豫西黑猪保种选育素材与“互联网+”追溯系统构建

豫西黑猪是豫西边陲近年来新发现的种猪资源。20世纪大量外来猪种的引入导致豫西黑猪的养殖数量急剧减少,优良基因逐渐丢失,豫西黑猪濒临灭绝。本文介绍了运用物联网技术,通过新兴电子耳标,建立黑猪系谱档案,利用GBS种猪育种管理系统对黑猪档案进行育种分析和网络追溯,从而制定合理有效的育种方案,并为生猪产品提供网络溯源。互联网+生猪追溯系统的构建为豫西黑猪的保种选育提供了依据,同时电子档案化的管理为消费者提供了信息追溯和网络监管的权益。     

黔北黑猪BF基因遗传多态性分析

运用PCR及测序技术对黔北黑猪的BF基因进行了检测,并对该基因核苷酸序列进行分析.结果表明:第16外显子45 bp处发生A→C碱基突变,命名为:BF-exon 16-A45C,产生3种基因型:CC型、AA型、AC型.3种基因型中,AA基因型频率为0.6875,CC基因型频率为0.125,AC基因型频率为0.1875.基...     

莆田黑猪H-FABP基因单核苷酸多态性分析

利用PcR．SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因的多态性．结果表明：在H-FABP基因5＇-调控区检测到两个多态性位点（G7T和C11A）,由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0．740和0．260;在外显子2处存在3个多态性位点（A2C、T62C和T65C）,由两个等位基因控制,定义为c和D,基因频率分别为0．164和0．836．群体遗传分析表明,H-FABP基因5＇-调控区属中度多态（0．25〈PIC〈0．5）,外显子2区属低度多态（PIC〈0．25）．）c2适合性检验表明,两位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0．05）．将莆田黑猪H-FABP基因外显子2的核苷酸序列与GenBank中野猪核苷酸序列进行同源性比对,同源性为100％,而与牦牛、驴、人、大鼠、鸡和斑马鱼的同源性分别为94．0％、92．4％、87．8％、82．4％,77．9％和67．2％．     

莱芜黑猪FSHβ亚基基因的多态性分析

PCR扩增分析中国华北型优良地方猪种莱芜黑猪和产仔数与其差异较大的大约克夏，以及它们的杂交后代大莱猪在卵泡刺激素（FSH）β亚基基因结构区的多态性。通过测序发现莱芜黑猪在该区存在插入突变，插入片段长度为275bp，位于己发表的猪FSHβ亚基基因全序列的 809与 810碱基之间，插入片段中存在一个RNA聚合酶Ⅲ启动子及Alu I内切酶识别位点，末端有17个腺苷酸的poly(A),所以该片段可能为Alu成分。对FSHβ亚基基因插入片段进行BanH I多态性分析，发现本研究所检测样品中不存在BanH I多态性。把FSHβ亚基基因作为控制猪产仔数主效基因的候选基因与产仔数进行连锁分析，证明FSHβ基因座位在莱芜猪种中与控制猪产仔数的主效基因紧密连锁，优势基因AA纯合子比BB纯合子母猪平均每胎多产仔1.2头。因莱芜猪与太湖猪插入序列的主要差异是末端的poly(A)长短不同，故推测该插入片段末端的poly(A)结构亦可能影响猪的产仔数。     

基于线粒体COⅡ基因的安徽白蚁的分子鉴定及系统进化分析

利用同源克隆技术分离了安徽省40个不同地理种群白蚁样品的线粒体XOⅡ基因,并进行了序列分析,结合GenBank中的数据,构建系统进化树并进行了遗传变异分析。序列比对分析表明,40个白蚁样品分属3个属(土白蚁属、散白蚁属、乳白蚁属)的6个种,3个属COⅡ全长基因中多态性位点分别占0.1%、9.2%和7.4%;基因序列中A+T含量为61.8%,显著高于C+G含量,碱基变异的主要形式为转换。同种白蚁个体间的碱基差异明显小于不同种间的差异,种内个体间的差异为0.1%~1.3%,种间个体间的差异为5.5%~7.6%。分子系统树表明,乳白蚁属和散白蚁属构成姐妹关系聚成一支,亲缘关系较近,而土白蚁属关系较远,分子鉴定及系统进化分析的结果与传统形态学结果相一致,是对形态分类的有力支持。     

