2021—2022年湖南省PRRSV流行病学调查及基因组特征分析

【目的】了解当前湖南省猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行特点及主要流行基因型的占比情况,并明确其遗传进化关系及重组特征,为湖南省PRRS的科学防控提供参考依据。【方法】2021年3月—2022年10月,从湖南省14个市（州）396个疑似暴发PRRS的猪场采集1184份病料样品,采用荧光定量PCR检测PRRSV阳性率,统计不同季节和不同地区的感染情况;利用RT-PCR扩增部分阳性病料样品ORF5序列后进行序列相似性及遗传进化分析;将部分病料接种Marc-145细胞进行病毒分离,采用二代测序技术完成全基因组测序后进行遗传进化分析,并以SimPlot分析是否发生组重组事件。【结果】共有167份病料样品检测结果呈PRRSV阳性（检出率14.11%）,湖南省不同地区和不同季节的PRRSV样品阳性检出率分别为0～46.43%和6.95%～19.67%;高致病性PRRSV(HP-PRRSV)株、经典株和类NADC30株的占比分别为43.11%、15.57%和41.32%。共扩增获得21株PRRSV的完整ORF5序列（600～603 bp）,其中,7株与HP-PRRSV参考株的GP5氨基酸序列相...     

广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传变异分析

【目的】监测2021年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV)的分子流行动态,为PRRSV综合防控措施的制定提供参考。【方法】在广东省内不同地区PRRSV检测为阳性的37个规模猪场采集521份患病猪组织样本进行PRRSV检测。对样本进行ORF5基因测序,采用DNAStar分析ORF5核苷酸的同源性及其推导氨基酸的同源性,并用Mega7.0构建基于ORF5基因的系统遗传进化树。【结果】从37个猪场采集的样品PRRSV阳性率为24.4%,猪场阳性率为45.9%。通过测序分析获得17株来自不同猪场的PRRSV ORF5基因序列,遗传进化分析表明所有毒株均属于北美毒株（PRRSV 2）,其中有5株属于Lineage 8(JXA1-like和CH-1a-like）谱系,9株属于Lineage 1(NADC30-like和NADC34-like）谱系,3株属于Lineage 3(QYYZ-like)谱系,没有监测到Lineage 5(VR2332-like)谱系的毒株。17株PRRSV毒株的...     

中国部分地区高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学研究

 【目的】对来自2006年猪病流行爆发地的组织样品进行多种病毒的检测,确定引起本次流行的致病病原及PRRSV的分子流行病学特征。【方法】利用（RT-）PCR对采集的样品进行PRRSV北美型和欧洲型、猪圆环病毒2型（PCV2）、猪血凝性脑脊髓炎病毒（PHEV）、日本乙型脑炎病毒（JEV）以及瘟病毒的检测,对PRRSV阳性的进行ORF5的序列测定并分析。【结果】检测到16份PRRSV北美型阳性样品,PCV2阳性样品2份,其它病毒均未检到。PRRSV ORF5序列分析表明笔者分离到的PRRSV株可分为2个群。【结论】（1）PRRSV与2006年肆虐中国养猪业的猪病流行有直接关系;（2）2006年PRRSV流行株主要是以JX0612株为代表,但不同遗传特征的PRRSV也在流行。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型混合感染的流行病学调查

为研究猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪圆环病毒2型(PCV2)在我国猪场混合感染的发病情况,根据Gen Bank中PRRSV ORF5及PCV2 ORF1基因序列设计合成引物,建立了分别用于检测PRRSV、PCV2的RT-PCR及PCR方法,对2013—2015年采自吉林、辽宁、黑龙江、山西、山东、广东6省192份样品进行检测。结果发现:PRRSV感染率为22.9%,PCV2感染率为64.3%,28份样品为混合感染阳性,阳性率达14.58%。猪群中PRRSV和PCV2的感染比较普遍,混合感染率也较高,加重了疫病防控的难度。     

