甘肃省南瓜及西葫芦小西葫芦黄花叶病毒病鉴定

利用双抗夹心酶联免疫吸附测定(DAS-ELISA)的方法对甘肃出入境南瓜、西葫芦种子及采自河西地区显症病株叶片进行检测,在种子及病叶组织中均检测到ZYMV病毒,其中南瓜种子带毒批次占12.5%,西葫芦种子带毒批次占11.8%。根据已报道的小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus)基因组核苷酸序列,设计引物扩增其外壳蛋白(CP)基因,以ELISA阳性种子或病叶组织总RNA为模板,进行RT-PCR扩增,对预期大小的扩增产物进行测序,结果表明扩增获得的核苷酸序列与世界各地的ZYMV分离物CP基因具有高度一致性,综合ELISA检测和RT-PCR的结果,确定南瓜、西葫芦种子可携带ZYMV,且ZYMV是侵染甘肃瓜类作物的重要病毒种类。     

两种葫芦科病毒的分子检测和致病性研究

 小西葫芦黄化花叶病毒(ZYMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)是浙江及其周边地区侵染葫芦科植物最主要的病毒种类。本文通过RT-PCR和基因克隆,获得了侵染南瓜的CMV杭州分离物(HZ01S10)的3'端序列,通过CP氨基酸序列同源性分析,确定其属于CMV亚组I;分别以³²P标记的ZYMV和CMV基因组cDNA作为探针,用RNA点杂交方法定点检测了浙江地区自然感病的葫芦科作物中以上2种病毒的发生情况。ZYMV和CMV在葫芦科作物上的发生表现出显著的季节性差异:夏季CMV发生普遍,只有部分南瓜和甜瓜感染ZYMV;ZYMV则主要发生在秋季,同一时期未检测到CMV。此外,幼苗期接种试验显示:以上2种病毒对西葫芦(早青一代)、丝瓜(中长)、黄瓜(津绿4号)的致病性存在明显差异,供试西葫芦对ZYMV比较敏感,供试丝瓜对CMV更敏感,而供试黄瓜品种对以上2种病毒均表现抗病。复合侵染在丝瓜和西葫芦上加重病害发生程度。     

侵染西瓜的5种病毒ZYMV、WMV、TMV、SqMV和CMV的多重RT-PCR检测体系的建立与检测应用

 根据5种病毒小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、南瓜花叶病毒(Squash mosaic virus,SqMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的核苷酸保守区序列,设计特异性引物对,从影响多重RT-PCR (mRT-PCR)扩增的引物浓度、Mg²⁺浓度、Taq DNA聚合酶浓度、dNTPs浓度、退火温度等方面进行反应体系的优化,建立了一种能够同时检测ZYMV、WMV、TMV、SqMV和CMV的多重RT-PCR技术体系,并进行了实际应用。在一个体系中对上述5种病毒复合侵染的西瓜材料进行多重RT-PCR扩增,得到与试验设计相符的5条特异性条带,依次是542、485、410、354和293bp。该体系实现了对侵染西瓜的5种病毒的同时检测,极大地提高了检测效率,降低了检测成本,体现了多重RT-PCR的优越性。     

RT-PCR和实时荧光RT-PCR一步法检测大豆中菜豆荚斑驳病毒

针对进口大豆的菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,BPMV)检测,建立了一步法RT-PCR和一步法实时荧光RT-PCR检测方法.依据BPMV的外壳蛋白编码基因设计了特异引物和特异Taqman探针,特异引物的扩增片段约为500bp,阳性质粒的实时荧光PCR方法的检测下限为20fg/μL,是一步法RT-PCR方法的100倍,检测时间由约8 h缩短至4 h.种脐灰色斑驳的大豆种子BPMV检测呈阳性,种脐黑色斑驳的大豆种子BPMV检测呈阴性.     