玉山黑猪ESR和FSH-β基因多态性及相关性状的研究

采用PCR-RFLP方法对玉山黑猪的ESR基因和FSH-β基因多态性进行检测,并分析其与繁殖性能间的关系。结果表明,ESR基因的3种基因型AA、AB、BB在玉山黑猪中的频率分别为0.417、0.300、0.017,各基因型对应的产仔数存在差异,总体表现BB>AB>AA,其中初产仔猪数BB型多于AA型1.21头,多于AB型0.91头;BB型经产仔猪数也高于AB型和AA型,但3种基因型之间差异不显著。FSH-β基因的3种基因型AA、AB、BB在玉山黑猪中的频率分别为0.567、0.333、0.100,各基因型对应的产仔数存在差异,总体表现BB>AB>AA,初产仔猪数BB型多于AA型0.80头(P<0.05),多于AB型0.43头(P>0.05);BB型的经产仔猪数也是3种基因型中最高的,但彼此之间差异不显著。ESR和FSH-β基因在初产仔猪数及经产仔猪数上都具有显著的加性遗传效应(P<0.05)。     

玉山黑猪ESR和FSH-β基因多态性及相关性状的研究

采用PCR-RFLP方法对玉山黑猪的ESR基因和FSH-β基因多态性进行检测,并分析其与繁殖性能间的关系。结果表明,ESR基因的3种基因型AA、AB、BB在玉山黑猪中的频率分别为0.417、0.300、0.017,各基因型对应的产仔数存在差异,总体表现BB>AB>AA,其中初产仔猪数BB型多于AA型1.21头,多于AB型0.91头;BB型经产仔猪数也高于AB型和AA型,但3种基因型之间差异不显著。FSH-β基因的3种基因型AA、AB、BB在玉山黑猪中的频率分别为0.567、0.333、0.100,各基因型对应的产仔数存在差异,总体表现BB>AB>AA,初产仔猪数BB型多于AA型0.80头(P<0.05),多于AB型0.43头(P>0.05);BB型的经产仔猪数也是3种基因型中最高的,但彼此之间差异不显著。ESR和FSH-β基因在初产仔猪数及经产仔猪数上都具有显著的加性遗传效应(P<0.05)。     

云南省东方蜜蜂线粒体16S rRNA基因的扩增及序列分析*

 扩增、测定和分析了云南省东方蜜蜂16个地理居群线粒体16S rRNA基因部分序列,并结合从GenBank获得的蜜蜂科3个其它种的16S rRNA序列,以离颚细蜂科的Vanhornia eucnemidarum为外群,利用邻接法、最大简约法和最大似然法重构了它们的种系发生关系。结果显示,云南省东方蜜蜂16S RNA基因部分序列很保守,不同地理居群均得到435bp完全一致的基因序列;通过对蜜蜂科4个种的种系发生关系分析发现,东方蜜蜂与西方蜜蜂位于一个姊妹枝,而熊蜂与无刺蜂位于一个进化枝,4个种得到了有效的区分。因此,16S rRNA可以作为一个理想的分子遗传标记用于蜜蜂科种间鉴定和种系发生关系分析。     

松辽黑猪IGF-I基因5''调控区序列特征分析

对松辽黑猪类胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因5'调控区进行了T-A克隆和序列测定,在分析序列结构特征的基础上与GenBank中野猪、大白猪、牛、山羊、绵羊进行了比较基因组学和系统进化研究.结果表明:松辽黑猪IGF-I基因5'调控区存在C/EBPb、MATM、Oct-1、CF-1等多个潜在的转录因子结合位点,可能与IGF-I的转录调控和起始以及特异表达有关.在该非编码序列中,重复序列所占比率为2.22%,不存在SINEs、LINEs、LTR类反转录元件和DNA转座子元件,而发现存在1个(CA)18微卫星位点.在松辽黑猪IGF-I基因5'调控区,松辽黑猪与野猪、大白猪、牛、山羊、绵羊各物种间同源性大小分别为99.0%、98.8%、90.7%、91.6%、90.6%.MUPD法构建的分子系统进化树聚类结果表明,野猪与大白猪先聚为一类,再与松辽黑猪聚类形成一个大分支,而山羊和绵羊先聚成一类,再与牛聚类形成一个大分支,然后再与猪的一支汇合在一起.     

IGF2基因的多态性对辽宁黑猪胴体指标和肉质指标的影响

为探究猪IGF2不同基因型与猪肉酮体品质和肉质指标的关系,选择胰岛素样生长因子2（Insulin-like growth factor 2,IGF2） AA、AB和BB 3种基因型体重60kg左右辽宁黑猪和杜洛克猪各6头,共36头,同等条件下饲养至100kg进行屠宰,测定胴体指标和肉质指标,结果表明,IGF2不同基因型对辽宁黑猪和杜洛克猪的背膘厚和瘦肉率的影响均达到了显著水平（P<0.05）,且AA型背膘厚最低,瘦肉率最高。IGF2不同基因型对辽宁黑猪和杜洛克猪的肉色、嫩度、肌内脂肪含量、肌肉hart值、肌纤维直径、肌纤维面积等肉质指标产生显著影响（P<0.05）,AA型的大理石纹、肌内脂肪含量高于其他两种基因型。可见,可将IGF2 AA型基因作为候选基因进行遗传选择。     

