15个果桑无性系指纹图谱的构建

用改良的CTAB法提取15份果桑无性系的基因组DNA,通过RAPD分子标记技术,构建不同果桑无性系的指纹图谱。结果表明:每条引物扩增出8～15条清晰地条带,其中多态性条带数为4～15条,多态性比例为50.0%～100.0%。20条随机引物共得到232条清晰的条带,多态性条带为178条,平均多态性比例为76.7%;利用随机引物OPA-09和OPD-05的扩增产物电泳图为基础构建的指纹图谱可以鉴定出15个果桑无性系。     

几种药用西红花与观赏西红花的RAPD分析

[目的]为分析不同种源西红花的遗传多样性和亲缘关系,利用RAPD标记技术对8种西红花基因组DNA的多态性进行分析。[方法]应用22个随机引物对8个西红花品种进行RAPD分析,并根据RAPD的扩增结果,应用NTSYS-pc 2.10e软件进行聚类分析。[结果]从22个随机引物中筛选出18个多态性较高的引物,共扩增出143条DNA条带,其中108条为多态带,占总数的75.5%,平均每个随机引物扩增的DNA带数为7.9条;在遗传相似系数0.62处将8个样品分为2类,一类为药用西红花,另一类为观赏西红花。[结论]RAPD法能有效鉴别药用西红花和观赏西红花,分子聚类结果与地理因素未见确定联系。     

咖啡种质资源DNA指纹图谱的构建

选用4份咖啡种质资源为材料,对S1-S100共100个RAPD引物进行筛选,选出多态性好的引物10个。利用这10个RAPD引物对28份咖啡资源进行扩增,共获得86条带,平均每个RAPD引物扩增出8.6条带,多态性谱带74条,多态性条带比率为86.0%。结果表明:供试咖啡种质资源遗传多样性较丰富;10个多态性好的RAPD引物中S8的鉴别效率最高,能将全部供试材料全部区分开,通过整合软件录入如所属种类、种质名称、采样地点、引物、RAPD-PCR扩增数据以及电泳图片等相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成咖啡种质资源的DNA指纹图谱,为咖啡种质资源品种权益保护及分子身份证构建奠定了基础。     

苹果梨分类地位的RAPD鉴定

利用RAPD技术对15个梨品种及类型的遗传变异进行了研究。从100个10bp随机引物中筛选出12个多态性引物用于正式扩增，共扩增出89条DNA带，其中多态性DNA带84条，占93．6％，平均每个引物扩增的DNA带的数目为8条。利用DNA扩增结果进行聚类分析，初步认为延边苹果梨应该归属于白梨系统。     

橡胶基因组中一个与酿酒酵母脯氨酸特异性通透酶基因部分同源的多态性片段的克隆及序列测定

橡胶树(Hevea brasiliensis Muell.Arg.)的传统种植区主要分布于高温多雨的热带地区,抗旱基因或DNA标记的筛选鉴定对于橡胶耐旱品系的选育及橡胶树向温光和雨量相对不足的非传统植胶区的拓展具有十分重要的意义.RAPD分析是目前遗传多态性研究及特异性基因片段鉴定最有效的分子学工具之一.本研究借助聚合酶链式反应(PCR)对来自37个橡胶无性系的基因组DNAs进行了RAPD分析.结果显示,多态性及特异性扩增条带的数量随无性系及引物的不同而有所差异,有些扩增带为一些无性系共有,而另一些则仅存在于个别或少数无性系之中.根据引物OPB-12的两个特异性扩增条带(1.2和1.4kb)在各无性系中单独或同时存在与否,我们鉴定出了两个相应的特异性RAPD标记,其中1.4 kb扩增带尤其引人注目.克隆及测序结果表明,该RAPD片段与酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)脯氨酸特异性通透酶基因存在一定程度同源性.针对该片段设计一对特异性引物并再次对基因组DNA进行更严格条件下的PCR扩增,结果从14个参试无性系中获得了该1.4kb条带.这种由RAPD标记通过特异性引物设计转化得到的SCAR(序列特异性扩增区)标记可用于橡胶树优良或特异性基因的筛选及鉴定.     

