鸡传染性支气管炎病毒分子变异机制的研究

鸡传染性支气管炎(IB)目前已成为养鸡业中危害最大的病毒性传染病之一。病毒基因组RNA的点突变、缺失、插入和不同毒株基因组间的同源重组所导致的病毒血清型、基因型和组织嗜性的改变是造成现用疫苗免疫失败的主要原因。病毒的变异已成为当前对IBV病原学及本病免疫防制研究中的热点，作者重点就IBV变异机制及其变异株的来源等方面作一综述。     

全基因组重测序在畜禽研究领域的应用进展

全基因组重测序(whole genome resequencing, WGRS)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的全基因组水平的测序,具有检测变异类型丰富、高性价比、应用广泛等优点。随着测序成本的降低和畜禽基因组测序工作的完成,全基因组重测序技术已成为畜禽遗传变异研究的重要工具。全基因组重测序技术可获得大量基因变异信息,包括单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)、插入缺失(insertion/deletion, InDel)、结构变异(structural variation, SV)和拷贝数变异(copy number variation, CNV)等,丰富了现有的基因组序列,形成的大量数据集为探索畜禽表型性状和遗传改良提供了一个基因组信息库,以促进对畜禽遗传资源的深入研究与利用。作者概述了全基因组重测序技术及其关键影响因素(测序深度、序列比对和变异检测),重点综述了该技术在重要畜禽(牛、羊、猪、鸡)研究领域的应用进展,并对将来侧重于整合分析重测序数据、精准表型记录和多组学信息的研究趋势进行了展望。     

鹅IGF-Ⅰ基因5''''调控区序列的克隆与分析

根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1%、93.0%,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。     

鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列的克隆与分析

根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796 bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1％、93.0％,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。     

养殖场非洲猪瘟病毒变异株防控技术指南

1 病毒特点 非洲猪瘟病毒变异株包括基因缺失株、自然变异株、自然弱毒株等.与2018年传入的非洲猪瘟病毒毒株相比,变异株基因组序列发生不同程度的改变,包括核苷酸突变、缺失、插入或短片段替换等,部分变异株失去红细胞吸附活性.     

鸡传染性支气管炎病毒的遗传与变异(一)

鸡传染性支气管炎（ａｖｉａｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｂｒｏｎｃｈｉ－ｔｉｓ，ＩＢ）已成为养禽业中危害最大的病毒性传染病之一。鸡传染性支气管炎病毒（ａｖｉａｎｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｂｒｏｎ－ｃｈｉｔｉｓｖｉｒｕｓ，ＩＢＶ）基因组ＲＮＡ的点突变、缺失、插入和不同毒株基因组间的同源重组是造成病毒临诊表现、病理变化、血清型、基因型、病毒复制、结构蛋白免疫原性及其免疫机制变异的主要分子基础。本文从以上几个方面系统综述ＩＢＶ遗传变异的特性及其分子基础。一、临诊表现ＩＢ的临诊表现差异极大，主要取决于鸡体免疫状态、鸡群…     

牛羊拷贝数变异研究进展

拷贝数变异(copy number variation,CNV)是由基因组发生重排而导致的异常,异常片段从50bp到数Mb不等,主要表现为基因组大片段的缺失,插入,重组以及多位点的复杂变异等。拷贝数变异为研究一些疾病的致病机理,家畜的重要经济性状以及动物的遗传育种等方面提供了依据。本文主要介绍了拷贝数变异的基础知识和检测方法及其在牛,山羊和绵羊三种家畜生产中的研究现状,并且对CNV的研究及应用前景进行了展望,旨在为从事相关研究的科研人员提供思路和参考资料。     

鸡传染性支气管炎病毒变异机理及疫苗研究现状

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)具有高度变异的特点,在养鸡业中不断发生变异,产生较多的血清型和基因型,且不同血清型之间缺乏交叉保护,常常导致养鸡生产中的免疫失败,防控难度较大,给我国养鸡业造成巨大经济损失。论文从IBV变异的分子机制(基因点突变、插入和缺失以及同源重组)、变异的理论基础(基因突变、基因重组)等方面阐述了IBV的变异机理,同时对IBV疫苗研究现状进行了综述,为鸡传染性支气管炎的免疫防控及相关研究提供参考。     

家蚕品种桂蚕8号亲本全基因组重测序研究初报

对桂蚕8号4个杂交亲本“锦”（9MN）“绣”（芙H）“壮”（7MH）“丽”（87H）开展全基因组重测序研究,通过比对并作初步分析,获得4个全基因组单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构性变异（SV）和拷贝数变异（CNV）,4个杂交亲本SNP总数均超过600万个位点,插入缺失（Indel）总数约140万;在结构性变异（SV）方面,插入（INS）、缺失（DEL）、倒位（INV）、染色体内易位（ITX）和染色体间易位（CTX）类型均有存在,主要分布在基因间区、内含子、外显子、基因上游、基因下游,在可变剪切位点、UTR5、UTR3及位于一个基因的上游同时也是另一个基因的下游区间亦有分布;拷贝数偏低的区域均超200个,偏高的区域在79～100个之间,所有品种在基因上游、外显子、UTR5、基因间区均有拷贝数变异,其中以外显子区域最多,在可变剪切位点、基因下游、上游/下游、UTR3区域未见有拷贝数变异。     

