长江上游特有鱼类红唇薄鳅线粒体控制区遗传多样性研究

红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了2个谱系,表明红唇薄鳅群体发生了同域遗传分化。AMOVA分析结果显示,采样点和采样时间的群体间没有发生遗传分化。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析表明红唇薄鳅Lineage 1种群在距今0.007 5~0.055 Ma(百万年)期间发生过种群选择或扩张事件。     

长江上游中华沙鳅遗传多样性研究

测定了采自3个地理位置(宜宾、江津、思南)共45尾中华沙鳅(Botia superciliaris)的线粒体DNA控制区序列。结果显示:在所有个体913 bp序列中检测到22个变异位点,45尾个体中发现26种单倍型。中华沙鳅的平均核苷酸多样性指数π较低(0.00365),而平均单倍型多样性指数Hd较高(0.986)。中性检验Fu′sFs值为-9.49536(P<0.05)。3个群体内的Kimura 2-paramter遗传距离为0.00329～0.00417,群体间为0.00340～0.00379,群体间和群体内的遗传距离处于同一水平。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.0291(P<0.01),2.9%的变异来自群体间,97.1%的变异来自群体内;在NJ聚类树中,3个群体的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。     

长江上游中华纹胸鮡遗传多样性及遗传结构研究

为研究中华纹胸鮡(Glyptothorax sinensis)遗传多样性和遗传结构,对长江上游9个中华纹胸鮡群体(巴南、江津、合江、泸州、南溪、犍为、巧家、宁南和攀枝花)的Cyt b基因和COI基因进行分析。结果显示:341条Cyt b序列共检测出80个变异位点,65个单倍型,平均单倍型多样性(H_d)和平均核苷酸多样性(P_i)分别为0.845和0.007。109条COI序列共检测出31个变异位点,23个单倍型,H_d指数和P_i指数分别为0.774和0.005。分子方差分析(AMOVA)显示F_ST>0.5,说明中华纹胸鮡采样点群体间出现明显分化。构建的NJ树和单倍型网络结构图显示单倍型聚类形成三个高支持率的分支。     

长江上游长薄鳅Cytb基因的序列变异与遗传结构分析

采用线粒体DNA序列对长江上游长薄鳅(Leptobotia elongata Bleeker)长江干流、岷江、赤水河和嘉陵江的8个群体176尾样本的遗传结构进行了分析,长薄鳅cyt b基因序列分别检出了25个变异位点和25个单倍型,单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(π)分别为0.608 52和0.000 89。单倍型网络结构图和N J树均未显示与地理种群相关的信息。分子变异方差分析结果表明长薄鳅种群内的变异大于种群间的变异,变异主要来自种群内部,群体遗传分化不显著(F st<0.05),种群基因交流十分频繁(N m>1)。中性检验值(Tajima’s D=-2.279 09,P<0.01;Fu and Li’s D*=-4.670 47,P<0.02;Fu and Li’s F*=-4.470 16,P<0.02)和单倍型错配分布结果显示长薄鳅经历了最近的种群扩张事件。     

长江上游长鳍吻鮈群体线粒体控制区遗传多样性分析

分析长鳍吻鮈群体遗传结构和遗传多样性,为研究过度捕捞、水电开发等人类活动对长鳍吻鮈的长期生态学效应及其物种适应机制提供基础数据,同时也为该物种保护策略的制定和调整提供科学数据支持。2014和2015年,于长江上游干流江津、宜宾、皎平渡和格里坪采集长鳍吻鮈,利用线粒体控制区序列的特异性引物,通过PCR扩增以及序列测定,获得125份长鳍吻鮈线粒体控制区序列。结果表明:125尾长鳍吻鮈样品共检测到多态位点25个,单倍型30种,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.785和0.00140;中性检验(Tajima's D为-1.97524,P0.05;Fu's Fs为-31.374,P=0.000)和序列错配分布结果表明,长江上游长鳍吻鮈历史上经历过"遗传瓶颈"和种群扩张;分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间的遗传变异绝大部分来源于群体内部(99.07%),群体间无显著遗传分化(Fst=0.00933,P0.05);单倍型网络、Kinura 2-Parameter遗传距离和平均基因流均显示,4个长鳍吻鮈群体间存在广泛的基因交流,群体间无遗传分化。各群体间没有显著遗传分化,基因交流频繁,可将长江上游长鳍吻鮈作为单一的进化显著单元(ESU)进行管理。     

斑点叉尾鲴线粒体DNA控制区结构和群体遗传多样性分析

经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异.结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个.通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾鲴的控制区分为终...     

