我国狍子源鞭虫的分子鉴定与进化分析

为鉴定我国黑龙江省分离的狍子源鞭虫的种类及确定其在鞭虫中的分类地位,本研究首先对鞭虫进行形态学特征观察,并利用PCR方法扩增该鞭虫r DNA ITS序列,经测序分析结果表明,r DNA ITS序列全长为1 371 bp,其中ITS1、5.8S及ITS2大小分别为800 bp、163 bp及408 bp,与之前报道的狍子源鞭虫同源性达99.8%。将其与NCBI数据库中相应鞭虫ITS序列进行比对分析,并将r DNA ITS序列作为基因标记构建鞭虫属系统发生树,结果显示本研究所分离的狍子源鞭虫与其他不同宿主的无色鞭虫均处于同一个分支,因此可鉴定本研究分离的我国狍子源鞭虫为无色鞭虫。本研究为国内首次对狍子源鞭虫进行分子鉴定及系统进化分析,为草食动物的鞭虫病分子鉴别诊断和鞭虫系统进化分析研究提供依据。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8SrDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8S rDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0%和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

桑属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对桑属的 9个种 3个变种共 13份桑种质和构属构树的ITS序列进行了测定。结果表明 :桑属植物ITS1长度平均约为 189bp;桑属 5 8SrRNA为 15 2bp ;ITS2长度平均为 2 12bp ;桑属植物ITS序列G +C含量为 6 0 %左右。用DNASTAR软件构建了桑属植物ITS序列的系统发育树 ,并探讨了参试桑种质的亲缘关系。     

陕西绵羊源蛔虫的鉴定

为了鉴定分离自陕西咸阳地区绵羊小肠内的蛔虫,本试验对其雌雄虫的形态学指标进行了观察和测定,并提取其基因组DNA,对其内转录间隔区(internal transcribedspacer,ITS)进行了分析。结果显示,形态学符合羊蛔虫的基本特征;雌雄虫的ITS序列长度分别为881,883bp,陕西绵羊源蛔虫与猪蛔虫(GenBank登录号:AB571302)的ITS1序列差异(0.4%)小于绵羊源蛔虫种内差异(0.9%),ITS2在种内和种间均无差异;基于ITS1和ITS2序列构建的遗传进化树显示,绵羊源蛔虫与猪蛔虫、人蛔虫聚于一支。结果表明,绵羊源蛔虫与猪蛔虫可能是同一个种。     

细口杯环线虫形态学和分子特征分析

为探讨细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomum)的分类地位和系统发育关系,本试验利用数码显微镜对细口杯环线虫进行了形态观察,运用PCR扩增其核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列,并从GenBank中下载12种圆线虫的ITS序列,以马圆形线虫(Strongylus equinus)为外群,运用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树。结果显示,细口杯环线虫中等大小,口囊呈圆柱形,宽度大于深度,口囊底部有小齿;口囊壁前端薄,后端基部有明显的环箍形增厚;外叶冠由20～24个小叶组成,内叶冠由50～60个小叶组成;食道漏斗较小;雄虫生殖锥较长,呈圆锥形;雌虫尾部直,尾尖呈指形;所测ITS序列总长度为837bp,其中ITS1长366bp,5.8S长153bp,ITS2长318bp;ITS1的GC含量(46.0%)明显高于ITS2(39.8%);经BLAST同源性比对分析,本研究线虫ITS序列与GenBank上登录的同种线虫序列(登录号:AJ004849、Y08587)同源性达99.85%,与阿氏杯环线虫的同源性达99.0%,与杯环属内其他线虫的同源性仅为93.33%～98.45%;ITS序列种间差异远大于种内差异;系统进化分析显示,细口杯环线虫与阿氏杯环线虫的亲缘关系较近,而与杯环属内其他线虫的亲缘关系相对较远。综上所述,ITS序列可作为鉴定寄生线虫的分子遗传标记,证实所采标本是细口杯环线虫,并首次在国内报道了细口杯环线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定基础。     

