Mapping of Quantitative Trait Loci Affecting Eggshell Quality in an F2 Population Derived from Strong and Weak Eggshell Lines of the White Leghorn Chicken Breed

Broken and cracked eggshells cause major economic losses to the egg production industry. An F2 population of 262 hens obtained by crossing a strong egg shell line with a weak egg shell line of the White Leghorn breed was used for detecting the quantitative trait loci （QTL） affecting eggshell quality. The 2 lines were developed from the same founder population by two-way selection for egg shell strength with nondestructive deformation. Of the 1 014 microsatellite markers tested, 35 were mapped on 10 autosomal linkage groups. There was no informative marker on chromosome Z. The QTLs associated with 7 traits, i.e., body weight, short length of egg, long length of egg, eggshell strength, eggshell thickness （EST）, eggshell weight （ESW）, and egg weight （EW）, were identified. Highly significant （P〈0.01） QTLs associated with EST and ESW and a significant （P〈 0.05） QTL associated with EW were mapped to a region flanking ABR0545 and ABR0362 on chromosome 9. These QTLs are good candidates to be employed in the development of strategies for reducing the number of broken and cracked eggs in commercial layer houses by employing marker assisted selection.     

龙岩山麻鸭蛋品质性状的全基因组关联研究

【目的】通过全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)技术筛选和鉴定鸭蛋品质性状的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及候选基因,为龙岩山麻鸭蛋品质性状分子育种提供参考。【方法】试验测定产蛋后期235只龙岩山麻鸭母鸭蛋品质性状,包括蛋重(egg weight,EW)、蛋形指数(egg shaped index,ESI)、蛋壳厚(eggshell thickness,EST)、蛋壳强度(eggshell strength,ESS)、蛋壳颜色L*、a*、b*值(eggshell colour L*,a*,b*,ESCL、ESCA和ESCB)、蛋白高度(albumin height,AH)、哈氏单位(Haugh unit,HU)、蛋黄颜色(egg yolk colour,EYC)、蛋黄重(egg yolk weight,EYW)和蛋黄比例(egg yolk percentage relative to egg weight,EYP)。使用ASReml-R 4.1软件多性状动物模型对蛋品质性...     

蛋鸡周龄对褐壳蛋蛋壳品质的影响

为了了解蛋鸡周龄对褐壳蛋鸡蛋壳品质的影响,以同一批次90只新杨褐蛋鸡为对象,从20周龄开始,每4周集蛋一次分析蛋品质。结果表明:随周龄的增加,蛋壳颜色逐渐变浅且变异程度较大;蛋重及其各部分重量逐渐增加;蛋壳重占蛋重的比例下降;蛋壳厚度和蛋壳强度显著下降。蛋鸡周龄对蛋壳品质有显著的影响。     

利用2个相关群体定位和比较水稻株高与抽穗期QTL

利用一个共同亲本构建的2个重组自交系群体对控制水稻株高和抽穗期进行基因定位和比较分析。结果表明:2个群体共定位到11个控制抽穗期的数量性状位点(QTLs)和11个株高QTLs。控制抽穗期的主效QTL在珍汕97/南洋占群体内位于第7染色体RM500-RM445标记之间;在珍汕97/德陇208群体内定位于第7染色体RMRG4499-RM445标记之间。而控制株高的主效QTL在2个群体中分别定位于第1染色体RM472-RM104之间和第7染色体MRG4499-RM445之间。比较定位结果发现,抽穗期主效QTL在2个群体内都被定位于第7染色体中部位置并且有共同标记RM445,很有可能是同一个基因。说明抽穗期是由主效QTL控制的数量性状,遗传稳定。株高主效QTL在珍汕97/南洋占群体内被定位于第1染色体接近末端标记RM104附近。在珍汕97/德陇208群体内则定位于第7染色体,与该群体控制抽穗期QTL共享RM445标记。     

