牦牛肠道与粪便乳酸菌的分离鉴定及PCR-16SrDNA鉴定

以取自四川省不同地区的牦牛粪便、肠道内空物为材料，用MRS琼脂双层培养基进行厌氧培养，分离到50株乳酸菌，经生化鉴定为嗜热链球菌（2株）、乳酸乳球菌（1株）、保加利亚乳杆菌（5株）、嗜粪乳杆菌（10株）、嗜酸乳杆菌（8株）、乳酸乳杆菌（9株）、肠乳杆菌（10株）、弯曲乳杆菌（5株）。采用乳酸菌16 SrDNA通用引物，对分离的8种菌的16S rDNA-段可变区序列进行扩增，均得到大小约470bp的产物；扩增产物经纯化、测序后与GenBank中标准菌株的核甘酸序列比较，同源性均大于97．5％，同源性分析与生化试验的结果是一致的。证实，牦牛肠道和粪便的乳酸菌较为丰富，且乳杆菌的数量较多，这可能与牦牛复杂的生长环境有关。     

7种鸭源细菌的分离与16S rDNA测序鉴定

从病死鸭的脏器中无菌分离细菌.根据培养特性、菌落形态、革兰染色和生化特性,鉴定出7种细菌分离株.以分离株的基因组DNA为模板,用16S rDNA试剂盒扩增其DNA片段,测序后NCBI网站进行BLAST搜索比对,鉴定出细菌种类,分别为鼠伤寒沙门菌、大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、铜绿假单胞杆菌、施氏假单胞菌、浅绿气球菌和麦氏棒杆菌.前3种为鸭的常见分离菌,其余的较为少见.因此在鸭病控制过程中应注意可能存在一些不常见细菌的混合感染.     

东北林蛙体表两种常驻细菌的分离鉴定

以自然状态下健康东北林蛙(Rana dybowskii)体表常驻菌群为研究对象,用无菌水漂洗掉东北林蛙体表暂住菌后,用无菌拭子收集蛙体表常驻菌并进行培养,之后对单菌落进行分离纯化。通过对菌落形态观察、生化反应管等生化方法测定及16S rDNA序列检测,两方法同时鉴定出东北林蛙体表常驻细菌2种:醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)和产碱假单胞菌(Pseudomonas alcaligenes),属于环境常见革兰氏阴性细菌。根据结果推测东北林蛙体表常驻细菌来源于环境,并对其生物体起到一定的保护作用。     

辽东栎白粉病叶片的菌群结构和多样性分析

为明确辽东栎白粉病叶片的菌群结构和多样性,利用Illumina MiSeq技术检测细菌16S rDNA和真菌ITS序列,分析辽东栎白粉病叶片的细菌和真菌类群.在门的水平上,辽东栎白粉病叶片细菌的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria);真菌的优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota).在属的水平,细菌的优势菌属为鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、薄层菌属(Hymenobacter)、甲基杆菌属(Meth ylobacterium)、金色单胞菌属(Aureimonas)、马赛菌属(Massilia);真菌的优势菌属为白粉菌属(Erysiphe)、球腔菌属(Myco-sphaerella)、短梗霉属(Aureobasidium).Alpha多样性分析显示,真菌菌群的Chao1指数大于细菌,细菌菌群的Shannon指数和Simpson指数大于真菌,表明检测到的真菌总数比细菌多,而细菌菌群的多样性、丰富度和均匀度高于真菌.研究结果为进一步探究柞树白粉病致病菌群及发病机制提供了理论依据.     

猪肉中一种发光菌的分离和鉴定

对一起猪肉出现的发光现象进行检测,结果表明,猪肉发光是猪肉表面污染发光细菌所致,对样品进行细菌分离培养,对纯化后该菌的16S rDNA进行PCR扩增、测序、比较,结果显示,该菌与发光杆菌的16S rDNA有99%的同源性,进一步的生化鉴定结果也与其相符。     

猪链球菌的分离鉴定及16S rDNA序列分析

为明确导致新疆某猪场猪急性死亡的病原菌,试验对采集的猪病变淋巴结、肺脏进行病原菌分离培养、形态观察、16S rDNA测定、生化鉴定、药敏试验以及PCR血清型鉴定.将该分离株与国内外13株分离株构建系统进化树进行比对分析.结果 显示:分离菌株镜捡观察为革兰氏阳性长链状球菌,具有β溶血性,可发酵大多数糖类,符合猪链球菌的生...     

