黄龙病诱导下椪柑SSH文库的构建与分析

以实生苗和平椪柑(Citrus reticulate Blanco)为材料,采用抑制性差减杂交技术,分别以感染黄龙病与未感染黄龙病的椪柑叶片为检测方(tester)和驱动方(driver),成功构建了黄龙病诱导的差减cDNA文库。挑选了100个阳性克隆并成功测序得到71条EST,经NCBI基因库同源性比对,有41条非冗余高质量EST序列找到了同源序列,另有10条非冗余未搜索到同源序列。同源序列的基因涉及抗逆防御、运输、能量代谢、光合作用、蛋白代谢、信号转导、抗氧化等代谢途径和生理生化过程。值得注意的是文库中有由病原引起的韧皮部相关的凝集素蛋白的前体积累。挑选了2条进行Q-PCR定量分析,结果表明感病1周表达量增强不大,2周后tester的表达量明显高于driver,说明材料感病早期这些基因表达增强。     

利用抑制消减杂交技术分离辣椒细胞质雄性不育育性恢复相关EST

 以辣椒(Capsicum annuum L. ) 细胞质雄性不育系23A、121A, 和其相应的近等基因恢复系23C、121C为试验材料, 利用抑制消减杂交( SSH) 技术成功构建了CMS恢复基因诱导表达的消减cDNA文库。结合高密度点阵膜杂交差异筛选, 获得了282个阳性克隆。通过测序, 除去重复序列共得到175个Unique ESTs。在GenBank上进行BLAST分析, 55个EST片段未找到对应的同源序列, 可能代表了新基因;120个EST片段找到了对应的同源序列, 包括103个已知功能基因和17个未知功能基因。按照MIPS功能分类法, 将其分为14个功能组, 涉及代谢、胁迫应答、蛋白活性、转录因子、信号转导等多方面的功能。     

纽荷尔脐橙贮藏枯水相关ESTs分离与初步分析

 为分析柑橘果实贮藏过程中枯水相关特异基因的表达情况,以纽荷尔脐橙（Citrus Sinensis Osbeck）采摘后贮藏至略见枯水果实的果肉为测验方（Tester）,以刚采摘果实的果肉为驱动方（Driver）,采用抑制性差减杂交（Suppression Subtractive Hybridization,SSH）技术成功构建了贮藏果实差减cDNA文库,共获得656个阳性克隆。随机挑取克隆进行菌液PCR分析,插入片段长度主要集中在100 ~ 1 000 bp。成功对213个克隆进行测序,获得有效序列143条,经序列分析,共得到53条uniESTs序列。在NCBI基因库中对这53个uniESTs进行BLAST分析,比对结果参照MIPS的分类标准,按功能分为14类,其中参与代谢、能量及蛋白合成的ESTs最多,分别占到了全部ESTs的17%、11%和13%。     

琯溪蜜柚及其早熟红肉突变体成熟果实SSH 文库的构建及初步分析

 分别以琯溪蜜柚及其突变体红肉蜜柚（成熟期早20 ~ 25 d）的成熟果肉cDNA 作驱赶子和检测子,利用结合分子镜像选择技术的SSH 技术,构建了红肉蜜柚和琯溪蜜柚的正向差减cDNA 文库。通过PCR 检测cDNA 克隆外源插入片段,其大小介于100 ~ 1 000 bp。通过点杂交差异筛选文库,得到102 个表达增强2 倍或以上的克隆并测序,结果表明这102 个克隆代表44 个Unigenes,通过序列同源性比对分析,发现获得的Unigenes 在功能上主要涉及信号传导、蛋白质合成、应激反应、转运等代谢反应。     

