基于RNA-seq数据筛选鸡睾丸附睾间差异表达基因及其功能分析

本文旨在通过对种公鸡睾丸和附睾进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出2种组织中的差异表达基因并分析其生物学功能,探究睾丸和附睾在鸡精子发生和成熟过程中的作用.本研究共以8只公鸡的睾丸和附睾组织为对象,采用RNA-seq技术分析2种组织中的基因表达情况,筛选出差异表达基因并对差异表达基因进行GO和KEGG通路富集分析.结...     

木豆响应低温胁迫差异表达基因分析

为探讨木豆[Cajanus cajan (L.) Millsp.]响应低温胁迫的机制,本研究以1份耐低温(MD)和1份低温敏感(QZ)木豆为试验材料,经4℃低温胁迫处理后进行RNA-seq测序分析,结果表明：2份木豆RNA-seq获得了丰富的转录本信息,对转录因子和差异表达基因的基因功能进行注释。木豆响应响应低温胁迫的转录因子主要包括MYB,AP2-EREBP等;在两份材料中,GO分析发现DEGs注释在细胞组成中“膜”和生物学过程中“细胞过程”,KEGG分析均显著富集在“核糖体”通路中,而MD中还显著富集在植物激素信号转导、昼夜节律-植物等通路。通过两份材料对比,在MD材料中发现特有与耐低温相关的150个DEGs,主要为α-1,4-葡萄糖苷酶,参与碳水化合物、脂质代谢等途径。还筛选37个与耐寒相关重要差异表达基因和14条通路,并对10个DEGs进行qRT-PCR验证。本文从分子水平阐述了木豆低温胁迫下的响应机制,为未来木豆的抗寒育种奠定了理论基础。     

脱氢表雄酮对雄性小鼠睾丸组织发育的毒性作用

昆明种雄性小鼠32只,随机分为4组。脱氢表雄酮（DHEA）日摄取量分别为0（对照组）、20、40和60mg／kg,试验期52d。各组分别在42日龄、72日龄处死小鼠,分离睾丸,制作石蜡切片,HE染色,显微观察、摄影。结果显示,与对照组比较,42日龄时中、高剂量组的曲精小管断面变形,各时期的生精细胞和成熟精子数量均减少;高剂量组曲精小管内生精细胞层次基本消失,出现较大腔隙,间质发生不同程度的变化。72日龄时中、高剂量组的曲精小管断面变形。基膜变薄伴有断裂和间质受损增加。中剂量组出现畸形精子,高剂量组曲精小管中央空白区域增大,缺乏成熟精子。以上结果表明,中、高剂量的DHEA对生长期小鼠的睾丸组织结构发育有明显的毒性作用。     

基于转录组测序的饲料添加淫羊藿对番鸭睾丸组织差异表达基因分析

为研究饲料添加淫羊藿的番鸭睾丸组织相关基因和调控通路变化,本研究将60只公番鸭随机分为2组,每组3个重复,一组饲喂基础日粮（对照组）,另一组饲喂基础日粮的基础上添加量为1%的淫羊藿（实验组）。饲喂75 d结束后,测定血清生殖激素和抗氧化指标,并进行睾丸组织形态学观察和高通量转录组测序。结果显示,实验组生精上皮层数多,生精细胞数量多,管腔饱满,成熟精子多。实验组血清生殖激素中睾酮含量、雌二醇含量、促卵泡素含量和促黄体素含量均显著高于对照组,实验组血清抗氧化指标中超氧化物歧化酶含量、谷胱甘肽过氧化物酶含量、总抗氧化水平均显著高于对照组,丙二醛含量显著低于对照组。通过转录组测序分析,本研究最终得到2 414个差异表达基因,这些差异表达基因主要被注释到白细胞激活、受体等过程,主要富集于细胞因子受体相互作用、铁死亡等代谢途径和信号通路。本文研究表明饲料添加淫羊藿激活了番鸭睾丸相关基因或通路表达,对番鸭繁殖力的提高具有重要意义。     

