部分柿属植物TRAP标记反应体系的建立与引物筛选

为了建立柿属植物目标区域扩增多态性(TRAP)标记技术体系,对影响TRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、固定引物和随机引物浓度比5个因素进行了优化。确定优化的反应体系为:模板DNA 40 ng,buffer 1×,Mg2+1.4 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,固定引物和随机引物浓度比为11∶1,Taq酶0.5 U,反应总体积为15μL。利用柿属植物EST数据库信息设计锚定引物10条,与11条随机引物组合共110对引物。利用这些引物对柿属植物6个基因型进行TRAP-PCR扩增,其中84个引物组合能扩增出清晰条带,占引物总量的76.36%;36个引物组合表现出良好的多态性扩增,并在20份柿属植物中进行了引物验证。     

部分柿属植物TRAP标记反应体系的建立与引物筛选

为了建立柿属植物目标区域扩增多态性(TRAP)标记技术体系,对影响TRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、固定引物和随机引物浓度比5个因素进行了优化。确定优化的反应体系为:模板DNA 40 ng,buffer 1×,Mg2+1.4 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,固定引物和随机引物浓度比为11∶1,Taq酶0.5 U,反应总体积为15μL。利用柿属植物EST数据库信息设计锚定引物10条,与11条随机引物组合共110对引物。利用这些引物对柿属植物6个基因型进行TRAP-PCR扩增,其中84个引物组合能扩增出清晰条带,占引物总量的76.36%;36个引物组合表现出良好的多态性扩增,并在20份柿属植物中进行了引物验证。     

糯玉米SSR-PCR反应体系优化及多态性引物筛选

用L25(56)正交设计建立和优化糯玉米SSR-PCR反应体系;利用370对SSR引物对糯玉米两亲本及F1进行扩增,筛选抗丝黑穗病的相关引物。结果表明:20μL糯玉米SSR-PCR最优反应体系为1.5 U DNA聚合酶,1.0 nmol/μL镁离子,80 ng模板DNA,0.1 pmol/μL引物,0.15μmol/μL d NTPs,1倍扩增缓冲液;370对SSR引物对两亲本及F1进行扩增的条带显示,有差异且条带清晰的引物为87对。确立了糯玉米SSR-PCR最优反应体系,筛选并得到了87对多态性引物。     

新疆野核桃SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

利用正交设计对新疆野核桃序列相关扩增多态性PCR(SRAP-PCR)反应体系中的5个因素(模板DNA、Mg2+、引物、d NTPs、Taq DNA聚合酶浓度)在5水平上进行优化,对比不同浓度模板DNA对扩增结果的影响,建立了新疆野核桃SRAP最佳反应体系。结果表明,优化的新疆野核桃SRAP-PCR最佳反应体系为:20μL的反应体系中,2.5μg/m L模板DNA、0.4μmol/L引物、2 mmol/L Mg~(2+)、0.2 mmol/L d NTPs、25 U/mL Taq酶U;最佳PCR扩增程序的退火温度为54℃。各因素扩增结果表明,Mg~(2+)浓度对扩增反应结果影响最大,d NTPs浓度影响最小。运用该体系对新疆野核桃样本进行了验证,表明该体系扩增稳定可靠。用该体系对100个SRAP引物组合进行筛选,筛选出15个扩增条带清晰且多态性丰富的引物组合,为新疆野核桃种质资源研究奠定了基础。     

火焰兰属SRAP-PCR 体系的建立优化及验证

为建立火焰兰SRAP-PCR体系,采用U20(55)均匀试验设计,以10份火焰兰种质基因组DNA为模板,用3对SRAP引物对DNA模板、Mg2+、引物、Taq DNA聚合酶和dNTPs等5个因素的浓度进行优化组合和验证.结果表明,提取的火焰兰基因组DNA纯度高、完整性好;利用引物对Me6/Em6进行PCR扩增,对20个处理初步筛选出扩增条带较清晰,多态性丰富的处理,再用2个DNA模板进行复筛,获得最佳反应体系(20μL):模板DNA 60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、引物1.0 μmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、dNTPs 0.20 mmol/L.最后用2对引物、8份火焰兰种质来验证优化SRAP-PCR体系,其所获条带清晰,多态性丰富.     