家蚕全茧量及重要相关经济性状的多重区间作图分析

 利用家蚕品系C100和大造的回交一代BC1群体，用WinQTLCart2.0软件对家蚕全茧量、茧层量、茧层率和蛹体重等4个重要经济性状在分子连锁图的基础上进行了多重区间作图分析。共检测到40个QTL，分布于21个连锁群，其中全茧量、茧层量、茧层率和蛹体重的QTL中，贡献率超过20%的主效QTL数分别为2、2、3、2个，贡献率超过30%的主效QTL有4个，分别是控制全茧量的qCW-19、茧层量的qSW-2、茧层率的qCSR-4和蛹体重的qPW-23。相关显著的经济性状的QTL具有集中分布的特点，并且检测到的QTL均与其单侧标记紧密连锁，利用紧密连锁的分子标记将不同的增效QTL进行聚合，为优质高产家蚕新品种的选育打下基础。     

红原鸡基因组序列中两段染色体未知序列的连锁定位

利用来杭鸡的蛋壳强系和弱系的F2代进行蛋壳强度相关QTL分析时，绘制了相应的连锁图谱。经过连锁分析，发现微卫星标记ABR362和ABR424分别与染色体已知的标记相连锁，分别位于1号和9号染色体。而在已经公布的红原鸡基因组序列中，这2个标记的PCR产物序列染色体尚未定位。通过连锁关系分析，这2段序列也分别定位于红原鸡1号和9号染色体上。     

小麦重要品质性状的QTL定位

【目的】发掘重要性状的QTL及其分子标记进行小麦品质分子改良。【方法】采用PH82-2/内乡188杂交后代240个F5:6家系,按照Latinized α-lattice设计,2004～2005年度分别种植在河南焦作、安阳和山东泰安。对籽粒蛋白质含量、Zeleny沉降值、和面时间、8分钟带宽、峰值粘度和稀懈值进行测定,利用188个SSR标记和4个蛋白标记构建遗传连锁图谱,采用复合区间作图法（CIM）对上述6个品质性状进行QTL定位。【结果】 籽粒蛋白质含量检测出3个QTL,分布在3A、3B染色体上。在1B、1D和3B染色体上检测到3个控制Zeleny沉降值的QTL,其中位于1B和1D染色体上的QTL在3个地点均检测到,可解释5.5％～17.6％表型变异。发现3个控制和面时间的QTL,分布在1B和1D染色体上,在3个地点均能检测到,贡献率为7.9％～55.3％;检测出8分钟带宽的QTL 5个,其中1B和1D染色体上的QTL在3种环境下均能检测到,贡献率为11.7%～33.9%。发现峰值粘度QTL 4个,分布在1A、1B、3A和7B染色体上;检测出稀懈值QTL 5个,位于1B、4A、5B、6B和7A染色体上。1B染色体上存在同时控制Zeleny沉降值、和面时间、8分钟带宽、峰值粘度和稀懈值的QTL,与最近标记Glu-B3j连锁距离为0.1～0.8cM,说明1BL/1RS易位对这些性状有重要影响;1D染色体上存在同时控制Zeleny沉降值、和面时间和8分钟带宽的QTL,与最近的标记Dx5+Dy10连锁距离为2.5～3.3cM,表明Dx5+Dy10高分子量谷蛋白亚基对这3个性状影响很大。和面时间和8分钟带宽位于1B和1D染色体的QTL以及稀懈值位于1B染色体上的QTL在3个地点均能检测到,具有环境稳定性。【结论】本研究定位的品质性状的标记可作为小麦品质分子育种的工具。     

