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1.
为探明湘黔山区稻田养殖呆鲤群体的遗传多样性现状,采用14对微卫星引物对湘西永顺、怀化藕团、黔东南锦屏县的呆鲤养殖群体与湘江野鲤自然群体、兴国红鲤养殖群体的遗传多样性及群体间的遗传分化水平进行研究。结果显示:14个微卫星位点平均等位基因数为16.571~19.214,平均有效等位基因数为9.420~11.143,各群体的平均遗传观测杂合度为0.705~0.778,平均期望杂合度为0.884~0.893,平均多态信息含量为0.883~0.891;各位点群体间的遗传分化系数平均值为0.017,基因流为3.088~27.730,5%的遗传变异来自于群体间,而95%的变异来源于群体内个体间和个体内。试验结果表明,本次采集的5个群体均具有较高的遗传多样性,群体间存在一定的基因流动且遗传分化较弱,在长期的稻田养殖条件下,呆鲤群体遗传多样性未下降,未与湘江野鲤产生明显分化,但藕团呆鲤与湘江野鲤产生了一定的遗传分化。 相似文献
2.
基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析 总被引:2,自引:2,他引:2
选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。 相似文献
3.
利用多态性好的20对微卫星引物,对中国日照、黄岛、蓬莱和韩国的4个魁蚶地理群体进行了遗传多样性分析。结果显示,20个位点在4个群体中的等位基因数为3~17,平均等位基因数为8.35,平均有效等位基因数为6.2306;观测杂合度(He)为0.4667~0.9667;期望杂合度(H。)为0.6198~0.9318;多态信息含量(PIC)为0.5301~0.9093,表现出高的遗传多样性水平。4个群体间的遗传分化指数(Fst)在0.0132~0.0314之间,呈现出较低的遗传分化。群体间的遗传距离在0.1255~0.2458之间;通过构建UPGMA聚类树,显示日照群体和黄岛群体最先聚类,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类,说明中国群体与韩国群体亲缘关系较远。 相似文献
4.
利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3~8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5~0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6~0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84%)来自群体内,仅有7.16%的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大. 相似文献
5.
为了掌握元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)3个连续选育世代群体遗传结构变化情况,采用微卫星分子标记分析了群体遗传多样性水平和遗传结构。结果显示:15个微卫星位点在3个群体中共获得116个等位基因,平均7.73个/位点,每世代平均等位基因数从7.266 7减少至5.066 7,观测杂合度从0.768 0降低至0.758 5,多态信息含量从0.763 4降低至0.745 1,遗传多样性水平降低。相邻世代间的遗传距离从0.080 6减小至0.044 9,遗传相似性从0.846 4增加至0.874 7,遗传相似性逐步提高。相邻世代间的遗传分化系数(Fst)从0.068 1降低至0.023 0,世代间的遗传分化已处于低分化水平,人工选育已对元江鲤育种群体的遗传结构产生了显著影响。 相似文献
6.
利用12个微卫星标记对北海(BH)、陵水(LS)、硇洲(NZ)、徐闻(XW)和三亚(SY) 5个军曹鱼(Rachycentron canadum)养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,12对微卫星引物在5个军曹鱼养殖群体中共检测到129个等位基因。各养殖群体的平均等位基因数为3.833~6.750,平均有效等位基因数为2.284~3.645,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.481~0.635和0.533~0.681,平均多态信息含量为0.463~0.630;哈迪-温伯格平衡检测结果显示,各群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P<0.05);军曹鱼养殖群体间的遗传分化指数(Fst)为0.055~0.150,遗传距离(D)为0.240~0.635,其中,BH和NZ的Fst最大(0.150),D最远(0.635);AMOVA分析表明,军曹鱼养殖群体的84%遗传变异来自于个体之间;基于Nei´s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,BH和SY聚为一支,LS和XW聚为一支,两支聚为一支后与NZ聚为一支。研究结果将为军曹鱼种质资源保护和改良等提供科学的数据参考。 相似文献
7.
