羊痘病毒PCR检测方法的建立和试剂盒的研制

根据GenBank上已发表的羊痘病毒(CPV)的全基因序列,设计并合成了一对能特异性扩增羊痘病毒的引物,扩增产物大小约为445bp。通过对PCR方法的优化,建立了检测羊痘病毒的PCR方法,并研制出检测试剂盒。同时对试剂盒的敏感性,特异性和稳定性进行了研究。实验结果表明,该试剂盒具有良好的敏感性和特异性,稳定性在-20℃至少可以保存一年。     

山羊痘病毒与小反刍兽疫病毒双重PCR检测方法的建立

为建立一种灵敏、准确、快速的山羊痘病毒(GTPV)和小反刍兽疫病毒(PPRV)双重PCR检测方法,根据GenBank上登录的GTPV、PPRV两种病毒的基因序列设计检测引物,在常规PCR基础上,对反应条件及反应体系进行优化,建立了这两种病毒的双重PCR检测方法,并进行了特异性、敏感性检验。结果显示:仅GTPV和PPRV核酸样品扩增出与预期目标相符的目的片段,而其他病原对照均未出现目的条带;GTPV的最低检出量为0.283 ng/μL,PPRV的最低检出量为6.459 ng/μL。结果表明,本研究建立的双重PCR检测方法可一次性同时完成PPRV、GTPV两种病原的检测,且具有较高的特异性和敏感性。本方法的建立为山羊痘和小反刍兽疫的临床诊断、流行病学研究、疫情监测提供了技术支持。     

绵羊痘病毒PCR检测方法的建立

根据羊痘病毒(CaPV)P32和ITR基因序列,设计合成了2对引物,建立了不同基因片段检测羊痘病毒核酸的PCR方法。结果表明针对2种基因的PCR方法敏感性较高,最小DNA检出量分别为20.15 ng(P32)和25.80 pg(ITR);扩增禽痘疫苗毒株、羊口疮病毒细胞培养物、口蹄疫病毒细胞培养物,结果均为阴性,特异性较强。扩增产物进行序列分析,与GenBank收录的其他株病毒P32核苷酸同源性为99.5%～99.9%,与ITR基因同源性为98.3%～100%。本方法为羊痘的快速诊断提供了可靠、简便的检测技术。     

羊痘病毒属病毒通用Cycleave PCR检测方法的建立

为快速特异检测羊痘病毒属病毒（CaPVs）,比较了牛结节性皮肤病病毒（LSDV）、山羊痘病毒（GTPV）和绵羊痘病毒（SSPV）的全基因组序列,选择保守区域设计特异性引物和探针,建立了一种CaPVs通用的Cycleave PCR检测方法。特异性结果显示,该方法在40 min内即可检出CaPVs,与口蹄疫病毒、羊口疮病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、蓝舌病病毒均无交叉反应;灵敏性结果显示,最低检出限为4.98 copies/μL;重复性结果显示,批内和批间重复变异系数均小于2%。对131份临床样本进行检测发现,该方法与世界动物卫生组织（WOAH）推荐的常规PCR方法相比,敏感性为100%,特异性为91.55%,总符合率为95.42%。以上结果表明,本研究建立的Cycleave PCR检测方法特异、敏感、重复性好,且操作简便,适用于CaPVs的高通量、快速检测。     

山羊痘病毒PCR检测方法的建立及应用

为了更快、更准确的诊断山羊痘(Goat pox),根据GenBank上已公布的山羊痘病毒(GTPV)的基因序列,针对p32基因的保守序列设计并合成一对能特异性扩增山羊痘病毒的引物,扩增产物大小约为983bp。经过反应条件的优化,建立了山羊痘病毒PCR检测方法,对所建立的PCR反应体系的特异性和灵敏性进行了评价,并用此方法对9份临床样品进行了检测。结果显示,该诊断方法与3种非羊痘病毒不发生交叉反应。该方法最低浓度检测限为0.4pg。在检测的临床样品中,GTPV阳性有3份。结果表明,所建立的方法具有良好的特异性和敏感性,适合临床诊断应用。     

