用微卫星引物对近交系小鼠进行遗传监测

目的 :近交系小鼠广泛地应用于医学和生物学研究领域 ,无品系污染是其基本要求 ,采用 1 0对微卫星引物对 BALB/ C-nu-nu、DBA/ 2、SCID、T73 9、TA2 、6 1 5六种近交系小鼠进行遗传监测 ,试图寻找相关品系遗传监测的基因位点和应用于实际监测。方法 :在确定实验材料符合要求的情况下 ,采用聚合酶链式反应扩增短串联重复序列 ,选择多态性位点作为相关品系的遗传监测标记。结果 :除 1个位点表现为单态性外 ,其余9个微卫星位点表现出多态性 ,其中 D2 Nds3、D3Mit1 5、D3Mit1 7、D3Mit1 8等 4个位点多态性显著 ,这 4个位点适宜用于小鼠遗传监测。上述结果说明微卫星 DNA多态性标记适用于近交系小鼠遗传监测 ,有助于遗传监测从表现型过渡到 DNA水平。     

微卫星标记在近交系及封闭群小鼠遗传质量检测中的初步应用

利用建立的小鼠微卫星检测方法,对来源于2个单位的近交系BALB/c小鼠和封闭群ICR小鼠进行了遗传分析,结果发现A单位BALB/c小鼠发生了遗传污染,有部分小鼠在部分微卫星位点发生了变异,而B单位BALB/c小鼠在所有的检测位点上的结果都与预期的BALB/c小鼠位点一致;对ICR 小鼠分析结果发现A单位ICR小鼠在22个位点的平均杂合度为0.379,平均多态信息量为0.308,属中度多态,B单位ICR小鼠的平均杂合度为0.287,平均多态信息量为0.227,属低度多态.结果表明微卫星标记可用于检测近交系小鼠的遗传质量,也可用于分析封闭群小鼠的遗传多态性,为一种有潜力的实验动物遗传学检测标记.     

DNA指纹技术在近交系小鼠遗传检测中的应用研究

采用生物素标记的(GGAT)4寡核苷酸探针对C57BL/6J、BALB/c和DBA/2三种近交系小鼠进行了DNA指纹图分析.结果表明:(GGAT)4寡核苷酸探针对上述3种近交系小鼠产生的DNA指纹图的图带数均为10-12条,具有良好的多态性,品系内平均DNA指纹图的相似系数在0.92~1.00的范围内,具有相同指纹图的概率均在0.40以上,极显著地高于品系间的相似系数(0.21~0.39)和相同指纹图的概率(P<3.10×10-7),说明(GGAT)4寡核苷酸探针可用于制作近交系小鼠的DNA指纹图,以对其进行遗传检测.     

南江黄羊4个微卫星位点遗传多态性研究

南江黄羊是我国育成的第一个肉用山羊品种,肉用性能好且具有较高的繁殖力,平均产羔率为205%。利用与绵羊高繁殖性状主效基因FecB连锁的4个微卫星标记穴OarAE101熏BM1329、BMS143、和OarHH35雪对100只南江黄羊母羊进行了遗传研究,计算了4个微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度。检测到OarAE101和BM1329有7个等位基因,BMS143有6个等位基因,OarHH35有4个等位基因。4个位点上的平均杂合度为0.9775,平均多态信息含量为0.9436,平均有效等位基因数为4.7955,这些数据可为南江黄羊的种质资源评定和新品系培育提供依据。     

近交系小鼠5个品系10个微卫星基因位点多态性分析

利用PCR扩增对近交系小鼠5个品系的10个微卫星基因位点进行多态性分析.结果表明,在DDK与B6品系之间有多态性的引物2个,实验室品系和野生小鼠品系之间的差异较大.利用这10个微卫星基因位点可以将5个小鼠品系区分开采,尤其是D14Mit6在5种小鼠品系中表现出更明显特异性.     

利用18个微卫星座位对剑尾鱼RR-B系遗传质量的分析

[目的]为进一步了解剑尾鱼RR-B系的遗传质量,探讨微卫星标记技术在水生实验动物遗传监测中应用的可行性。[方法]选择18个在野生剑尾鱼群体中有多态性的微卫星座位,通过PCR扩增对剑尾鱼RR-B系（红眼红体）遗传质量进行分析。[结果]18个座位在RR-B系30尾个体中均为单态,且都是纯合子,基因纯合率达100％。[结论]18个微卫星座位可作为剑尾鱼RR-B系遗传监测的分子标记;剑尾鱼RR-B系经20多代的近交培育已具有很高的遗传均一性。该研究为水生实验动物分子监测标准的制定提供了基础数据。     

麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析

【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系,但各个亚群的牦牛个体及其分布区域还需要进一步研究。【结论】麦洼牦牛品种具有较高的遗传多态性,并可能分化为至少2个亚群。     