小豆SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为探索适宜小豆SSR-PCR反应的最佳条件以筛选具有多态性的SSR引物,采用L16(45)正交设计优化影响小豆SSR-PCR反应的5个因素(Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq用量、引物浓度、模板DNA用量),利用优化后的SSR-PCR体系,以10份小豆种质为模板,对80对小豆(50对)和绿豆(30对)的SSR引物进行多态性筛选,得出小豆SSR-PCR的最佳反应体系(20μL):Mg~(2+)浓度2.5 mmol/L,dNTPs浓度1.0 mmol/L,Taq活性1.5 U,引物浓度0.6μmol/L,模板DNA用量30 ng。利用优化后的体系在小豆和绿豆引物中筛选出31对条带清晰、多态性丰富、重复性好的SSR引物,有效扩增率为38.75%。小豆SSR-PCR优化体系的建立及多态性引物的筛选为进一步开展小豆遗传育种研究奠定了基础,为小豆遗传多样性分析和遗传图谱库构建等研究提供了技术参数和理论依据。     

均匀设计与正交设计优化海岛棉RGA-PCR体系

采用均匀设计和正交设计对影响海岛棉RGA体系Mg2+、dlgIP、引物以及Taq DNA聚合酶浓度等因素进行了均匀优化和正交优化试验后建立了适合于海岛棉RGA的反应体系:在10μL反应体系中1×Buffer,Me2+2.5 mmol/L,dNTP0.25 mmol/L,引物浓度1.0 μmmol/L,Taq酶0,375 u/μL,DNA 20 ng.各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以Mg2+浓度影响最大,Taq DNA聚合酶的影响最小.运用该体系对海岛棉材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从22对RGA引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的10对引物.这一体系的建立及多态性引物的筛选为今后利用RGA标记技术进行海岛棉枯萎病研究提供了科学依据.     

蓝莓SRAP—PCR反应体系的建立优化及引物筛选

为进一步利用分子标记技术进行蓝莓品种鉴定及种质资源遗传多样性的分析,拟建立蓝莓新型SRAP标记(相关序列扩增多态性)的优化PCR体系并进行引物组合的筛选.运用改良CTAB法所提取的蓝莓幼嫩叶片的DNA,采用单因子试验,分析了模板DNA浓度、引物浓度、退火温度等影响SRAP-PCR的主要参数,建立了适合蓝莓SRAP-PCR的优化体系,20 μL的PCR反应体系:模板DNA浓度120 ng、引物浓度0.40μmoL/L、2×TaqPCR Master Mix 10 μL,剩余体积用去离子水补足;最佳PCR扩增程序的退火温度为50℃.并从80对SRAP引物组合中筛选出条带清晰且多态性丰富的15对引物组合.     

辣椒SRAP-PCR反应体系优化及杂交群体多态性引物筛选

[目的]对辣椒SRAP反应体系进行研究和优化,并利用优化体系对164对多态性引物进行筛选。[方法]采用单因素随机试验设计和L25(65)正交试验设计对辣椒SRAP反应体系中6种关键因素(退火温度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行体系优化,并以"泡椒"×"青皮大椒"的亲本和F1代为材料,利用聚丙烯胺酰胺凝胶进行筛选。[结果]辣椒SRAP-PCR的最佳反应体系为:退火温度35.5℃,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 2.25 ng/μl,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.4μmoL/L,Mg2+2 mmol/L,总体积为20μl。利用该体系,从164对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、条带稳定的31对引物组合。[结论]该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒育种中的应用奠定了基础。     

牡丹SRAP反应体系的建立及正交设计优化

采用L16(45)正交试验设计,对牡丹SRAP(sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)反应体系中的Mg2+浓度、Taq聚合酶、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度5因素4水平正交优化,建立了适合于牡丹基因组的SRAP-PCR优化扩增反应体系,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,dNTPs为0.3 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.4μmol/L,模板DNA 1.0 ng/μL,总体积20.0μL。     