琅琊鸡及其配套系蛋壳质量、钙代谢生化指标和钙结合蛋白CaBP-D28k mRNA表达的比较

【目的】探讨影响琅琊鸡及其配套系蛋壳质量和钙代谢的差异因素,为琅琊鸡品种资源保护及开发提供理论依据。【方法】选取240日龄琅琊鸡及其浅麻羽色、深麻羽色配套系各180只,各品系随机分为6个重复,每个重复30只,在相同饲养条件下饲养至300日龄时各重复随机收集鸡蛋30枚,各重复随机选取6只,翅下静脉采集血样、屠宰后收集左腿胫骨及十二指肠、蛋壳腺、肾脏等组织样,用于检测蛋壳质量、钙、磷相关指标及钙结合蛋白CaBP-D28k mRNA的表达量。【结果】浅麻羽色配套系的蛋重显著低于深麻羽色配套系(P<0.05),而蛋壳重低于其他品系(P>0.05);另外,蛋壳厚度和蛋壳比率显著高于深麻羽色配套系(P<0.05),蛋壳强度显著高于其他品系(P<0.05);浅麻羽色配套系的蛋黄、蛋壳、胫骨中钙含量显著高于深麻羽色配套系(P<0.05),蛋壳、胫骨中磷含量显著高于其他品系(P<0.05);蛋壳中灰分含量浅麻羽色配套系最高,其次为琅琊鸡、深麻羽色配套系,而胫骨中灰分含量和胫骨重浅麻羽色配套系最高,其次为琅琊鸡、深麻羽色配套系,品系间均差异显著(P<0.05);浅...     

QTL Mapping for Drought Tolerance at Stages of Germination and Seedling in Wheat (Triticum aestivum L.)Using a DH Population

Drought is a major constraint in many wheat(Triticum aestivum L.) production regions. Quantitative trait loci (QTLs) conditioning drought tolerance at stages of germination and seedling in wheat were identified in a double haploid (DH) population derived from the cross, Hanxuan10×Lumai14, using amplified fragment length polymorphism (AFLP) and simple sequence repeat (SSR) markers. Interval mapping analysis revealed that QTLs for drought tolerance at germination stage were located on chromosomes 1B, 2B, 5A, 6B, 7A and 7B, respectively, and the most effective QTL was mapped on chromosome 2B, explaining 27.2% of phenotypic variance. The QTLs for drought tolerance at seedling stage were located on 1B, 3B and 7B, respectively, and the most effective QTL was mapped on chromosome 3B, explaining 21.6% of phenotypic variance. Their positions were different from those of QTLs conferring drought tolerance at germination stage, indicating that drought tolerance at germination stage and seedling stage was controlled by different loci. Most of the identified QTLs explained 18% or more of phenotypic variance for drought tolerance at germination and seedling stage, and would be useful in future for marker assisted selection programs and cultivar improvement.     

Eggshell 49对蛋鸡蛋壳质量的影响

将 4 0 0羽 5 9周龄海兰褐壳蛋鸡随机分成实验组和对照组 ,每组 2 0 0羽 .实验组在千克基础日粮中添加Eggshell 4 91g,试验持续 70 d.结果表明 :实验组的不合格蛋率比对照组下降 1.3% ;实验组的蛋质量 (蛋壳厚度、蛋壳强度、哈氏单位、蛋密度 )、血 Zn、血 Mn和碱性磷酸酶活性均显著高于对照组 (p <0 .0 5 ) ;蛋的受精率、孵化率及血 Ca、血 P、蛋壳成分 (Ca、P、Zn、Mn)及蛋重 ,两组无显著差异 (p>0 .0 5 ) ;蛋壳结构电镜观察表明实验组蛋壳乳突较小、大小一致 ,乳突与壳膜连结紧密 ,壳膜纤维交织密度高 ,而对照组蛋壳乳突较大、大小不一致 ,乳突与壳膜连接不紧密 ,壳膜纤维交织密度稀 .可见 ,在产蛋后期日粮中添加具有生物活性的 Zn、Mn可显著提高蛋壳的质量     

利用重组自交系群体定位水稻品质相关性状的QTL

以川香29B和中国香稻构建的重组自交系群体为材料,通过建立144个SSR标记连锁遗传图谱,采用复合区间作图法对水稻外观品质和蒸煮食味品质的相关性状进行了数量性状基因定位。共检测到了45个与水稻粒长、粒宽、长宽比、垩白率、直链淀粉含量、糊化温度相关的QTL,分布在水稻的第1、2、3、4、6、7、9、10、12染色体上,其中有9个QTL的效应被重复检测到。     

