马铃薯品种资源遗传多样性的SSR分析

为了确定马铃薯品种间的亲缘关系远近,选配优良杂交组合提供分子水平上的依据,本实验利用SSR(简单重复序列)标记96个现有马铃薯材料。用20对引物对96个马铃薯材料的基因组DNA进行了扩增,筛选出8对多态性高、谱带清晰的引物。利用8对SSR引物对全部供试材料进行扩增及电泳检测,统计检测结果后用遗传多样性分析软件popgen32. exe分析得到有效等位基因数平均数(ne)为1.56,遗传多样性指数(h)的平均值为0.33,群体的总基因多样性均值为0.33,平均多态位点数量为80。通过用STG0021,STG0020,STG0015,S162,S182,S183,S189,S153总共8对引物对96份供试材料的SSR电泳检测和结果统计分析,用软件ntsys. exe进行聚类分析得到聚类图,由图可知在相似系数0.55处,所有供试材料被聚类为2大类,在相似系数0.66处,所有的材料被分为4类,有亲缘关系较近的3类和亲缘关系较远的1类。亲缘关系较近的3类从分子水平上表明供试材料遗传基础非常狭窄。     

基于SRAP分子标记的马铃薯品种遗传多样性分析

[目的]研究10个马铃薯品种之间的遗传差异性,了解其亲缘关系.[方法]利用SRAP分子标记技术,共计56对引物组合,对10份马铃薯的DNA进行遗传多样性分析,共筛选出10对背景干净、条带清晰、扩增条带丰富、重复性好的SRAP引物组合进行PCR扩增.[结果]扩增出的96条条带中多态性条带有36条,占比为37.50％.以阈值0.758作为标准,可将马铃薯分为四大类:地泰高原红土豆、云南乌洋芋、威芋3号、云斯特和转心乌;威芋7号和黔芋7号;云南七彩土豆;黑金刚和黑美人.[结论]选用SRAP分子标记技术能较好地区分供试品种之间的亲缘关系,且品种之间的遗传差异性较大,SRAP分子标记技术有助于马铃薯遗传资源的进一步挖掘和利用,对下一步马铃薯改良杂交材料的组配利用和新品种选育具有指导意义.     

加工型马铃薯实生群体的SSR鉴定与遗传多样性分析

【目的】对四倍体马铃薯F1群体杂种的真伪性进行SSR分子标记鉴定,并对群体与其亲本的遗传多样性进行分析,为加工型马铃薯新品种的选育、种质创新和遗传改良提供理论依据。【方法】将淀粉加工型马铃薯品种天薯10号与炸条加工型品种克新17号进行杂交,获得227份F1群体基因型(KT-1~KT-227)。采用轮筛法从70对马铃薯SSR引物中筛选扩增条带清晰、差异性较强、具有双亲特异条带的引物,利用筛选出的引物分析227份马铃薯杂交后代单株的杂种真伪性和遗传多样性,利用NTSYS-pc 2.1软件分析群体和亲本的遗传关系。【结果】共筛选出7对特异性引物,分别为S180、STI049、STI019、STI005、STI024、STG0016和STI007。7对引物相互补充鉴定出227份株(系)均为真杂种,真杂种率为100.0%。在引物STI019、STG0016、STI005、STI007的扩增结果中,分别有70,58,20和18份单株出现了双亲都没有的新条带,7对引物扩增结果中均出现不同数量单株亲本位点的缺失。供试材料间的相似系数为0.54~1.00,表明供试材料间遗传差异较大,遗传多样性比较丰富。UPGMA聚类分析结果表明,在相似系数为0.62时,基因型KT-150单独聚为第Ⅰ大类,占F1群体的0.44%;其余228份材料聚为第Ⅱ大类;在相似系数为0.67时,第Ⅱ大类又分为2类:第1类偏向父本克新17号,共74份株(系),占F1群体的32.60%;第2类共152份株(系),占66.96%。在相似性系数为0.69时,第Ⅱ大类第2类又分为2个亚类,第1亚类偏向母本天薯10号,共142份,占62.56%,表明F1群体表现为偏母遗传;第2亚类只有10个单株,占F1群体的4.41%。在相似性系数为0.73时,第Ⅱ大类第2类第1亚类又分为2个亚亚类,第1亚亚类67份株(系),第2亚亚类75份株(系)。【结论】KT-150、KT-95、KT-223、KT-97、KT-214、KT-227、KT-234、KT-119、KT-121、KT-205和KT-207这11份基因型与亲本及其他基因型之间相似性较小,重组变异率较高,有望进一步筛选出综合性状优良的加工型马铃薯株(系)。     

