苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析

 【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314（33.48%）条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093～0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。     

中日韩三国薏苡种质资源遗传多样性研究

将来自中国、日本和韩国的77份薏苡材料在广西南宁集中种植,依照国际植物遗传资源研究所(IPGR I)提供的农艺性状鉴定方法来进行田间观察鉴定和数据采集,对其遗传多样性进行比较分析。研究结果显示,三国薏苡种质在株高、叶面积、有效分蘖数、主茎直径等形态特征和生育特性上有着明显差异;日本和韩国的薏苡生长情况较差,明显不适应在我国南方生长,在生产上直接应用意义不大。研究结果可为薏苡的起源进化、遗传育种以及野生薏苡遗传资源的保护与可持续利用等深入研究提供理论依据。     

AFLP在植物种质资源鉴定与遗传多样性分析中的应用

AFLP分子标记技术具有重复性好、稳定性强、灵敏度高、多态性好的特点,广泛用于遗传图谱构建、基因定位、辅助育种及种质资源鉴定和遗传多样性分析。本文阐述了AFLP在粮油作物、蔬菜、水果、花卉及濒危作物种质资源鉴定和遗传多样性分析中的应用,以期为育种及资源保护提供理论基础及技术支持。     

杭白芷种质资源遗传多样性的AFLP分析

通过对50份杭白芷种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。采用扩增片段长度多态性 （AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选出12对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS PC软件计算并分析了杭白芷种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果表明,50份杭白芷种质间,相似度均超过70%,总体上亲缘关系都比较接近,相对而言,ZYS002039和ZYS002045种质,与其他种质的遗传背景差异较大。     

马蔺种质资源AFLP标记遗传多样性分析

利用AFLP技术,选择EcoRⅠ/MesⅠ这一酶切组合,应用18对EcoRⅠ 3/MesⅠ 3引物组合进行选择性扩增,检测10个马蔺种群的基因组DNA多态性.共扩增出1 164个遗传位点,其中752个多态位点,多态率为65.11%.并通过Jaccard的方法将电泳带矩阵转化为遗传相似性系数矩阵,进行UPGMA聚类分析.结果表明,当取阈值为0.74时,可以将10个种群分为4大类群.长春马蔺与其他种源的亲缘关系较远,单独聚为一类;宁夏固原、甘肃民勤、武威、北京、山东泰山5个种群亲缘关系较近,聚为一类;内蒙古太仆寺和西乌旗、新疆乌鲁木齐聚为一类;河北涿洲马蔺种群单独聚为一类.马蔺群体间的亲缘关系远近与其所处的地理位置有很大的关系,尤其与纬度因子的关系十分密切.     

利用AFLP分子标记分析夏枯草种质资源遗传多样性

通过对8份夏枯草种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性.利用扩增片段长度多态性 (AFLP)标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析夏枯草种质间的相似度,构建遗传系统进化树.结果显示:(1) SDS法提取的夏枯草基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;(2) 从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;(3)构建夏枯草AFLP 指纹图谱,将8个夏枯草种质全部区分开来;(4)通过构建进化树,把8个种质分成3类.夏枯草种质资源有丰富的遗传多样性,某些形态特征差异和基因型存在相关性.     

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V. 2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA（unweighted pair group method analysis）聚类分析和PCA（principal component analysis）主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484-0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群（A、B、C、D、E、F、G、H和I）。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。     

柚类种质资源AFLP与SSR遗传多样性分析

 结合SSR引物和AFLP分子标记对110份柚类基因型、12份野生近缘种进行遗传多样性研究。结果表明，SSR标记的335个位点中99.1%为多态性位点，每个位点可检测到9.85个等位基因，基因多样度 （GD）变幅为0.1939～0.9073，获得了46个特异性SSR标记；AFLP标记的343个位点中72%为多态性位点，3对引物平均期望杂合度变幅为0.21863～0.28445,平均每对引物组合能产生82个多态位点，获得了44个AFLP特异性标记。UPGMA聚类结果显示，122份基因型在相似系数0.61时，分成8个组群，其中柚类主要由沙田柚品种群、文旦品种群与庞大的杂种柚品种群组成。分类结果将有利于更好地利用这些丰富的育种资源。     