桑树根际硅酸盐细菌的分离鉴定及解钾能力测定

利用选择性培养基,从桑树根际土样中分离获得29个具有解钾能力的细菌分离株,经rep-PCR DNA指纹分析得到24株硅酸盐细菌。通过解钾能力测定,筛选出FK2、FK3、FK8、FK11、FK4′、FK23和PK187个具有较强解钾能力的菌株,其中FK2菌株的解钾能力最强,有效态钾增长41.79%。对这7株具有较强解钾能力的细菌进行菌落形态特征观察及16S rDNA序列测定和同源性分析:FK2菌株为假单胞菌属(Pseudomonas sp.),FK3和FK23菌株为中华根瘤菌属(Sinorhizobium sp.),FK11和FK8菌株为根瘤菌属(Rhizobiumsp.),FK4′菌株为中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium sp.),PK18菌株为屈挠杆菌属(Flexibacter sp.)。     

羊布氏杆菌的分离与鉴定

从一患睾丸炎公山羊中分离到一株革兰氏阴性短小杆菌,该菌经柯兹洛夫斯基鉴别染色红色,在普通绵羊血琼脂、巧克力平板上生长缓慢,对该菌的16S rDNA进行PCR扩增,测序,BLAST比较,结果显示该菌与羊布氏杆菌的16S rDNA有100%的同源性,菌体与布氏杆菌标准阳性血清起强凝集反应。结果显示,该分离菌为布氏杆菌。     

海兰褐蛋鸡盲肠中乳酸菌的分离与鉴定

试验旨在从海兰褐蛋鸡盲肠食糜中分离筛选优质乳酸菌。试验采集健康的海兰褐蛋鸡盲肠食糜,将内容物置于无菌生理盐水中,过滤后倍比稀释,采用平板划线分离法进行划线分离,反复提纯,选择疑似菌株,对其进行菌落形态观测、通过革兰氏染色镜检、16S rDNA基因序列分析鉴定,绘制24 h生长、产酸曲线。结果显示,在蛋鸡盲肠食糜中分离出两株菌,分别为唾液乳杆菌（Lactobacillus salivarius）和敏捷乳杆菌（Lactobacillus agilis strain）,命名为JZ1和JZ2。两株菌均在10 h达到生长平台期,培养24 h后JZ1的pH值约为4.2,JZ2的pH值约为5.3。研究表明,JZ1具有生长速度快和产酸能力强的优势,耐酸（pH值3.0）、耐高温（45℃）、耐低温（15℃）和耐盐（6.5%NaCl）能力优于JZ2,更适合作为畜牧养殖中的优质菌源。     

3株鸽源奇异变形杆菌的分离与鉴定

对从江苏省某鸽场病死鸽脏器中分离的细菌进行分离鉴定。通过细菌培养、革兰染色镜检及生化特性测定等对分离株进行初步鉴定;扩增分离株的16S rDNA片段并测序,Blast搜索比对确定细菌的种属;通过动物致病性试验和药敏试验来检测分离株的致病力及耐药性。结果:3株细菌的16S rDNA序列测定和Blast分析表明与奇异变形杆菌参考株的同源性达99.4%～99.8%,确定为奇异变形杆菌;致病性试验显示奇异变形杆菌对鸽子和小鼠均有致病力;药敏试验表明奇异变形杆菌对头孢菌素类抗生素和氟苯尼考敏感,对青霉素类和磺胺类抗生素等有耐药性。结果表明,从鸽子脏器中所分离的细菌为奇异变形杆菌,具有较强的致病力和多重耐药性。     

乳酸乳球菌和魏斯氏菌的分离及鉴定

试验以生牛奶、自制泡菜水、青贮料、市售奶酪为样品,进行乳酸乳球菌和魏斯氏菌的筛选与鉴定。通过培养基中菌落形态观察和镜检细胞形态观察,共筛得6株疑似乳酸球菌（分别命名为ST1、ST2、ST6、ST7、ST8、ST9）。经生理生化、耐盐性、耐热性试验以及16S rD-NA序列分析鉴定,这6株菌分属两个属：ST1、ST2、ST7、ST9为乳酸乳球菌（Lactococcus lac-tis）,其中ST2为乳酸乳球菌乳脂亚种（Lactococcus lactis subsp. Cremoris）,ST7为乳酸乳球菌乳酸亚种（Lactococcus lactis subsp. Lactis ）;ST6、ST8属于魏斯氏菌属（Weissella）,其中ST6为食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）。研究表明,生牛奶和泡菜水分别是乳酸乳球菌和魏斯氏菌的优良生活环境,传统方法与分子生物技术相结合可更准确快速地分离及鉴定菌株。     

