香鱼假单胞菌SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

为建立香鱼假单胞菌的快速定量检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的rpo D基因序列设计了一对特异性引物,以该菌基因组DNA为模板通过PCR扩增其180 bp的rop D基因片段,并克隆于p MD18-T载体中,以纯化的重组质粒为标准品建立了香鱼假单胞菌SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法。结果显示在1.9×103拷贝/μL~1.9×108拷贝/μL范围内呈现良好的线性关系,相关系数为0.999,灵敏度可达1.9×103拷贝/μL;该方法对恶臭假单胞菌、荧光假单胞菌、创伤弧菌等病原菌DNA扩增结果均为阴性,特异性良好;组内和组间变异系数均小于2%,具有较高的重复性和稳定性。本研究建立的方法不仅能够快速检测香鱼假单胞菌,还能够对该病原菌感染的动态变化进行定量研究,为大黄鱼香鱼假单胞菌感染导致的内脏白点病的早期诊断及防控提供一个新的检测技术。     

桑丁香假单胞菌糖基水解酶基因的克隆及表达分析

桑疫病的病原是一种丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae),其感染造成桑树幼枝断裂,但分解桑枝的机制尚未发现。以GenBank中同种的另一丁香假单胞菌的序列为参照,通过PCR法克隆了桑疫病病原细菌的糖基水解酶基因。该基因的读码框为1 173 bp,编码390个氨基酸,与已公布的丁香假单胞菌属细菌(pv.syringae B728 a)的纤维素酶基因的核苷酸同源性为94%,氨基酸的同源性为97%。对该肽段的序列进行分析,确定了保守位点和各个功能域的序列。将该基因克隆到原核表达载体pET28 a中,在大肠杆菌中进行了表达。Western blotting检测的结果表明,该基因在大肠杆菌中获得高效表达,酶活力为2.3×103U/L,说明该基因产物具有分解纤维素的酶活性。     

胞内劳森菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立用于检测临床粪便样品中胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis,L.intracellularis)的TaqMan荧光定量PCR方法,本研究参考GenBank中发表的L.intracellularis PHE/MN1-00株基因组序列设计50对引物,通过SYBR GreenⅠ荧光染料法PCR验证引物的特异性,针对扩增效率最好的特异性上、下游引物合成相应的TaqMan探针,优化反应条件,对其线性范围、敏感性和重复性进行验证,系统的完成了该方法的建立。结果表明,所建立的TaqMan荧光定量PCR方法,特异性强;在靶标核酸为2.95×10¹～2.95×10⁶拷贝/μL区间线性关系良好,相关系数R²=0.998 1,扩增效率为96.51%;最低检测浓度为5拷贝/μL;批间和批内的CV均小于2%,重复性好。使用普通PCR方法与本方法对2020年10月至2021年2月采自江西地区猪场的373份粪便样品进行检测,L.intracellularis的总检出率分别为21.4%(80/373)和27.6%(103/...     

实时荧光定量PCR检测布鲁菌方法的建立

旨在建立实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。经选取高度保守的具布鲁菌属特异性的BSP31基因设计了一对引物及探针,并采用矩阵法优化反应体系,筛选出引物、探针、dNTP和Mg2+最优浓度配比,同时进行了特异性和灵敏性试验,建立了实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。该方法可用于对布鲁菌病普查监测及进出境动物及其产品的检验检疫。     

沙门菌实时荧光定量PCR检测试剂盒的研制与应用

根据沙门菌保守的fimY基因序列设计合成了引物和TaqMan探针，建立了快速检测沙门菌的实时荧光定量方法，并对反应条件进行了优化，组装成快速检测试剂盒。通过对临床样品的检测，该试剂盒的检测灵敏度达4.5CFU（25μL反应体系），比常规PCR高100倍，而且稳定性良好，至少可以冷冻保存9个月。结果表明，所建立的沙门菌实时荧光定量PCR检测试剂盒具有操作简便、快速、特异性强、灵敏度高、重复性好、稳定性强等优点，适于大量样品的检测。     