马铃薯品种遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对19份克新系列马铃薯品种进行了遗传多样性分析,用30对引物组合进行了初筛,选出7对有多态性的引物组合进行了详细研究。每对AFLP引物组合扩增出54￣90条带,共获得495条带,其中多态性条带为302条。AFLP分析表明19个材料的遗传距离介于0.2091￣0.7679之间,平均值为0.4811。聚类分析将19份材料划分为4类,其中第2类包括14个品种,占总数73.86%,表明多数品种亲缘关系较近,但有少数品种亲缘关系较远,说明克新系列马铃薯的遗传基础有所拓宽。研究表明:AFLP指纹分析技术具有很高的分辨率,适于进行马铃薯遗传多样性研究。     

四川省马铃薯主栽品种的遗传多样性分析

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用四川省现有及引进的马铃薯品系(种)42份,利用已发表的马铃薯SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从110对SSR引物中筛选出16对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,16对SSR引物共扩增出130个位点,其中多态性位点116,占总扩增位点的89.2%。利用NTSYS软件进行聚类分析,结果显示四川省栽培的马铃薯品种遗传多样性水平较低,品种间的遗传差异较小。     

中国马铃薯部分品种资源遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD方法分析120份中国马铃薯品种资源,获得了22条引物的扩增谱带,22条引物扩增出274条带,多态性条带为215条,多态性比率为78.5%。不同引物扩增的条带数在6～21之间,每条引物平均扩增出12.5条带,扩增条带数最多的是S126,多态性比率最高引物为S66。120份材料之间的遗传距离为0.04～0.81,平均值为0.38。聚类分析将120份材料分为五类。除Ns78-11-1以外,所有的新型栽培种资源与普通栽培种划分在不同的类中,有亲缘关系的材料大多聚在一类,品种的分类没有明显的地域特征,各育种单位育成的品种相互交织聚在一起。     

20份马铃薯品种(系)指纹图谱构建和遗传多样性分析

为明确马铃薯品种(系)的亲缘关系,研究马铃薯品种(系)遗传多样性,利用形态学鉴定和SSR分子标记鉴定,对20份马铃薯材料进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。形态学聚类结果表明,20份马铃薯材料在欧氏距离19.6处可分为3个类群,第Ⅰ类包括4份材料,第Ⅱ类包括2份材料,第Ⅲ类包括14份材料。SSR分子标记聚类结果表明,12对多态性丰富、条带清晰的引物,共扩增出91个标记位点,其中多态性位点有87个,多态性比率95.6%。每对SSR引物扩增得到多态性位点1～19个,平均7.3个。20份马铃薯材料间的遗传距离范围为0.148 1～0.655 2,平均遗传距离0.486 9,在遗传相似系数为0.51时可被分为3个类群,第Ⅰ类包括1份材料,第Ⅱ类包括8份材料,第Ⅲ类包括11份材料。选用引物STM1052和S25构建DNA指纹图谱,可对20份马铃薯材料进行区分。本试验可为马铃薯种质资源的利用、亲缘关系分析及品种鉴定提供理论依据。     

黑龙江省主栽马铃薯品种遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术,对黑龙江省34份马铃薯主栽品种遗传多样性进行分析。结果显示,从45对引物中筛选出20对引物能在34份马铃薯品种间扩增出较好多态性片段,共扩增出DNA条带170条,多态性条带84条,多态性比率为49.4%,每对引物平均可扩增出4.2条多态性条带。聚类分析表明,34份马铃薯品种间相似系数为0.514~0.903,平均相似系数为0.671;供试材料可分为3大类7亚类。研究表明,黑龙江省主栽马铃薯品种的遗传相似性较高,遗传多样性程度较低。     