白唇鹿的微卫星遗传多态性分析

为科学评价、保护和利用白唇鹿资源,采用微卫星DNA标记技术,从牛微卫星引物中筛选出13对引物对38头白唇鹿进行遗传多样性分析。结果显示,共检测到39个等位基因,其中位点RT1、RT13、CSSM19呈单态性;其余10个位点中,多态信息含量(PIC)和杂合度(He)分别为0.049 9～0.652 6,0.051 9～0.702 8,白唇鹿群体的平均PIC为0.320 2,平均期望He为0.396 5。Shannon信息指数(I)为0.121 7～1.369 3,平均为0.694 2。位点NVHRT48的3项指标都最大,说明其变异水平最高,具有明显的遗传优势。3项指标都表明白唇鹿群体属于中度多态性,应加以重点保护和合理利用。研究结果进一步验证了PIC与He的相关性。     

滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析

选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估.     

河南地方野生小鼠与近交系小鼠的RAPD分析

选用120个随机引物,对河南地方野生小鼠及其他4个近交系小鼠品系进行RAPD分析,筛选出36个多态性引物,检测到380条扩增片段,其中多态性片段304条,且野生小鼠具有若干特异条带,反映出野生小鼠与4个近交系小鼠品系间存在遗传差异。多态性分析表明,野生小鼠与PWK之间的遗传距离指数为0.009 24,遗传关系最近;与DDK遗传距离指数为0.011 30,遗传关系最远。试验结果表明,河南地方野生小鼠与4个近交系小鼠品系之间有遗传相似性,也存在差异,同时也证明RAPD技术可以很好地用于检测小鼠品系间的遗传变异及区分不同的小鼠品系。     

9个山羊品种微卫星DNA遗传多样性分析

为了研究湘东黑山羊、川东白山羊、云岭山羊、板角山羊、黄淮山羊、圭山山羊、贵州白山羊、安徽白山羊和波尔山羊9个山羊品种的遗传多样性,利用微卫星标记技术检测了4个微卫星座位（OarAE101、OarHH55、BM1329、BM143）的多态性。结果表明,9个山羊品种的4个微卫星座位中共检测到53个等位基因,9个山羊品种的期望杂合度（He）和观察杂合度（Ho）均在0.850以上,属于高杂合群体;9个山羊品种4个微卫星座位的PIC均值在0.820以上,属于高度多态微卫星DNA座位,可提供大量的遗传信息,具有遗传多样性评价优势,其中 PIC值最高的是圭山山羊（PIC=0.857）;主成分分析与UPGMA 聚类分析结果显示贵州白山羊、云岭山羊与圭山山羊亲缘关系较近,川东白山羊与板角山羊亲缘关系较近,湘东黑山羊、黄淮山羊与安徽白山羊亲缘关系较近,引入的波尔山羊自成一类,它与其他山羊亲缘关系较远。综上,9个山羊品种均具有较高的遗传多样性,其中圭山山羊的遗传多样性最丰富,贵州白山羊遗传多样性最低;各品种之间的亲缘关系符合不同品种的地理位置与育成史。     

10个热带玉米自交系产量配合力遗传效应分析

利用从CIMMYT引进和自育的10个热带、亚热带玉米自交系,按GriffingD4模型进行双列杂交,组配成45个杂交组合。通过对这些双列杂交组合的产量进行一般配合力和特殊配合力效应分析,结果表明:10个热带自交系的一般配合力效应和特殊配合力效应都存在极显著差异;一般配合力效应值依次为CI23>619-130>DK7-6>CI18=CI15>CML161>DK7-8>CI41>双M9>CI45;特殊配合力方差依次为DK7-8>双M9>CML161>CI41>CI18>619-130>CI45>CI15>DK7-6>CI23;619-130既有较高的一般配合力效应,又有较大的特殊配合力方差,是比较理想的自交系;杂种优势最强的组合是CI23×619-130、CML161×619-130,说明利用"热带自交系×热带自交系"杂交模式能够筛选出具有较强杂种优势的玉米杂交新品种。     

利用SSR分析浙南地区甜玉米自交系的遗传多样性

为评价浙南地区甜玉米自交系的遗传多样性,指导甜玉米新品种的选育,本研究利用SSR分子标记对37份浙南地区甜玉米自交系进行了分析。结果显示,37个多态性SSR标记共检测到209个等位基因变异,平均为5.65个。SSR标记的多态性信息量PIC值为0.62~0.95,平均为0.82。自交系间的相似性系数为0.12~0.94,平均为0.40,说明这些甜玉米自交系之间亲缘关系较远,具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析将37份甜玉米自交系划分为3个类群,划分结果与其系谱及地理分布基本吻合。     

利用微卫星标记分析湖南4个地方鹅品种遗传多样性

通过选用31个多态性较好的微卫星标记,检测了湖南4个地方鹅品种的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离.结果表明,31个微卫星位点中有25个微卫星位点在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析.4个鹅品种中,平均杂合度范围是0.5010 ～ 0.6705,各鹅种的杂合度都较高,最高的是酃县白鹅(0.6705),最低的是武冈铜鹅,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性.对DA遗传距离的计算表明,用UPGMA法进行聚类分析,结果4个鹅品种被聚为3类:道州黑鹅与酃县白鹅聚为第1类;武冈铜鹅自聚为第2类;溆浦鹅自聚为第3类.     