应用PCR检测山羊痘病毒

初步建立了用于诊断山羊皮肤组织中山羊痘病毒的PCR方法。试验设计了2对引物，用以分别检测山羊痘病毒的特异性基因和α-微管蛋白基因。克隆到的DNA扩增产物的序列与GenBank中收录的序列同源性达到98％。试验表明，用PCR方法可快速检测样品中的山羊痘病毒。     

羊痘病毒和羊口疮病毒二重PCR鉴别检测方法的建立

针对羊痘病毒（capripoxvirus，CaPV）的A29L基因和羊口疮病毒（orf virus，ORFV）的H3L基因，设计、合成了2对特异性引物以进行二重PCR。结果表明，该方法可以在数小时、在同一反应体系中清晰地区分CaPV和）ORFV，其PCR产物大小分别为413bp和708bp，与预期的片段大小相符，序列分析证实目的基因序列与已发表的序列一致；该检测方法的灵敏度可达1个病毒蚀斑形成单位（PFU）。采用二重PCR对12株CaPV、ORFV和相关病毒、细菌培养物，以及22份田间样品进行检测，与预期结果完全一致，且与相关病毒或健康羊组织样品无交叉反应。结果表明，该方法具有快速、敏感、特异等优点，可作为临床样品中CaPV和ORFV的鉴定和诊断的有效方法。     

禽肾炎病毒与鸡细小病毒双重PCR检测方法的建立

为了同时检测禽肾炎病毒(avian nephritis virus,ANV)和鸡细小病毒(chicken parvovirus,ChPV),根据GenBank中ANV的ORF基因和ChPV的NS1基因的保守序列,设计筛选了扩增片段大小分别为511 bp和242 bp的特异性引物,通过反应条件优化、特异性和敏感性试验,建立了一种双重PCR检测方法。该方法最佳引物比例为ANV上下引物各0.4μL(20 mol/L),ChPV上下引物各0.6μL(20 mol/L);最佳退火温度为53.8℃;灵敏度可达到55 fg(ANV)和58 fg(ChPV);对常见鸡病病原体进行检测,结果全为阴性。本研究建立的PCR方法具有特异、敏感、快速、稳定的优点,可用于同时鉴别诊断ANV和ChPV的混合感染。     

山羊痘病毒PCR/酶切检测方法的建立

为了建立一种快速的山羊痘检测方法,根据山羊痘病毒基因组保守区T3A/T3C基因设计了1对引物,以山羊痘病毒DNA为模板进行PCR扩增并连接到pMD18-T载体进行序列测定,测序结果显示片段长491 bp,与已报道的山羊痘病毒对应序列进行比对,同源性高达98%。特异性和灵敏性试验及PCR产物的酶切位点分析表明,该引物特异性好,敏感性强。本研究建立的山羊痘病毒PCR/酶切检测方法可应用于山羊痘病毒感染的临床诊断。     

牛源肉孢子虫多重PCR检测方法的建立

为了准确快速鉴别检测牛源肉孢子虫的种类,本研究根据毛样肉孢子虫、黑氏肉孢子虫、人肉孢子虫、枯氏肉孢子虫和罗氏肉孢子虫5种牛源肉孢子虫的18SrRNA或COX1基因序列设计多重PCR引物,优化并建立了能够同时检测这5种牛源肉孢子虫的多重PCR方法.结果显示,多重PCR对毛样肉孢子虫、黑氏肉孢子虫、人肉孢子虫、枯氏肉孢子虫...     