基于SNP标记的粳型香稻品种品质性状差异及遗传多样性分析

对29份粳型香稻品种品质性状及遗传多样性进行分析,旨在了解供试材料品质特性及亲缘结构。结果表明,12个品质性状的变异系数在2. 5%～160. 5%之间,垩白粒率、垩白度的变异系数分别为142. 1%、160. 5%。根据SNP标记计算的品种间遗传相似系数在0. 456～0. 998之间,平均值为0. 675。供试材料在品质性状上分为3个差异明显的类群,在亲缘结构上形成亲缘关系不同的4个类群。本研究为香稻品种种质资源研究及品质性状改良提供依据。     

吉林省大豆品种（系）遗传多样性分析

为明确吉林省2003—2022年育成的大豆品种（系）的遗传距离和亲缘关系,选取2003—2022年育成的299份大豆品种（系）为试验材料,利用覆盖大豆基因组的SNP标记对其进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明：1）3 240个SNP标记在参试材料中共检测出A/A、A/G、A/T等16种基因型,分子标记多态信息量（PIC）范围为0.009 9~0.556 1,平均值0.318 4;使用Powermarker vision 3.25软件,得到样本群体等位基因频率为0.688 3、平均PIC为0.318 5。2）参试材料间遗传相似系数在44.86%~95.46%,平均为63.40%;其中,遗传相似系数在60%~70%的材料最多,样本数为170份,占参试材料的56.86%。3）根据遗传距离将参试材料划分为4个类群,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类群分别含有8、3、115、173份品种（系）;来源于同一育种单位的品种（系）一般划分到同一类群。4）进一步利用STRUCTURE进行遗传结构预测,结果显示K=4,表明参试的299份品种（系）可被划分成4组独立的遗传结构类群;第1、2、3、4遗传结构类群分别含有24、18、105、152份品种（系）,第1遗传结构类群含祖先遗传物质最多,第2、3、4遗传结构类群中外引遗传物质占比逐渐增多,第4遗传结构类群中外引遗传物质占比为46.80%。综上,参试大豆品种群体总的遗传背景相对狭窄,但随着外引遗传物质的引入,第4遗传结构类群（152份）的遗传多样性显著高于总体水平。     

Genetic Diversity Analysis of PVY Resistant Potato Varieties （Clones） by RAPD Markers

DNA fingerprints of 37 PVY resistant potato varieties (clones) were generated using PCR-based RAPD analysis. All 37 varieties were differentiated by banding patterns obtained from 17 primers that generated 164 polymorphisms. Similarity matrices were calculated with the simple matching coefficient. The genetic distance value among them was between 0.27 and 0.50, with average value being 0.35. The average link clustering algorithm was used to construct a dendrogram with Statistica. They were classified into three groups according to clustering results, and the results presented some geographic relationship. Dendrogram showed close genetic relationships between a number of varieties (clones) of similar pedigree. This study has shown that RAPD marker is a useful tool for potato variety identification, differentiation, and estimation of genetic relationships.     

基于SSR标记的粒用高粱资源遗传多样性及群体结构

为粒用高粱资源的科学利用和新品种选育提供参考,利用SSR分子标记对156份全国籽粒高粱进行全基因组基因分型。结果表明:33个SSR分子标记的扫描共获得186条多态性DNA条带。多态指数(PIC,polymorphism information content)值为0.01~0.73,平均值为0.45。材料间遗传相似系数GS(Genetic Similarity)变异范围为0.15~0.9,平均值为0.53。NJ(Neighbor Joining)聚类分析和主坐标分析(PCOA,Principal-Coordinates Analysis)将156份高粱资源划分为3个类群:类群I为来源于贵州、四川和云南的56份南方高粱;类群Ⅱ包含的48份全部是北方高粱,来源于辽宁、内蒙古、山西、北京和河北等地;类群Ⅲ包含52个南方和北方的高粱,来源于黑龙江、吉林、陕西、山东、湖北和云南等地。     