新疆核桃种质资源遗传多样性AFLP分析

用AFLP技术对取自新疆温宿、巩留、和田、若羌、叶城、库车、阿拉尔的122份核桃种质材料进行了遗传多样性和亲缘关系的分析,筛选出7对多态性引物对122份核桃种质材料进行选择性扩增,共获得21989条扩增带,其中8810条具有多态性,平均多态检出率为40．1％。根据AFLP标记的结果,用DPS统计软件分析了核桃种质间的遗传相似系数、遗传距离,并对分析结果进行UPGMA聚类,聚类结果将122份核桃种质材料分为两大类群。第一类群被分为5个亚类,“温81”单独成一个亚类;第二类群被分成2个亚类,叶城的“千年核桃王”和阿拉尔的“阿7”独立成亚类;122份材料的遗传距离变幅在0．12000—0．93103之间。聚类结果很好地将栽培种质和古老种质分开,表明新疆不同地区的核桃种质间存在明显的遗传多样性。还揭示了“温8１”、“温179”等优良栽培种质及南疆一些古老核桃种质的遗传基础。     

大白菜种质资源遗传多样性分析

以41份大白菜核心自交系为试验材料,利用AFLP标记方法检测其遗传多样性水平,结果表明,12对引物组合多态性条带在4～26之间,平均多态率为45.75%。自交系间遗传距离在0.127～0.732之间,平均遗传距离为0.401。对4种生态类型的大白菜自交系进行组内多态性分析发现,平头型大白菜遗传多样性最为丰富,直筒型、卵圆型次之,短筒型遗传多样性最为狭窄。聚类分析表明,供试材料在低的自展值下被分为2个类群,但2个类群的划分不能完全反映大白菜的生态类型和形态特征。特殊配合力强、杂交优势明显的自交系间遗传距离相对较远,分别聚类在不同的类群中。研究结果明确了山西现有大白菜种质资源的遗传背景,对于有效发掘和利用山西省大白菜种质资源、杂种优势预测、亲本选配、育种水平提高具有重要的理论和实践意义。     

基于SRAP和ISSR标记的薄荷种质资源遗传 多样性及亲缘关系分析

[目的]研究薄荷种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为薄荷地方种质资源的收集、保护及材料创新提供参考.[方法]结合SRAP和ISSR标记对48份不同来源薄荷种质材料的DNA进行多态性扩增,并根据扩增图谱进行遗传多样性及聚类分析.[结果]利用筛选的20对SRAP和ISSR引物从48份薄荷种质材料分别扩增出187和183条条带,多态性比率分别为97.33%和97.27%.48份薄荷种质材料的平均Nei's遗传多样性指数(H')为0.1672,平均Shannon's信息指数(I)为0.2762,说明供试薄荷种质材料的遗传多样性较丰富.聚类分析结果显示,48份薄荷种质材料可分为五大类,其中I类又可分为5个亚类,该聚类结果主要由品种差异决定,受地域影响较小;在遗传相似系数为0.76处可将33份贵州薄荷资源分为四大类.不同来源的薄荷群体遗传多样性排序为引进群体>贵州群体>重庆群体>云南群体,贵州群体与引进群体遗传距离最大,与云南群体和重庆群体遗传距离较小,说明贵州群体、云南群体和重庆群体亲缘关系较近.[结论]SRAP和ISSR标记对薄荷种质材料的多态性检出率较高.薄荷属种间具有丰富的遗传多样性,但种内遗传变异较小.贵州薄荷种质材料的遗传基础较引进材料狭窄,与云南和重庆的薄荷种质材料遗传背景较近.     

广西薏苡种质资源考察报告

广西是中国薏苡的生产区。文章报道了2002-2007年广西薏苡种质资源的考察结果,首次全面弄清广西薏苡种质资源的地理分布现状、濒危状况及成因。同时针对广西薏苡资源保存研究、开发利用滞后的现状,提出了建立原位保护系统、加强异位保存研究、强化资源鉴定评价以及加大科技研发力度等对策,以促进广西薏苡资源的可持续开发与利用。     

薏苡遗传育种研究进展

我国现有薏苡品种普遍存在产量低、易倒伏、晚熟、抗病虫性弱等问题,缺乏优质薏苡新品种,严重制约了薏苡生产的发展。因此,从薏苡种质资源、杂交育种、组织培养及倍性育种、人工诱变育种4个方面,综述了近年来薏苡遗传育种的研究现状和进展。针对当前育种存在的问题,应以种质资源为基础,结合常规育种、现代生物技术育种,建立一套完整的选育体系。     

结球白菜种质遗传多样性和亲缘关系的AFLP分析

利用AFLP标记和UPGMA聚类分析,对76份结球白菜品种自交系及不结球白菜上海青和日本水菜千筋菜共78份材料的亲缘关系进行分析.从64个AFLP引物组合中筛选出8对多态性好、条带清晰的引物组合对78份材料的基因组DNA进行扩增,共检测到301个谱带,平均每个引物扩增出37.6个条带,其中存在多态性的条带数为273.结果显示,78份材料之间的遗传相似系数(GS)的变化范围为0.63～0.98;其中76份结球白菜的GS为0.72～0.98,千筋菜与上海青的GS为0.74;取相似系数0.80,可将78份自交系分成8个类群,第一至第六类群均为结球白菜,第七类群为千筋菜,第八类群为不结球白菜上海青.结球白菜类群的划分与传统上按叶球类型的划分结果具有一定的相似性.     