浙江省主要蛋鸭品种蛋品质测定和遗传力估计

测定了浙江省2个地方鸭品种共6个品系各50个蛋的蛋形指数、蛋壳强度、蛋壳厚度、蛋比重、哈氏单位、蛋白高度、蛋黄重和蛋黄比率等8项蛋品质指标,进行了品种和品系间的多重比较和各性状的遗传力估计。结果表明：品种间比较显示,绍兴鸭的蛋壳质量显著高于缙云麻鸭,缙云麻鸭蛋白和蛋黄品质优于绍兴鸭;品系间比较显示,绍兴鸭带圈白翼梢系和绍兴鸭青壳系蛋壳质量最好,优于其他品系,缙云麻鸭3个品系的蛋白和蛋黄品质差异较小;蛋品质各性状的遗传力估计结果显示蛋比重和蛋壳厚度遗传力较高,分别为0.72和0.47,而哈氏单位性状最低（0.06）。结果提示,浙江省2个地方鸭种的蛋比重和蛋壳厚度两项指标可通过遗传选育进行改良,而蛋白高度、蛋黄比率和哈氏单位应通过环境控制来提高。     

百宜黑鸡蛋壳质量性状分析

试验对4世代纯繁的百宜黑鸡2 d内生产的101枚蛋进行蛋的钝端、中间和锐端蛋壳厚度,蛋壳占蛋重的比率,蛋壳颜色等5项指标进行了测定.结果表明:大多数百宜黑鸡蛋锐端蛋壳厚度比钝端和中间厚;平均蛋壳厚度0.324 mm,蛋壳重占总蛋重的比例平均为11.44%;浅褐色蛋壳颜色占78.22%.     

控制水稻种子休眠和抽穗期的数量基因位点

以Nipponbare（japonica）／Kasalath（indica）／／Nipponbare BC1F10的98个家系为材料,连续2年进行了水稻种子休眠和抽穗期基因的定位分析。用WinQTLCart 1．13a软件从全基因组角度检测了休眠性数量性状基因位点（QTLs）。检测结果显示,2003年分别在第5、6和7染色体上,2004年则分别在第4、5、7和11染色体上检测到控制种子休眠性的QTLs位点;贡献率分别介于8．91％-11．09％和8．70％-11．80％。表明第7染色体上位于标记R1357～R1245之间的种子休眠性QTL位点是一个在年度之间稳定表达的控制种子休眠性的基因位点。抽穗期的QTL定位分析表明,4个控制抽穗期的基因位点能在不同年份稳定表达,其他位点受年度间的环境条件影响较大。此外,除第6染色体R2171-R2123间的位点延长抽穗期的基因效应来源于亲本Nipponbare外,其余稳定表达位点的延长抽穗期的基因效应皆来自亲本Kasalath。分析表明,种子休眠与抽穗期没有直接关系,它们分别为不同的基因所控制。     

水稻第6染色体短臂产量性状QTL簇的分解

【目的】将水稻第6染色体短臂上产量性状QTL分解到更小的区间中。【方法】从珍汕97B/密阳46重组自交系群体筛选到针对第6染色体短臂RM587-RM19784区间的剩余杂合体,衍生了一个由221个株系组成的F2:3群体,种植于海南和浙江两地,考察每株穗数、每穗实粒数、每穗总粒数、千粒重、结实率和单株产量,建立SSR标记连锁图,应用Windows QTL Cartographer 2.5检测QTL。【结果】在所分析的6个性状中,除穗数外在第6染色体短臂上的目标区间均检测到QTL,分别座落于目标区域中3个以上的不同区间中,单个QTL对群体性状表型变异的贡献率为6.3%～35.2%;控制产量构成因子的QTL基本以加性作用为主,但3个单株产量QTL的显性度分别为1.65、0.84和0.42。【结论】目标区间存在3个以上的产量性状QTL,且同一区间控制不同性状的QTL、不同区间控制同一个性状的QTL在遗传作用模式、效应方向和效应大小上存在一定差异。     

