应用SSR分子标记鉴定超级杂交水稻组合及其纯度

 应用SSR分子标记技术对超级杂交稻5个组合（HYS 1/R105、培矮64S/E32、两优培九、88S/0293、J23A/Q611）及其9个亲本进行了鉴定。用144对SSR引物进行筛选，有47对能够在实验材料中显示较好的多态性，其中，RM337与RM154呈现丰富多态性，可鉴别供试组合并分别与其亲本区分开。对于水稻的每一条染色体，各筛选出两条产生多态性的引物，共24对，并提供一组作为鉴定参考的图谱；通过杂种表现为父母本互补带型的特点，找到在杂交稻组合及其亲本间具有多态性的引物，筛选出5对引物分别作为鉴定上述5个超级杂交稻组合的特异引物，进而针对杂交稻不同的纯度问题设计鉴定方法。     

利用微卫星标记鉴定北方杂交粳稻种子纯度的研究

利用48对SSR引物对7个北方杂交粳稻组合的杂种F1与其父母本间的多态性进行了筛选，每个组合获得4-11对多态性好的特异引物，利用特异性引物可将杂交种与其相应的不育系、保持系和恢复系分开，说明SSR标记可应用于北方杂交梗稻种子纯度鉴定，具有较高的实用价值。     

利用SSR分子标记鉴定杂交稻种子金优299纯度研究

利用微卫星分子标记,对杂交稻组合金优299的双亲及F1之间的多态性进行了引物筛选和检测技术研究。结果如下：在已筛选的332对引物中,有29对引物显示稳定的多态性,杂种表现为父母本互补的带型。用表现多态性的引物17对人为掺假的金优299杂交稻种子进行纯度鉴定,能将掺入组合中的假种子区分开。该方法具有准确可靠、多态性高、稳定性好、易于操作等特点。     

利用ISSR标记技术鉴定甜玉米种子纯度的研究

利用ISSR技术对3个甜玉米组合及其父、母本自交系共9个材料进行鉴定,从30条引物中筛选出4条扩增条带清晰、多态性较高的引物,共扩增出31条DNA带,其中24条DNA带具有多态性,多态性比率为77.4%。对9个玉米材料的亲缘关系进行聚类分析,9个甜玉米材料分为两个类群。     

两优培九种子纯度的RAPD快速鉴定

用100个0peron引物，对两优培九及其双亲之间的多态性进行扩增RAPD分析，发现OPN9等4个引物能显示稳定的多态性。用OPN9对人为混有培矮64S的两优培九种子样本进行纯度鉴定，结果该引物能准确地将掺人杂种中的不育系鉴别出来。该方法具有快速、准确、成本低等特点。     

利用RAPD和微卫星标记对协优杂交稻及其亲本进行区别与鉴定

选用400个随机寡核苷酸和40个荧光标记的微卫星引物对,对我国主栽的协优杂交稻组合及其亲本进行多态性分析。RAPD分析显示,400个随机寡核苷酸引物中,有364个能够在供试基因型材料中扩增出肉眼可见的DNA条带,其中28个显示扩增的多态性,这中间9个引物产生的13条多态性条带具有清晰、易分辨的特点,可以在供试的水稻组合与亲本之间,以及杂交组合之间进行区别和鉴定。微卫星分析指出,40对荧光标记引物中,13对引物产生的31条标记带,能够在供试基因型材料中显示稳定的多态性,且杂种表现为双亲的互补型。与RAPD相比,微卫星分析具有多态性强、精确性高和重复性好的特点。     

粳稻近缘品种的SSR分析

 选用38对SSR引物，对16个日本优质米品种越光及其近缘品种进行了SSR标记分析。结果表明，有8对引物在品种间表现多态性，多态性引物检出率为21.1%，平均每对引物检测到2.25个等位基因。8个引物组合在一起，除了早喜光和日光2个品种不能区分外，其余品种均能有区别。多态性检出率亲本间为18.4%，越光及其衍生品种间为0~158%，表明近缘品种间多态性检出率较低。     

SSR标记与田间种植鉴定玉米品种纯度的比较

从行业标准中筛选出8对适用于玉米品种纯度鉴定的引物组合,能区分90％以上的审定品种.96％的审定品种在8个引物组合中有4个以上的杂合位点,具有较高的杂合率和品种区分能力.38份来自全国种子市场的样品同时进行田间种植和SSR纯度鉴定,8对SSR引物组合检测出自交苗平均值为0.6％,异型株为1.8％,纯度为97.7％;田间...     