OLR1基因多态性及其与硒都黑猪产仔数性状的关联分析

为探索OLR1基因遗传多态性对硒都黑猪产仔数的影响,利用直接测序法检测OLR1基因在硒都黑猪中的遗传多态性,并与产仔性状进行了关联分析。结果表明,在第四内含子7 bp处发现一个T/C突变,存在3种基因型TT、TC和CC;TT基因型个体的总产仔数和产活仔数都极显著高于TC和CC基因型个体(P<0.01),说明该突变对硒都黑猪产仔数性状有极显著的影响。     

IGF2基因的多态性与辽宁黑猪生产性能的关联分析

胰岛素样生长因子-2（insulin-like growth factor 2,IGF2）是动物体内重要的调节因子之一,并且已经确定该基因能够影响猪的生产性能。本研究以PCR-SSCP方法分析了IGF2基因在辽宁黑猪和杜洛克猪中的多态性分布及其与生产性能的相关性。结果发现,IGF2基因第8外显子（exon8）上存在多态性位点,有AA、AB和BB三种基因型。进一步研究发现AA型辽宁黑猪的料重比的值最小,AB型辽宁黑猪的料重比最大;AA型杜洛克猪的日增重最大,料重比最小,BB型杜洛克猪的日增重最小,料重比最大。AA型的辽宁黑猪日增重最高,采食量最低,直接影响其料重比。所以3种基因型相比经济效应较好的为AA型。     

豫南黑猪、杜洛克、长白和大白猪FSHβ基因多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-RFLP技术测定了豫南黑猪、杜洛克、长白、大白猪FSHβ亚基基因多态性,测序发现豫南黑猪BB型的128与129 bp位点上插入277 bp的片段而产生多态性,限制性内切酶BamHⅠ酶切后共产生6种基因型,运用最小二乘模型将不同基因型与产仔数进行关联分析,结果显示:豫南黑猪就初产而言,基因型CC型比BC型的TNB和NBA分别多2.67和2.79头(P<0.05);经产基因型CC型比AC型的TNB和NBA分别多2.03和2.14头(P<0.05);而引进猪种初产和经产都没有显著差异。     

松辽黑猪雌激素受体基因对部分繁殖性状的影响

以松辽黑猪为研究对象,采用PCR-RFLPs方法检测其雌激素受体(ESR)基因的PvuⅡ多态性,分析了该基因与产仔数及其他繁殖性状之间的关系。结果表明:ESR基因型间总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)差异显著(P<0.05),BB和AA纯合子间TNB和NBA分别相差2.395和2.250头;各基因型在初生窝重、20日龄重、60日龄重之间差异不显著(P>0.05)。     

松辽黑猪IGF-Ⅰ基因5′调控区序列特征分析

对松辽黑猪类胰岛素样生长因子-Ⅰ（IGF-Ⅰ）基因5′调控区进行了T-A克隆和序列测定,在分析序列结构特征的基础上与GenBank中野猪、大白猪、牛、山羊、绵羊进行了比较基因组学和系统进化研究。结果表明：松辽黑猪IGF-Ⅰ基因5′调控区存在C/EBPb、MATal、Oct-1、CF-1等多个潜在的转录因子结合位点,可能与IGF-Ⅰ的转录调控和起始以及特异表达有关。在该非编码序列中,重复序列所占比率为2.22%,不存在SINEs、LINEs、LTR类反转录元件和DNA转座子元件,而发现存在1个（CA）18微卫星位点。在松辽黑猪IGF-Ⅰ基因5′调控区,松辽黑猪与野猪、大白猪、牛、山羊、绵羊各物种间同源性大小分别为99.0%、98.8%、90.7%、91.6%、90.6%。MUPD法构建的分子系统进化树聚类结果表明,野猪与大白猪先聚为一类,再与松辽黑猪聚类形成一个大分支,而山羊和绵羊先聚成一类,再与牛聚类形成一个大分支,然后再与猪的一支汇合在一起。     

