PCR-DGGE技术及其在微生物群落结构研究中的应用

PCR-变性梯度凝胶电泳（PCR—DGGE）技术具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点，是一种被广泛应用于环境生态学中微生物群落多样性、动态性分析和功能细菌跟踪的指纹识别技术。本文介绍了PCR—DGGE分析技术的基本原理和方法，并就该方法在对生态环境中、动物和人体内微生物群落结构的研究应用情况做了综述，并对该技术自身存在的局限性和应用前景进行了评价。     

DGGE技术及其在瘤胃微生物多样性研究中的应用

基于可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术已经成为微生物群落多样性和动态分析的强有力工具。本文在阐述PCR—DGGE原理及流程的的基础上,对DGGE技术在瘤胃微生物多样性研究中的具体应用及其局限性与改进方法进行了全面阐述。     

变性梯度凝胶电泳(DGGE)的研究进展

DGGE技术是由Fischer等于1979年提出的一种用于检测DNA突变的电泳技术[1],之后Myers等首次在DGGE的引物中使用"GC夹子",使得突变检出率大大提高,从而进一步完善了该技术。1993年,Muyzer等将DGGE技术应用于微生物的生态学研究,并且证实了该技术在研究自然界微生物群落的种群差异性和遗传多样性方面具有突出的优越性[2]。与传统的菌种分离培养技术及生理生化指标检测相比,DGGE技术通过对微生物群落的核酸信息进行分析,能更准确、更快速的对菌群进行鉴定,同时可鉴定出自然状态下不可培养的菌株。由于DGGE技术具有重现性高、可靠性强和高效快捷等优点[3],现以用于微生物群落的复杂性分析、检测微生物种群动态变化、对比细菌的富集培养及分离培养、单基因组中r RNA的多样性分析、DNA提取方法比较等方面,在废水、海洋、森林、土壤等环境样品研究以及发酵工艺、植物内生真菌研究、种群演替规律研究等领域广泛应用。     

变性梯度凝胶电泳（DGGE）的研究进展

DGGE技术是由Fischer等于1979年提出的一种用于检测DNA突变的电泳技术[1],之后Myers等首次在DGGE的引物中使用“GC夹子”,使得突变检出率大大提高,从而进一步完善了该技术。1993年,Muyzer等将DGGE技术应用于微生物的生态学研究,并且证实了该技术在研究自然界微生物群落的种群差异性和遗传多样性方面具有突出的优越性[2]。与传统的菌种分离培养技术及生理生化指标检测相比,DGGE技术通过对微生物群落的核酸信息进行分析,能更准确、更快速的对菌群进行鉴定,同时可鉴定出自然状态下不可培养的菌株。由于DGGE技术具有重现性高、可靠性强和高效快捷等优点[3],现以用于微生物群落的复杂性分析、检测微生物种群动态变化、对比细菌的富集培养及分离培养、单基因组中rRNA的多样性分析、DNA提取方法比较等方面,在废水、海洋、森林、土壤等环境样品研究以及发酵工艺、植物内生真菌研究、种群演替规律研究等领域广泛应用。     

DGGE技术在瘤胃微生物多态性研究中的应用

变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性和动态性分析.本文对DGGE技术的原理、优点、在瘤胃微生物群落多样性和动态性分析方面的应用结果及今后的发展方向进行了全面论述,为更好地认识和应用该技术提供了参考.     

PCR-DGGE分子技术及其在畜牧业中的应用

传统的以微生物培养为手段的研究方法极大地限制了对微生物的研究。作者综述了以16S rRNA 为主要研究对象的DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术的原理及优缺点,以DGGE为主要手段结合PCR 扩增分析对微生物的群落结构和多样性研究的最新动态。     

DGGE技术在瘤胃微生物多态性研究中的应用

利用传统的方法很难鉴别瘤胃微生物的差异,变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术就很好地解决了该问题.DGGE是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性和动态性分析.     