2022—2023年我国部分地区猪A群轮状病毒分子流行病学调查分析

【目的】探究我国部分地区猪A群轮状病毒（RVA）的分子流行病学特征,明确当前的优势基因型,为RVA科学防控与疫苗研发提供理论依据。【方法】2022年1月—2023年3月收集江苏、江西、福建、山西和贵州5省36个规模化猪场送检的434份腹泻仔猪粪便样品,采用RT-PCR检测样品RVA阳性情况,对部分RVA阳性样品的VP7和VP4基因进行扩增及测序,与各型参考序列进行多序列比对,使用MegAlign进行核苷酸序列同源比对分析,并采用MEGA 7.0的邻接法构建系统发育进化树。【结果】RT-PCR检测结果显示,434份腹泻仔猪粪便样品中RVA阳性样品为196份,阳性检出率为45.16%。2022年与2023年初的阳性检出率分别为40.37%(132/327)和59.81%(64/107)。根据样品来源地区,RVA阳性检出率最高的是江苏（57.70%）,其次是江西（55.71%）,福建、贵州和山西的RVA阳性检出率分别是35.66%、30.00%和22.23%。共获得各地区12株RVA的VP4和VP7基因序列信息,遗传进化分析结果表明,G型中G9为优势基因型（占83.4%）,G4和G5分别占8...     

新疆南疆猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学研究

【目的】确定新疆南疆猪养殖场是否存在PRRSV感染,以及感染的PRRSV毒株类型及基因特点,从而针对性的有效防制PRRS。【方法】设计7对引物,对疑似PRRS发病猪场组织样品进行RT-PCR、克隆、测序和序列分析。【结果】47例样品,35例PRRSV阳性,阳性率高达74.47%（35/47）;35株均为美洲型毒株,其中有10株属于高致病性PRRSV,占总检测样品的21.28%（10/47）,占阳性样品的28.57%（10/35）;综合分析本研究采集样品猪养殖场不存在欧洲型毒株。【结论】新疆南疆存在美洲型PRRSV感染,且存在高致病性毒株。     

猪繁殖与呼吸综合征、猪圆环病复合PCR诊断方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株(ATCC VR-2332)的部分ORF6及ORF7保守序列和已发表的猪圆环病毒株PCV-2(DQ195679)的ORF-2基因保守序列,设计合成了2对特异引物,分别扩增出大小为426 bp和631 bp特异性基因片段,通过优化RT-PCR和PCR条件,最终建立了可同时检测PRRSV和PCV-2的复合PCR诊断方法。应用此方法分别对河南省不同地区送检的15头份病、死猪的血清、淋巴结、肺、肝等组织进行检测,结果8头份PRRSV阳性,5头份PCV-2阳性,其中3头份PCV-2和PRRSV同时为阳性,其余猪为阴性,健康猪对照样品全部阴性。结果表明,PRRSV和PCV-2复合PCR诊断方法具有高度特异性和敏感性,可用于兽医临床诊断。     

云南省猪圆环病毒2型遗传进化分析

【目的】调查猪圆环病毒2型（PCV2）在云南猪群和牛群中的流行情况,明确云南PCV2毒株的遗传变异、分子进化趋势。【方法】采用PCR方法对云南省11个地区783份猪、牛的血液、粪便等样品进行PCV2病原学检测,对6份PCV2阳性样品进行全基因组扩增、克隆与序列测定,利用DNAStar软件比对分析全基因和ORF2氨基酸序列,使用MEGA软件绘制遗传进化树。【结果】检测样品的PCV2阳性率为48.73%;共测得6株PCV2全基因组序列,其中5株为1 767 bp, 1株为1 768 bp;经遗传发育分析可知,有PCV2a亚型2株、PCV2b亚型2株、PCV2d亚型2株;6株PCV2毒株同源性在94.6%～99.9%之间,与GenBank数据库中20条参考株同源性在91.4%～99.8%之间;6株PCV2亚型的ORF2都有其典型的氨基酸位点,PCV2a毒株在第80(V80L)氨基酸位点突变为与PCV2(b/d)一致,PCV2b毒株在59(R59K)、63(K63R)、190(A190T)等氨基酸位点突变与PCV2d一致。【结论】PCV2在云南猪群中普遍存在,以PCV2a、PCV2b和PCV2...     