细口杯环线虫形态学和分子特征分析

为探讨细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomum)的分类地位和系统发育关系,本试验利用数码显微镜对细口杯环线虫进行了形态观察,运用PCR扩增其核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列,并从GenBank中下载12种圆线虫的ITS序列,以马圆形线虫(Strongylus equinus)为外群,运用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树。结果显示,细口杯环线虫中等大小,口囊呈圆柱形,宽度大于深度,口囊底部有小齿;口囊壁前端薄,后端基部有明显的环箍形增厚;外叶冠由20～24个小叶组成,内叶冠由50～60个小叶组成;食道漏斗较小;雄虫生殖锥较长,呈圆锥形;雌虫尾部直,尾尖呈指形;所测ITS序列总长度为837bp,其中ITS1长366bp,5.8S长153bp,ITS2长318bp;ITS1的GC含量(46.0%)明显高于ITS2(39.8%);经BLAST同源性比对分析,本研究线虫ITS序列与GenBank上登录的同种线虫序列(登录号:AJ004849、Y08587)同源性达99.85%,与阿氏杯环线虫的同源性达99.0%,与杯环属内其他线虫的同源性仅为93.33%～98.45%;ITS序列种间差异远大于种内差异;系统进化分析显示,细口杯环线虫与阿氏杯环线虫的亲缘关系较近,而与杯环属内其他线虫的亲缘关系相对较远。综上所述,ITS序列可作为鉴定寄生线虫的分子遗传标记,证实所采标本是细口杯环线虫,并首次在国内报道了细口杯环线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定基础。     

新疆野兔DNA条形码筛选

旨在筛选一种用于快速鉴定新疆兔属物种的DNA条形码。本研究以新疆4种野兔共计40例样本为研究对象,以CO1、ND4、16S rRNA和ITS2为候选基因,经PCR扩增和测序后,综合分析比较候选序列在种水平上的鉴定能力。结果表明,ITS2候选片段因未获得达到测序要求的PCR扩增产物最先被排除。相较于16S rRNA,CO1和ND4在序列特征、变异特征参数和秩和检验结果上均表现出更强的变异水平,遗传频率分布图有着更宽的gap,系统聚类树的鉴定结果有着更高的鉴定准确率。而从种间变异特征、种间秩和检验结果及遗传频率分布图来看,ND4均略优于CO1。本试验综合分析得到的最优DNA条形码为ND4,候补DNA条形码为CO1。该结论可为新疆兔属物种的分类分布研究和珍稀野兔资源的保护利用等提供一定的参考依据。     

兔皮肤病原真菌的分离及其ITS序列的分析鉴定

【目的】分离发病兔场皮肤真菌病的病原,并对其ITS序列进行分析鉴定。【方法】采集病兔患病部位的皮屑、结痂进行培养,并根据形态学的特点进行鉴定;然后采用真菌ITS区通用引物对其ITS区进行PCR扩增测序,并将其ITS区序列与Gen Bank中的核酸数据库进行比对分析,确定病原真菌的生物学分类,最后对其亲缘关系进行系统发育分析。【结果】分离得到的病原真菌经形态学初步鉴定为小孢子菌属;序列比对和系统发育分析表明,该菌与Microsporum gypseum strain WCH-MG001(序列号:GU348990.1)的ITS序列具有99%的同源性,在系统发育树上也属于同一分支,从而确定该菌为石膏样小孢子菌。     

牦牛线粒体DNA D-loop区序列测定及其在牛亚科中分类地位的研究

根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,获得了九龙牦牛线粒体D-loop区全序列,并以羊亚科绵羊属绵羊作为外类群利用D-loop区序列对牛亚科代表性物种（牦牛、野牦牛、普通牛、瘤牛、美洲野牛、欧洲野牛和亚洲水牛）进行了系统发育分析。结果发现：牦牛线粒体DNA D-loop区序列全长893 bp,与普通牛源序列的同源性为87.4%,其中有17个碱基的缺失;在牛亚科内,牦牛、野牦牛与美洲野牛（美洲野牛属）间的序列差异百分比最小,为6.2%～6.8%,而与牛属中普通牛、瘤牛间的序列差异百分比较大,为10.0%～11.3%;系统发育分析发现：牦牛、野牦牛首先与美洲野牛聚为一类,说明牦牛、野牦牛与美洲野牛属间的遗传相似性较高、亲缘关系较近,而与牛属间的遗传相似性较低、亲缘关系较远;结合古生物学、形态学、分子生物学的证据,支持将牦牛、野牦牛划分为牛亚科中一个独立属即牦牛属的观点。     