Identification of QTLs Related to Bolting in Brassica rapa ssp. pekinensis(syn. Brassica campestris ssp. pekinensis)

A genetic linkage map of Brassica rapa ssp. pekinensis was constructed with 186 AFLP (amplified fragment length polymorphism) markers by using a doubled-haploid (DH) population with 183 individuals. The individuals were derived from F1 which was developed by crossing a bolting resistant DH line Y-177-12 and an easy bolting DH line Y195-93a.AFLPs were generated by the use of restriction enzymes EcoR Ⅰ and Mse Ⅰ. The segregation of each marker and linkage was analyzed by using JoinMap version 3.0. Mapped markers were aligned in ten linkage groups which covered 887.8 cM with an average marker interval of 4.47 cM. Markers showing skewed segregation ratio were clustered in six LGs.Quantitative trait loci (QTL) were mapped for bolting resistance by using MAPQTL 4.0 package. Four QTLs explaining from 7.0 to 9.4% of the total variation were detected, all of them increase bolting resistance. These mapped QTLs could be used to develop a marker assisted selection programme for bolting resistance breeding.     

Dissection of QTLs for Yield Traits on the Short Arm of Rice Chromosome 6

This study was undertaken to dissect quantitative trait loci （QTLs） controlling yield traits on the short arm of rice chromosome 6. A residual heterozygous line that carries a heterozygous segment extending from RM587 to RM19784 on the short arm of rice chromosome 6 was selected from an F7 population of the indica rice cross Zhenshan 97B/Milyang 46. An F2：3 population consisting of 221 lines was derived and grown in two trial sites. Six yield traits including number of panicles per plant, number of filled grains per panicle, total number of spikelets per panicle, spikelet fertility, 1 000-grain weight, and grain yield per plant were measured. An SSR marker linkage map was constructed and employed to determine QTLs for yield traits with Windows QTL Cartographer 2.5. QTLs were detected in the target interval for all the traits analyzed except NP, with phenotypic variance explained by a single QTL ranging between 6.3% and 35.2%. Most of the QTLs for yield components acted as additive QTLs, while the three QTLs for grain yield had dominance degrees of 1.65, 0.84, and -0.42, respectively. It was indicated that three or more QTLs for yield traits were located in the target region. The genetic action mode, the direction of the QTL effect, and the magnitude of the QTL effect varied among different QTLs for a given trait, and among QTLs for different traits that were located in the same interval.     

基于水稻染色体片段代换系的苗期耐低氮QTL分析

【目的】通过定位与水稻Oryza sativa耐低氮相关的数量性状位点(QTL),为今后相关基因的精细定位、克隆以及功能研究奠定基础,也为耐低氮水稻品种的培育提供理论参考。【方法】以Koshihikari (受体)和Nona Bokra(供体)为亲本构建的全基因组单片段代换系作为研究材料,在水稻苗期进行低氮胁迫处理,对水稻株高、根长、根鲜质量、根干质量、茎叶鲜质量、茎叶干质量、总鲜质量、总干质量共8个表型进行相对损失比分析和QTL定位。【结果】定位到2个与水稻低氮胁迫耐受相关的位点,分别是qRL1-1和qRFW2-1,这2个QTL位点分别在低氮胁迫下控制水稻根长和根鲜质量。其中,qRL1-1定位于1号染色体M1-29标记附近,LOD值为2.89,可解释的表型变异为11.23%;qRFW2-1定位于2号染色体M2-225标记附近,LOD值为2.53,可解释的表型变异为9.90%。其他6个表型未检测到相关位点。【结论】初步定位了与低氮胁迫下控制水稻根长、根鲜质量相关基因,为进一步的基因精细定位奠定基础。     