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance,K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。     

基于线粒体Cytb基因的雅鲁藏布江中游短尾高原鳅遗传多样性研究

以线粒体Cyt b基因作为分子标记对雅鲁藏布江中游10条支流中短尾高原鳅(Triplophysa brevicauda)的遗传多样性、遗传分化及种群历史动态进行分析。结果显示：125尾个体中共检测到52个单倍型,各群体的单倍型多样性(0.600～0.900)与核苷酸多样性(0.001 87～0.019 65)普遍处于较高水平。基于单倍型构建的系统发育树和进化网络图显示所有单倍型可被划分为5支谱系,各单倍型多为单一群体独享,群体间共享单倍型极少;不同谱系内各地理群体所属单倍型混杂分布,不符合群体的地理分布格局。群体间遗传分化指数检验结果表明多数地理群体间存在高度分化;分子方差分析显示组群间的遗传变异占总变异的39.51%,遗传分化水平为极显著。中性检验和错配分析表明短尾高原鳅总体和部分支流群体历史上发生过种群扩张。贝叶斯天际图进一步推断出短尾高原鳅总体在较近的历史时期(约1.12 kya)经历过快速的种群扩张和收缩,推测其种群动态受到了全新世以来青藏高原南部气候波动及水系变迁的影响。     

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

长江上游干流三层流刺网渔获物结构研究

利用2010—2012年长江上游宜宾和江津江段三层流刺网渔获物的调查数据,分析了三层流刺网的主要捕捞对象和个体大小,阐述长江上游干流渔获物结构现状。结果显示,鱼类样本共计673.32 kg,分属4目9科47种;其中,鲤科鱼类占比最大,为61.70%,其次是鲿科,为10.64%,长江上游特有鱼类11种,占鱼类总种数的23.40%。主要捕捞渔获对象多为未达到性成熟的个体。对宜宾和江津两江段三层流刺网渔获物种类、物种相似度和生物多样性指数进行了比较分析,宜宾江段鱼类39种(含特有鱼类8种),分属4目8科,江津江段鱼类40种(含特有鱼类11种),分属4目9科;江津江段渔获种类和特有鱼类数量均高于宜宾江段,宜宾和江津两个江段三层流刺网的鱼类物种相似度为81.01%;宜宾江段物种多样性指数为2.81,略高于江津江段的2.76,但两江段的多样性指数无显著差异。通过本次研究可以为分析向家坝等水电站蓄水对长江上游鱼类的影响提供数据参考,同时也为长江上游鱼类资源的保护和渔业规划提供依据。     

基于线粒体D-loop序列的长江口中华鲟幼鱼遗传多样性分析

采用线粒体DNA控制区(D-loop)序列对2015年和2017年长江口中华鲟(Acipenser sinensis)幼鱼样本进行了遗传多样性分析。2015年的682个样本共检测出11个单倍型,2017年的158个样本共检测出8个单倍型。2015年和2017年长江口中华鲟幼鱼的平均单倍型多样性(h)为0. 857±0. 006,核苷酸多样性(π)为0. 010 2±0. 005 5,均低于截流前数据(h=0. 949±0. 010;π=0. 011±0. 006)。分子变异方差分析(AMOVA)显示,中华鲟幼鱼的遗传变异主要来自于群体内,但其年度样本之间出现了中等程度的遗传分化。     

应用浮游植物生物完整性指数评价长江上游河流健康

2013年11月-2014年6月对长江上游宜宾至江津段五个断面的浮游植物进行了四次调查,共鉴定出浮游植物6门38属95种。对13个备选指标进行分布范围、判别能力及Pearson相关性分析,构建了适合长江上游的浮游植物生物完整性指数(P-IBI)指标体系,即香农多样性指数、Margalef丰富度指数、Pielou均匀度指数、浮游植物密度、硅藻密度百分比等参数指标。采用3分制法、4分制法和比值法分别对生物指标计分,评价结果显示:高庄桥、羊石处于"健康"状态;白沙处于"亚健康"状态;而江安、德感处于"亚健康"向"一般"过渡状态。综合来看,三种评价方法所反映各样点的健康状况基本一致,只是4分制法和比值法在划分评价等级上更细致,评价结果更精确。Pearson相关性分析显示:TN、pH与P-IBI值呈显著负相关(P0.05)。     