瘤胃微生物生态研究方法评述

瘤胃微生物生态研究方法主要经历了微生物纯培养、混合培养、微生物分子生物学技术[(从瘤胃中提取DNA,进行PCR-16S rDNA(rRNA)技术]、变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术),在不同程度上揭示了瘤胃微生物群落丰富的多样性和生态功能.但由于各种方法本身的局限性,限制了人类对瘤胃微生物的全面了解,现代生物技术和传统微生物研究方法的配合将为瘤胃微生物生态研究提供较好的前景.     

DGGE技术在瘤胃微生物多态性研究中的应用

利用传统的方法很难鉴别瘤胃微生物的差异,变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术就很好地解决了该问题。DGGE是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性和动态性分析。     

荣昌、长白、杜洛克猪肠道微生物ERIC-PCR-DGGE指纹图谱比较分析

为了解荣昌猪与外种猪肠道微生物间的差异,通过提取荣昌、长白、杜洛克猪不同生长阶段粪样总DNA,进行ERIC-PCR扩增及其DGGE指纹图谱的比较分析.结果表明:ERIC-PCR-DGGE技术是一种有效的分子微生态分析技术,它能较好地反映猪肠道微生物群落构成.在哺乳、断奶和经产三个阶段的指纹图谱中,不同品种猪粪样微生物种...     

PCR-DGGE技术及其在动物肠道微生态学研究中的应用

本文综述了PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析微生物多态性的原理,介绍其特点和技术步骤,并列举了DGGE技术在微生态学研究中的应用实例,说明PCR-DGGE方法作为研究动物肠道微生态系统的新方法,将会发挥更大的作用。     

应用PCR-DGGE分析南美白对虾肠道微生物多样性

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样品的优势群落明显。结果表明,PCR-DGGE是研究水产动物肠道微生物多样性的可行方法。     

采用PCR-DGGE技术分析蛋鸡肠道细菌种群结构及多样性

利用基于16S rDNA的PCRDGGE（变性梯度凝胶电泳）图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员,分析蛋鸡年龄和肠段部位对微生物群落结构和多样性的影响。肠道菌群DGGE图谱显示肠道部位对细菌种群结构影响很大,盲肠内微生物的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的微生物多样性比较低。十二指肠内细菌与其它肠段相比差异最大,其次是盲肠与其它肠段细菌组成的差异。随着蛋鸡周龄的增加,消化道微生物经历了由简单（2周）到复杂（4周）,再回复简单（6周）到复杂（8周）的变化过程。DGGE图谱中共性条带序列分析表明8周龄蛋鸡消化道前段的优势细菌是三得利乳杆菌（Lactobacillus suntoryeus）、索氏梭菌（Clostridium sordellii）和大肠杆菌,盲肠中的特异性条带主要是各种不可培养的细菌以及超巨巨单胞菌（Megamonas hypermegale）和梭菌属细菌（Clostridium spp）。该研究结果表明蛋鸡肠道部位决定细菌群落的结构和多样性,蛋鸡的周龄影响肠道细菌多样性。     

PCR-DGGE实验技术在畜牧科学研究中的应用

本文综述了以变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)为主要手段结合聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)实验技术的基本原理、主要实验流程,优缺点以及它在畜禽肠道等微生物的群落结构和多样性研究的最新动态。     

分子生物学技术在瘤胃细菌多样性研究中的应用

反刍动物的瘤胃是一个复杂的厌氧微生态发酵系统,研究其瘤胃微生物区系组成与功能已成为反刍动物营养学的重要内容,分子生物学技术是开展瘤胃微生物研究的重要技术手段。本文就变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、16S r DNA序列分析、宏基因组技术、DNA芯片技术等在瘤胃细菌多样性研究中的应用情况进行了总结与归纳,为今后开展此方面研究工作提供技术参考。     