利用12对微卫星分子标记对大菱鲆Scophthalmus maximus 4个引进地理群体进行遗传多样性分析.结果表明,等位基因数(A)为2~10个,平均等位基因数为4.3,有效等住基因数(M)为1.6~6.1,平均有效等位基因数为2.7,各位点的杂合度观测值(Ho)为0.000 0~0.562 5,杂合度期望值(He)为0.382 3~0.841 6.各群体之间无偏倚杂合度期望值由小到大依次为丹麦群体、英国群体、法国群体、挪威群体,运用SPSS软件对无偏倚杂合度期望值进行Kruskal-Wallis检验,其结果(H=4.438,df=3,P-0.218)表明,4个群体的遗传多样性差异不显著.群体间平均遗传分化指数(Fz)为0.111 7,各群体之问存在中度遗传分化.用UPGMA法进行聚类分析,4个群体聚为两类,挪威群体和丹麦群体聚为一类,法国群体和英国群体聚为一类.结合Hardy-Weinberg平衡和遗传偏离指数(d),4个群体都不同程度的偏离平衡.4个群体具有一定的遗传分化、较好的遗传多样性,适合作为大规模家系选育的基础群体. 相似文献
8.
为了解东印度洋赤道、南海海域鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)种群遗传结构,更好地对鸢乌贼渔业资源进行合理的管理,测定了东印度洋赤道北部和南部、南海北部和南部4个鸢乌贼群体共120尾个体线粒体DNA细胞色素b(cytochrome b)基因,分别对东印度洋赤道、南海海域鸢乌贼种群遗传结构展开研究。结果显示,4个群体总的核苷酸多样性与单倍型多样性为0.273 32和0.981,其中南海北部海域群体的单倍型多样性最高为0.989,南海南部海域群体核苷酸多样性最高为0.306 60。构建的单倍型网状图和系统发育树显示,东印度洋和南海群体间遗传分化显著。分子方差分析结果显示,遗传变异54.90%来自于组群间;群体间的Fst(F-statistics)分析表明,东印度洋赤道北部和南部群体Fst值为0.085 88,南海北部和南部群体Fst值为0.025 36,表明南海两个群体间不存在显著的遗传分化,东印度洋两个群体间遗传分化较小。东印度洋赤道两侧频繁的洋流活动可能是导致赤道南北群体遗传分化的重要因素,而... 相似文献
9.
利用筛选的20对微卫星引物对海南省6个养殖罗非鱼群体进行遗传多样性研究,分析各群体内的遗传变异和各群体间的遗传关系,比较不同群体的等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、Shannon’s多态性指数、平均多态性信息含量等遗传参数,并利用遗传距离构建6个罗非鱼群体的系统聚类图。结果表明:1)6个罗非鱼群体等位基因数为68个,平均等位基因数为1.992 2~2.255 8,平均观测杂合度为0.572 5~0.745 0,平均期望杂合度为0.469 2~0.532 3,Shannon’s多样性指数为0.719 3~0.848 6,多态信息含量为0.25PIC0.50,其中莫桑比克罗非鱼的遗传多样性指数最高,奥尼罗非鱼最低。2)采用邻接法(NJ)对6个罗非鱼群体进行聚类分析,表明6个罗非鱼群体分为2大支,吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、红罗非鱼、莫桑比克罗非鱼聚为一大支,其中吉富罗非鱼和尼罗罗非鱼聚为一小支,红罗非鱼与莫桑比克罗非鱼聚为一小支;奥尼罗非鱼和泰奥罗非鱼聚为一支。综上所述,海南省6个养殖罗非鱼群体的遗传多样性较高,但不同群体之间存在差异;尼罗罗非鱼与泰奥罗非鱼亲缘关系最远,吉富罗非鱼与尼罗罗非鱼亲缘关系最近。 相似文献
10.
为了解中华绒螯蟹不同群体的遗传结构,利用微卫星分子标记,分析中华绒螯蟹单年系F5代选育群体、“长江2号”和长江野生群体的遗传多样性。结果表明,6个微卫星位点的等位基因数为7~11,有效等位基因数为4.539 4~9.529 4,观测杂合度为0.638 9~0.861 1,期望杂合度为0.790 7~0.907 7,多态信息含量为0.779 7~0.895 1,6个微卫星位点均具有高度多态性。3个河蟹群体的期望杂合度为0.817 6~0.847 8,多态信息含量为0.784 1~0.812 5,表明所有群体均具有高度遗传多样性。遗传分化指数值为0.052 69~0.084 82,表明所有群体间均有不同程度的遗传分化。AMOVA分析显示,群体间变异占总变异的5.34%,群体内个体间的变异占总变异的94.66%。基于Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,单年系F5代选育群体先与“长江2号”群体聚为一类,再与长江野生群体聚为一类。 相似文献
11.