羊痘病毒实时荧光定量TaqManPCR检测方法的建立

参照羊痘病毒（CaPV）P32的基因序列，设计合成了2套引物和1条探针，建立了实时荧光定量PCR技术，对细胞培养物、皮肤丘疹、痂皮等组织病料中的GPV进行了特异性检测和敏感性试验。结果显示，用300nmol／L引物浓度和200nmol／L探针浓度，获得的CT值较小，而△Rn最大；可检测到相当于0．1TCID50的病毒DNA；制作的标准曲线中各浓度范围内有极好的线性关系且线性范围宽，相关系数为0．9995以上；组内和组间试验重复性的变异系数分别为2．3％和3．4％；与常规的PCR相比较，该方法具有快速、特异、敏感、可定量，可同时检测大量样品等优点。表明，荧光TaqMan PCR是一种检测CaPV的良好方法，可对组织病料中低含量的CaPV或持续带毒宿主进行准确检测。     

羊传染性脓疱病毒PCR检测方法的建立与初步应用

根据羊传染性脓疱病毒(CPDV)B2L基因序列,设计合成一对引物,建立了检测羊传染性脓疱病毒DNA的PCR检测方法。特异性、敏感性试验表明,该方法可以检测2 pg DNA;并能与羊痘病毒、口蹄疫病毒进行鉴别区分;结果表明该方法具有良好的特异性和敏感性,可对临床组织病料中的CPDV进行快速检测。     

猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR快速鉴定方法的建立

粪肠球菌和屎肠球菌是引起猪感染发病的优势肠球菌种,以肠球菌的16S rRNA基因设计属特异性引物,利用SodA基因多态性设计种特异性引物,同时优化反应条件,建立了能同时测定猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR方法。通过特异性和敏感性分析,该方法能扩增出肠球菌属特异性片段及粪肠球菌和屎肠球菌种特异性片段;对粪肠球菌敏感性为0...     

PCV2、PRV和PRRSV多重PCR方法的建立及其应用

根据GenBank登录的猪伪狂犬病毒（PRV）、猪圆环病毒2型（PCV2）和猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的参考基因序列,设计3对引物分别用于扩增PCV2的ORF2基因、PRV的gE基因、PRRSV的N基因的目的片段,通过优化反应中各个影响因素,建立了PRV、PCV2、PRRSV的多重PCR（mPCR）检测方法。敏感性和特异性的结果表明,该方法对这3种病毒的最低核酸检出量分别为32.5（PRV）、25.2（PCV2）、35.9pg（PRRSV）。该方法对猪流感病毒（SIV）、猪圆环病毒1型（PCV1）、大肠杆菌、猪瘟病毒（CSFV）、猪流行性腹泻病毒（TGE）等病毒的检测结果均为阴性。200份临床样品的多重PCR结果表明,PCV2感染率为80%（160/200）,PRV感染率为21%（42/200）,PRRSV的感染率为78%（156/200）。200份临床样品主要为PCV2和PRRSV混合感染,阳性率达56.0%（112/200）。该方法的建立对这3种病毒病的早期快速检测和指导临床实践具有十分重要的意义。     

猪葡萄球菌脱落毒素多重PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank已发表的猪葡萄球菌的6种脱落毒素基因序列,设计合成了6对相应的特异性引物,通过特异性、敏感性和重复性试验建立了可行的多重PCR检测方法。用该方法对临床分离到的9株猪葡萄球菌进行检测,均扩增出了与预期大小相符的23SrDNA（662bp）条带;同时,其中6株分别扩增出了EXHA（316bp,2株）、EXHC（525bp,2株）和Shet-A（814bp,2株）基因特异性条带;另外3株均未扩增出任何毒素基因特异性条带,鉴定为无毒力菌株,以上结果与生化鉴定及单一PCR检测测序结果一致。结果表明,本试验所建立的多重PCR方法不仅操作快速方便、节约试验成本,而且具有高度特异性、敏感性和良好的重复性,可用于仔猪渗出性皮炎的诊断和猪葡萄球菌的快速鉴定。     

