频率分别为0.72、0.28。多重比较结果表明,不同基因型对中国美利奴部分羊毛生产性能有一定的影响,CC基因型个体的毛丛长度显著短于TT基因型个体(P＜0.05),其毛囊密度显著高于CT和TT基因型个体(P＜0.05)。     

藏猪EGLN1基因exon 4及部分内含子变异研究

青藏高原的高寒低氧极端环境影响动物的正常生存和物种繁衍,藏猪在长期的适应性驯化中对低氧环境有着更强的适应能力。本研究对高海拔猪种藏猪(甘孜藏猪、迪庆藏猪、西藏藏猪和合作藏猪)和八眉猪以及低海拔猪种烟台黑猪、长白猪和大白猪EGLN1基因exon 4及部分内含子的核苷酸序列进行测定和分析。结果表明:在EGLN1基因exon 4序列的266bp处发生了C→T的颠换,藏猪和八眉猪在该位点均为C,而烟台黑猪和引入的选育猪种长白猪、大白猪在该位点出现了C/T杂合现象;基于变异位点的等位基因C和T共界定了3种基因型(CC、CT、TT),C和CC分别是高海拔地方猪种藏猪和八眉猪的唯一等位基因和基因型;而在低海拔选育猪种中,CC基因型频率仅为0.20,其他2种基因型均为0.40,T为优势等位基因,频率达到0.60,而等位基因C的频率仅为0.40。本研究认为,高海拔猪种(2 300 m以上)藏猪和八眉猪与低海拔猪种烟台黑猪、长白猪和大白猪在EGLN1基因上存在特征性遗传变异,根据等位基因(C和T)及基因型(CC、CT、TT)在海拔上的特征差异,推测可能与不同地理区域条件下的长期适应性驯化有关。     

绵羊GLP2R基因多态性及其与肉质性状的相关分析

为探索胰高血糖素样肽-2受体(glucagon-like peptide-2 receptor,GLP2R)基因多态性与绵羊肉质性状的相关性,试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象,采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点,根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度(Ho)、杂合度(He)和多态信息含量(PIC)。结果显示,绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变,存在3种基因型:CC、TC和TT,2种等位基因:C和T,其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中,TC基因型为优势基因型,在杜泊羊×小尾寒羊群体中,CC基因型为优势基因型;2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示,2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态(0.25PIC0.5),有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示,南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05);杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05)。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变,可能是影响肉质性状的潜在位点,是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。     

中国美利奴羊IGFBP-3基因内含子4区的PCR-RFLP多态性分析

本研究针对在绵羊IGFBP-3基因内含子4区新发现的1个SNP位点（C218T）,建立了PCR-RFLP的基因分型方法。利用该方法对353只中国美利奴羊（新疆军垦型）进行了多态性检测,结果显示,有CC（249bp）、CT（249/216/33bp）和TT（216/33bp）3种基因型,基因型频率分别为0.52、0.41和0.07;有C、T2种等位基因,等位基因频率分别为0.72、0.28。多重比较结果表明,不同基因型对中国美利奴部分羊毛生产性能有一定的影响,CC基因型个体的毛丛长度显著短于TT基因型个体（P〈0.05）,其毛囊密度显著高于CT和TT基因型个体（P〈0.05）。     

绵羊PLIN基因多态性检测

试验利用PCR和DNA测序技术对3个绵羊群体中90个个体进行PLIN基因多态性检测。结果表明,PLIN基因在试验群体中存在TT型、CC型和TC型3种基因型,群体中TT基因型频率4%,CT基因型频率为60%,CC基因型频率为36%,C、T等位基因频率分别为66%、34%。     

南江黄羊脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因多态性与生长性状关联分析

根据山羊A-FABP mRNA序列设计2对引物扩增南江黄羊A-FABP基因部分外显子3、内含子3和外显子4序列,利用克隆测序的方法寻找南江黄羊A-FABP基因的多态性,采用PCR-RFLP的方法进行多态性检测并与生长性状进行关联性分析。结果显示,在南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子序列上分别发现T143C和T546C2个点突变位点,其中T546C位点为同义突变,这2处突变各自产生3种基因型CC、TC和CC,χ2检验显示,这2个位点均处于中度多态且在南江黄羊群体中分布处于Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）。关联分析显示,T143C位点TC基因型公羊个体的成年胸围显著长于TT型（P〈0.05）;T546C位点CC基因型公羊个体的周岁体长显著长于TT基因型（P〈0.05）,TC基因型母羊个体的6月龄体质量和胸围均显著长于CC基因型（P〈0.05）,其余生长性状在不同基因型个体间差异不显著（P〉0.05）。结果表明：南江黄羊A-FABP基因第3内含子和第4外显子多态性可能对个体生长性状产生一定的影响。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2（PLIN2）基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄（6~60月龄）秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性（SNP）和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著（P<0.05）,CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异（P<0.05）,CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型（P<0.05）;3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型（P<0.05）;g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型（P<0.05）。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

基于连接酶检测反应的并行分型系统检测鸡肉风味相关候选基因多态性

旨在建立一个基于聚合酶链反应—连接酶检测反应(LDR)的基因多态性并行检测系统,检测鸡肉风味相关候选基因脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因、细胞外脂肪酸结合蛋白(Ex-FABP)基因和腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种——清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异。采集165只隐性白羽鸡和185只清远麻鸡母鸡的血液并提取DNA,应用PCR-LDR方法检测A-FABP51C/T、Ex-FABP1011T/C和ADSL3484C/T的基因型。结果,所得分型结果同直接测序分型结果一致。3个多态位点在2个品种鸡中均表现为中度多态,并且在不同品种中的分布均存在差异,在A-FABP51C/T位点上达到显著水平。结果表明,建立的基于连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统是一种准确、灵敏的SNP检测方案,为鸡肉风味性状相关基因的多态性研究提供了基础。     