猪繁殖与呼吸综合征新疆株ORF2-7基因的克隆及序列分析

【目的】研究新疆PRRS流行毒株的ORF2–7基因的变异及进化情况,为揭示PRRSV在新疆的流行特点提供参考,为新疆PRRS的防控提供理论依据。【方法】将新疆某规模化和散养户猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪肺脏病料进行处理,提取病毒RNA,应用PT-PCR技术扩增出4株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF2–7基因序列,并进行序列测定。【结果】PRRSV ORF2–7基因核苷酸长度为3 206bp。序列分析表明,新疆分离株XJTK-02株、XJERG-03株、XJ-04株和XJFCH-05株之间核苷酸的同源率较高,为90.3%⁹8.6%;XJTK-02株与经典PRRSV CH-1a株核苷酸同源率最高为93%;而其它3株新疆分离株与高致病性PRRSV JXA1、HuN4、JXwn06、pJX143和HPBEDV苷酸同源率较高,为95.1%98.6%;XJTK-02株与经典PRRSV CH-1a株核苷酸同源率最高为93%;而其它3株新疆分离株与高致病性PRRSV JXA1、HuN4、JXwn06、pJX143和HPBEDV苷酸同源率较高,为95.1%⁹8.9%;4株新疆分离株ORF2–7与美洲型代表株VR-2332核苷酸同源性为88.9%98.9%;4株新疆分离株ORF2–7与美洲型代表株VR-2332核苷酸同源性为88.9%⁹0.5%;而与欧洲型代表株LV4.2.1的核苷酸同源性仅为54.2%90.5%;而与欧洲型代表株LV4.2.1的核苷酸同源性仅为54.2%⁵4.6%。【结论】新疆分离株为PRRSV美洲型。     

2016—2020年浙江地区猪圆环病毒2型分子流行病学分析

为了解猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)在浙江地区的流行病学特点和遗传变异规律,本研究采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对2016—2020年采自浙江省不同地区猪场的1 725份疑似猪圆环病毒2型感染的临床病料进行PCV2的病原学检测,同时对部分阳性样品进行全基因组扩增、克隆和测序,并与Gen Bank中收录的16株参考株序列进行比对和遗传进化分析。结果表明：PCV2检测阳性的样品有359份,平均阳性率为20.8%,2016—2020年PCV2阳性率分别为38.1%、23.2%、24.1%、12.5%和10.7%;测序所得PCV2 36个全基因序列的核苷酸同源性为94.0%～99.9%,与国产疫苗株核苷酸同源性为94.7%～98.5%,与参考株核苷酸同源性为92.9%～99.8%;遗传进化分析显示PCV2 36个全基因序列可分为3个基因型,其中11株为PCV2a型,8株为PCV2b型,17株为PCV2d型,PCV2d为优势基因型;ORF2基因全长分别为705 bp(16株)和702 bp(20株),...     

2010-2012年陕西地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查

【目的】调查陕西地区猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)的分子流行病学变化趋势,为进一步预防和治疗猪圆环病毒病提供参考。【方法】于2010-2012年采集陕西西安、咸阳、宝鸡、榆林和延安等地区发病猪群中的141份样品。首先,采用PCR检测样品中PCV2感染情况;然后,通过基因型特异的PCR,检测PCV2阳性样品中PCV2a和PCV2b亚型的感染情况;最后,扩增、克隆和测序PCV2 ORF2基因编码序列,并通过生物信息学软件统计分析所获得基因序列的进化情况。【结果】141份样品中,117份检测为PCV2阳性,阳性率达82.9%,其中的33份病死猪样品中有32份检测为PCV2阳性。基因型特异的PCR检测结果显示,117份PCV2阳性样品中单感染PCV2b的为59份,单感染PCV2a的为11份,另外47份样品为PCV2a和PCV2b混合感染。对32份病死猪PCV2阳性样品的PCV2 ORF2基因序列进行比对分析,结果表明,12份为PCV2b-1A/1B亚型,16份为PCV2b-1C亚型,4份为PCV2a亚型。对各亚型ORF2氨基酸序列的分析结果表明,氨基酸的变异位点主要存在于8-47,59-101,134-169,180-210这4个区域。【结论】陕西地区猪群PCV2感染严重,并且PCV2b-1A/1B和PCV2b-1C亚型是主要流行毒株,氨基酸变异位点主要存在于Cap蛋白潜在表位区。     