利用高代回交导入系定位水、旱条件下影响水稻根系及产量的QTL

 严重的水资源危机使得水稻耐旱性的遗传与育种研究成为当今的研究热点之一。【目的】鉴定与水稻耐旱性直接相关的根系性状QTL,为通过根系性状QTL的标记辅助选择培育耐旱水稻品种提供标记信息。【方法】以从供体Lemont（粳稻）导入到特青（籼稻）背景的254个高代回交导入系中筛选出覆盖供体全基因组的55个回交导入系为材料,采用PVC管栽培,定位了灌溉（对照）与干旱（胁迫）条件下影响根系及产量性状的QTL以及胁迫与对照间性状差值的QTL。【结果】共检测到25个影响根长（RL）、根数（RN）、根重（RW）和单株粒籽产量（GY）的主效QTL,根据在不同环境下的表达情况,将其分为3类,第1类4个,在两种环境下均被检测到;第2类12个,只在对照条件下检测到;第3类9个,受干旱胁迫诱导,只在胁迫条件下被检测到。此外还检测到11个影响胁迫与对照条件下性状差值的QTL。【结论】在水、旱两种条件下均检测到的相对稳定的3个QTL（QRl2b、QRl8b、和QRn12）及影响两种条件下性状差值（即性状稳定性）的11个QTL可能对耐旱性有直接贡献。     

油菜开花期QTL定位及与粒重的遗传关联性

【目的】明确中国和欧洲油菜开花期主控位点及其对粒重的影响,为早熟油菜品种选育提供科学依据。【方法】以欧洲冬油菜Sollux和中国品种高油605的选系(Gaoyou)杂交F1经小孢子培养产生的DH群体为材料,采用7年9种环境下的开花期表型数据和新版SG图谱定位开花期QTL,并采用条件遗传学和QTL分析相结合的条件QTL定位方法,解析开花期对千粒重QTL的影响,最后对各20个极端开花期株系的基因型和表现型进行性状-标记的符合度测定,为标记筛选用于辅助选育提供依据。【结果】应用WinQTLCart 2.5复合区间作图法,共检测到7个在3种以上环境中稳定表达的控制开花QTL,加性效应值在0.58—3.85 d,解释了表型总变异的84%。8对上位性QTL效应总和为加性总效应的41.8%。QTL与环境互作效应只在少数位点和个别环境中显著。在3个主效QTL峰值或相近位置上定位了4个在拟南芥中调控开花的关键基因FT、API、FLC和FY的6个同源拷贝,为发掘控制这些QTL的候选基因提供了有价值的参考信息。条件QTL分析表明,在4个增重效应均来自Gaoyou的千粒重QTL位点(qSWA2、qSWA3、qSWA4和qSWC2),大粒等位基因效应可能与开花早、籽粒灌浆期长有关。通过选择这些位点的早开花标记基因型有望同时提高种子千粒重,这也部分给出了开花期与千粒重之间极显著负相关的遗传解释,但2个粒重主效位点(qSWA7和qSWC8)的遗传效应不受开花期影响。根据SG群体极端开花期株系在3个效应值最大的QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)区域标记基因型和开花期表现型的关联分析,筛选获得6个高质量、高吻合度的共显性标记推荐育种应用。qFTA2位点,标记辅助准确率为70%-80%;qFTC2和qFTC6位点的选择效率达到80%-100%。基因型组配分析显示,聚合qFTA2、qFTC2和qFTC6的早开花等位基因,可显著提早开花期,同步增加千粒重但不影响含油量和角果粒数。【结论】7个QTL均显示早开花等位基因来自中国亲本。拟南芥中调控开花关键基因FT、API、FLC和FY的6个同源拷贝定位到3个主效QTL峰值位置。开花迟、早显著影响4个千粒重QTL位点,但2个最重要的粒重位点(qSWA7和qSWC8)不受影响;3个主效QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)的6个共显性标记可用于早熟基因的转育和早熟材料的筛选。