芒果红点病病原菌的鉴定

在海南芒果果实上发现了一种由炭疽病菌引起的芒果红点病,导致芒果的经济价值下降。本实验通过菌种的分离与纯化、致病性测定、形态学观察和rDNA-ITS序列分析,对引起芒果红点病的病原菌进行了鉴定。病原菌回接后,芒果果皮上出现凸起的褐色或黑色坏死斑点,周围有红色或暗红色晕圈,这与田间自然发病果实的症状一致;在PDA培养基上培养后,芒果红点病原菌菌落呈圆形,灰色,气生菌丝绒毛状,后期产生橘红色孢子堆;病原菌的rDNA-ITS基因序列与已有的芒果炭疽菌rDNA-ITS核苷酸序列同源性高达100%。结果表明芒果红点病病原菌为胶孢炭疽菌（Colletotrichum gloeosporioides Penz.）。     

朱鹮致病性简达气单胞菌的分离鉴定

2020年12月下旬,陕西省洋县清凉水库周边陆续出现多只野生朱鹮死亡。剖检死亡朱鹮发现肺部淤血,肝脏肿胀,胰脏点状出血,胃内充满鱼类组织,消化道弥散性出血等。为了研究致朱鹮死亡的原因,采集2只死亡朱鹮的肝脏和脾脏组织进行细菌分离培养,成功分离到2株细菌。对分离菌进行微生物学和生化特性鉴定以及细菌16S rDNA检测,结果显示,分离到的2株菌是同一菌株,为气单胞菌属简达气单胞菌。该菌致病性较强,1.0×10¹⁰CFU/只剂量腹腔接种小鼠24 h致死率为75%。药敏试验表明,分离菌对丁胺卡那霉素、氟哌酸、氯霉素和复方新诺明4种药物高度敏感。     

动物胃肠道微生物研究技术的应用进展

随着现代分子生物学技术的快速发展,动物胃肠道微生物领域的研究技术也进入了一个新的阶段。文章从传统及现代分子生物学两方面介绍了几种常用的研究动物胃肠道微生物技术及其应用进展,主要包括:传统微生物培养技术、16S r DNA序列分析技术、16S rRNA序列分析技术[变性梯度凝胶电泳(DGGE)、温度梯度凝胶电泳(TGGE)、单链构象多肽性(PCR-SSCP)、末段限制性长度多态性(T-RFLP)]、ERIC-PCR技术、RAPD技术等,并对动物肠道微生物研究技术的发展进行了展望。     

匙吻鲟致病性豚鼠气单胞菌的分离鉴定和致病性研究

为了确定匙吻鲟发病的原因,从患病匙吻鲟的表皮组织中分离病原菌,对其进行形态学观察、生理生化试验和16S r DNA基因的扩增并经序列分析构建系统发育树,同时测定该菌株的致病能力和对药物的敏感性,结果表明,该菌株为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)。人工感染试验结果显示,分离菌株对匙吻鲟具有很强的致病性,并同时对禾花鲤和罗非鱼也有较强的致病性。药物敏感结果显示,分离菌株对磺胺二甲嘧啶、多黏菌素B、氟苯尼考等5种药物完全耐药,对左氧沙星、链霉素、恩若沙星等10种药物的敏感性较强。     

水产养殖用复合微生物粉剂中菌种的分子生物学鉴定

对两种市售水产养殖用复合微生物粉剂中微生物菌种进行鉴定。利用平板分离技术对粉剂中的微生物进行分离纯化,进行了形态学观察、16S rDNA和26S rDNA序列分析,并构建系统发育树。结果表明,两种微生物粉剂中菌群结构存在一定差异,S1粉剂中鉴定出5株芽孢杆菌和2株酵母菌,分别为枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌或索诺拉沙漠芽孢杆菌、葡萄牙棒孢酵母和库德里阿兹威毕赤酵母;S2粉剂中鉴定出3株芽孢杆菌、1株放线菌、2株酵母菌和3株肠球菌,分别为解木糖赖氨酸芽孢杆菌、环状芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌或索诺拉沙漠芽孢杆菌、芬氏纤维微菌、酿酒酵母、库德里阿兹威毕赤酵母、鹑鸡肠球菌、屎肠球菌或乳酸肠球菌。明确水产养殖用复合微生物粉剂的菌群结构为同类产品的安全性及有效性评估提供理论基础。     