公猪胚胎期和成年期睾丸组织转录组差异分析

睾丸是雄性动物的生殖器官,具有产生雄激素和雄性生殖细胞的功能。因此,睾丸的发育形态对猪养殖生产具有重大影响。本实验选取DLY公猪胚胎期（妊娠105 d）和成年期（日龄200 d）睾丸为研究对象,对睾丸组织进行形态学观察和高通量转录组测序,并对差异表达基因进行功能富集分析。形态学观察结果表明：相较于雄性胎猪,成年公猪生精小管直径更大,生精上皮更厚,已有完整的生精结构,并可见各发育阶段精子细胞。转录组测序结果表明,共鉴定出6 296个差异表达基因。差异基因显著富集在精子发生、多细胞生物发育和细胞分化等生物过程,可能在代谢、细胞黏附、细胞周期和AMPK等通路发挥作用。本研究结果揭示了公猪胚胎期和成年期睾丸组织的形态学和转录组学的差异,为后期猪睾丸发育研究提供参考。     

小鼠睾丸组织中转录因子Ets1、Ets2cDNA的克隆与测序

为了研究转录因子Ets1、Ets2在睾丸组织中有无表达,试验采用Trizol法提取了正常小鼠睾丸组织的总RNA,RT - PCR反应后进行序列测定.结果表明:转录因子Ets1、Ets2在正常小鼠睾丸组织中均有表达.     

小鼠睾丸组织中转录因子Ets1、Ets2 cDNA的克隆与测序

为了研究转录因子Ets1、Ets2在睾丸组织中有无表达,试验采用Trizol法提取了正常小鼠睾丸组织的总RNA,RT-PCR反应后进行序列测定。结果表明:转录因子Ets1、Ets2在正常小鼠睾丸组织中均有表达。     

基于RNA-seq技术筛选低钙培养奶牛乳腺上皮细胞差异表达基因

本研究拟利用转录组测序(RNA-seq)技术筛选低钙培养奶牛乳腺上皮细胞(CMEC)差异表达基因,为临床寻找更为准确、灵敏的奶牛低钙血症生物标志物提供方法与思路。利用RNA-seq技术对低钙组CMEC转录组测序,筛选8个差异表达基因进行定量反转录聚合酶连锁反应(qRT-PCR)验证测序结果准确性,对测序数据进行基因功能注释及通路富集分析。结果显示,2组分别得到63 910 842条和66 979 098条滤过读段,共计筛选116个差异表达显著性基因,其中上调基因52个,下调基因64个,并找到调节甲状腺素信号通路的KAT2A基因和参与甲状腺素合成的DUOXA2基因。利用qRT-PCR对测序结果中筛选的8个差异表达基因进行验证,其结果与RNA-seq结果大体一致。结果表明低钙环境影响CMEC基因表达,KAT2A和DUOXA2基因可能参与细胞钙调节。     

利用配对RNA-seq数据筛选显著差异背膘厚度松辽黑猪背最长肌差异表达基因

本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs）,找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定,选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA,并对其进行双末端转录组测序,然后,基于edgeR包的配对方法筛选差异基因,并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因,其中,188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达,402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现,有42条显著富集通路,鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等,筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。     

德州驴与泌阳驴睾丸组织mRNA与microRNA表达鉴定与分析

试验旨在探究驴睾丸组织中mRNA和microRNA的表达模式,为中国地方驴的转录组研究提供遗传数据。利用RNA-Seq和生物信息学方法分析了中国地方驴睾丸组织表达基因和microRNA,并分析了泌阳驴和德州驴品种间差异表达基因及microRNA。结果表明,mRNA平均clean reads为57837506条,Small RNA平均clean reads为9952015条,分别占原始数据的96.34%和88.86%。在驴睾丸组织中共发现24751个表达基因及1074个表达microRNAs,其中,睾丸组织表达量较高的基因为LOC106836782、XLOC_066401、HSP90AA1、TNP1和COF2,表达量最高的microRNAs为eca-miR-143、eca-miR-21、eca-miR-99a、eca-miR-148a和eca-miR-26a。对泌阳驴与德州驴睾丸组织进行差异表达分析共发现102个差异表达基因及2个差异表达microRNAs,但未富集到功能条目,说明泌阳驴和德州驴品种间差异不明显。本研究提供了驴睾丸组织mRNA及microRNA表达模式和转录组学数据,并鉴定了泌阳驴与德州驴睾丸组织的差异表达mRNA和microRNA,对驴的遗传资源研究具有一定的科学意义。     