京津冀地区猪圆环病毒3型的全基因组克隆与分析

【目的】监测近期在京津冀地区流行的猪圆环病毒3型毒株及其基因变异情况。【方法】以近期京津冀地区猪圆环病毒3型阳性临床样品为模板，用PCR技术扩增猪圆环病毒3型全基因组片段，随后进行基因克隆、序列测定和序列分析。【结果】PCR扩增、序列测定和BLAST比对结果显示获得4株大小都为2 000个核苷酸的猪圆环病毒3型全基因组序列。基于全基因组核苷酸分析结果显示，这4株猪圆环病毒3型与选取的国内外15株猪圆环病毒3型的同源性均达98.4%以上，系统发育树显示上述PCV3毒株所处的分支虽有所不同但却都非常近，表明不同猪圆环病毒3型毒株之间的全基因组核苷酸有非常高的同源性和保守性。基于开放阅读框2基因核苷酸的系统发育树显示上述猪圆环病毒3型毒株被分成3个分支，所得4株猪圆环病毒3型分别归属于基因型a与c,并呈现出一定的地域差异。【结论】获得了京津冀地区4株猪圆环病毒3型全基因组序列，虽然它们具有很高的全基因组核苷酸同源性与保守性，但却分属于2种基因型，并呈现出一定的地域差异。     

猪圆环病毒Ⅱ型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

【目的】建立一种能在临床上快速、准确检测猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)的TaqMan实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank中已公布的PCV-2陕西分离株的全基因序列,在PCV-2的ORF2核苷酸序列的保守区域,设计合成1条TaqMan探针和1对特异性引物;利用设计的引物扩增ORF2部分基因并鉴定后,回收PCR扩增产物,连接pMD19-T载体,转化DH5α大肠杆菌,涂布Amp+琼脂平板,挑取阳性克隆进行PCR及测序鉴定后提取质粒,作为荧光定量PCR的标准品;以标准品为模板建立检测PCV-2的TaqMan实时荧光定量PCR方法,并对该方法的灵敏度、稳定性和特异性进行评价;用建立的荧光定量方法对56份临床样品进行检测,并将检测结果与传统PCR方法进行比较。【结果】建立了PCV-2的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,其标准曲线的斜率为-3.383,R2=0.998,具有良好的线性关系;重复性试验结果表明,该方法循环数阈值Ct的变异系数(CV)为0.86%～1.02%,具有良好的稳定性;敏感性检测结果表明,该方法的最低检测限度为5.06copies/μL;特异性检测结果显示,该方法对猪圆环病毒Ⅰ型(PCV-1)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的检测结果均为阴性,对PCV-2标准品的检测结果为阳性,说明该方法具有较好的特异性。临床样品的检测中,所建立的Taq-Man实时荧光定量PCR检测方法的检出阳性率较传统PCR方法高14.3%。【结论】成功建立了PCV-2的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,该方法可用于临床上对PCV-2的检测。     