26份贵州省芥菜型油菜地方品种遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD标记,对26份贵州省芥菜型油菜地方品种的遗传多样性进行了分析.16条RAPD随机引物共扩增出148条带,其中85条带具有多态性,多态率达57%.通过UPMGA法建立了贵州省26份芥菜型油菜的亲缘关系聚类图,在遗传距离0.30740上,26份材料分为Ⅰ、Ⅱ两个类群,第1类群2个品种,第Ⅱ类群24个品种;在遗传距离0.90337上,第Ⅱ类群划分为3个亚簇ⅡA、ⅡB、ⅡC,亚簇ⅡA有1个品种,亚簇ⅡB有6个品种,亚簇ⅡC有17个品种.万山苦油菜和镇远苦油菜之间的遗传距离最小,为0.44168,亲缘关系最近.结果表明,贵州芥菜型油菜资源间差异明显,具有丰富的遗传多样性.     

基于SSR标记13个紫苏品种(系)的亲缘关系及遗传多样性

为紫苏种质资源利用提供参考,利用14对SSR引物对13个紫苏品种(系)提取的DNA进行PCR扩增,并对其亲缘关系进行鉴定与遗传多样性分析。结果表明:1)从13个紫苏品种(系)中共检测出51条清晰DNA条带,其中多态性条带47条,占92.16%。2)13个紫苏品种(系)的遗传距离为0.086~0.576,平均遗传距离为0.336;遗传相似性系数为0.424~0.914,平均遗传相似性系数为0.654。3)在遗传距离(SM)为0.59时,13个紫苏品种(系)可聚为2类群。类群Ⅰ为开阳紫苏(CK)1个品种(系),类群Ⅱ包括奇苏1~6号及其原种1~6号共12个品种(系)。在SM为0.67时,类群Ⅱ又可分为2部分,第1部分包括奇苏1号和奇苏6号及其原种1号和原种6号共4个品种(系);第2部分包含奇苏2~5号及其原种2~5号共8个品种(系)。在SM为0.80时,原种2号、原种3号和原种4号的亲缘关系最近,但经系选改良后,其亲缘关系已有一定距离。     

基于GBS技术的中华绒螯蟹的遗传特征分析

[目的]研究中华绒螯蟹经过多年的人工养殖、跨流域引种和增殖放流等活动可能会对其遗传特性造成的影响。[方法]基于下一代GBS测序技术,利用SNP标记对辽河家系、辽河野生、长江群体、海南群体、黄河群体进行遗传特征分析。[结果]经过条件为测序深度4×、Miss0.5、次要等位基因频率(MAF)0.05的过滤后,共获得652 746个高质量的SNP位点用于群体的遗传分析,各群体平均观测杂合度(Ho)为0.084 4~0.124 9,平均期望杂合度(He)为0.097 4~0.200 3,群体平均π值(Pi)为0.158 3~0.254 4,群体Fi的平均测量值(Fis)为0.054 2~0.238 43。两两群体间遗传分化指数Fst值结合系统发生树,可以看出,长江群体与海南群体的遗传距离较近,分化较小,表示海南的中华绒螯蟹苗种可能来自长江流域。[结论]该研究揭示了不同水系中华绒螯蟹的遗传差异,探讨了其遗传多样性水平,为中华绒鳌蟹资源的合理开发利用与保护提供理论依据。     

贵州省白菜型油菜的RAPD遗传多样性分析

为了解贵州地方油菜种质资源的遗传多样性,选取136份贵州省白菜型油菜,通过RAPD分子标记,进行遗传多样性分析.筛选了17个随机引物获得172个标记住点,其中106个位点具有多态性,多态率达61.6%.在遗传距离为0.94上,可以分为4个类群,从聚类结果看出:来源相同或相近地区的种质基本上能聚为一簇,但它们的亲缘关系与其产地的地理分布又并不是完全一致,可能是由于贵州特殊地理环境、人为因素等的影响.     

