黄瓜白粉菌基因组DNA 提取方法比较

以黄瓜白粉病菌为试验材料,比较分析了改良CTAB法、SDS法和真菌试剂盒法对黄瓜白粉病菌基因组DNA提取的效果。结果表明,CTAB法提取的黄瓜白粉菌基因组DNA在纯度(R=A260 nm /A 280 nm)和产量上均优于SDS法和真菌试剂盒法,且杂质少。CTAB法提取的黄瓜白粉菌基因组DNA产率为204.3 μg/g,而SDS法和真菌试剂盒法分别为147.7、117.7 μg/g,且方法产率之间差异极显著。采用CTAB法提取的DNA纯度较高,为1.969 6;SDS法和真菌试剂盒法提取的DND纯度较低,分别为1.832 2和1.507 9。     

蔺草基因组DNA提取方法的比较研究

以16个蔺草品种实生苗和4个蔺草品种组培苗为材料,探讨了CTAB改良法与DNA试剂盒法对蔺草基因组DNA提取质量的影响。结果发现,对于同一品种而言,CTAB改良法提取获得的DNA A260nm和OD值远低于试剂盒提取法,前者的DNA浓度仅为0.65~4.90μg/ml,而后者则为5.10~32.80μg/ml,后者为前者的1.6~21.2倍。这表明试剂盒提取法更适合于蔺草基因组DNA的提取。试验还发现提取材料对基因组DNA的质量有显著影响,蔺草组培苗优于实生苗。     

大青杨基因组DNA提取方法的比较

本研究采用改良SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法(1.5×CTAB,2×CTAB,3×CTAB)提取大青杨基因组DNA,并用紫外光普分析、凝胶电泳、限制性内切酶消化和RAPD方法进行鉴定。结果表明:5种方法中,改良SDS法DNA提取率最高,但CTAB法比改良SDS法提取获得的DNA纯度高,OD260/OD280为1.73～1.81。与常规CTAB法比较,改良SDS法和改良CTAB法能有效去除蛋白、多糖、酚类及次生代谢物质。综合分析确定改良2×CTAB法为大青杨基因组DNA的最佳提取方法。     

棉花根际促生菌基因组DNA的提取及其鉴定

植物根际微生物基因组的提取往往因为细胞壁不能完全裂解以及内含物的成分和含量受到影响,获得完整的基因组DNA一直是土壤微生物分子生物学研究的关键。本文以新疆盐碱地棉花根际促生菌为材料,比较了SDS法、CTAB法以及高盐结合的CTAB法提取棉花根际促生菌基因组DNA的效率,结果显示,SDS法和CTAB法在细胞裂解后,由于过多的多糖类物质混于上清液中使其过于粘稠而无法分层,没能得到DNA样品。高盐结合的CTAB法则有效弥补了上述方法的不足,能够获得A260/A280为1.82、A260/A230为2.43的高质量基因组DNA。同时实验还以细菌16SrDNA为内标进行PCR扩增,结果证明所获得的棉花根际促生菌基因组DNA可直接用于PCR等分子生物学进一步研究。     

浅谈芒果基因组DNA的提取

芒果是重要的经济果树之一,富含多酚、多糖、单宁等其他次生代谢干扰物质,因此其基因组DNA的获取和纯化较为困难。笔者对芒果基因组DNA提取方法进行了探讨,常用的获取方法有SDS法、CTAB法和试剂盒法,而CTAB法提取效果较好。     

土壤微生物总DNA提取方法的比较

采用4种土壤DNA提取方法提取了5种类型土壤的微生物总DNA，并对4种提取方法的DNA提取效果进行综合分析，进一步通过PCR—DGGE扩增提取DNA中的细菌16S rDNA片段，并对扩增产物进行DGGE电泳分析。结果表明，SDS-高盐缓冲液法抽提的DNA得率最高，SDS-酚氯仿抽提法的DNA得率最低。DNA的纯度，以BIO-101 DNA Extraction Kit试剂盒法最高，改进试剂盒法纯度最低。通过PCR-DGGE分析土壤微生物多样性结果表明，BIO-101 DNA Extraction Kit试剂盒法提取的DNA代表的微生物多样性最全，而SDS酚氯仿法抽提的DNA代表性最差。     

RAPD分析用白花丹参叶片DNA的提取方法

本研究采用改良CTAB法和SDS法提取新鲜白花丹参叶片的基因组DNA,初步筛选RAPD扩增引物。结果表明改良CTAB法提取的DNA较SDS法质量好,随机引物p2扩增条带相对较为清晰。再利用p2随机引物对2种方法提取的DNA进行RAPD检测比较,结果显示仅改良CTAB法能扩增出有效条带,说明改良CTAB法更适合用于白花丹参基因组DNA的RAPD检测分析。本文将为白花丹参叶片DNA的提取提供方法学参考。     