为研究长麦穗鱼(Pseudorasbora elongata)的遗传多样性现状,本研究利用线粒体Cyt b基因和D-loop区序列,分析了长江中下游安徽境内皖南山区的闪里(SL)、历口(LK)和石台(ST) 3个长麦穗鱼群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,基于Cyt b和D-loop序列定义的单倍型数分别为18和27,整体单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.792和0.01332、0.777和0.01140,2个标记均显示ST群体遗传多样性相对最低;群体间的遗传距离为0.00173~0.03615 (Cyt b)、0.00193~0.02639 (D-loop);遗传分化指数(Fst)和基因流(Nm)均表明ST群体和SL及LK群体间存在显著的遗传分化;分子方差分析(AMOVA)表明,长麦穗鱼群体间的遗传变异(94.60%、90.69%)远高于群体内(5.40%、9.31%),遗传变异主要来自群体间;单倍型系统进化树及网络结构图分析显示,SL和LK群体遗传关系较近,聚为一支,而ST群体单独聚为一支,... 相似文献
12.
中间球海胆野生和养殖群体遗传结构的微卫星分析 总被引:2,自引:0,他引:2
利用28对微卫星DNA分子标记对中间球海胆的1个野生和1个养殖群体进行了遗传多样性分析。结果表明:在28个基因座中,共检测到91个等位基因,每个基因座位检测到的等位基因数为2~6个,2个群体的平均等位基因数均为3.071 4,平均有效等位基因数分别为2.231 9、2.227 1,平均观察杂合度分别为0.523 4、0.536 5,平均期望杂合度为0.486 8、0.499 3,平均多态信息含量为0.447 7、0.439 6,群体间的多态性差异不显著。2个群体间的遗传相似系数为0.758 7,遗传距离为0.276 2。经HardyWeinberg平衡的卡方检验,有50%的位点显著偏离HardyWeinberg平衡。通过F检验发现,两个群体均处于不同程度的杂合子过剩状态。群体间发生分化程度很弱,遗传变异主要来自群体内个体之间。 相似文献
13.
利用本实验室筛选的8个微卫星分子标记,对中国舟山(ZS)、海州湾(HZ)、青岛会场(HC)、莱州湾(LZ)和鸭绿江口(YL)5个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)野生群体共计120个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,8个位点共扩增到72个等位基因,平均等位基因数为9.0,平均有效等位基因数为5.467 7;平均多态信息含量为0.696 7;平均期望杂合度(Hc)为0.750 8.5个群体的期望杂合度由高到低依次为LZ(0.770 4)、HC(0.758 8)、YL(0.755 2)、HZ(0.741 5)、ZS(0.728 3).卡方检验可知,34个群体位点组合符合Hardy-Weinberg平衡,占总数的85%.5个群体间的遗传距离在0.245 1~0.517 9之间,HC和HZ的遗传距离最小,LZ和ZS的遗传距离最大;通过构建UPGMA聚类树,发现5个群体聚为南北两大支,HC和HZ两个群体遗传距离最近先聚到一起,再与ZS群体相聚,形成南方群体;YL与LZ群体相聚形成北方群体,最后南北两大群体聚为一支.分析群体间的Fst值可知,两两群体间的Fst值在0.054 8~0.108 3 (0.05<Fst<0.15)之间,群体间产生了极显著的遗传分化. 相似文献
14.
采用9个微卫星DNA标记对长江支流岷江下游厥溪和长江上游干流朱杨溪红唇薄鳅的2个野生群体遗传多样性及遗传分化情况进行了研究。共检测出73条等位基因,其中厥溪群体中有55条等位基因,朱杨溪群体中有69条等位基因,两群体共有等位基因数为51条。厥溪群体和朱杨溪群体的平均等位基因数分别为6.111和7.667,平均观测杂合度分别为0.665和0.668;平均期望杂合度分别0.684和0.712,平均多态性信息指数分别为0.621和0.656,从各参数结果来看,朱杨溪群体的遗传多样性水平高于厥溪。AMOVA结果显示,大多数遗传变异存在于红唇薄鳅群体内(98.68%),群体间的遗传变异为1.32%,固定系数不显著。基因流为9.42,表明两群体间基因交流频繁。UPGMA聚类显示,厥溪和朱杨溪群体中的个体相互混杂。这些结果表明长江上游厥溪和朱杨溪群体未出现遗传分化。 相似文献
15.