贵州辣椒地方品种分子遗传多样性分析

在辣椒基因组的75个SSR标记中选出多态性丰富的17个,用于检测48个贵州辣椒地方品种,按类平均法作聚类分析.在遗传距离0.51阈值处,将参试材料分为五类:第一类含3个品种;第二类只有1个品种;第三类为2个品种;第四类分为5个亚类,第一亚类6个材料,第二亚类9个材料,第三亚类15个材料,第四亚类9个材料,第五亚类2个材料;第五类只有1个品种.参试材料的7种果型分别归于不同的类或亚类中,表明聚类结果与果型有一定的关联,同果型材料问遗传差异较小,但少数同果型的材料分布在不同类群中,与其他同果型材料间有较大遗传差异.另外,17个标记平均可检测3.8个等位基因.平均多态信息量为0.6.平均标记索引系数为2.32,48个品种同的遗传距离在0～0.566,说明,贵州辣椒种质资源的遗传多样性相对较丰富,具有良好的应用前景.     

中国马铃薯疮痂病病原菌16S rDNA的遗传多样性分析

 【目的】利用16S rDNA序列对来自中国8个省（区）的34株马铃薯疮痂病菌和15株参比菌株进行系统发育分析。【方法】采用链霉菌通用引物对34株测试菌株的基因组进行16S rDNA序列扩增,测序后在GenBank中进行BLASTn比对,选取同源性较高的菌株构建系统发育树。【结果】34个测试菌株均为链霉菌属,其中Streptomyces scabies 12株、S. galilaeus 8株、S. bobili 6株、S. turgidiscabies 1株、S. acidiscabies 1株、S. diastatochromogenes 2株、S. setonii 1株、S. enissocaesilis 3株。其中S. galilaeus、S. bobili和S. enissocaesilis等种均为新发现的疮痂病病原。对各菌株的分布分析发现,山东省的疮痂病菌有4种,内蒙古自治区和陕西省有3种,四川省、河北省和山西省均有2种,黑龙江省为1种。【结论】中国马铃薯疮痂病菌存在明显的遗传多样性,且分布较为复杂。     

不同类型甘薯品种遗传多样性的ISSR分析

为了丰富甘薯育成品种的遗传背景,筛选优良亲本,对来自全国各地的37份不同类型（鲜食型,淀粉型和兼用型等）的甘薯品种进行遗传多样性分析,选取的品种在薯皮、薯肉颜色方面有较大差异,采用ISSR分子标记对其多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：100条引物中共筛选出19条ISSR多态性引物,共扩增出118条带,其中多态性条带115条,多态性位点频率为97.50%,供试甘薯品种的遗传距离介于0.04~0.36之间。台薯66和红东的遗传距离最近（0.04）,观赏型甘薯紫罗兰与花青素加工型徐紫薯8号聚为一类。花青素加工型与菜用型和水果型的遗传距离较远,分别为0.43和0.40,与观赏型遗传关系最近（0.08）;水果型与其他8种类型遗传距离较远,均大于0.30,而鲜食型与其他类型的遗传距离均较近。分析了不同类型甘薯品种的遗传关系,相对于形态学标记,ISSR能较好地区分37份甘薯种质资源,其聚类分析结果能更客观地反映不同甘薯类型之间的遗传关系,可为不同用途品种选育的亲本选配提供参考。     

鄂西地区青蒿遗传多样性研究

利用RAPD和ISSR分子标记技术对11份鄂西野生青蒿种质进行了遗传多样性研究.结果表明,筛选出的8条RAPD和8条ISSR引物分别产生86条和102条扩增带,其中多态性条带分别为53条和62条,分别占总数的61.63%和60.78%.用POPGENE对两种标记方法的遗传多样性进行计算.有效等位基因数分别为1.355 2和1.370 7,基因多样性为0.2110和0.214 3,Shannon信息指数为0.318 8和0.321 6.以Nei氏遗传距离矩阵按UPGMA方法聚类分析RAPD和ISSR标记的遗传距离分别为0.035 5～0.411 3和0.142 3～0.401 1,平均值各为0.228 8和0.233 8,表明青蒿种质具有比较丰富的遗传变异,同时也说明,尽管Mantel相关性检测两种标记方法相关性较低(r=0.543 9,P0..05).但都可以有效地揭示青蒿种质的遗传多样性状况.