橡胶基因组中一个与酿酒酵母脯氨酸特异性通透酶基因部分同源的多态性片段的克隆及序列测定

橡胶树(Hevea brasiliensis Muell.Arg.)的传统种植区主要分布于高温多雨的热带地区,抗旱基因或DNA标记的筛选鉴定对于橡胶耐旱品系的选育及橡胶树向温光和雨量相对不足的非传统植胶区的拓展具有十分重要的意义.RAPD分析是目前遗传多态性研究及特异性基因片段鉴定最有效的分子学工具之一.本研究借助聚合酶链式反应(PCR)对来自37个橡胶无性系的基因组DNAs进行了RAPD分析.结果显示,多态性及特异性扩增条带的数量随无性系及引物的不同而有所差异,有些扩增带为一些无性系共有,而另一些则仅存在于个别或少数无性系之中.根据引物OPB-12的两个特异性扩增条带(1.2和1.4 kb)在各无性系中单独或同时存在与否,我们鉴定出了两个相应的特异性RAPD标记,其中1.4 kb扩增带尤其引人注目.克隆及测序结果表明,该RAPD片段与酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)脯氨酸特异性通透酶基因存在一定程度同源性.针对该片段设计一对特异性引物并再次对基因组DNA进行更严格条件下的PCR扩增,结果从14个参试无性系中获得了该1.4kb条带.这种由RAPD标记通过特异性引物设计转化得到的SCAR(序列特异性扩增区)标记可用于橡胶树优良或特异性基因的筛选及鉴定.     

滩地13个杨树无性系遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记手段,研究杨树无性系的遗传多样性。在探讨杨树叶片基因组DNA提纯方法和优化PCR扩增反应体系的基础上,采用18个引物对13个杨树无性系的基因组DNA进行扩增;每个引物扩增的DNA片段数为1～14个,共产生126条带,其中多态带53条,占42%,平均每个引物扩增出3条多态带。结果表明:通过对126条谱带的聚类,分析了供试杨树无性系的系统发育,并通过比较各品种间的特异带或特征带的差异进行无性系鉴别和测定,运用特殊谱带,建立了杨树无性系的分子检索表。     

利用RAPD技术对油松种子园无性系的分析

以陕西陇县八渡油松种子园的14个无性系为材料,提取基因组DNA,采用RAPD技术,分析无性系间的亲缘关系,结果表明:筛选出的8个引物共扩增出23个条带,其中具有多态性的条带14条,占总扩增条带数的60.8%。进一步采用UPGMA法进行亲缘关系及多样性分析,在遗传相似系数为0.71时,14个无性系聚为4类。14个无性系间亲缘关系较远,种子园具有较高的遗传多样性。     

芥菜遗传多样性的RAPD分析(英文)

随机扩增多态性DNA (RAPD)是一种新的分子标记技术 利用RAPD标记对芥菜 (BrassicajunceaCoss .) 16个变种的遗传多样性进行了分析 从 60个 10bp随机引物中筛选出 2 7个有效引物 这 2 7个有效引物共扩增出 336条DNA带 ,其中 2 75条为多态性带 ,占总数的 81 85% 平均每个引物扩增出的DNA带数为 12 4 4 不同引物扩增出各自不同的DNA指纹图谱 ,大部分图谱均有特征或特征带型 芥菜的RAPD多态性百分率和平均每个引物扩增的DNA带数均明显高于已     