拷贝数变异及其在家禽育种中的最新研究进展

拷贝数变异(CNVs)是指与参考基因组相比,长度在50 bp到几个Mb的DNA片段的插入、缺失或重复等。CNVs作为一种重要的基因组结构变异,具有分布广泛、突变率高、可遗传和高度异质性等特点,其广泛存在于哺乳类和禽类基因组中,是引起畜禽表型多样性、疾病抗性及遗传进化的重要因素。家禽不仅是一种重要的农业经济动物,而且是分子遗传学研究的理想模式生物。本文对CNVs研究历程及其检测方法进行综述,对家禽表型的影响及其存在的问题进行重点分析,并对其在家禽抗病育种中的应用进行展望。     

猪基因组结构变异研究进展

结构变异（structural variation,SV）广泛分布在基因组中,并主要以缺失、插入、重复、倒位和易位的形式出现。SV可以通过不同的机制直接或间接影响基因剂量,从而导致畜禽的表型变异,甚至引起疾病。随着分子生物学的发展和新基因组技术的进步,SV在猪基因组的研究越来越多,主要包括繁殖性状、肉质性状、生长性状、毛色、疾病等。本文参考了国内外相关报道,对SV的定义、分类、形成机制、检测方法以及在猪基因组的研究进展进行综述,并对目前SV研究存在的问题提出了建议以及未来的研究趋势进行了展望。     

鸡白痢沙门氏菌Mini-Tn5转座子插入突变

将氯霉素（Cm）抗性基因克隆到pUTmini-Tn5Km2载体中,利用含卡那霉素（Km）和氯霉素（Cm）抗性基因的pUTmini-Tn5Km2（Cm）转座载体将Km和Cm抗性基因随机插入鸡白痢沙门氏菌基因组中,以相应的抗生素进行筛选,获得大量在不同位点插入突变的突变体,从中筛选鸡白痢沙门氏菌某功能缺陷型突变株。通过对突变株的基本特征以及PCR鉴定后,再进行插入基因定位。结果表明,Km和Cm抗性基因已成功转座至鸡白痢沙门氏菌基因组上;基因定位显示突变株均有且只有1个插入位点,插入位点的位置不尽相同。这为研究鸡白痢沙门氏菌功能基因和筛选特定突变株提供了必要的基础。     

PCV2华南株的分离和基因进化分析

从具有猪圆环病毒病临床症状的猪体内分离到1株PCV2华南分离株,并进行了全基因组序列测定。序列分析发现PCV2ORF2的变异原因主要是点突变,但也存在连续突变和缺失/插入突变,而PCV2 ORF1的变异均为点突变,变异程度很小。将此PCV2华南分离株的全基因组序列与GenBank上收录的18个PCV2毒株的全基因组序列做进化树分析,表明此PCV2华南分离株与国内PCV2分离株、欧洲株更接近,而与韩国、中国台湾、日本和美洲毒株则稍远,在基因进化树上,无法判定基因分支与地理位置是否有相关性。     

血清4型鸡腺病毒AHHN分离株全基因组测序及其致病性研究

为明确一株I群C亚群鸡腺病毒血清4型(FAdV-4)AHHN分离株基因组特征及其致病性,本研究对该病毒的全基因组序列进行测定,结果显示:AHHN分离株的基因组全长为43723bp,G+C含量为54.87%,ORF29序列具有FAdV-4变异株29aa缺失的特征。0.1mL/羽(1×10^5TCID50)病毒量肌肉注射3周龄SPF鸡2d后,感染鸡出现急性感染症状,5d内全部死亡;剖检可见其肝脏变黄,表面大量出血灶,伴有心包积液、胸腺萎缩、法氏囊萎缩等眼观病变;病理组织学观察显示,感染鸡肝脏呈现典型的嗜碱性包涵体肝炎病变;病毒载量测定结果显示,各脏器均有不同程度的病毒复制。上述结果表明,FAdV-4AHHN分离株对鸡具有高致病性及广泛的组织嗜性。本研究为进一步研究FAdV-4功能基因对病毒毒力的影响奠定了基础。     

