3个山羊品种KAP6.2和KAP7基因的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP法对３个山羊品种角蛋白辅助蛋白（KAP6.2,KAP7）进行了多态性研究。结果显示,３个品种中KAP7均未出现多态,而KAP6.2均出现了３种带型：AA、BB和AB。Hardy-Weinberg分析表明辽 苛高代杂种山羊和黎城大青羊未达到平衡状态,辽宁绒山羊达到了平衡。测序结果显示,和GenBank登陆序列相比,AA和BB均发生了碱基变化。其中AA型出现了以下变异：107 bp(A-G),196 bp(C-T),199 bp(T-G),252 bp(A-T),265 bp(C-T),291 bp(A-G),292 bp(T-C),345 bp(T-G);BB型出现了以下变异：164 bp(T-C),194 bp(T-C),199 bp(T-G),201 bp(C-G),233 bp(A-G),275 bp(A-G),299 bp(A-G),309 bp(G-C),327 bp(A-G),352 bp(G-T)。分析表明AA型和BB型变异均造成了氨基酸序列的变化。     

牛双肌基因PCR-SSCP分析

双肌(肌肉生长抑制素)基因是一种肌肉生长的负调控因子,试验应用PCR-SSCP和测序的方法对我国秦川牛、南阳牛双肌基因的第3外显子进行了多态性分析.结果表明:第3外显子938位G→A的单核苷酸突变造成了南阳牛第3外显子扩增片段呈多态性;秦川牛中未发现突变.     

鸡EX-FABP基因PCR-SSCP分析

以AA白鸡、广西鸡、E1矮小鸡品系为试验材料,采用PCR-SSCP技术对鸡细胞外脂肪酸结合蛋白基因(EX-FABP)的2个片段进行PCR扩增,分析了EX-FABP基因在3个鸡品系的多态性。结果表明:EX-FABP基因在2对引物扩增片段中均存在PCR-SSCP多态性。对于引物1扩增片段,3个鸡品系均检测到BB基因型,AA基因型只出现在AA白鸡中;而且B等位基因频率在3个鸡品系中均明显高于A等位基因频率。对于引物2扩增片段,3个鸡品系均检测到HH和Hh基因型,hh基因型只出现在E1矮小鸡中;H等位基因频率在3个品系中均明显高于h等位基因频率。引物1和引物2的多态性片段测序分析表明,EX-FABP基因第641位点和645位点分别发生了单碱基的转换(G-A和T-C),第3264位点发生了转换(T-C)。     

山羊催乳素基因PCR-SSCP分析

设计5对引物，采用PCR SSCP技术检测催乳素（prolactin，PRL）基因外显子1~外显子5在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊、波尔山羊、文登奶山羊）和低繁殖力山羊品种（内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。通过克隆测序首次获得了山羊PRL基因外显子全序列。结果表明PRL基因在研究的4个山羊品种中都不存在单核苷酸多态性，提示检测的PRL基因座位对济宁青山羊高繁殖力没有显著影响。     

绵羊催乳素受体基因PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了催乳素受体基因(PRLR)在小尾寒羊、萨福克羊、多赛特羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊F1代杂种羊4个绵羊群体中的多态性。结果表明:PRLR基因在3对引物扩增片段中均存在PCR-SS-CP多态性。对于引物1,4个绵羊群体均检测到AA基因型,AB基因型只出现在小尾寒羊、多赛特羊和萨福克羊中,仅在多赛特羊中检测到BB基因型。对于引物2,4个绵羊群体均检测到AA和AB基因型,只有萨福克羊没有BB型。对于引物3,4个绵羊群体均检测到AA、AB和BB基因型。在4个绵羊群体中,A等位基因频率均明显高于B等位基因频率。     

山羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析GnRHR基因外显子1、外显子2和外显子3部分序列在建昌黑山羊、努比亚山羊2个山羊品种中的多态性。结果表明,外显子2、3的扩增片段中,2个山羊品种都无多态性。而在外显子1的扩增片段中,2个山羊品种均检测到CC、CD基因型;建昌黑山羊的CC、CD基因型频率分别为0.62和0.38,努比亚山羊CC、CD基因型频率分别为0.64和0.36。多态片段测序分析表明,GnRHR基因c DNA序列的第85处碱基发生C→A的突变,突变导致编码的氨基酸由亮氨酸(Leu)→异亮氨酸(IIe);第156处碱基发生A→G的突变,该突变没有导致氨基酸的突变,为沉默突变。     