兔皮肤病原真菌的分离及其ITS序列的分析鉴定

本试验的目的是分离发病兔场皮肤真菌病的病原,并对其ITS序列进行分析鉴定。采集病兔患病部位的皮屑、结痂进行培养,并根据形态学的特点进行鉴定;然后采用真菌ITS区通用引物对其ITS区进行PCR扩增测序,并将其ITS区序列与GenBank中的核酸数据库进行比对分析,确定病原真菌的生物学分类,最后对其亲缘关系进行系统发育分析。结果显示:分离得到的病原真菌经形态学初步鉴定为小孢子菌属;序列比对和系统发育分析表明,该菌与Microsporum gypseum strain WCH-MG001(序列号:GU348990.1)的ITS序列具有99%的同源性,在系统发育树上也属于同一分支,从而确定该菌为石膏样小孢子菌。     

草原革蜱和边缘革蜱的分子生物学鉴定

本研究旨在建立草原革蜱和边缘革蜱的分子生物学鉴定方法,并探讨其系统发生关系。在新疆从动物体表采集寄生蜱,形态学鉴定后,PCR扩增获得2种革蜱的16S rRNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,测序后进行同源性分析。用Mega 5.0和Mrbayes 3.2软件分别构建系统进化树,草原革蜱16S rRNA序列与GenBank数据库中已知草原革蜱16S rRNA序列聚类,而边缘革蜱COⅠ序列与GenBank数据库中已知边缘革蜱COⅠ序列聚类,与形态学鉴定结果一致。本研究结果表明,在传统形态学分类的基础上,结合分子生物学鉴定方法能简易、准确鉴定草原革蜱和边缘革蜱。     

鸱鸮科27种鸟类COⅠ序列变异及系统发育分析

鸱鸮科鸟类的种属分类仍存在一些争议。例如:渔鸮属和雪鸮属是否应并入雕鸮属,四川林鸮是一独立种还是长尾林鸮的一个亚种?线粒体DNA中细胞色素C氧化酶亚基I(CO I)基因是DNA条形编码的主要基因,被广泛应用于鸟类的物种鉴定和系统发育研究。通过测定中国产红角鸮、雕鸮和长尾林鸮C0 I基因的序列,并结合GenBank中鸱鸮科鸟类的同源序列,本文对27种鸟类进行了序列变异和系统发育分析。结果显示,鸱鸮科鸟类多数是种间变异大于种内变异,该科鸟类几乎都是同属的优先聚类。序列分歧和系统发育分析结果支持将渔鸮属和雪鸮属置于雕鸮属下。同时,相对于欧亚大陆长尾林鸮种群,日本的长尾林鸮较四川林鸮分歧更大。系统发育分析结果也支持四川林鸮是长尾林鸮的一个亚种的观点。研究为进一步明晰鸱鸮科鸟类的系统发育和分类提供了新的分子证据。     

早熟禾属植物种间关系的RAPD分析

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对10种早熟禾植物进行了基因组DNA多态性分析，对30个OPRON公司十聚体随机引物进行多态性筛选，28个可产生多态性，18个引物产生的250个DNA片段，用于计算种间的欧氏遗传相似性系数分析，在Statistic统计软件按非加权算术平均数（UPGMA）进行聚类并构建系统发育树状图，结果，10种早熟禾植物种间的亲缘关系，其变幅主要在6．7－8．5之间；其中P.botryoides与P.psilolepis之间的遗传距离最小，为6．7，其次是P.sinattenuata与P.sphondylodes遗传距离较近，为6．8，而P．sikkimensis与P.pratensis,P.sikkimensis与P.psilolepis之间的距离最远，均为10．5，这与形态学分类结果基本一致，说明RAPD分析方法可从分子生物学角度为早熟禾属植物的系统学分类提供更为有利和可靠的证据。     

犬隐球菌病病原分离与ITS区序列分析鉴定

为确定引起格力犬皮肤病发生的病原菌种属并提供科学的诊治方案,从病犬发病部位真皮层刮取病料,采用沙氏培养基对病料进行分离、培养,根据菌落形态特征与镜检结果对分离到的病原菌进行初步鉴定。采用真菌鉴定通用引物ITS1及ITS4对分离菌的ITS区序列进行PCR扩增、测序,将测序结果与GenBank中的新生隐球菌进行比对分析并构建系统发育树。结果表明,分离到的病原菌经形态学鉴定初步判定为隐球菌属真菌,其ITS区序列与GenBank中的新生隐球菌（JN939462.1和JN939461.1）的ITS序列相似性为99%,且在系统发育树上属同一分支,提示引起该犬隐球菌病的病原菌为隐球菌属新生隐球菌。     