应用PCR-DGGE分析肉鸡呼吸道中细菌多样性

从不同养殖时期的肉鸡呼吸道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200 bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析以及对条带的测序鉴定,发现样品的优势菌群明显。结果表明,PCR-DGGE是研究动物呼吸道微生物多样性的可行方法。     

运用PCR-DGGE分析比较瘤胃中不同饲料固相粘附微生物区系

通过研究奶牛瘤胃中苜蓿、青贮玉米和羊草3种饲料固相粘附微生物菌群结构,分析比较附着于不同粗饲料微生物区系的差异。选择3头健康且体质量相近的装有永久性瘤胃瘘管的中国荷斯坦奶牛,将苜蓿、青贮玉米和羊草分别装入尼龙袋,在瘤胃中孵育24h后取出,PBS洗脱获得固相粘附微生物,提取总DNA,采用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)分析群落结构,选取清晰条带测序后构建系统发育树。不同样品的DGGE图谱条带的数目和条带颜色深浅有一定差异;苜蓿与青贮玉米和羊草间相比相似性较低,青贮玉米与羊草间的相似性较高;3种饲料及瘤胃内容物固相粘附微生物的Simpson多样性指数差异显著(P0.05),Shannon-Wiener多样性指数差异不显著(P0.05);3种饲料固相粘附微生物条带近源种分别归属Butyrivibrio sp.、Fibrobacter sp.、Prevotella sp.、Succiniclasticum sp.、Pseudobutyrivibrio sp.5个属。3种饲料固相粘附微生物的种群构成存在差异。     

一种快速的酸奶质量跟踪监测检验新方法

分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR—DGGE（denaturing gradient gel electrophotesis，变性梯度凝胶电泳）指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测。共收集了6个生产批次的18个酸奶样品，通过建立16S rDNA V3区PCR—DGGE分析、DGGE图谱条带割胶回收测序等一套完整的检测评价方法．结合常规分离培养方法．对样品微生物组成及其稳定性进行跟踪监测。结果显示。所有供试样品在整个动态监测期内DGGE指纹图谱都出现2条带．显示。其微生物组成比较稳定．割胶回收测序结果表明其微生物组成与厂家标注完全一致．分别为Lactobacillus delbrueckii subsp．balgaricus（保加利亚乳杆菌）和Streptococcus thermophilus（嗜热链球菌）。分离计数结果表明前者比后者低3个数量级．二者的DGGE条带亮度也有显著差别。本研究用菌种组成及其稳定性两个指标对酸奶样品质量进行评价，建立了DGGE评价方法，结果表明。该技术可以作为酸奶质量控制和动态监测的快速简便的新方法。     

牛奶微生物群落与奶牛乳腺健康和犊牛胃肠道发育的关系

微生物非培养技术的重大进展以及生物信息学技术的发展,使得人类对牛奶微生物这一复杂的群落有了新的认识,即牛奶微生物群落具有丰富的多样性和多方面的生物学作用,并且可以直观反映奶牛机体的代谢水平并影响新生犊牛的营养代谢与健康。因此,本文总结了奶牛牛奶微生物群的最新研究成果,重点描述了牛奶微生物的内源性途径假说,讨论了其在奶牛乳腺健康与犊牛胃肠道发育中的重要作用,并概述了包含16S基因组学和宏基因组学等在牛奶微生物研究中的应用。     

动物胃肠道微生物研究技术的应用进展

随着现代分子生物学技术的快速发展,动物胃肠道微生物领域的研究技术也进入了一个新的阶段。文章从传统及现代分子生物学两方面介绍了几种常用的研究动物胃肠道微生物技术及其应用进展,主要包括:传统微生物培养技术、16S r DNA序列分析技术、16S rRNA序列分析技术[变性梯度凝胶电泳(DGGE)、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、单链构象多肽性(PCR-SSCP)、末段限制性长度多态性(T-RFLP)]、ERIC-PCR技术、RAPD技术等,并对动物肠道微生物研究技术的发展进行了展望。