中国新疆部分地区马泰勒虫感染的差异性及系统发育分析

【目的】分析新疆南北疆马泰勒虫感染的差异性及地方流行株遗传进化距离,研究马泰勒虫遗传多样性及其感染率。【方法】采自南北疆478份疑似马匹的血样,经马泰勒虫PCR方法检测,分析马泰勒虫感染情况并应用最大似然法(ML)基于18 S rRNA基因的遗传进化树及构建系统发育树。【结果】在所采集的样品中,中国新疆北疆地区马泰勒虫感染阳性率为13.96%(25/179),中国新疆南疆地区马泰勒虫感染阳性率为27.09%(78/299)。印度、南非、西班牙、伊朗等地方株聚为一支,扩增的18S rRNA基因(MF398476、MF398477)与瑞典地方株聚为一支。【结论】中国新疆南疆马泰勒虫感染率高于北疆,南北疆马泰勒虫感染存在显著性差异(P=0.0010.05),在不同年龄段马匹的感染无显著性差异(P0.05);扩增的马泰勒虫阿勒泰、托克逊地方流行株(MF398477、MF398476)与瑞士地方株(KM046918.1)亲缘关系最近。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR鉴别诊断方法的建立

【目的】 利用RT-PCR技术建立一种在临床上便于区分猪流行性腹泻病毒（PEDV）自然感染与疫苗免疫毒株的方法。【方法】根据GenBank公布的PEDV ORF3基因序列,在其存在基因缺失区两端的保守区域设计特异性引物,对近两年采集的仔猪腹泻样品进行检测,分析流行毒株的ORF3基因,选择部分阳性样品利用鉴定引物进行RT-PCR扩增,优化其反应体系、Tm值等条件,进行鉴别诊断方法的特异性、敏感性试验,并对大量临床样品进行检测验证。【结果】从新发仔猪腹泻临床样品中克隆获得了11株PEDV的ORF3基因,序列分析显示新分离的9株ORF3基因不存在缺失,属于自然感染野毒,其与疫苗株的核苷酸同源性为95.8%—97.1%。建立的鉴别诊断方法可以特异性扩增PEDV的ORF3基因,其中获得的PEDV自然感染毒株基因片段大小约300 bp ,而弱毒疫苗株则为250 bp左右;该鉴别诊断方法与其他猪源病毒无交叉扩增,其敏感性可达到100TCID50/0.1mL,对仔猪腹泻临床样品检测结果显示,PEDV自然感染的阳性率为65.4%。【结论】 初步建立了基于PEDV ORF3基因的RT-PCR鉴别诊断方法,该方法可以用于区分自然感染的野毒和弱毒疫苗免疫毒株,为PEDV的疫情诊断和流行病学监测提供了一种特异、快速的检测方法。     

PRRSV HN-08株的分离鉴定及其部分生物学特性研究

【目的】对2008年河南省猪呼吸与繁殖综合征病毒(PRRSV)流行株进行分离鉴定,并对其生物学特性进行研究,以了解免疫猪群发病的原因。【方法】从河南省猪场采集发病猪的血清和组织,采用Marc-145细胞对其中的PRRSV进行分离及初步鉴定。应用RT-PCR法对分离株进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行ORF5基因核苷酸及推导氨基酸序列分析,同时对分离毒株进行非免疫猪人工感染试验,确定其致病性。【结果】从发病猪组织和血清中分离到1株PRRSV(HN-08株),其可引起Marc-145细胞产生细胞病变(CPE),可在Marc-145细胞中稳定传代,能被PRRSV高免血清特异性中和;从人工感染发病猪组织和血清中均分离到PRRSV。RT-PCR得到与预期大小相符的特异片段,提交NCBI鉴定为HN-08株,属美洲型PRRSV。【结论】从河南省发病猪体内分离的HN-08株属美洲型PRRSV,对猪具有很强的致病力,可引起Marc-145细胞产生CPE,病毒滴度TCID50为105.1/mL。     

3株猪流行性腹泻病毒M基因克隆与序列分析

【目的】了解近年来京津冀地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株M基因的变异情况。【方法】用RT-PCR技术从京津冀地区部分仔猪腹泻样品中扩增与克隆3株PEDV流行株M基因全长序列,并进行序列测定和分析。【结果】基因序列结果显示,3株PEDV的M基因全长均为681nt,其核苷酸同源性达99.7%以上,在系统发育进化方面属于同一簇。M基因系统发育进化关系显示,虽然这3株PEDV与中国以前PEDV流行毒株及疫苗株CV777属于不同的簇,但其与国内外其他PEDV参考毒株的核苷酸同源性均达96.5%以上。【结论】M基因仍然是检测PEDV的良好目的基因。     