三种土壤微生物总DNA提取方法的比较

本文对3种常用的土壤微生物总DNA提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过DNA得率、纯度及16S rDNA V3可变区的PCR扩增结合DGGE法（denatumg gradient gel electrophoresis）,分别对3种方法进行评价。结果表明,3种方法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求。其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA得率较低且成本昂贵。Martin法和高盐改进法用时较长,DNA得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉。     

LiCl沉淀法提取富含荚膜的细菌基因组DNA

结合提取基因组DNA的CTAB法(hexadecyltrimethylammoniumbromide,十六烷基三甲基溴化铵)和用于提取海藻基因组DNA的LiCl法,设计了针对产生较多荚膜多糖细菌的DNA提取方法—LiCl沉淀法。通过电泳、分光光度计及16SrRNA基因扩增检测,证明LiCl沉淀法可以有效地提取产荚膜细菌基因组DNA,其片断大小约为23kb,不需进一步纯化即可用于后续分子生物学实验。     

茶园土壤微生物总DNA不同提取方法的比较

传统的微生物分离培养方法,在反映茶园土壤微生物基因信息上有很大的局限性,因此,目前逐步被分子生态学的方法替代,而获得高质量、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA则是茶园土壤微生物分子生态学研究的基础。本文采用SDS高盐法、变性剂加SDS高盐法、脱腐SDS高盐法、CTAB法和Krsek改进法5种土壤微生物DNA提取方法分别从茶园土壤微生物中提取总DNA,并对5种方法提取的DNA的片段大小、质量和产量进行了综合评价。结果表明,Krsek改进法提取到的DNA片段最大（〉23kb）、纯度最高（OD2UOD280〉1．70;OD2UOD230〉1．35）、产量较高（〉34．50μg／gdrysoil）且不需纯化就可以用于PCR扩增和RFLP分析。因此,Krsek改进法是一种高效、可靠且适合于茶园土壤微生物分子生态学研究的DNA提取方法。     

不同保存方法和提取方法对扁桃基因组DNA质量的影响

以扁桃（Amygdalus conmmuis L.）幼叶为试材,通过7种保存方法并采用改良2×CTAB法、3×CTAB法和SDS法对其DNA进行提取,用琼脂糖凝胶电泳检测其DNA完整性,分光光度计测其产量和纯度,以探讨不同保存方法和不同提取方法对扁桃DNA提取质量的影响。结果表明,扁桃新鲜幼叶、压干幼叶后在-75℃保存、45℃烘干幼叶后在-75℃保存以及硅胶干燥幼叶后在-75℃保存三个月均可以用三种提取方法可获得完整的DNA,纯度和产量均高,其保存和提取方法简便易行且获得高质量DNA。扁桃鲜叶直接放在-20℃保存比-75℃保存更易获得DNA,而压干后的扁桃叶片-20℃保存三个月并采用SDS法提取,获得高产量、高纯度的DNA,不影响提取效果。SDS法和改良3×CTAB法均可获得扁桃DNA,但SDS法优于3×CTAB法,其操作简单、耗时少;改良2×CTAB法提取扁桃成功率较低,不稳定,产量比其它两种方法低。     

DNA提取方法对一串红不同部位DNA提取的比较

本文以一串红的叶片、茎段、花为材料,分别采用高盐低pH法、十二烷基硫酸钠（SDS）法、改良十六烷基三乙基溴化铵（CTAB）法、核DNA法和十六烷基三乙基溴化铵（CTAB）区室法等5种不同方法对其进行了基因组DNA提取效果的比较分析。结果表明,除用高盐低pH法在一串红花中未提取出DNA外,其它均可提取出DNA,都能进行RAPD扩增。5种方法在一串红DNA提取中,提取效果由高到低依次为：核DNA法、改良CTAB法、SDS法、CTAB区室法、高盐低pH法;3个部位提取结果显示：叶片较容易得到高质量的DNA,茎段次之,花最差。     

Comparison of three DNA extraction methods for feed products and four amplification methods for the 5'-junction fragment of Roundup Ready soybean