几种咖啡酸酯类衍生物对桑丁香假单胞菌的抑制活性鉴定

咖啡酸是一类具有多种生物活性的物质,尤其是抑菌活性被应用于农作物病害防治。以天然咖啡酸为先导化合物合成8种咖啡酸酯类衍生物,采用平板扩散法测试咖啡酸及其酯类衍生物对桑疫病病原菌桑丁香假单胞菌Pseudomonas syringae pv.mori的抑菌活性,结果表明:咖啡酸、咖啡酸甲酯、咖啡酸乙酯、咖啡酸丙酯和咖啡酸异丙酯对桑丁香假单胞菌、大肠杆菌Escherichia coli(CK)无抑制作用;而咖啡酸丁酯、咖啡酸戊酯、咖啡酸己酯和咖啡酸苯乙酯对桑丁香假单胞菌与大肠杆菌均有抑制作用,其中咖啡酸丁酯、咖啡酸苯乙酯对桑丁香假单胞菌有较强的抑制活性,抑菌圈直径1.0 cm。进一步通过分光光度法检测初筛有抑菌活性的4种咖啡酸酯类衍生物对桑丁香假单胞菌的MIC_(50)值和MIC_(90)值,抑菌活性由强到弱依次为咖啡酸戊酯、咖啡酸丁酯、咖啡酸苯乙酯、咖啡酸己酯。试验结果提示,初筛的4种咖啡酸酯类衍生物具有开发为桑疫病防治专用抑菌剂的潜力。     

实时荧光定量PCR技术

荧光定量PCR技术是一种目前国内外应用较为广泛的定量PCR技术,是通过始点定量和荧光检测系统实时监测累积荧光强度而实现的,具有灵敏度高、特异性强、线性关系好、操作简单等优点,不但能够用于基因定量检测,还能准确定量疾病相关基因的表达,现已广泛应用于人类和动物疾病的快速检测、定量分析、早期诊断、基因分型等方面。它可以采用绝对定量和相对定量2种方式实现定量检测,但都有各自的优缺点,需根据具体的试验选择合适的定量方式,从而得到更准确的试验结果。提高荧光定量PCR技术的特异性和灵敏度需从多方面着手,主要指特异性探针及引物的设计,选择合适的Mg2 浓度、引物和探针浓度、循环数等。     

单核细胞增生李斯特氏菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)的快速检测方法,本研究以LM iap基因为靶基因设计合成引物及TaqMan探针,建立实时荧光定量PCR快速检测LM的方法。结果显示,对15株试验菌株进行实时荧光定量PCR检测,只有LM菌株检测为阳性,表明该检测方法特异性强;该方法的灵敏度为6.5 CFU/mL;稳定性和重复性试验结果表明,同一样品重复检测4次Ct值的变异系数均小于2%;利用该检测方法对采集的139份样品进行检测,共计检出3份LM阳性样品,与国标法(GB 478930-2010)检测结果一致。该检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,具有良好的实用性。     

鹿布鲁菌分型实时荧光定量PCR检测方法的建立

鹿布鲁菌病主要是由牛型、羊型和猪型布鲁菌引起的,其他感染型少见,本研究依据布鲁菌的特异性基因BruAB20168、BMEII0466、BR0952上的部分高度保守片段设计猪型、牛型、羊型引物和探针,用于检测并区分鹿源布鲁菌的种型,且优化了反应体系,筛选出引物、探针的最优浓度配比。将扩增产物连接到pUC57载体上,制备标准品及标准曲线,建立鹿布氏菌各分型荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、稳定性、敏感性进行评价。由标准曲线敏感性可知该方法的最低检测浓度分别可达到12、9、8copies/μL,比常规PCR灵敏度高出很多。     

实时荧光定量PCR技术及在猪重大疫病中的诊断应用

实时荧光定量PCR技术（real-time fluorescent quantitative PCR．FQ-PCR）是在PCR反应体系中加入荧光染料或荧光探针,利用荧光信号积累实时监测整个PCR反应进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析。该技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、快速高效、全封闭...     