女贞不同种质材料基因组 DNA 的提取及 RAPD 引物筛选

[目的]提取女贞不同种质材料的基因组DNA,并筛选RAPD引物。[方法]采用改良CTAB法提取女贞基因组DNA,并以此种方法提取的女贞基因组DNA为模板,对RAPD引物进行PCR扩增,筛选有效引物。[结果]筛选出21个多态性丰富、条带清晰且重复性好的有效引物,经检测所获得的基因组DNA条带清晰,且OD260／DD280在1．8左右。用筛选出的21个有效引物对126份女贞种质材料进行RAPD—PCR扩增,均可获得带型丰富且清晰可辨的DNA指纹图谱。[结论]该方法为快速和准确地应用RAPD方法分析女贞种质材料的遗传多样性提供了依据。     

新疆梨种质资源亲缘关系的ISSR和RAPD分析

[目的]探讨新疆梨种质资源亲缘关系以及遗传多样性,旨在为供试梨资源的分类提供科学依据.[方法]采用ISSR和RAPD分子标记对48份梨种质资源进行聚类分析和遗传关系研究.[结果]14条ISSR引物共扩增出113条清晰的谱带,其中101条显示多态性,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.19条RAPD引物共扩增出163条清晰的谱带,其中多态性谱带138条,平均每个引物扩增出7.2条多态性谱带.基于ISSR和RAPD两种标记,利用UPGMA分别构建了48份梨资源的聚类树状图.ISSR和RAPD分别聚类以及两种标记混合聚类均将48份梨种质分为3类:第Ⅰ类群中包括1份种质;第Ⅱ类群中包括23份种质;第Ⅲ类群中包括24份种质.[结论]两种标记适合于梨种质资源亲缘关系和遗传多样性分析,可为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据.     

Genetic diversity of Ustilago hordei in Tibetan areas as revealed by RAPD and SSR

Covered smut, which is caused by Ustilago hordei(Pers.) Lagerh., is one of the most damaging diseases of highland barley(Hordeum vulgare Linn. var. nudum Hook. f) in Tibetan areas of China. To understand the molecular diversity of U. hordei, a total of 27 isolates, which were collected from highland barley plants from Tibet, Sichuan, Qinghai, and Gansu provinces/autonomous region, were analyzed using random amplified polymorphic DNA(RAPD) and simple sequence repeat(SSR) markers. Among the 100 RAPD primers used, 24 primers exhibited polymorphism. A total of 111 fragments were amplified, of which 103 were polymorphic with a polymorphic rate of 92.79%. The average observed number of alleles(Na), effective number of alleles(Ne), Nei's genetic diversity(H), Shannon's information index(I) and polymorphism information content(PIC) value in the RAPD markers were 1.9279, 1.5016, 0.2974, 0.4503 and 0.6428, respectively. For the SSR markers, 40 of the 111 primer pairs exhibited polymorphism and provided a total of 119 bands, of which 109 were polymorphic and accounted for 91.60% of the total bands. The Na, Ne, H, I and PIC values of the SSR markers were 1.9160, 1.4639, 0.2757, 0.4211 and 0.4340, respectively. The similarity coefficients ranged from 0.4957 to 0.9261 with an average of 0.7028 among all the 27 isolates used. The dendrogram, which was developed based on the RAPD and SSR combined marker dataset showed that the 27 U. hordei isolates were divided into 3 clusters at similarity coefficient of 0.7314. We determined that RAPD and SSR markers can be successfully used to assess the genetic variation among U. hordei isolates. The RAPD markers revealed higher levels of genetic polymorphism than did the SSR markers in this study. There existed a moderate genetic difference among isolates. The molecular variation and differentiation was somewhat associated with geographical origin but not for all of the isolates.     

利用基于RAPD标记的MCID法快速鉴定72个葡萄品种

【目的】葡萄种质材料和品种的鉴定是葡萄种质资源研究和新品种保护的基础。本研究应用一种新的基于DNA分子标记的人工绘制品种鉴别示意图方法（manual cultivar identification diagram, MCID）对来源于不同国家和地区的72个葡萄品种进行鉴定。【方法】通过增加引物长度以及严格筛选PCR退火温度优化的RAPD技术体系,从35个长度为11个碱基的引物中筛选出6个条带清晰且多态性高的引物,进一步对72个葡萄品种进行PCR扩增获得DNA指纹,然后利用MCID法成功将将72个葡萄品种区分开来。【结果】利用这6条引物扩增的多态性谱带构建了72个葡萄品种的MCID。该葡萄MCID很好地提供对其中某些品种进行鉴定所需要的引物以及需要参考的特征性谱带。【结论】到目前为止,MCID方法是实现利用DNA分子标记鉴定果树品种能力最好的有效途径。该研究所获得的MCID具有高操作性和实用参考性,对于葡萄种质资源研究、品种保护和品种纯度早期鉴定具有重要帮助。     