大肠杆菌菌毛基因多重PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种可以同时扩增大肠杆菌(E.coli)F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因保守序列的多重PCR检测方法,本研究设计合成5对分别针对F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的特异性引物,以具有相应菌毛基因的E.coli参考菌株DNA为模板,通过对多重PCR反应条件的优化,建立了检测F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的多重PCR方法。所建立的多重PCR方法能够特异性扩增F4、F5、F6、F41、F18菌毛基因的目的片段,大小分别为770 bp、533 bp、422 bp、643 bp和1140 bp,该方法对沙门氏菌、猪丹毒杆菌、巴氏杆菌以及无菌毛基因的E.coli等参考菌株均无特异性扩增片段,检出F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的最低活菌浓度分别为5.3×10^5cfu/mL、3.7×10^6cfu/mL、3.1×10^5cfu/mL、3.7×10^7cfu/mL、6.9×10^5cfu/mL。用不同批次的引物和试剂进行3次多重PCR检测均能扩增出目的条带,表明建立的多重PCR方法有很好的批内和批间重复性。对90株大肠杆菌临床分离菌株菌毛基因进行检测,F4阳性率为3.33%,F5阳性率为2.22%,未检测到F6、F41和F18阳性菌株,其检测结果与常规单一PCR的检测结果一致。研究表明:建立的E.coli菌毛基因多重PCR分型方法具有很好的特异性、敏感性和重复性,可用于E.coli分离菌株菌毛基因型的快速鉴定,同时提高了检测效率。     

产气荚膜梭菌型特异性多重PCR的研究

建立了一种简单且具有型特异性的产气荚膜梭菌的多重PCR诊断方法.结果表明,该PCR特异性好,只有产气荚膜梭菌呈现阳性,被检验的其他7种梭菌以及大肠杆菌、葡萄球菌和多杀性巴氏杆菌均为阴性.该PCR具有较高的敏感性,最小检测量为4.2×105 CFU/mL,单个菌落稀释10倍后也能被检测出,适用于医院、防疫和兽医诊断等部门,具有重要的公共卫生意义.     

Validation of a multiplex PCR assay to detect Babesia spp. and Anaplasma marginale in cattle in Uruguay in the absence of a gold standard test

Detection of bovine Babesia spp. and Anaplasma marginale is based on the reading of Giemsa-stained blood or organ smears, which can have low sensitivity. Our aim was to improve the detection of bovine Babesia spp. and A. marginale by validating a multiplex PCR (mPCR). We used 466 samples of blood and/or organs of animals with signs and presumptive autopsy findings of babesiosis or anaplasmosis. The primers in our mPCR amplified the rap-1a gene region of Babesia bovis and B. bigemina, and the msp-5 region of A. marginale. We used a Bayesian model with a non-informative priori distribution for the prevalence estimate and informative priori distribution for estimation of sensitivity and specificity. The sensitivity and specificity for smear detection of Babesia spp. were 68.6% and 99.1%, and for A. marginale 85.6% and 98.8%, respectively. Sensitivity and specificity for mPCR detection for Babesia spp. were 94.2% and 97.1%, and for A. marginale 95.2% and 92.7%, respectively. Our mPCR had good accuracy in detecting Babesia spp. and A. marginale, and would be a reliable test for veterinarians to choose the correct treatment for each agent.     

检测PRV野毒株、PCV-2及PPV多重PCR方法的建立及初步应用

根据GenBank中的猪伪狂犬病病毒(PRV)gE、猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2、猪细小病毒(PPV)VP2基因序列,设计了3对引物,成功建立了检测PRV野毒株、PCV-2和PPV的多重PCR诊断方法,扩增产物分别为288 bp、419 bp、681 bp。敏感性、特异性试验结果显示,该PCR对3种病毒的最低核酸检测量分别为PRV 48.2 pg/L、PCV-2 36.7 pg/L、PPV 0.25 ng/L,而PRV(gE基因缺失株)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、大肠杆菌的扩增结果均为阴性。对87份自然感染病猪样品的检测结果表明,该多重PCR检测结果与单一PCR检测结果完全符合。结果表明,该多重PCR方法具有很好的特异性和敏感性,可用于临床PRV野毒株和gE基因缺失疫苗株、PCV-2和PPV的检测。