Three methods of DNA extraction from feed products and four detection methods for the 5'-junction fragment of genetically modified (GM) Roundup Ready soybean (RRS) were compared and evaluated. The DNA extraction methods, including cetyltrimethylammonium bromide (CTAB), sodium dodecyl sulfate (SDS), and guanidine hydrochloride (Kit), were assessed for their yields and purity of DNA, extraction time, and reagent cost. The DNA yields of CTAB, SDS, and Kit were 52-694, 164-1750 and 23-105 ng/mg sample, and their extraction time was 2.5-3, 2-2.5, and 1.5-2 h with reagent cost about US dollar 0.24, 0.13, and 1.9 per extraction, respectively. The SDS method was generally well suited to all kinds of feed matrices tested. The limits of detection for the four amplification protocols, including loop-mediated isothermal amplification (LAMP), hyperbranched rolling circle amplification (HRCA), conventional polymerase chain reaction (PCR), and real-time PCR, were 48.5, 4.85, 485, and 9 copies of the pTLH10 plasmid, respectively. The ranked results of the four detection methods were based on multiattribute utility theory as follows (from best to worse): HRCA, LAMP, PCR, and real-time PCR. This comparative evaluation was specifically useful for selection of a highly efficient DNA extraction or amplification method for detecting different GM ingredients.     

稻米深加工产品基因组提取方法的研究及其对PCR的影响

本实验以四种米粉为原料，每个样品做三个梯度：120mg, 800mg, 2000mg，采用改进的经典酚/仿法、CTAB沉淀法以及盐酸胍/氯仿法提取基因组，并通过聚合酶链式反应(PCR)通过扩增内标基因(SPS)来检测提取方法的优劣。结果显示：120mg的样品经三种方法提取的基因组均不能扩增出内标基因；800mg的样品和2000mg的样品只有用CTAB沉淀法提取的基因组(采用相同的膜板量)能全部扩增出内标基因。结论：CTAB沉淀法提取基因组的效果最好，对PCR的抑制现象最少。     

西北地区耕地土壤真菌DNA提取方法比较

由于西北土壤理化性质的复杂性和真菌特殊性,所以从土壤中提取真菌基因组DNA就相对细菌更困难。在2种常用的土壤微生物基因组DNA提取方法与在传统提取方法的基础上,结合了一种专门适用于真菌的提取方法进行了比较,并且利用真菌28SrDNA通用引物U1/U2进行扩增。三种提取方法比较结果表明:SDS法提取的DNA纯度最低,传统CTAB-SDS的DNA产量最低,实验室的提取方法既可以提高DNA产量又可以保证DNA的片段完整性,并且本实验室的提取方法扩增效果最好,可广泛应用于西北地区土壤真菌的分子生物学研究。     

组培枣苗基因组DNA提取方法及其含量的比较

本文以组培二倍体木枣、四倍体变异苗和二倍体京枣苗为供试材料,采用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度检测技术,研究了不同提取方法对其叶片基因组DNA的提取效果。结果表明,CTAB法提取枣叶片DNA的效果优于SDS法,表现为蛋白质杂质干扰少,DNA结构完整、纯度与得率高;用不同方法提取的样液中DNA片段的大小和分布是不同的,以改进的CTAB法提取的样液中大片段的DNA分子较多,所以在其底部分布较多,而用SDS法提取的样液中小片段的DNA分子较多,故在其上部分布较多;电泳时不同的加样量获得的DNA带也有较大差异,试验选出CTAB法提取样液的适宜的加样量为5μL（7.485μg）,SDS法提取样液的适宜的加样量为4μL（5.988μg）;枣品种间DNA的含量明显不同,木枣四倍体的DNA含量（3.074μg/μL）相当于组培木枣二倍体（1.497μg/μL）的2倍,也明显地高于京枣二倍体（2.182μg/μL）。这些结果为枣树遗传种质资源的研究奠定了一定的科学与技术基础。     

落羽杉属树木基因组总DNA的提取及SRAP反应体系的优化

本文针对落羽杉属植物组织中多糖、多酚等次生物质含量高的特点,对其基因组DNA提取方法进行研究,比较了SDS法、CTAB法提取落羽杉属植物基因组DNA的效果,结果表明：CTAB法提取效果较佳。在此基础上,利用正交设计法,对SRAP反应体系中的各个主要影响因子Mg^2＋．dNTP、引物、TaqDNA聚合酶进行了优化筛选,确立了适合落羽杉属植物SRAP-PCR反应的最佳体系,即10μL体系中含有1μL 10×PCR bufier,Mg^2＋2．0mmol／L,dNTP100μmol／L,引物0-3μmol／L,彻DNA聚合酶0．5U和50ng模板DNA。利用该优化体系,通过48对SRAP引物组合对2个落羽杉属植物（落羽杉和墨杉）及4个杂交后代进行SRAP扩增,结果发现,SRAP引物及优化后的反应体系能够有效地用于落羽杉属植物种质资源鉴定及遗传多样性分析等研究。