四川主栽小麦品种RAPD标记遗传差异研究

采用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ） 标记,对四川近５０ 年来年推广面积６－６７ 万ｈｍ２（１００万亩）以上的４０ 个小麦主栽品种遗传差异进行了初步探讨。结果表明,５５ 个随机引物中,有３２个引物（ 占５８－２％ ） 扩增产物具有多态性。３２ 个引物共扩增出１８５ 条带,其中９３ 条带（ 占５０％ ）具有多态性,每个引物可扩增出１ ～１１ 条多态性带,平均２－９ 条。４０ 个品种ＲＡＰＤ 标记遗传距离（ＧＤ） 变异为０－０１９ ～０－４７５ ,平均ＧＤ 值为０－２２１。聚类分析表明,在ＧＤ 值０－２３ 水平上,４０ 个品种可聚为５ 类。一些随机引物对有些品种能进行特异性扩增。引物ＯＰＮ１４ 对小麦１ＢＳ 扩增能产生特异性ＤＮＡ 片段,能完全鉴定出４０ 个供试品种中的９ 个１ＢＬ／１ＲＳ小麦－ 黑麦易位系品种。据此认为,ＲＡＰＤ标记可以作为小麦品种鉴定的指纹图谱。     

芥菜遗传多样性的RAPD分析

随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）是一种新的分子标记技术,利用ＲＡＰＤ标记对芥菜（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｊｕｎｃｅａ Ｃｏｓｓａ）１６个变种的遗传多样性进行了分析,从６０个１０ｂｐ随机引５物中筛选出２７个有效的,这２７个有效引物共扩增出３３６条ＤＮＡ带,其中２７５条为多态性带,占总数的８１．８５％,平均每个引物扩增出的ＤＮＡ带数为１２．４４,不同引物扩增出各自不同的ＤＮＡ指纹图谱,大部分图谱均有特征或特     

石斛种质资源遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对10种石斛种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行了分析。从100条10bp的RAPD引物中筛选获得17条多态性引物,对石斛属的10个种的基因组DNA进行扩增。共获得200条多态性带,平均每个引物产生11.8个多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0.356～0.676。根据RAPD标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,将石斛属的10个种区分开来,划分为4类。结果表明:RAPD标记技术较好地从分子水平上揭示石斛种质资源的遗传背景、亲缘关系。     

引物对油茶种质资源聚类分析结果的影响

应用RAPD技术对90个油茶无性系进行了研究,从中随机选取了12个无性系,探讨了引物数量、多态性比率和所用引物谱带丰富度对聚类分析结果的影响,结果表明:聚类分析准确度与引物数量、引物的谱带丰富度有关,多态性比率不是选用引物的主要标志。因此,在利用RAPD技术研究物种间遗传关系时,有必要保证一定数量的引物,且引物谱带要丰富。     

中华山蓼克隆的分子鉴定

采用ISSR分子标记对21个中华山蓼克隆进行了鉴定,结果表明:从100个ISSR引物中筛选出8个引物,对21个中华山蓼克隆进行DNA扩增,共扩增出84个清晰条带,其中44条具多态性,平均多态比率为52.4%。共扩增出73种条带类型,其中特异性条带类型为40种。综合分析这些条带类型,可知只要通过8个引物中的3个即可将所有的克隆鉴定出来,表明ISSR技术在分子水平上鉴定中华山蓼的克隆是一种行之有效的方法。