猪内源性逆转录病毒(PERV)γ1长末端重复序列(LTRs)的分子特性及鉴定

猪基因组中的猪内源性逆转录病毒(PERV)γ1可能是异种移植(从猪到人)中的有害因子。众所周知,长末端重复序列(LTRs)是强启动元件,能够控制PERV元件和邻近功能基因片段的转录活性。本试验通过生物信息学和试验分析对猪组织中PERVγ1 LTRs的转录活性进行了研究。经RT-PCR扩增及测序鉴定出69个不同的LTR转录元件。并根据种内变异将69个LTR元件分为6个类型(15个亚型),包括串联重复序列,插入和缺失(INDEL)。更值得注意的是,所有的种内变异都发生在LTR元件的U3区域。本试验结果表明,不同PERV LTR转录体的分子特性及鉴定为进一步研究PERV及其转录奠定了基础。     

东方田鼠基因组及相关变异数据的测定分析

东方田鼠由于对日本血吸虫有特殊的抗感染性,在对其进行系列研究后提示这种抗感染性以及其他生物学特征是与它的基因组相关。本研究采取第二代基因组测序技术对东方田鼠进行基因组测序,经生物信息学分析获得了基因组数据概貌和单核苷酸多态性、插入缺失突变、结构变异等变异数据,其结果为:检测到94 708 732个SNP、17 069 380个INDEL、348 146个SV,同时与参考基因组进行了比较分析,发现位于外显子区段的SNP有1 860 429个,其中异意突变有723 244个,同义突变有403 555个;位于UTR3区段的SNP有602 912个,INDEL 133 488个,基因间隔区的SNP有45 691 044个,INDEL 7 706 141个,以上的测序数据为进一步挖掘基因功能以及基因与表型之间的关联和基于基因组选择的东方田鼠各类品系培育打下基础,此外这些数据还有助于阐明东方田鼠实验动物化的基因组机理,为野生动物实验动物化奠定理论框架。     

一株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异毒株的基因组特征

为了监测我国近年来流行的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况,采用RT-PCR分段扩增,对2009年从山东发病猪场分离到的1株PRRSV SD0901的全基因组进行了序列测定和分析.结果表明,不包括Poly(A)尾,该毒株的基因组全长为15 320 nt;与高致病性PRRSV毒株间的全基因组核苷酸相似性为98.6％～98.7％;该毒株基因组的Nsp2编码区除存在与高致病性毒株相同的30个氨基酸的不连续缺失外,还存在468位的氨基酸缺失和在585-586位间插入1个氨基酸,同时,该毒株的结构蛋白GP2、GP3、GP4和M编码区分别存在1个氨基酸的突变.演化分析表明,该毒株尽管与高致病性毒株属于同一亚群,但形成一个独立的小分支.由此表明,该毒株为高致病性PRRSV的变异毒株,说明我国的高致病性PRRSV在流行过程中已出现变异.笔者的研究结果为监测和分析我国的高致病性PRRSV的变异与演化提供了有价值的基因组信息数据.     

固原鸡线粒体DNA控制区全序列测定及分析

固原鸡是宁夏唯一的地方鸡品种资源,具有肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富等遗传特性。该试验采用PCR和直接测序的方法测定固原鸡(白羽、麻羽、红羽)线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,结果表明固原鸡3个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1230bp、1231bp或1232bp。分析种内的遗传变异,3个类群固原鸡共发现6个变异位点,其中4个转换,2个缺失/插入,没有观测到颠换;A、T碱基含量占59.9%~60.0%,G、C碱基含量占40.0%;固原鸡与其它8种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明固原鸡不同类群与红色原鸡亲缘关系最近。     

表达鸡传染性法氏囊病病毒变异株VP2基因的重组嵌合型新城疫病毒的构建与鉴定

为了研发防控IBDV变异株和基因Ⅶ型NDV感染的高效廉价多联疫苗,将IBDV中国流行变异株的VP2基因共有序列插入到含有基因Ⅶ型NDV毒株F和HN基因的嵌合型NDV LaSota-ⅦF/HN全长基因组cDNA的质粒pNDFL-ⅦF/HN中,构建含有IBDV变异毒株VP2基因的重组NDV全长感染性克隆pNDFL-ⅦF/HN-VP2。将pNDFL-ⅦF/HN-VP2和辅助质粒共转染BHK-21细胞拯救重组NDV rChiLaSota-VP2。利用PCR和Western blot对重组NDV进行鉴定,并对重组病毒的生物学特性进行研究。结果显示,重组NDV rChiLaSota-VP2拯救成功并可以正确表达IBDV VP2蛋白。第25代重组NDV在鸡胚中的生物学特性研究表明,rChiLaSota-VP2保留了LaSota株在鸡胚中高滴度复制、低致病性和遗传稳定性等生物学特性。重组NDV rChiLaSota-VP2的鸡胚半数感染量(EID₅₀)峰值可达10^-8.16/100μL,鸡胚平均致死时间(MDT)为134 h, 1日龄雏鸡脑内接种致病指数(I...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征

对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB2(sh)／2002的全基因组序列进行了测定与分析。该毒株基因组全长为15373nt(不包括PolyA尾)，与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88．7％～95．1％之间。序列分析表明，该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株，其ORFla的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失，ORF、3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失。这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象，研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据，为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。