东北地区10种蒲公英叶片比较解剖学研究

比较东北地区10种蒲公英(Taeaxacum.)叶片解剖结构,并确定其分类学意义,以期为蒲公英属分类鉴定研究提供理论依据。采用石蜡切片法对东北地区10种蒲公英叶片进行比较解剖学研究,并利用SPSS 12.0.1数据处理系统进行T值测验分析。试验表明:1蒲公英属叶片解剖结构存在很大差异,主要在海绵组织厚度,叶肉厚度、栅栏组织厚度及表皮毛有无这4个性状,可作为其种间区分的主要因子;共同点为气孔分布类型为Allium型,细胞形状为长方形和不规则近圆形;垂周壁式样一致为平直,弧形。2测定数量性状的T值检测和聚类分析结果与《中国植物志》分类结果一致。试验首次对10种蒲公英叶片解剖学进行研究报道,并确定蒲公英叶片解剖学特征的可作为蒲公英属植物分类的辅助依据,结果表明:卷苞蒲公英(Taraxacum urbanum)属于丹东蒲公英(Taraxacum antungense);戟片蒲公英(Taraxacum asiaticum)属于亚洲蒲公英(Taraxacum asiaticum);蒙古蒲公英(Taraxacum mongolicum)、台湾蒲公英(Taraxacum formosanum)和辽东蒲公英(Taraxacum liaotungense)建议归并为蒲公英(Taraxacum monguolicum),为蒲公英属植物分类研究奠定叶片解剖学基础。     

小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱的分子生物学鉴定

本研究旨在建立小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱的分子生物学鉴定方法,并探讨它们的系统发生关系。在新疆、内蒙古从动物体表采集寄生蜱,形态学鉴定后,PCR扩增测序获得3种璃眼蜱的16S rRNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ基因(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)序列后进行同源性分析。用Mega 5.0和Mrbayes 3.2软件分别构建系统进化树,亚洲璃眼蜱、小亚璃眼蜱样本16S rRNA序列与GenBank中已知相应蜱虫16S rRNA序列聚类,而残缘璃眼蜱COⅠ序列与GenBank中已知残缘璃眼蜱COⅠ序列聚类,与形态学鉴定结果一致。在传统形态学分类的基础上,结合分子生物学鉴定方法能简易、准确鉴定小亚璃眼蜱、亚洲璃眼蜱和残缘璃眼蜱。     

应用RAPD分子标记探讨拟鹅观草属的种间关系

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,分析了拟鹅观草属(Pseudoroegneria)8种1亚种和鹅观草属(Roegneria)7种植物.35个引物产生的344条DNA扩增片段中,328条(95.35%)具有多态性,利用344个RAPD标记,在NTSYS软件中,计算Jaccard遗传相似系数,建立UPGMA聚类图.结果表明:1)物种间遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性;2)R. elytrigioides、 R. alashanica和R. magnicaespes与拟鹅观草属的物种聚类在一起,表明它们与拟鹅观草属的亲缘关系较近,而与鹅观草属的亲缘关系较远;3)RAPD分子标记可以将拟鹅观草属的物种分开,而且形态相似,地理分布相同或相近的物种聚类在一起;4)RAPD结果与形态学和细胞学的分析结果一致,表明RAPD技术能为拟鹅观草属植物的系统学研究提供DNA水平上丰富的资料.     

利用ITS序列和trnL-F序列探讨赖草属6个物种的系统发育关系

本研究克隆了赖草属6个物种Leymus karelinii,L.angustus,L.racerraosm,L.arenarius,L.triticoides和Lambiguus的ITS序列和trnL-F序列,并选用3个新麦属物种的ITS序列和27个小麦族二倍体物种的trnL-F序列,均以Bromus catharticus为外类群,用最大简约法构建系统发育树.结果发现:不同组的赖草属物种分别聚在一起;赖草属植物与新麦草属植物亲缘关系较近;新麦草属植物是这6个赖草属物种的母本来源.     

利用ITS序列和trnL-F序列探讨赖草属6个物种的系统发育关系

本研究克隆了赖草属6个物种Leymus karelinii,L.angustus,L.racemosus,L.arenarius,L.triticoides和L.ambiguus的ITS序列和trnL-F序列,并选用3个新麦属物种的ITS序列和27个小麦族二倍体物种的trnL-F序列,均以Bromus catharticus为外类群,用最大简约法构建系统发育树。结果发现:不同组的赖草属物种分别聚在一起;赖草属植物与新麦草属植物亲缘关系较近;新麦草属植物是这6个赖草属物种的母本来源。