运用一步法RT-PCR检测柑橘鳞皮病毒及其在橘橙不同部位中的全年分布

2005年5月到2006年4月逐月采样,运用一步法RT-PCR检测Citrus psorosis virus(CPV)在Dweet橘橙苗木叶片和枝皮中的分布。保存在控温温室中的Dweet橘橙病株中老叶、老皮、嫩叶和嫩皮全年都可以检测出CPV;保存在网室中的Dweet橘橙病株中老叶、老皮全年均能检测到CPV,而夏梢的嫩叶、嫩皮不能稳定地检测出CPV,春、秋梢的嫩叶、嫩皮均可检测到CPV,表明一步法RT-PCR检测CPV最佳取样部位为老叶和老皮。     

小西葫芦黄花叶病毒外壳蛋白基因的克隆及序列分析

 以小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)的中国分离物(CH-87)接种发病的叶片中提取的总RNA为模板,经RT-PCR扩增获得ZYMV CP基因,将其克隆到pUCm-T质粒上进行序列分析。结果表明该CP基因由837个核苷酸组成,编码279个氨基酸。与已发表序列相比较,该CP基因与国际上已报道的4个基因型不同,应属于新的基因型,暂命名为基因型Ⅴ。     

应用RT-PCR方法检测水稻植株和介体昆虫体内的水稻齿叶矮缩病毒

 将生物学接种和RT-PCR检测水稻植株体内的水稻齿叶矮缩病毒的方法进行了比较,发现结果基本趋于一致,但总体上RT-PCR检测阳性率稍高于生物学接种的发病率。将生物学接种检测褐飞虱介体内水稻齿叶矮缩病毒方法与RT-PCR检测方法进行比较分析,发现RT-PCR方法可以检测单头褐飞虱体内的水稻齿叶矮缩病毒,具有很高的准确性和灵敏度。     

合肥地区发生的西瓜花叶病的病原鉴定

 从合肥市郊区的西瓜病叶上分离出一病毒分离物,该分离物的热钝化温度为60~65℃,稀释终点为10^-4~10^-5,寄主体外存活期为20~23 d,电镜观察病毒粒子约750 nm×13 nm。参考已发表的小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV) CP基因序列设计引物,RT-PCR扩增得到CP基因片段。将该CP片段克隆到pGEM-3Zf (+)中,测序结果表明,该CP基因全长840 nt,共编码279个氨基酸,与国内报道的ZYMV CP基因的核苷酸序列同源性为83.0%~97.3%,氨基酸序列的同源性为91.8%~99.8%,证明该分离物为ZYMV。     

应用RT-PCR和dot-ELISA方法检测单头灰飞虱体内水稻条纹病毒

本文比较了RT-PCR和dot-ELISA两种方法对单头灰飞虱携带水稻条纹病毒(Rice stripe virus,RSV)的检出率、检测灵敏度和检测成本。结果表明,两种方法均能检测到单头灰飞虱体内的RSV,RT-PCR检测单头灰飞虱体内RSV的阳性检出率比dot-ELISA方法低11.79%~15.77%,但RT-PCR的检测灵敏度比dot-ELISA高10倍,RT-PCR技术的检测成本比dot-ELISA的高。结果暗示,对于单头介体昆虫中的病毒检测,RT-PCR技术的检出率不一定比dot-ELISA的高。综合考虑后,如对室外大批量灰飞虱进行带毒率检测时可采用dot-ELISA方法,如需准确分析单头灰飞虱体内RSV时可采用RT-PCR方法。     

小西葫芦黄花叶病毒山东南瓜分离物的分子特性

 Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) was detected by RT-PCR from pumpkin (Cucurbita moschata) plant showing yellowing and mosaic symptom from Liaocheng, Shandong Province. The 3'-termial 1 684 bp genomic sequence covered 633 bp of NIb encoding sequence, 840 bp of cp gene and 211 bp of 3'-untranslated region of the isolate ZYMV-Liaocheng was determined. The cp gene of ZYMV-Liaocheng shared identities of 81.4%-98.8% and 89.4%-99.5% at nucleotide and amino acid levels, respectively, with other ZYMV sequences available in the GenBank. Phylogenetic analysis indicated that ZYMV could be clustered to 6 genotypes. ZYMV-Liaocheng belonged to genotypeⅠ, which contained isolates from Asia, Europe and America. Genotypes Ⅲ and Ⅴ were unique and contained only isolates from East Asia. The isolates from East Asia had the highest variability.     