基于胞内劳森菌16S rDNA基因的TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用

参考GenBank发表的胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis,L.intracellularis)基因组16SrDNA序列,设计1对特异性引物和1条TaqMan探针,以L.intracellularis疫苗核酸为模板,建立L.intracellularis TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。对该检测法制作了标准曲线,并进行了特异性、敏感性和重复性试验,并将其应用于猪增生性肠炎诊断。结果表明,所建立的TaqMan实时荧光定量方法特异性强,仅对含有L.intracellularis扩增出S型荧光曲线,而对大肠杆菌、沙门菌、金黄色葡萄球菌、副猪嗜血杆菌等均无扩增;该方法在1.2×102¹.2×108 copies/μL有良好的线性关系,相关系数为0.972;最低检测浓度为10copies/μL,重复性良好。对79份临床样品检测表明,该方法灵敏度高于普通PCR方法,可用于猪增生性肠炎的临床诊断。     

实时荧光定量PCR技术研究进展及应用

实时荧光定量PCR(Real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,Real-time PCR)技术是20世纪90年代中期发展起来的一种新型核酸定量技术.它利用荧光实时检测PCR反应,具有灵敏度高、特异性强、节约时间等优点.文章就常用的4种方法,即DNA结合染色、水解探针、分子信标和杂交探针的原理和特点进行介绍,同时综述了荧光定量PCR技术在实践中的应用.     

铜绿假单胞菌flgE基因PCR检测方法的初步建立

为建立一种基于铜绿假单胞菌flgE基因的PCR检测方法,本试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌flgE基因序列,设计合成了1对特异性引物,由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得了目的基因。从退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度5个方面优化了反应条件,并检测了该方法的特异性和敏感性。结果成功扩增出了铜绿假单胞菌1 400 bp的flgE特异性基因片段,最佳退火温度、循环次数、Mg2+浓度、dNTPs浓度和引物浓度分别为56℃、30个循环、1.6 mmol/L、0.2 mmol/L和0.3μmol/L。特异性试验表明,仅铜绿假单胞菌中可扩增出目的片段,而多杀性巴氏杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌和金黄色葡萄球菌中均未扩增出相应片段。敏感性试验结果表明,本方法可检测到最低10 pg/μL的铜绿假单胞菌基因组DNA以及100 CFU/mL的病原菌。     

实时荧光定量PCR检测多重耐药大肠杆菌AcrA基因mRNA表达水平

体外单一药物诱导标准大肠杆菌ATCC25922,获得了耐氯霉素（CHL,MIC≥256 mg/L）、耐环丙沙星（CIP,MIC≥256 mg/L）、耐水杨酸钠（SAL,MIC≥275 mg/L）、耐四环素（T,MIC≥512 mg/L）的菌株。选取ATCC25922株,4株中度耐药菌SAL（175）、CHL（64）、T（64）、CIP（128）,4株高度耐药菌SAL（275）、CHL（256）、T（512）、CIP（256）,和临床分离的3株耐药大肠杆菌H1、H9、H10,通过实时荧光定量RT-PCR方法检测外输泵AcrA基因的mRNA表达水平。系统自动分析软件显示,Ct值与标准质粒浓度的对数之间存在良好的线性关系,回归系数为0.992。检测结果表明：H10、CHL（256）、CIP（256）拷贝数最高,达1015拷贝/μL;T（512）、H9、T（128）、SAL（275）、H1为1014拷贝/μL;CHL（128）、T（64）、CHL（64）为1013拷贝/μL;ATCC25922为1012拷贝/μL。不同程度耐药株AcrA基因的表达量不同,临床分离株和诱导的各高耐药菌株均比ATCC25922株表达量高,且差异极显著（P≤0.01）。这说明不同耐药程度的11株菌cDNA的量存在差异,AcrA基因转录水平与耐药水平成正相关。     