羊睾丸组织在小鼠皮下异种移植

将幼年羊的睾丸组织块移植到小鼠背部皮下，同时用环孢素A（CsA）抑制受体小鼠的免疫功能，在不同时间阶段观察了移植的睾丸组织的存活和发育状况。结果表明，添加CsA组与不添加组的移植试验结果无显著差异；移植入的羊睾丸组织块可在受体动物中存活，体积明显增大，但不能分化以实现精子发生。经组织块培养试验发现，移植3个月后的羊睾丸组织仍有存活的精原细胞，说明受体小鼠皮下环境能长期支持羊睾丸组织块的存活。     

摩托车尾气对小鼠睾丸组织形态的影响

为研究摩托车尾气对小鼠睾丸形态的影响,用不同摩托车的尾气染毒小鼠4周后,取出睾丸制成组织切片,观察并分析睾丸组织结构的变化.结果表明,试验组睾丸生精小管内的生精细胞变得很稀疏,管腔内发现畸形精子,且精子数量减少,并有出血现象.生精小管之间的结缔组织结构变薄且不完整,其间质细胞也明显减少.还发现不同种类摩托车的尾气,对睾丸组织结构的影响也不同.     

蔬菜有机磷残留农药检测分析

蔬菜是人们生活中不可缺少的食品,随着人民生活水平的不断提高,对蔬菜的需求逐渐由数量向质量转化,因此,无公害蔬菜、绿色食品蔬菜就被提到日程上来。据调查,有机磷农药是我国广泛使用的杀虫剂,该农药能够抑制人体内乙酰胆碱酯酶的生理活性,神经传导因此受阻,引起神经麻痹乃至死亡。     

不同氧浓度下猪睾丸间质细胞转录组分析

【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd...     

蛋白酪氨酸磷酸酶Shp2基因mRNA在小鼠睾丸发育过程中的表达

为探讨蛋白酪氨酸磷酸酶Shp2 mRNA在小鼠出生后睾丸发育过程中的表达规律,本试验以16组出生后不同发育阶段的昆明种健康小鼠的睾丸组织为材料,经Real-time PCR检测小鼠出生后睾丸中Shp2基因mRNA的表达变化。结果显示,Shp2基因mRNA在小鼠出生后睾丸发育过程中连续表达,且第20~31天出现明显波动,20 d时Shp2表达量极显著增加(P<0.01),然后下降(P<0.01),在31 d再次极显著增加(P<0.01),31 d后,Shp2的表达量又逐渐恢复平稳(P>0.05)。上述结果表明,Shp2基因的连续性表达及在特定发育阶段表达量的明显波动,预示着Shp2参与小鼠出生后睾丸发育的全过程,但具体作用如何还有待进一步研究。     

氟致小鼠睾丸组织形态结构损伤的观察

选取20只20日龄的昆明小鼠,随机分为4组,分别给予含0,50,100和150 mg/L氟化钠的饮水120 d,通过石蜡组织切片观察氟对睾丸的损伤作用。结果发现,小鼠饮用含有氟化钠的水后,曲细精管管壁断裂、结构排列紊乱;生精细胞、次级精母细胞从生精上皮脱落;精母细胞胞质和胞核中出现大量的空泡样病变,且细胞的微核率增加;精子出现畸形。这说明氟对睾丸组织结构具有明显的损伤作用。     