玉米褪绿斑驳病毒3种PCR检测方法的建立与比较

 以带有玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)的玉米叶片为材料,研究建立了MCMV 的普通RT-PCR、TaqMan 实时荧光RT-PCR 和SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR 检测方法,并比较了3种方法的灵敏度。结果表明:TaqMan 实时荧光RT-PCR 的检测灵敏度最高,最低检出量可达1.61 fg,SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR 略逊之,普通RT-PCR 的检测灵敏度则相对较低,与前两者相差10~100倍。     

葡萄卷叶伴随病毒2实时荧光定量RT-PCR技术的检测应用

通过引物筛选和体系优化建立了葡萄卷叶伴随病毒2 Grapevine leafroll-associated virus 2(GLRaV-2)的SYBR GreenⅠ染料法实时荧光定量RT-PCR检测技术。该技术标准曲线扩增效率为102.2%,决定系数为0.999,最低检出限可达10-3稀释梯度,是常规RT-PCR的100倍。对不同季节和不同部位葡萄样品的检出率普遍高于常规RT-PCR。春夏秋季样品检出率分别为67%、89%和86%,比常规RT-PCR检出率分别高42%、28%和17%。冬季休眠枝条检出率最高(100%),与常规RT-PCR相同。夏季老叶柄和卷须、秋季和冬季枝条等样品检测效果最好,检出率均为100%。对来自我国17个省38个品种的116份田间葡萄样品检测结果表明,qRT-PCR共检测到10个样品为阳性,检出率略高于常规RT-PCR。     

应用细菌磁颗粒实时荧光RT-PCR检测南瓜花叶病毒

 A novel real-time RT-PCR method, BMPs based real-time RT-PCR which integrated with magne-tic separation technique of bacterial magnetic particles(BMPs), was set up for detection of Squash mosaic virus(SqMV).After SqMV particles in crude sap were concentrated by BMPs, viral RNAs were released and detected by real time RT-PCR.The results indicated that BMPs based real-time RT-PCR was efficient, and the detection sensibility was equivalent to that of the Trizol based real-time RT-PCR, of which Trizol reagent was used for viral RNAs extration.Comparing to Trizol-based method, the BMPs-based method had advantages of simplicity on operation, time saving for RNA extraction and without using noxious organic chemicals.     

葡萄卷叶病毒RT-PCR检测技术

为调查葡萄植株携带葡萄卷叶病毒(GLRaV)的情况，以带毒和非带毒指示植物“品丽珠”为试验材料提取总RNA，并以此总RNA为模板进行RT—PCR扩增，建立了GLRaV的RT—PCR检测体系，并对GLRaV cDNA序列进行测定，结果成功地检测到了GLRaV。经多次试验证明，该检测结果准确可靠，可以用于GLRaV的检测。     

应用实时荧光定量RT-PCR高效检测葡萄病毒B

 本研究建立了葡萄病毒B的 SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线扩增效率102.4%,相关系数0.999,最低检测限达10^-4倍稀释cDNA,灵敏度为常规RT-PCR的100倍。重复性试验组内和组间变异系数分别为0.00%~0.65%和0.02%~2.00%,表明检测稳定性好。该技术对田间葡萄样品检测适用范围广,对枝条和老叶柄检测效果最好,冬季枝条和春夏秋季所有老叶柄样品检出率均为100%,与常规RT-PCR检测结果一致。对于其他季节或部位样品,RT-qPCR检出率(43% ~74%)则普遍高于常规RT-PCR(5% ~71%),特别是春季样品和春夏秋季所有嫩叶样品,检出率比常规RT-PCR分别高31% 和38%。对来自我国13个省21个品种的52份田间葡萄样品检测结果表明, RT-qPCR共检测到6个样品为阳性,检出率11.5%,为常规RT-PCR(检出率5.8%)的2倍。     