鉴别牛羊布鲁菌实时荧光定量PCR方法的建立

[目的]建立准确、快速检测布鲁菌、羊种布鲁菌、牛种布鲁菌的方法。[方法]以BCSP31作为布鲁菌菌属特异性基因,以IS711插入元件作为布鲁菌菌种特异性标志,设计引物和Taqman探针;分别构建标准阳性质粒模板,将其10倍倍比稀释作多重实时荧光定量PCR标准曲线,评价多重实时荧光定量PCR反应体系的敏感性、特异性、重复性。[结果]建立了鉴别牛种、羊种布鲁菌的实时荧光定量PCR方法,并用该方法对临床样品进行检测。[结论]所建立的多重实时荧光定量PCR诊断方法能够快速、准确地鉴别牛种和羊种布鲁菌。     

实时荧光定量PCR检测猪细小病毒

根据已报道的猪细小病毒基因组序列,设计并合成了引物和探针,从猪细小病毒(PPV)感染的细胞中提取DNA,经PCR扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy连接,转化大肠杆菌JM109,筛选后得到重组标准品质粒,对重组标准品质粒进行PCR和测序鉴定,表明目的片段已经成功克隆.将104～108拷贝反应的重组标准品质粒进行荧光定量PCR,系统自动分析软件显示Ct值与标准品浓度的对数之间存在良好的线性关系.动力学曲线分析表明,在该反应体系和反应条件下,标准曲线的灵敏度为102拷贝.本方法的建立为猪细小病毒感染的早期诊断奠定了基础.     

实时荧光定量PCR技术及应用

实时荧光定量PCR技术是在常规PCR基础上发展起来的核酸定量技术,于1996年由美国Applied Biosystems公司推出.当前,实时荧光定量PCR技术应用范围很广,例如,能从粪便材料中分离出的细菌DNA来精确定量检测肠道菌,使我们能详细地分析肠道中优势菌与荧光原位杂交(FISH)及培养方法检测不到的非优势菌,为理解肠道菌群与机体状况关系提供重要线索.该技术从原理上分为荧光染料检测模式和荧光探针检测模式两方面.     

瘤胃总甲烷菌实时荧光定量PCR方法的构建

试验构建了瘤胃总甲烷菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线用于总甲烷菌的定量测定,并提取瘤胃微生物总DNA, 以甲烷菌特异性引物进行PCR扩增, 回收纯化PCR产物,与pBS-T载体连接并转化到大肠杆菌,再用氨苄西林培养基筛选阳性重组质粒, 提取含目的片段质粒DNA, 通过PCR及测序鉴定重组质粒.根据OD值确定浓度, 将梯度稀释的质粒作为模板, 进行荧光定量PCR反应并作出标准曲线.结果表明: 所构建的标准曲线具有很高的相关性(R2=0.992), 并获得了高扩增效率产物.     

瘤胃总甲烷菌实时荧光定量PCR方法的构建

试验构建了瘤胃总甲烷菌实时荧光绝对定量PCR的标准品及标准曲线用于总甲烷菌的定量测定,并提取瘤胃微生物总DNA,以甲烷菌特异性引物进行PCR扩增,回收纯化PCR产物,与pBS-T载体连接并转化到大肠杆菌,再用氨苄西林培养基筛选阳性重组质粒,提取含目的片段质粒DNA,通过PCR及测序鉴定重组质粒.根据OD值确定浓度,将梯度稀释的质粒作为模板,进行荧光定量PCR反应并作出标准曲线.结果表明:所构建的标准曲线具有很高的相关性(R2=0.992),并获得了高扩增效率产物.     

虹鳟荧光假单胞菌的分离鉴定

为鉴定分析出甘肃省永登县某养鳟场疑似爆发赤皮病的病因,通过对发病虹鳟鱼进行临床症状、病理变化的观察,对发病鱼主要器官进行细菌的分离培养,并对分离培养的细菌利用16S rRNA序列分析,对菌株进行鉴定及遗传进化分析。结果表明,成功分离出一株荧光假单胞菌,将其16S rRNA基因序列与GenBank中登录的荧光假单胞菌参考株的16S rRNA基因序列进行比对,同源率达到99%。经MEGA7.0软件分析后,其位于不同的分支上。本研究结果为鳟鱼赤皮病的快速检测和对甘肃永登地区赤皮病的有效防治提供理论依据。