皖南黑猪H-FABP基因5'-上游区和第二内含子的多态性分析及克隆测序

对皖南黑猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5’-上游区和第二内含子的多态性进行分析及克隆测序,为开展皖南黑猪肉质性状分子育种奠定理论基础。采用PCR-RFLP(HinfⅠ、HaeⅢ、MspⅠ3种限制性内切酶)分子标记技术,分析了184头皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区和第二内含子区的遗传变异情况,并对该基因的多态片段进行克隆和测序分析。结果显示:(1)在5’-上游区,HinfⅠ位点上存在多态性,等位基因H的基因频率为0.62,表现为中度多态(PIC=0.359 6);在第二内含子区,HaeⅢ位点上存在多态性,等位基因D的基因频率为0.92,表现为低度多态(PIC=0.130 7);而MspⅠ位点上尚未检测到多态,基因型均为AA型;HinfⅠ*位点上也存在多态性,等位基因B的基因频率为0.78,表现为中度多态(PIC=0.282 4);(2)χ2检验表明,除5’-上游区HinfⅠ多态位点外,其他3个位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);(3)对H-FABP基因3个多态片段进行克隆测序分析发现,HinfⅠ-RFLP是由于1 324 bp处存在T→C的突变引起,HaeⅢ-RFLP是由于1811bp处存在C→G的突变引起,HinfⅠ*-RFLP是由于1 970 bp处存在C→T的突变引起。本试验确证了皖南黑猪H-FABP基因5’-上游区的多态位点并在第二内含子区检测到了HaeⅢ和Hinf*Ⅰ多态位点,这可为进一步分析H-FABP基因不同基因型与IMF含量的关系,以及确定影响IMF沉积的主效基因提供一定的数据基础。     

确山黑猪HOXA5基因组织表达及生物信息学分析

【目的】探究确山黑猪HOXA5基因的组织表达情况和HOXA5蛋白的结构功能。【方法】利用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)技术检测HOXA5基因在确山黑猪各组织中的表达情况,并与大白猪皮下脂肪和背最长肌进行对比;以确山黑猪皮下脂肪组织为cDNA模板,克隆确山黑猪HOXA5基因编码(coding sequence, CDS)区序列,利用生物信息学软件分析确山黑猪HOXA5基因CDS区序列及其编码蛋白质的结构和功能。【结果】HOXA5基因在确山黑猪肺脏中表达量最高,其次是肝脏和皮下脂肪,且显著高于其他组织。同时,HOXA5基因在确山黑猪皮下脂肪组织中表达量显著高于大白猪。通过对确山黑猪HOXA5基因进行克隆及生物信息学分析,获得的确山黑猪HOXA5基因CDS区全长813 bp,编码270个氨基酸,与牛、绵羊、马、黑猩猩、小鼠、人和鸡的同源性分别为99.1%、99.0%、98.8%、97.8%、97.4%、95.6%和81.3%。确山黑猪HOXA5蛋白分子质量为29.28 kD,主要位于细胞核内,属于酸性、亲水性蛋白,且不具有跨膜结构和...     

小鼠隐藏管状线虫线粒体nad1基因的扩增及序列分析

通过寄生在实验鼠体内分离的10个小鼠隐藏管状线虫样品的线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)进行PCR扩增、测序及序列分析的研究结果表明,获得了pnad1有效序列437bp,经序列比对分析,发现10个蛲虫样品扩出的pnad1序列没有差异,本结果为进一步研究鼠蛲虫的群体遗传学奠定了基础。     

霍寿黑猪和长白猪TLR4基因第3外显子的SNP检测及其遗传差异分析

为了对安徽地方猪霍寿黑猪和引进猪种长白猪TLR4 基因进行多态性分析,采用PCR-SSCP结合PCR产物双向测序的方法研究了86头霍寿黑猪及44头长白猪2个群体共130个样本TLR4 基因外显子3部分片段的单核苷核多态性,并对检测到的突变位点进行群体遗传学分析。结果检测到1个突变C1027A,C1027A突变为错义突变。群体遗传学分析表明,该多态位点基因型的分布在霍寿黑猪和长白猪2个中外猪种间存在极显著差异(P<0.01)。C1027A位点多态性在地方猪品种和引进品种间的差异,是否与品种抗病性有关,值得进一步研究。     

猪NARS2基因变异与硒都黑猪胴体和肉质性状的关联分析

在硒都黑猪群体中发现猪NARS2基因第9内含子中存在g.101284 C>T突变位点,采用PCR产物直接测序法进行基因分型后,与23个胴体和肉质类性状表型进行关联分析。结果表明,NASR2基因g.101284 C>T位点极显著影响猪胴体皮厚（P<0.01）,且显著影响猪肉眼肌面积、滴水损失48 h和肌内脂肪含量性状（P<0.05）。CC基因型个体皮厚极显著低于TT基因型个体（P<0.01）;CC基因型个体滴水损失48 h和肌内脂肪含量显著高于其他基因型个体,而TT基因型个体胴体眼肌面积显著小于其他基因型个体（P<0.05）。而这4个性状中,除皮厚与眼肌面积性状不存在显著相关外,其他各性状之间存在一定程度的相关性。其中,滴水损失48 h与肌内脂肪含量性状相关性最高（r2=0.882,P<0.01）。因此,该标记在育种应用中应当结合育种目标合理利用,针对不同主选性状,选留或淘汰不同基因型个体。