绵羊孕酮受体基因的PCR-SSCP分析

作者设计3对引物,采用PCR-SSCP方法检测孕酮受体（progesterone receptor,PGR）基因DNA结合区和配体结合区序列在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊和湖羊）和低繁殖力绵羊品种（多赛特和特克赛尔）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对绵羊繁殖力的影响;对小尾寒羊PGR基因外显子5、6和9克隆测序,结合GenBank提供的绵羊PGR基因部分编码序列,拼接出绵羊PGR基因DNA结合区和配体结合区的完整序列,推导出编码的氨基酸序列;并将人、兔、狗、绵羊、小鼠和大鼠的PGR基因这两个区域的核苷酸与氨基酸序列进行比较。结果表明,PGR基因DNA结合区和配体结合区序列在所检测的4个绵羊品种中都不存在单核苷酸多态性;人、兔、狗、绵羊、小鼠、大鼠PGR基因DNA结合区和配体结合区的核苷酸序列同源性分别为88.6%~97.2%和84.4%~96.3%,氨基酸序列同源性分别为97.6%~100%和96.3%~99.6%。可见,哺乳动物PGR基因DNA结合区和配体结合区序列保守性很强,这两个区域可能不是影响绵羊高繁殖力的功能结构域。     

荷斯坦母牛TLR10基因PCR-SSCP分析

设计15对引物,采用PCR-SSCP技术检测Toll样受体10（Toll-like receptor 10,TLR10）基因在210头荷斯坦母牛中的多态性,分析该基因对荷斯坦母牛乳房炎抗性的影响。结果显示,TLR10基因在检测的荷斯坦母牛中都不存在多态性,该基因区域可能不存在影响乳房炎抗性的遗传标记。     

山羊生长激素基因部分序列的PCR-SSCP分析

以鲁北白山羊、波尔山羊和波尔山羊与鲁北白山羊的杂交一代、回交一代共计 2 74个个体为研究材料 ,对山羊生长激素基因 5′调控区 - 4 0 6～ - 1 93片段进行PCR扩增 ,扩增产物经SSCP分析发现存在多态性。结果表明发现波尔山羊及杂交后代以AA型占多数 ,而鲁北白山羊则BB型个体较多 ,基因型频率在品种间存在显著差异 (P <0 .0 5 )。对该片段的两种纯合型克隆测序发现 :AA型在第 6 0位发生了C→T的突变 ,第 2 1 1位发生碱基C的丢失     

鹅基因PCR-SSCP分析条件优化的研究

SSCP是一种新的分子遗传标记分析方法,但影响其试验效果的因素很多。本试验从多个方面对鹅OBR基因SS-CP方法的影响因素进行分析,结果发现应用15%的聚丙烯酰胺凝胶常温下低压电泳(丙烯酰胺/N,N′-亚甲基双丙烯酰胺为29∶1)效果最佳,条带清晰,容易识别,可应用于其他SSCP分析方法的参考。     

不同绵羊群体KAP2基因多态性分析

为了探究KAP2基因在不同绵羊群体的多态性,本次试验利用PCR-SSCP的方法,分析新吉细毛羊、道赛特羊和小尾寒羊的基因型和突变位点,并对KAP2基因编码区序列进行多态性分析。结果:新吉细毛羊基因序列第292位点处发生T→C的突变,绵羊群体基因型可分为AA、AB、BB基因型;A基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.3261、0.3696、0.5217,B基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6739、0.6304、0.4783,AA基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.2609、0.3043、0.3913,AB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.1304、0.2174、0.2609,BB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6087、0.4783、0.3478。结论:绵羊群体分为AA、AB、BB基因型,BB基因型为优势基因型。     

猪CAPN3基因的克隆及PCR-SSCP分析

calpain3在肌肉组织中的特异表达,其活性显著影响宰后肉的嫩化。研究利用比较基因组学的方法首次克隆了猪CPAN3基因的内含子16~23,并利用PCR-SSCP方法在外显子1中寻找到1个插入/缺失突变和1个碱基替代,为进一步分析其变异和肉质的关系并进而确定遗传标记提供了基础。     

荷斯坦母牛AHCY基因PCR-SSCP分析

根据已发表的牛AHCY基因序列设计13对引物,采用PCR-SSCP方法在210头荷斯坦母牛中检测S-腺苷高半胱氨酸水解酶（S-adenosylhomocysteine hydrolase,AHCY）基因全部10个外显子的单核苷酸多态性,同时分析该基因对荷斯坦母牛乳房炎抗性的影响。结果表明,AHCY基因的10个外显子在检测的荷斯坦母牛中都不存在多态性,AHCY基因外显子区域可能不存在影响乳房炎抗性的遗传标记。     