基于SRAP分子标记的油梨种质资源遗传多样性分析

【目的】基于SRAP分子标记分析油梨种质资源的遗传多样性,为油梨种质资源新品种选育及创新利用提供理论依据。【方法】以50份油梨种质为材料,从184对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰且多态性较好的引物组合,利用其对油梨种质材料进行PCR扩增,基于扩增结果,利用PopGene 1.32计算遗传多样性指数;利用NTSYS 2.1的UPGMA （非加权组平均法）计算遗传相似系数,并进行聚类分析。【结果】从184对SRAP引物组合中筛选出17对扩增条带清晰且多态性较好的引物,利用该17对引物对50份供试油梨种质材料进行PCR扩增,共扩增出322条条带,其中多态性条带有206个,平均每条引物扩增出12.12条,多态比率为63.75%。50份油梨种质材料的观测等位基因数（N_a）为1.0844~1.4034,平均为1.2493;有效等位基因数（N_e）为1.0067~1.6028,平均为1.3390;Nei’s遗传多样性指数（H）为0.0642~0.1466,平均为0.1439;Shannon’s信息指数（I）为0.0634~0.1759,平均为0.1308。大岭2号与油梨种质4号的遗传一致度最高（0.9237）,遗传相似系数最大（0.92）,同时二者之间的遗传距离最小（0.1365）,表明大岭2号与油梨种质4号种质间的亲缘关系最近。油梨种质5号与Fuerte间的遗传一致度相对最小（0.3765）,且二者间的遗传距离最大（0.8253）,说明油梨种质5号和Fuerte的亲缘关系相对最远。在遗传相似系数0.48处,50份油梨种质被分为四大类群,海南白沙油梨种质集中在第Ⅲ类群,海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质在第Ⅰ、Ⅱ和Ⅳ类群中均有分布,表明海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质的遗传多样性均较丰富。【结论】海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质的遗传多样性相对较丰富,可为油梨亲本选配和育种等方面的创新利用提供材料基础。     

利用SSR分子标记研究苦瓜资源的遗传多样性

[目的]研究苦瓜育种资源的亲缘关系和遗传多样性,为苦瓜品种的创新和选育提供理论依据.[方法]利用16对SSR引物、SSR分子标记技术对50个苦瓜基因组进行遗传多样性和聚类分析.[结果]16对苦瓜SSR引物共扩增出90条等位基因,多态性位点百分率P、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、Shannon-Wiener指数(H’)、多态信息含量(PIC)和遗传相似系数的均值分别为:97.78%、0.853、7.728、2.087、0.834和0.706.UPGMA聚类分析可将50份苦瓜聚为6大类,第2类包括18份材料、2个亚类组成的遗传多样性,是最为丰富、数量最大的一个群体,包含了3种类型的苦瓜.[结论]50份苦瓜材料的基因组遗传较为复杂,遗传信息较为丰富,采用定向连续性选育对苦瓜性状的累积具有重要作用.     

浙江省大豆种质资源遗传多样性分析

利用47个SSR位点对52份浙江省大豆种质资源进行遗传多样性分析,共检测到411个等位变异,等位变异数变化范围为3～21个,平均每个位点等位变异数为8.75个;每个SSR 的Simpson指数的分布范围为0.5506～0.9357,平均值为0.8061;Shannon-weaver指数分布范围为0.9083～2.8440,平均值为1.8386;材料的成对相似系数变化范围为0.5547～0.8589,总体平均值为0.6775。在聚类分析中,以相似系数为0.666为划分标准,将52份材料分为三大类,第Ⅰ类包括20份材料,以杭嘉湖、台州、丽水等地区的材料为主;第Ⅱ类包括24份材料,以绍兴、金华、衢州、丽水地区材料为主;第Ⅲ类包括8份材料,以金华、衢州地区的材料为主,SSR聚类结果与材料的地理来源和生态型没有明显的相关性,而与株高、生长习性有一定的相关性。     

25份普通烟草种质资源遗传多样性的SSR标记分析

利用14对多态明显、条带清晰的烟草SSR引物,对25份烟草种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析.在14个SSR位点上,共检测到97个等位基因,平均每对引物等位基因数为6.9个.引物的多态信息量(PIC)值为0.53-0.815,鉴别能力良好.25份烟草种质间的遗传相似系数(GS)为0.701-0.959,平均值为0.787.聚类分析表明,25份普通烟草种质间的遗传差异与其品种特性、调制类型、地理来源的差异没有必然联系,但能较好地反映烟草种质间亲缘关系的远近.