一株桑树内生拮抗菌的分离鉴定

从经过严格表面消毒的桑树根、茎、叶中分离获得内生细菌76株。以金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)作为指示菌进行拮抗菌的筛选,其中5个分离株具有抑菌活性,复筛选出抑菌活性及热稳定性最强的G21菌株。进一步研究表明G21菌株对家蚕病原真菌球孢白僵菌(Beauveria bassiana)、绿僵菌(Metarhizium)均具有较强的拮抗作用。该菌株的形态及部分生理生化特征为:革兰阳性,杆状,产芽孢,接触酶阳性,好氧。16S rDNA序列分析表明该菌株与芽孢杆菌(Bacillus)的同源性达到99.8%。综合以上鉴定结果确定G21菌株为芽孢杆菌。     

一株桑树内生拮抗细菌的分离鉴定与抑菌活性

以大肠杆菌为指示菌,从野生型鲁桑(Morus multicaulis Perr.)桑树枝条韧皮部组织中分离得到具有抑菌活性的内生细菌ME1。形态与生理生化特性鉴定ME1菌株为有芽孢和鞭毛的革兰阳性菌,细胞呈杆状,大小为0.6～0.7μm×1.8～1.9μm;能够利用葡萄糖、蔗糖和乳糖等碳水化合物,所产淀粉酶活力可达4 182.60 U/g;耐盐性较高,可耐受100 g/L NaCl。进一步通过16S rDNA序列及其系统进化分析,初步鉴定ME1菌株为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。抑菌试验表明ME1菌株的代谢产物具有广谱抗菌活性,对大肠杆菌(Escherichia coli)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、蕈状芽孢杆菌(Bacillus mycoides)和白僵菌(Beauveria bassiana)的体外抑制率分别为59.92%、75.70%、51.60%、87.25%和69.81%,该菌株产生的抗菌活性物质具有潜在的医用开发价值。     

肉兔金黄色葡萄球菌的分离鉴定及药敏试验

为了诊断福建省龙岩市某兔场乳房炎的具体病原,试验对兔脓肿液进行细菌分离纯化培养、革兰氏染色、显微镜观察、自动微生物鉴定系统鉴定、16S rDNA序列测定以及对所分离菌株进行药敏试验和耐药性分析。结果表明,所分离菌株为金黄色葡萄球菌。药敏试验结果显示,分离的金黄色葡萄球菌对青霉素G、青霉素钾、氨苄西林、红霉素、庆大霉素和磺胺甲氧嘧啶高度敏感;对磺胺异亚唑中度敏感;对环丙沙星、卡那霉素、克林霉素等6种药物不敏感。     

牛链球菌的分离鉴定及生物信息学分析

本研究对某动物医院的一头病牛粪样进行细菌分离鉴定,PCR扩增细菌16S rDNA基因并测序,构建进化树,对该菌进行药敏试验分析及生长曲线的测定。结果显示,该菌在血琼脂、巧克力琼脂、LB琼脂等培养基上均能长出光滑凸起,边缘圆润,大小各异,颜色不同的菌落,而在MRS琼脂、高盐甘露醇琼脂上却不生长;生化鉴定结果显示,乳糖、麦芽糖、甘露醇等均为阴性,葡萄糖、西蒙氏柠檬酸盐、尿素均为阳性,上述结果初步鉴定此菌为牛链球菌;进化树的构建进一步证明了分离菌属于牛链球菌,其与牛链球菌RD09的同源性为99%;药敏试验结果显示,牛链球菌对强力霉素、卡那霉素极敏感,对红霉素高度敏感,对链霉素、新生霉素、复方新诺明、头孢曲松、庆大霉素均敏感,对氯霉素、头孢拉定、阿莫西林均耐药;从牛链球菌生长曲线可看出2~23 h是牛链球菌的高度繁殖期,23~28 h是稳定期,28 h以后开始衰退。本试验结果为进一步研究牛链球菌奠定基础。