APAP急性肝损伤小鼠肝脏组织转录组RNA-seq及相关信号通路分析

[目的]筛选与对乙酰氨基酚（acetaminophen,APAP）诱导的急性肝损伤发生发展相关的基因和关键信号通路。[方法]建立C57BL/6J小鼠APAP急性肝损伤模型。构建正常小鼠肝脏组织样本和APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天肝脏组织样本的2个cDNA文库,进行转录组测序。对获得的转录组测序数据进行组装及功能注释。使用DESeq R包（1.10.0）分析具有生物学重复的差异基因的表达,利用KOBAS软件确定KEGG信号通路中差异表达基因的静态富集。[结果]APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天与正常小鼠肝脏组织转录组相比,共有7 270个DEGs,包括3 707个显著（P<0.05）上调表达基因和3 563个显著（P<0.05）下调表达基因。在所有显著上调表达基因中,表达量变化幅度较大的是Col1a1、Gsta1、S100a6基因;在所有显著下调表达基因中,差异表达量位于前3位的基因是Slc1a2、Glul、Acaa1b。共有2 515个DEGs在316个不同的KEGG通路中富集,显著上调表达基因富集的信号通路主要是趋化因子信号通路、B细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、ECM受体相互作用信号通路等免疫和炎症相关信号通路,显著下调表达基因富集的信号通路主要是氧化磷酸化、脂肪酸降解、脂肪酸代谢、碳代谢等合成代谢信号通路。[结论]在APAP急性肝损伤过程中涉及多个信号通路的参与,趋化因子信号通路和ECM受体交互作用信号通路可能是急性损伤期中发挥主要作用的信号通路。     

有机磷农药对动物毒性作用的研究进展

有机磷化合物被用作农药已有很多年的历史。尽管有机磷农药(OPs)在世界范围内的农作物病虫害控制领域一直发挥着巨大的作用,但它们的广泛使用已对环境安全以及人类健康构成威胁。文章综述了有机磷农药对动物的毒性作用,其在动物体内吸收与代谢过程以及脱毒进展,以期为有机磷农药的生态毒性和环境风险评价提供参考。     

雄性糖尿病鼠睾丸的组织结构变化和Ghrelin表达

研究糖尿病对小鼠睾丸的组织学影响,检测分析Ghrelin在糖尿病小鼠睾丸内的表达变化特点。通过腹腔注射四氧嘧啶的方法建立糖尿病小鼠模型,分别于造模后第5、10、15天取睾丸组织,采用石蜡切片技术和HE染色方法观察糖尿病小鼠睾丸的组织学变化特点;采用免疫组化染色方法研究糖尿病小鼠睾丸内Ghrelin的表达和分布情况。HE染色结果显示,与对照组相比,随着糖尿病病程的延长,糖尿病小鼠的生精小管内生精细胞数量呈减少趋势,排列层数及紧凑程度呈现不同程度的下降,排列松散无序,并且可见精细胞从基膜脱落。免疫组化结果显示,Ghrelin在对照组小鼠睾丸的初级精母细胞和次级精母细胞的胞膜和胞质内均呈强阳性表达,精原细胞、精子细胞和精子内无阳性表达,支持细胞和睾丸间质细胞的细胞核呈阳性表达。Ghrelin在糖尿病小鼠睾丸内的表达和分布特点与对照组相似,但阳性表达水平较对照组明显增强;随着糖尿病病程的延长,组内Ghrelin表达没有明显变化。试验证实了糖尿病对小鼠睾丸发育和Ghrelin在睾丸内的表达水平均具有一定影响,提示糖尿病对小鼠的生精能力具有一定的抑制作用。     

利用免疫印迹技术检测睾丸中几种20～50ku蛋白的表达

为了建立睾丸中20～50 ku蛋白的免疫印迹检测技术,我们从蛋白提取、电泳条件、转膜条件、免疫反应条件等多方面进行了摸索。结果表明:RIPA和蛋白酶抑制剂不仅能保证蛋白提取的效率,而且可以有效防止蛋白降解;电泳时采用10%的分离胶,可以达到较好的分离效果;采用蛋白预染分子标准结合DAB染色可以获得较好的结果。利用上述程序检测了StAR蛋白、P-ERK和ERK的表达,得到了比较满意的效果。