利用ISSR标记鉴定杂交水稻种子纯度初步研究

以华南地区生产上大面积应用的7个杂交水稻组合及其父母本为材料,研究了利用ISSR标记鉴定杂交稻种子纯度的可行性。结果从60条ISSR引物中筛选出4条引物,能分别在特定杂交稻组合的父母本间扩增出多态性条带,杂种F1代的带型除特优048、湛优226为偏父型外,其余供试杂交稻组合均为互补型,能有效将杂交稻组合与其亲本区分开,说明ISSR标记可用于杂交稻种子的纯度鉴定。     

3种分子标记分析油菜品种间的多态性效率比较

应用RAPD、SSR和AFLP三种分子标记,对甘蓝型油菜恢复系垦C1和保持系1141B、32B的多态性进行了分析.在648条RAPD引物、196对SSR引物、414对AFLP引物中,两组合材料具有多态性的引物分别为172条和167条,131对和133对,147对和141对,而重复性好、多态性比率高的引物分别有78条,50对,120对组合;结果表明,平均每个(对)引物可以扩增出多态性片段数目为RAPD 2.1个,SSR 2.6个,AFLP引物12.7个.AFLP多态性检测效率高.AFLP、SSR是研究油菜遗传多样性比较有效的分子标记.     

Identification and Purity Test of Super Hybrid Rice with SSR Molecular Markers

Five super hybrid rice combinations, i.e. HYS-1/R105, Pei‘ai 64S/E32, Liangyoupeijiu (Pei‘ai 64S/9311), 88S/0293, and J23A/Q611, and their parental lines were tested by means of SSR analysis. A total of 144 SSR primer pairs distributed on 12 rice chromosomes were used, out of which 47 detected polymorphism among the tested rice lines. Among all these primers, RM337 and RM154 produced polymorphic patterns in four or more of the tested experimental materials respectively, and they could distinguish among most rice genotypes tested. Twenty-four primer pairs, two on each rice chromosome, were selected to make a reference SSR marker-based fingerprinting for the rice lines. For most of the primer pairs, F1 hybrids mainly showed complementary pattern of both parents, which could be very useful to distinguish the F1 from its parental lines. In addition, 5 primer pairs were selected as special primer pairs for five hybrid rice combinations respectively. By combining the rapid, simple method on DNA extraction, it is suggested that SSR technique has wide prospective in variety authentication and purity identification.     

玉米功能性Insertｉon/Deｌetｉon(InDeｌ)分子标记的挖掘及其在杂交种纯度鉴定中的应用

InDel作为重要的遗传标记已被广泛用于作物连锁图谱的构建及多样性研究。通过生物信息学方法从玉米全基因组水平进行InDel标记的挖掘并对其在玉米杂交种纯度鉴定中的应用进行分析,根据B73全基因组序列(第二版)及Mo17的二代电子拼接序列发现了40 000多个InDel位点,其中约有11 400个含有InDel位点的序列可用于特异性引物的开发。新发展的143个代表基因(<1 kb)或基因内部的功能性InDel标记在B73及Mo17间得到了验证并用于玉米杂交种纯度的鉴定。经过分析,共有13个共显性InDel标记在6个杂交种亲本间表现出明显的长度多态(>50 bp)。结合玉米子粒DNA快速提取方法,利用这些共显性InDel标记对6个杂交种1 400多个样本纯度进行鉴定,结果显示该方法可以快速、准确、经济地鉴定玉米杂交种纯度。     

我国主要杂交水稻组合及其亲本SSR标记和纯度鉴定

选用分布于水稻12条染色体上的26对SSR引物对我国9个主要的杂交水稻组合及其亲本进行了SSR标记分析,21对多态性引物共扩增出62条条带,平均2.95条,能够有效地区分所有恢复系和大部分不育系。杂交种条带均为父母本的互补型,很适合做杂交种纯度鉴定。用引物RM17对杂交稻组合汕优63和两优培九进行了100粒单种子SSR鉴定,所测纯度分别为96.0%和98.0%,与田间纯度96.2%和97.7%非常接近,显示出SSR技术在品种认证和纯度鉴定中有广阔的前景。     