鸡γ-干扰素基因在大肠杆菌中的表达

构建鸡γ-干扰素基因(lFN-γ)的融合表达质粒,并在原核系统表达。根据GenBank发表的鸡γ-干扰素核苷酸序列,使用prim er5设计一对特异性引物,通过RT-PCR技术从ConA诱导培养的鸡脾脏淋巴细胞中克隆出鸡γ-干扰素基因并对其进行测序。测序结果表明,鸡γ-干扰素基因全长495bp,具有一个完整的开放阅读框,编码164个氨基酸,与国外发表的序列同源性为100%。将序列连接到原核表达载体pET28 a(+)上,转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导后进行SDS-PAGE电泳分析。结果表明鸡γ-干扰素表达蛋白大小为20.8KD,并以包涵体形式表达。为鸡γ-干扰素生物制剂或疫苗佐剂的开发奠定基础。     

狗牙根EST-SSR反应体系优化及其遗传多样性初步分析

利用 L16（4）5正交实验设计,对新疆狗牙根 EST-SSR反应体系进行优化;并将该体系初步应用于14份新疆典型区域的野生狗牙根材料,通过聚类分析研究供试材料的亲缘关系.结果表明,新疆狗牙根 EST-SSR反应最优体系为：20μL反应体系中含模板DNA 100 ng,引物0.5μmol/L,2μL 10×Buffer,MgCl21.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U.运用该体系对14份新疆狗牙根材料进行PCR扩增,条带较清晰,可用于新疆狗牙根 EST-SSR标记的进一步研究.对14份狗牙根的多样性及其亲缘关系分析结果表明,狗牙根 Nei’s 基因多样性指数（H）变异范围为0.2077~0.3153,平均为0.2550;Shannon信息指数（I）在0.2540~0.4394.     

大花萱草ISSR-PCR最佳反应体系的建立

ISSR标记能揭示出种间、种内遗传变异情况,更好地揭示亲缘关系和遗传多样性。以大花萱草的5个品种为试材,研究了影响大花萱草ISSR-PCR扩增效果的各项因素,建立了适合大花萱草ISSR-PCR的最佳反应体系:20μL反应体系中,10×buffer 2μL,dNTP 0.2 mmol/L,Mg2+浓度1.5 mmol/L,引物浓度0.5 mmol/L,Taq酶10.002 nkat,DNA模板20 ng。大花萱草的最佳ISSR扩增反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性40 s,50℃退火45 s,72℃延伸1.5 min,共40个循环;最后72℃延伸10 min。通过该反应程序进行的大花萱草ISSR扩增可获得清晰、稳定的条带。     

SRAP分子标记用于苦荞分析中的条件优化

[目的]研究SRAP分子标记用于苦荞分析中的条件优化。[方法]采用交互正交设计L27（313）对苦荞SRAP-PCR反应体系进行了5因素（Mg2＋、dNTP、Taq酶、模板DNA和引物）3水平优化筛选,比较了非变性和变性PAGE检测方法,并进行了DYCZ-24F与DYCZ-20C2种电泳操作系统的对比试验。[结果]4个单因素（Mg2＋、dNTP、Taq酶和引物）和2个交互作用（Mg2＋×dNTP、Mg2＋×Taq酶）对苦荞SRAP-PCR有极显著影响;最佳反应体系为：20μl总体积,Mg2＋1.5mmol/L,dNTP0.2mmol/L,Taq酶1.5U,模板DNA40ng,引物0.25μmol/L,10×缓冲液2μl。运用该体系对7份苦荞材料进行扩增,电泳结果显示扩增条带清晰、多态性高、重复性好。将扩增产物进行非变性与变性PAGE和2种电泳操作系统检测,结果显示,非变性PAGE、DYCZ-24F操作系统更适合于SRAP的分析。[结论]该研究为今后构建苦荞SRAP遗传图谱奠定了基础。     