长江中游鱼类群落结构及多样性

为了解长江中游鱼类群落结构、多样性及其与环境因子的关系,2021年6月和11月在长江中游5个江段(宜昌、石首、嘉鱼、武汉、湖口)开展了鱼类和环境调查。定量分析了鱼类群落结构特征、时空分布格局及其与环境因子的关系。研究期间共采集到鱼类16 335尾,隶属6目13科50属76种,其中鲤形目鱼类最多(52种),占总种数的70%。在3种生活习性类型中,定居性鱼类物种数最多(80%);在3种摄食类型中,肉食性鱼类物种数最多(46%);在3种产卵类型中,产黏性卵鱼类的物种数最多(50%)。相对重要性指数(IRI)显示,瓦氏黄颡鱼、银鲴、三角鲂、铜鱼等中小型鱼类为优势种。平均Margalef丰富度指数为5.11、平均Pielou均匀度指数为0.63、平均Shannon-Wiener多样性指数为3.23、平均Simpson优势度指数为0.26。丰度/生物量比较曲线表明,宜昌和湖口江段鱼类群落受人类活动干扰严重,石首、嘉鱼和武汉江段鱼类群落相对稳定。Cluster和NMDS分析结果表明,长江中游的鱼类群落可划分为3个类群,宜昌为一类群;石首、嘉鱼和武汉为一类群;湖口为一类群。RDA分析结果显示,NH     

金沙江下游中华金沙鳅自然繁殖的生态水文需求研究

为支撑乌东德水电站人造洪峰生态调度方案制定，掌握刺激中华金沙鳅自然繁殖的生态水文指标和水温阈值，2017-2019年5-7月在金沙江下游巧家断面进行鱼类早期资源调查，分析中华金沙鳅卵苗径流量与同期水温、流量日上涨率、涨水持续时间等生态水文指标之间的响应关系，在此基础上提出乌东德水电站生态调度运行要求。结果表明：巧家江段中华金沙鳅产卵高峰期为5月下旬-6月中下旬，产卵高峰期起始水温不低于19.0℃；对应的洪峰过程流量日上涨率平均为358m3/s/d，涨水持续天数平均为 5d，洪峰过程2-3d后开展大规模产卵；偏相关分析表明中华金沙鳅卵苗径流量与起始水位呈负相关关系，结合乌东德水电站3-7月生态基流泄放要求，推荐人造洪峰的起始流量为1160 m3/s，对应的乌东德水文站水位为791.1m，可有效促进中华金沙鳅产卵繁殖。     

长江上游江津江段鱼类早期资源时空分布特征研究

于2009年5—7月对长江上游江津江段卵苗的时空分布进行了调查。结果显示:在5月14日、6月3日及6月9日前后该江段有卵苗汛发生,卵苗的平均密度为9.36 ind/100 m3,最大密度为37.73 ind/100 m3;经威氏符号秩次检验,卵苗密度的昼夜分布没有显著性差异(P>0.05);卵苗密度垂直分布没有显著性差异(P>0.05);在水平分布上,南岸和北岸之间的卵苗密度没有显著性差异(P>0.05),两岸和江中间的卵苗密度均存在极显著性差异(P<0.01)。     

长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区干流段鱼类群落结构特征分析

长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区位于向家坝坝下江段，随着金沙江下游梯级水电站相继蓄水运行和“十年禁渔”政策的实施，保护区干流段鱼类群落可能会发生改变。为探究“十年禁渔”前保护区干流段鱼类群落结构特征，基于该江段2017—2019年渔获物监测数据，对鱼类种类组成、生态类型、群落相似度、物种优势度、生物多样性以及群落结构稳定性等特征进行分析。结果显示，本次调查共采集到鱼类134种，隶属于7目21科83属，其中长江上游特有鱼类有27种，外来物种有12种，分别占总种类数20.15%和8.96%。鱼类群落以底层、产沉性卵、杂食性鱼类为主。等级聚类分析(Cluster)和非度量多维尺度分析(NMDS)显示，在一定的相似性水平上，保护区干流段鱼类的群落类型基本可分为3组，宜宾、泸州与合江可以聚为一组，巴南、江津分别独立成组。保护区干流优势种共有14种，其中瓦氏黄颡鱼是整个研究区域的优势种，在合江站点的优势度最高，IRI值为27.00%。Shannon-Wiener指数、Simpson指数、Margalef指数和Pielou指数变化范围分别为2.725～3.306、0.883～0.942、5.83...