青海省几个主要春性甘蓝型油菜杂交种的SSR分析

为了探明青海省主要甘蓝型油菜品种的遗传变异,建立准确高效的种子纯度鉴定方法,本研究选取5个青海省甘蓝型油菜主栽品种,利用140对简单重复序列(Simple sequence repeat,简称SSR)引物对其进行分子标记分析,从中筛选出26对能清晰扩增出多态性主带的引物,进一步对包括这5个品种及其中4个杂交品种的7个亲本系进行扩增后,经6%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离和带型分析,成功构建出5个青海省甘蓝型油菜主栽品种及其中4个杂交种亲本系的指纹图谱,并鉴定出了这4个杂交种的共显性标记。这些标记不仅可用于亲本材料和杂交品种真伪的鉴别,还可为杂交种纯度的鉴定提供可靠方法,对亲本知识产权的保护及杂交种推广具有重要的意义。     

两系杂交稻亲本SSR指纹图谱的建立及其在种子纯度鉴定中的应用

利用筛选到的20对SSR引物建立了两系杂交稻32个亲本(24个光温敏不育系和8个恢复系)的DNA指纹图谱,针对所涉及的9个杂交稻组合,获得能在父、母本间表现出多态性的特异SSR标记48个.以杂交稻组合两优932为例,在实验室用一个特异SSR标记(RM302)对200粒种子样本进行了纯度鉴定,结果鉴定纯度为90.50%,与田间种植鉴定结果90.60%(海南鉴定)和91.57%(武汉鉴定)基本一致,表明SSR标记技术适用于构建DNA指纹图谱和种子纯度鉴定.     

四川省主要杂交稻亲本的SSR多态性分析和指纹图谱的构建与应用

利用微卫星标记对四川省主推杂交水稻品种进行了DNA指纹图谱构建和品种鉴定研究。208对引物中具有多态性的引物共123对,占所用引物的59.13%。不同染色体的微卫星分析的多态性不同,第9、10染色体微卫星的多态性高于其他染色体,第12染色体上的微卫星标记的多态性最差,仅为46.15%。42份常用杂交水稻亲本材料聚类分析表明,恢复系和不育系的遗传基础均较狭窄,但恢复系和不育系之间的遗传距离相对较远,从一定程度上反映了遗传距离与杂种优势的正相关。筛选出的各个亲本材料的特异引物或引物组合,能够将某个亲本材料与其他材料相区分。利用这些SSR引物建立了四川省主要杂交水稻亲本的DNA指纹数据库,可以有效地解决杂交水稻及其杂交种的鉴定问题,以及有效地分析各材料间的亲缘关系。从DNA指纹数据库中筛选出D优527的特异引物RM337、RM244和RM346,可以鉴定出D优527中的纯度,与田间鉴定结果一致;在真伪性鉴定中将同一不育系配组的D优527和D优68区分开,说明微卫星鉴定结果是准确可靠的,可用于品种权保护和品种真伪性及纯度鉴定。     

基于NYT 1433-2014中48对SSR引物的94份杂交稻亲本DNA分子数字指纹库研究

建立方法简便、分辨率高的水稻品种遗传多态性和真实性鉴定的分子指纹技术对于指导水稻育种和规范种子市场都具有重要意义。农业部颁布的水稻品种鉴定技术规程行业新标准是基于35个不同遗传特点的代表性水稻品种建立的SSR分子标记技术规程。本研究根据该标准方法,对94份杂交水稻亲本材料的遗传多态性和特异性进行了比较分析,结果表明,供试品种间至少具有3对以上引物扩增的DNA片段差异,即利用该标准能很好地区分供试杂交水稻亲本的遗传差异。对新标准中48对推荐引物的比较与分析表明,46对引物扩增的DNA片段多态性较高,而RM176和RM551两对引物扩增带多态性较低,因此在其染色体的其他位点可进一步研究多态性更高的分子标记。与标准中35个水稻品种的指纹库进行比较,发现了16个新的等位变异,这些位点可作为标准指纹库的信息补充,丰富标准库中的遗传信息。对94个杂交水稻亲本的分子指纹比较分析,发现23个亲本材料具有特异性分子标记,这些特异分子标记可应用于杂交组合的真实性以及杂交种子纯度的分子鉴定。根据供试亲本的数字分子指纹,构建了87个不育系与7个父本杂交的虚拟组合数字分子指纹库以及虚拟组合的真实性和纯度快速鉴定的特异数字分子标记。