西洋杜鹃SRAP体系优化及遗传多样性分析

以西洋杜鹃Rhododendron hybridum功能叶片为试验材料,采用改良的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法提取西洋杜鹃基因组DNA,并且运用L16（4^4）正交试验设计,在4个水平上对影响西洋杜鹃相关序列扩增多态性（SRAP）反应的锾离子（Mg^2＋）浓度、Taq酶用量、三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度等4个因素进行了优化,确立了一套适用于西洋杜鹃的稳定可靠、重复性强的SRAP-PCR反应体系。实验发现,其最佳反应体系（20．0μL）为：Mgn浓度1．750mmol·L^-1,dNTPs浓度0．175mmol．L^-1,砌酶1．500×16．67nkat,引物0．200μmol·L^-1。利用该优化体系对24个西洋杜鹃花品种进行遗传多样性分析。从88对SRAP引物中筛选出10对扩增清晰且多态性高的引物,共扩增出217条带,其中多态性条带212条,多态性比率达97.35％。24个杜鹃品种的遗传相似系数变化范围为0．591～0．708,算术平均数的非加权配对算术平均法（UPGMA）聚类分析结果显示：在相似系数为0．590处将24个供试品种分为2个类群,在相似系数为0．623处又可分为2个亚群,说明该优化体系可应用于西洋杜鹃花品种鉴定及遗传多样性的研究。     

侵染丝瓜的黄瓜绿斑驳花叶病毒山东分离物分子鉴定

2013年,在山东泰安采集到疑似感染黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的丝瓜样品,利用该病毒外壳蛋白(Coat protein,CP)特异引物CG-CPF/CPR对样品进行扩增并测序。所得序列(GenBank登录号:KJ187042)经NCBI BLAST比对,与已登录的CGMMV序列的相似性均大于92.6%,确定为黄瓜绿斑驳花叶病毒。系统进化分析表明,CGMMV山东丝瓜分离物(CGMMV-SDLoofah)与辽宁分离物(CGMMV-LN)等大多数国内CGMMV分离物同聚为一个进化组,从而进一步确定了CGMMV山东丝瓜病毒分离物为黄瓜绿斑驳花叶病毒。这是首次报道黄瓜绿斑驳花叶病毒侵染丝瓜。     

光皮桦SSR分子标记体系的建立

采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B. platyphylla var. japonica和欧洲白桦B. pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记（SSR）反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应（PCR）反应的因素进行分析。结果表明：在20 μL反应体系中,模板DNA用量、Mg²⁺浓度、脱氧核糖核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度、T_aq DNA聚合酶用量分别为60 ng,1.500 mmol·L^－1,0.175 mmol·L^－1,2.500 mmol·L^－1,1.0 × 16.67 nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1 ℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度（max ident值）均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。图7表2参17     

猕猴桃AFLP分析体系的建立及其组培变异苗的动态检测

为减少猕猴桃组培过程中变异苗带来的损失,对‘Hort 16A’猕猴桃组培继代苗进行AFLP动态监测。通过试验建立了猕猴桃基因组DNA多态性的AFLP分析体系,并对R7 R11五代75个样本进行遗传多样性分析。研究结果表明：AFLP分析体系DNA最适用量为300 ng,内切酶最适用量为1 U,酶切最适时间为4 h,T4 DNA ligase最适用量为1 U,adpter最适用量为15 μL,ATP最适用量为2 μL,预扩增引物（100 μmol·L-1）最适用量为08 μL,选择性扩增Taq酶最适用量为025 μL （5 000 U·mL-1）,筛选出条带数最多的引物有8对。在遗传多样性分性中,共得到494个条带,其中多态性条带为310条,多态性比例为627%。猕猴桃组培苗继代到第9代还能较好地保持基因遗传稳定性,从第10代开始,变异率随着继代次数的增加呈明显上升趋势。     

云南松胚乳DNA提取与ISSR-PCR反应体系的建立

以云南松胚乳为试验材料,用改进的SDS法进行DNA的提取,并对其纯度、浓度及产率进行检测,结果表明：DNA扩增效果良好,完全能满足进一步试验的需要 采用单因子试验分析法分别研究模板DNA浓度、引物浓度、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶用量、dNTP浓度、退火温度对反应体系的影响,建立并优化云南松ISSR-PCR 20μL反应体系：buffer（10 mmol/L Tris-HCl,50 mmol/L KCl,0.1%Triton X-100 pH 9.0）,0.3μmol/L引物,1.5 m mol/L MgCl2,0.5 U TaqDNA聚合酶,0.2 mmol/L dNTPs,30 ng模板DNA,引物（GA）8的最适退火温度为52.5℃。