陕西及周边地区PRRSV Nsp2与GP5基因变异分析

【目的】了解陕西及周边省份部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)Nsp2和GP5的变异情况。【方法】采用套式RT-PCR方法,从肝、脾、肺和血清中直接扩增Nsp2、GP5基因并克隆测序,将获得的PRRSV流行毒株序列与GenBank中30个PRRSV参考毒株进行比对分析,构建进化树。【结果】获得了13株PRRSV的Nsp2基因序列(GenBank登录号KM233849~KM233861)和12株GP5基因序列(GenBank登录号KM233862~KM233873)。基因进化树分析显示所有测定PRRSV流行毒株均属北美洲型。对Nsp2基因序列分析发现,12株PRRSV为氨基酸缺失毒株,1株PRRSV为经典毒株。发现GSXF毒株有可能是一株重组毒株。PRRSV变异株与经典株相比,GP5蛋白中存在多处氨基酸点突变。【结论】陕西猪场PRRSV流行毒株以变异株为主,同时存在经典毒株和重组毒株。     

云南省猪场猪呼吸道疾病综合征主要病原调查分析

【目的】猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex,PRDC)是引发猪场经济损失的重要原因之一,分析2016—2017年云南省部分地区规模化猪场及散养户间猪呼吸道疾病综合征(PRDC)主要病原的混合感染状况。【方法】通过PCR或RT-PCR对送检病料的猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪肺炎支原体(MH)、传染性胸膜肺炎放线杆菌(APP)和副猪嗜血杆菌(HPS) 7种主要病毒性或细菌性病原进行检测。【结果】406份送检样品中,359份为阳性,检出率为88.42%。所检样品中,既有单一携带的,又有混合感染的,PCV2阳性率最高(59.00%);APP阳性率最低(9.09%)。而混合感染以PCV2+PRRSV感染率最高(9.19%),其次为CSFV+PRRSV,感染率为4.46%,PRRSV+PRV和PCV2+MH感染率最低,二者都为0.56%;发现有三重和五重混合感染,以PCV2+CSFV+PRRSV三重感染率最高(2.51%),PCV2+PRRSV+PRV感染率最低(0.28%),CSFV+PRRSV+PCV2+APP+HPS五重感染率为0.28%;未发现四重感染。【结论】PRDC感染情况在云南省广泛存在,且致病病原复杂,所以应加强PRDC感染情况的监测以更有效地防控地方猪疫病发生。     

2014—2016年广东省规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征的流行病学调查

【目的】研究广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行情况。【方法】2014—2016年共采集广东省各规模化猪场猪组织样品1 137份进行抗原检测,血清样品9 432份进行抗体检测。对不同年份、不同季度、不同区域的PRRSV抗原抗体检测情况进行比较分析,对分离的病毒进行遗传进化分析。【结果】2014、2015和2016年的PRRSV抗原阳性率分别为30.86%、34.35%、37.50%;抗体阳性率为82.86%、68.87%、74.56%。从季度分析来看,第1季度抗原阳性率最高,为40.27%;第2季度抗原阳性率最低,为28.66%;各季度抗体水平均在70%以上。不同区域间的PRRSV感染率差异明显,粤东粤西感染率显著低于珠三角和粤北;在抗体水平上,粤东地区较低,抗体阳性率为69.51%,其他3个区域均高于75%。抗原检测阳性的样品中共分离到69株PRRSV毒株,其中有39株位于Subgenotype I亚群。【结论】广东地区PRRSV抗原阳性率呈逐年上升趋势,抗体水平较高但并不稳定,从病毒分离结果看,Subgenotype I亚群为省内主要流行亚群。