《中国渔业质量与标准》2018,(3)
大泷六线鱼资源捕捞量逐渐加大,捕捞个体体型却逐渐减小,研究大泷六线鱼的遗传多样性,对提高在渔业养殖中种群质量具有重要意义。本研究利用7对微卫星分子标记对大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)的6个地区群体(大连、丹东和青岛等地)进行了遗传多样性和遗传变异评估。结果表明,获得的等位基因数1~8,平均等位基因数6.29;有效等位基因数1.00~5.72,平均有效等位基因数4.71;各群体的杂合度观测值(Ho)为0.05~0.27;杂合度期望值(He)为0.44~0.75;多态信息含量(PIC)为0.47~0.69,说明这6个群体属于高度多态,遗传多样性水平较高。群体间遗传分化系数(F_(st))为0.27,表明6个大泷六线鱼群体之间存在明显的遗传分化。采用UPGMA法对6个大泷六线鱼群体进行聚类分析,发现大连和长海县大泷六线鱼群体亲缘关系较近且聚为一个分支,其他4个群体聚为另一分支。结合Hardy-Weinberg平衡检验分析,发现各群体表现出极显著的遗传不平衡,不符合Hardy-Weinberg平衡定律,表明6个群体大泷六线鱼遗传多样性较为丰富。综上说明,6个大泷六线鱼群体发生了较大的遗传分化,遗传多样性较为丰富。 相似文献
16.
通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。 相似文献
17.
为了解蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)遗传多样性和种群结构,提出合理的蓝圆鲹种质资源保护依据,测定并分析了中国沿海10个地理群体193个体线粒体细胞色素C氧化酶I(COⅠ)基因序列。在652 bp的COⅠ序列中共检测到62个变异位点,29个单倍型,总体呈现较高的单倍型多样性(0.626 00±0.030 00)和低核苷酸多样性(0.002 25±0.001 16)的特点。核苷酸多样性显示:以福建海域为界北方高于南方(北方π=0.004 06~0.005 68,南方π=0.000 17~0.003 05),南海以阳江为界东部高于西部(东部π=0.001 43~0.005 68,西部π=0.000 17~0.002 86),单倍型网络图未出现明显系谱结构和地理结构。群体间遗传分化系数Fst显示,北海群体与其他群体有较高的遗传分化(Fst=0.145~0.798,P<0.001),新盈与陵水、惠来、阳江、福州和舟山样本之间也存在较高的遗传分化(Fst=0.006~0.229,P<0.05),其余群体... 相似文献
18.
瓦氏雅罗鱼达里湖群体和乌苏里江群体的遗传多样性和遗传结构分析 总被引:6,自引:2,他引:4
选用5个瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)微卫星标记和13个草鱼微卫星标记,对分别采自内蒙古境内的达里湖和乌苏里江抚远江段的各15尾野生瓦氏雅罗鱼个体进行STR-PCR分析。结果显示,18个微卫星标记共检测到111个等位基因,平均每个基因座扩增得到6.1667个等位基因,观测杂合度(H o)0.1000~0.9333,平均为0.5315;期望杂合度(H e)0.0966~0.9328,平均为0.6298;多态信息含量(PIC)0.0905~0.9113,平均为0.5774;乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度分别为5.5556和0.5778,达里湖群体的平均等位基因数和平均观测杂合度均低于乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度,分别为4.3889和0.4852。2个群体间的遗传距离(D c)为0.2550。个体聚类结果显示,达里湖雅罗鱼所有个体聚为一簇,乌苏里江雅罗鱼所有个体聚为一簇。群体间的遗传分化指数(F st)为0.0855,数值介于0.05~0.15,N m值为2.6749,表明这2个群体处于中等分化,存在一定程度的基因交流。对2个群体的基因型进行了Hardy-Weinberg平衡的卡方检验,结果表明两群体均在一定程度上偏离了平衡。 相似文献
19.
牙鲆5个养殖群体的遗传多样性分析 总被引:7,自引:2,他引:5
利用16对微卫星分子标记对牙鲆(Paralichthys olivaceus)的5个养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,等位基因数为2-9个,平均等位基因数为6.0625;有效等位基因数1.2596-5.5161,平均有效等位基因数3.692;各位点的杂合度观测值(Ho)0.2200-0.8000;杂合度期望值(He)0.2061-0.8187。各群体之间无偏倚杂合度期望值从小到大依次为丹东、北戴河、威海、青岛、荣成。Kruskal-Wallis检验结果(H=0.672,df=4,P=0.955)则说明,5个群体遗传多样性差异不显著。群体间基因分化系数(Gs,)为0.0991,各群体之间存在中度遗传分化。采用UPGMA法对5个群体进行聚类,可分3类:丹东和北戴河各为一类,威海、荣成、青岛为一类,其中威海与荣成群体的分化最小。结合Hardy-Weinberg平衡,拟合度检验和遗传偏离指数(动的分析结果表明,各群体的遗传平衡状况存在很大差别。遗传变异的分析结果说明5群体遗传多样性比较丰富。 相似文献
20.
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005~0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点... 相似文献