边鸡胰岛素生长因子结合蛋白-3基因外显子2MspⅠ位点对繁殖性状的遗传效应分析

本研究采用PCR-RFLP技术检测边鸡类胰岛素生长因子结合蛋白-3(insulin-like growth factor binding proteins-3,IGFBP-3)基因外显子2 MspⅠ位点的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关分析。结果表明,在边鸡IGFBP-3基因的1087 bp处检测到1个C→T的突变,显示3种基因型(CC、CT和TT),C等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,CT基因型的开产体重显著高于CC基因型(P<0.05)。不同基因型对其余4个繁殖性状(开产日龄、开产蛋重、300日龄产蛋数及300日龄蛋重)均无显著影响(P>0.05)。     

三鸡种白细胞介素-1β基因多态与血清中白细胞介素-1含量相关性分析

本研究旨在通过检测鸡白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)基因部分区域单核苷酸多态位点,以期查找与血清中IL-1含量相关的遗传标记。根据红色原鸡IL-1β基因序列设计2对引物,利用PCR及单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism,SSCP)方法对如皋鸡、文昌鸡和安卡鸡进行单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphism,SNP)分析,并利用试剂盒ELISA法对56日龄血清IL-1含量进行检测。结果表明血清中IL-1含量安卡鸡极显著高于如皋鸡(P0.01)和文昌鸡(P0.001)。IL-1β基因476位点发生G→A突变、482位点发生T→C突变、1 215位点发生C→T突变、1 507位点发生T→C突变。对多态位点和IL-1含量作关联分析,只发现1 215位点与IL-1含量有关,TT基因型个体IL-1含量显著高于CC型个体。本研究初步表明IL-1β基因1 215多态位点可以作为抗病育种中的候选遗传标记。     

鸡Nramp1基因第9外显子的单核苷酸序列多态性分析

以文昌鸡、安卡鸡及藏鸡为试验动物,利用PCR-SSCP方法检测Nramp1基因部分区域的单核苷酸多态性(SNP)。结果发现,该区域存在2个突变,分别为C315G、C357T;共出现4种基因型,分别为GG、GT、TT及AA型,在文昌鸡和藏鸡群体内,T为优势等位基因,而安卡鸡中G为优势等位基因。3个群体该座位均处于哈代-温伯格平衡(PO.05),且3个群体间基因型分布无显著差异(P0.05)。     

中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4，PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象，采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点，分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs；PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C），且引起编码氨基酸的改变，存在GG、GC和CC 3种基因型；PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T），在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型；在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示，中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05），第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；群体遗传参数分析发现，第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25），等位基因数为1.1429，表明其在中国草原红牛中的变异较小；第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5），等位基因数分别为1.6431和1.6447，说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明，PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）；第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）；GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）；GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05），C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关，可作为肉质性状的候选基因。     

Polymorphisms of MSTN Gene and Its Association with Meat Quality Traits in Chishui Black-bone Chicken

This study was aimed to analyze the association of myostatin (MSTN) gene polymorphisms with meat quality traits in Chishui Black-bone chicken. The DNA pooling was constructed and the direct sequencing technology of PCR product was used to detect the single nucleotide polymorphism (SNP) of MSTN gene. The results showed that C324T were detected in exon 1 of MSTN gene in Chishui Black-bone chicken. However, there was not found SNP site in exon 2 and exon 3 of MSTN gene. The C324T site was devised into three genotypes of CC, CT and TT. The association relationships between the genotype of MSTN gene and meat quality traits revealed that chest muscle pH and leg muscle pH value of Chishui Black-bone chicken with CT genotype were significantly higher than that of CC and TT genotypes (P<0.05), the shear force of CT genotype was significantly higher than that of TT genotype (P<0.05), there was no significant difference in other meat quality traits (P>0.05). This results suggested that the pH value and shear force of MSTN gene had a larger genetic effect in Black-bone chicken,MSTN gene was one of genes which could control the preliminary inference, might affect the pH value and shear force or with the main gene chain in Black-bone chicken, and could be used as pH value and shear force of molecular markers of Black-bone chicken.     

赤水乌骨鸡肌肉生长抑制素基因多态性及其与肉质性状的关联分析

本研究旨在探讨肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因多态性及其与赤水乌骨鸡肉质的关联性。采用DNA池、PCR产物直接测序方法对赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子1中检测到1个SNP位点C324T,表现为3种基因型,分别命名为CC、CT和TT,而在MSTN基因外显子2、3上没有发现多态位点。对基因型与肉质性状关联分析显示,CT基因型胸肌、腿肌pH均显著高于CC和TT基因型（P<0.05）,CT基因型剪切力显著高于TT基因型（P<0.05）,其他肉质性状在不同基因型间差异均不显著（P>0.05）。此结果提示,MSTN基因对赤水乌骨鸡pH和剪切力具有较大的遗传效应,初步推断 MSTN是控制这一性状的众多基因之一,且可能是影响赤水乌骨鸡pH和剪切力的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育赤水乌骨鸡pH和剪切力的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。