高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

牦牛KAP3.3基因的克隆及生物信息学分析

本研究以牦牛的角蛋白关联蛋白3.3(KAP3.3)基因作为研究对象,通过查询GenBank中收录的黄牛KAP3.3基因的mRNA序列设计1对特异性引物,通过逆PCR、PCR以及基因克隆测序的方法首次获得牦牛的KAP3.3基因完整的CDS区序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明:牦牛KAP3.3基因的CDS区为297 bp,编码98个氨基酸;编码的蛋白质属于亲水性蛋白。二级结构含有延伸链、β转角以及无规卷曲3种。氨基酸序列与黄牛的完全一致,具有Keratin,high sulphur matrix protein家族的完整结构域。     

山羊KAP9.2基因多态性研究

KAP基因家族角蛋白相关蛋白9.2(KAP 9.2)是超高硫角蛋白相关蛋白基因家族中的一员,可能在连接中间微丝角蛋白中起重要作用.研究通过DNA测序和PCR-RFLP技术对KAP9.2基因进行了研究.结果表明:KAP9.2基因在286位存在T/C突变,该突变位点能够被Pst Ⅰ识别并切割,在785个内蒙古白绒山羊、212个陕北白绒山羊及239个奶山羊个体中均出现TT、TC、CC三种基因型,其频率分别为0.047,0.519,0.434;0.180,0.592,0.228;0.431,0.544,0.025 1.T和C的等位基因频率分别为0.307,0.476,0.703和0.693,0.524,0.297.X2检验表明3个山羊品种在KAP9.2位点上均处于HardyWeinberg不平衡状态(P＜0.05),T和C等位基因的频率在绒山羊和奶山羊中差异显著(P＜0.05),C等位基因为绒山羊的优势基因,揭示该等位基因可能与绒性状有关.     

小尾寒羊GnRH基因CDS区的生物信息学分析

为探讨小尾寒羊GnRH基因CDS区编码蛋白的性质和功能,采用生物信息学相关软件和工具对小尾寒羊GnRH基因编码蛋白的理化性质、结构功能及其同源进化关系进行了分析预测。结果显示:小尾寒羊GnRH基因CDS区编码328个氨基酸,产物为一种不溶于水的稳定性蛋白,蛋白质的二三级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;蛋白质功能预测结果显示,该蛋白在信号转导、免疫应答过程以及生长因子和荷尔蒙分泌中发挥作用的几率相对较高;同源性分析发现,小尾寒羊GnRH基因编码氨基酸序列与山羊的同源性较高。说明GnRH基因在羊的生殖调控和免疫应答中发挥着重要作用。     

3个绵羊群体MSTN基因编码区PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了3个不同绵羊品种（杜泊绵羊、小尾寒羊、晋中绵羊）肌肉生长抑制素（MSTN）基因的单核苷酸多态性.根据3个绵羊品种MSTN基因Exon1（P1）、Exon2（P2和P3）和Exon3（P4和P5）序列设计5对PCR-SSCP引物并扩增,经SSCP分析,P1位点检测到A和B两个等位基因,AA、AB、BB三种基因型;且在晋中绵羊上处于Hardy-Weinberg平衡状态,而在小尾寒羊和杜泊绵羊上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.P2和P5位点没有检测到多态位点.P3位点检测到A和B两个等位基因,AA、BB两种基因型;且在3个绵羊品种上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.P4位点检测到A、B和C三个等位基因,AA、AB、AC三种基因型;且在小尾寒羊上处于Hardy-Weinberg平衡状态,在晋中绵羊上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,在杜泊绵羊上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.     

西南地方品种黄牛MyoD基因部分编码序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了MyoD基因在3个西南地方黄牛品种的遗传多态性。结果表明:MyoD的第2外显子内不存在遗传多态性;第1外显子在3个牛品种中检测到了AA、AB和BB基因型,而且A等位基因为3个牛群体的优势等位基因,分布较高。3个品种中,盘江牛AA基因型频率最高,达到0.5365,而巴山牛和昭通牛则相对较低,分别为0.4465和0.2564。对第1外显子的多态片段测序分析表明:位于MyoD基因第782bp处发生碱基G→A的突变,并导致了氨基酸的突变,使甘氨酸变为丝氨酸。