应用实时荧光定量RT-PCR高效检测葡萄病毒B

 本研究建立了葡萄病毒B的 SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线扩增效率102.4%,相关系数0.999,最低检测限达10^-4倍稀释cDNA,灵敏度为常规RT-PCR的100倍。重复性试验组内和组间变异系数分别为0.00%~0.65%和0.02%~2.00%,表明检测稳定性好。该技术对田间葡萄样品检测适用范围广,对枝条和老叶柄检测效果最好,冬季枝条和春夏秋季所有老叶柄样品检出率均为100%,与常规RT-PCR检测结果一致。对于其他季节或部位样品,RT-qPCR检出率(43% ~74%)则普遍高于常规RT-PCR(5% ~71%),特别是春季样品和春夏秋季所有嫩叶样品,检出率比常规RT-PCR分别高31% 和38%。对来自我国13个省21个品种的52份田间葡萄样品检测结果表明, RT-qPCR共检测到6个样品为阳性,检出率11.5%,为常规RT-PCR(检出率5.8%)的2倍。     

番茄褐色皱果病毒SYBR GreenⅠ实时荧光RT-PCR检测方法的建立和应用

根据番茄褐色皱果病毒（tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV）外壳蛋白（coat protein,CP）的保守基因序列设计1对特异性引物,建立了基于SYBR Green I的ToBRFV实时荧光RT-PCR检测方法,并对其进行了特异性、灵敏度检测,对自然感染ToBRFV的番茄、辣椒种子进行了检测验证。结果表明,构建的实时荧光RT-PCR检测ToBRFV阳性的番茄种子总RNA和重组质粒标准品的检测低限分别为0.2 ng/μL和50.0拷贝/μL,均为普通RT-PCR检测灵敏度的100倍;对番茄花叶病毒（tomato mosaic virus,ToMV）、番茄环斑病毒（tomato ringspot virus,ToRSV）、番茄黑环病毒（tomato black ring virus,TBRV）、番茄斑萎病毒（tomato spotted wilt virus,TSWV）、辣椒轻斑驳病毒（pepper mild mottle virus,PMMoV）、烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus,TMV）和烟草环斑病毒（tobacco ri...     

应用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测柑桔衰退病毒

 根据柑桔衰退病毒(CTV)P20基因序列设计cquctv9/cquctv10特异引物对,以柑桔RNApolymeraseⅡ基因作为内参照,建立了柑桔衰退病的常规RT-PCR快速检测体系;依据柑桔衰退病毒P20基因序列设计cquctv1/cquctv2特异引物对和TaqMan探针cquctvp1,建立了柑桔衰退病荧光定量RT-PCR快速检测体系。常规RT-PCR检测下限是含有CTV的50pg总RNA,荧光定量RT-PCR法的检测下限是2fg纯CTV片段。荧光定量RT-PCR的灵敏度相对比常规RT-PCR高100倍。利用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR体系对从2005年3月到2006年7月采自田间的样品进行检测,结果表明,2种检测体系都有很好的特异性和准确性;对183个田间柑桔苗木样品带毒率检测结果表明,荧光定量RT-PCR检出率为(82.5%),比常规RT-PCR检出率(73.2%)高。     

南方水稻黑条矮缩病毒检测方法的比较

为明确南方水稻黑条矮缩病毒（Southern rice black-streaked dwarf virus, SRBSDV）检测方法的最佳适用范围,对其现有检测方法Real time RT-PCR、RT-LAMP、RT-PCR的灵敏性及特异性进行了比较,并分析了依据SRBSDV单克隆抗体3F1建立的斑点免疫结合印迹（dot immunobinding assay, DIBA）方法对检测植物寄主和白背飞虱Sogatella furcifera Horvth的特异性。结果表明,灵敏性以Real time RT-PCR方法最高,其次为RT-LAMP方法,而普通RT-PCR方法相对较低。这3种方法均可特异性检测SRBSDV植物寄主和白背飞虱;DIBA方法可以满足SRBSDV和水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarf virus, RBSDV）植物寄主和白背飞虱大量样品的检测,但不能区分SRBSDV和RBSDV。Real time RT-PCR方法实现了短时间内对SRBSDV RNA拷贝数的相对定量;RT-LAMP方法全程恒温反应,无需热循环仪。