运用荧光标记微卫星分析6个肉山羊品种遗传多样性

为了研究安徽白山羊、贵州白山羊、陕南白山羊、宜昌白山羊、马头山羊和波尔山羊6个肉山羊品种DNA分子水平上的遗传多样性,利用10个微卫星引物,分析6个肉山羊品种分子水平上的遗传变异和群体关系。10个微卫星位点均呈现高度多态,其多态信息含量(PIC)在0.531～0.812之间。F统计结果显示群体间存在极显著的遗传分化,遗传分化系数(Fst)为0.082。系统进化树NJ图把中国5个肉山羊和波尔山羊分为2支;中国肉山羊又被分成2个分支。系统进化树UPGMA图和主成分的二维坐标图进一步证实上述聚类结果的可靠性。此研究结果显示6个肉山羊品种遗传多样性丰富,具有很大的选育潜力,特别是中国地方品种,是将来开发利用的宝贵原始材料。     

鸭绿江鲤鱼种质资源的微卫星分析

研究采用17对微卫星分子标记,以黑龙江野鲤(HLJL)作为阳性对照、建鲤(JL)作为阴性对照,对2批采自鸭绿江的鲤鱼(YL1,YL2)进行遗传多样性的分析,对其杂合度等数据进行统计分析,以期通过对鸭绿江野生鲤鱼现存群体的种质鉴定,了解鸭绿江鲤鱼的遗传结构特征、种群历史,为其遗传资源的保护提供较为准确的相关信息和依据.试...     

利用微卫星标记分析两个吉富罗非鱼群体的遗传差异

[目的]评价不同吉富罗非鱼群体的遗传多样性,筛选出鉴别不同群体的分子标记,为吉富罗非鱼种质资源保护及其新品种选育提供理论依据.[方法]对48尾来自两个不同群体的吉富罗非鱼进行尾静脉采血,抽提其基因组DNA,应用微卫星标记技术判定其等位基因和基因型,然后采用GenAlEx 6.2、Cervus 3.0和Populations软件进行数据分析,计算有效等位基因数(Ne)等群体遗传多样性相关参数,对两个吉富罗非鱼群体进行遗传差异分析.[结果]从50对微卫星引物中筛选出23对扩增产物稳定、条带清晰、特异性好的引物,扩增出的DNA片段大小在110～388 bp.利用23个微卫星位点,从两个吉富罗非鱼群体中共检测到89个等位基因和163种基因型,平均每个位点的等位基因数(Na)3.8个、基因型7.1种.两个吉富罗非鱼群体的平均观察杂合度(Ho)分别为0.6383和0.5957,平均期望杂合度(He)分别为0.5759和0.5559;23个位点在两个群体中平均多态信息含量(PIC)分别为0.5131和0.4942,平均固定系数(FIS)分别为-0.1184和-0.0718;两个群体间的遗传距离(DA)为0.1287,平均遗传分化系数(FST)为0.135.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个位点在两个群体中扩增的条带存在明显差异.[结论]两个吉富罗非鱼群体遗传多样性水平较高,均存在杂合子过剩现象,群体间遗传分化程度中等,具有较强的环境适应能力,且选育空间大.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个微卫星位点可作为鉴别两个吉富罗非鱼群体的分子标记,也可用于分子标记辅助育种研究.     

应用30个微卫星标记分析枫泾猪和小梅山猪的遗传多样性

为丰富枫泾猪与小梅山猪的种质特性,评价其保种效果,制订有效的保种方案,对枫泾猪与小梅山猪群体的遗传多样性进行分析,采用ISAG/FAO联合推荐的30个微卫星标记,分析2个猪群的遗传多样性。结果表明:枫泾猪的有效等位基因数(ne)、多态信息含量(PIC)、基因杂合度(He)、基因丰度(R)分别为(3.012 9±0.875 5)、(0.568 4±0.161 8)、(0.635 6±0.157 3)、(4.266 7±1.337 4),小梅山猪的遗传多样性参数中除平均观察等位基因数(na)与基因丰度外,其余均低于枫泾猪;2个群体间的遗传分化系数(Fst)与遗传距离(D)分别为0.005 3、0.008 7;枫泾猪与小梅山猪的遗传多样性较丰富,遗传分化程度小,均出现杂合子过剩现象,建议加强纯种繁育。