脐橙CsNAC基因的克隆及其在果实贮藏过程中的表达分析

从脐橙(Citrus sinensis Osbeck)果皮褐变相关基因的cDNA抑制差减文库中,筛选了一个与NAC基因家族同源的EST序列,通过RACE技术成功克隆了CsNAC基因全长cDNA序列共1 203 bp,并对其进行了序列分析。结果表明,CsNAC包含一个918 bp的开放阅读框(ORF),编码305个氨基酸,预测的蛋白质分子量为35.2 kDa,等电点为6.72;CsNAC蛋白N端具有一个高度保守的NAC结构域;进化树分析表明CsNAC属于NAC蛋白家族的ATAF亚家族,可能参与胁迫反应。荧光定量PCR表达分析结果表明,CsNAC在果实贮藏过程中,随着果皮褐变的发生,与对照相比褐变果皮中的表达水平明显增强。说明CsNAC基因与脐橙果实的果皮褐变具有密切关系。     

紫外线照射对梁平柚果皮基因表达的影响

 采用SSH技术以紫外照射的梁平柚[Citrus grandis（L.）Osbeck]果皮作为实验方（tester）,以未被照射的正常果皮作为驱动方（driver）,构建了一个梁平柚果皮紫外诱导基因的正向差减文库。经菌液PCR检测后随机挑取200个阳性克隆测序,获得168条表达序列标签（ESTs）。比对这168条ESTs,发现有分属于57个基因的114条ESTs与已知基因高度同源,54条ESTs同源性较低或没有同源性。功能分析发现,这些ESTs主要参与抗逆防御、生长发育、细胞凋亡、转录与翻译、细胞分化、信号传导、能量代谢、糖类及氨基酸代谢以及次生代谢等。     

利用抑制差减杂交技术分离茄子单性结实相关ESTs

以茄子（Solanum melongena）单性结实品系D-10和非单性结实品系03-2的子房cDNA分别为试验组（Tester）和驱动组（Driver）,利用抑制差减杂交（SSH）技术构建了正反两个SSH-cDNA文库,分别包含472和124个克隆。通过测序、序列拼接后,共获得384个Unique ESTs。将其与非冗余蛋白数据库进行BLASTx比对,在E值小于等于1e-10条件下,有257个ESTs能找到相匹配的蛋白质,其中121个ESTs与非冗余蛋白质数据库中已知功能的蛋白质具有高度的相似性。功能注释结果表明,具生物过程、分子功能和细胞组分的EST分别为107、102和119条。推测与单性结实相关的EST有5条：2条ESTs属于MADS-box转录因子家族,1条与生长素增长蛋白同源,1条属于P450还原酶系,1条属于MAPKK家族;另外136个ESTs代表了未知功能基因。     

月季响应黑斑病的早期差异表达基因分析

为了获得月季抗黑斑病的相关基因,探究月季抗病分子机制,以月季高抗黑斑病品种‘粉和平’叶片为材料,采用单孢子离体接种法对其接种黑斑病菌,以接种24、48和72 h的cDNA等量混合样为检测子,以相应对照的cDNA混合样为驱动子,构建抑制差减杂交文库。挑选200个阳性克隆进行测序、BLASTx比对分析,获得37条非冗余EST序列,其中32条序列在蛋白数据库中具有同源序列。将获得的EST序列导入相应样本的转录组测序数据库,以其在两个样本中的RPKM比值作为基因相对表达量。结果表明,接种病原菌后,上调表达基因涉及信号识别、离子转运、活性氧清除、光呼吸途径及苯丙烷代谢等方面,其中以活性氧清除、光呼吸途径和苯丙烷代谢途径的基因数最多。这一结果说明月季抗病是通过多基因的协同作用实现的,活性氧清除、光呼吸途径和苯丙烷代谢途径在月季抵抗黑斑病菌过程中发挥重要作用。     

茄子花青素合成相关基因SmMYB 的克隆与表达分析

 以茄子（Solanum melongena L.）‘YZ14’（紫茄）和‘YZ3’（白茄）为试验材料,采用 同源克隆与RACE（rapid amplification of cDNA ends）相结合的方法克隆了茄子MYB 基因cDNA 及gDNA 全长序列,命名为SmMYB。序列分析结果表明：该基因cDNA 全长1 035 bp,开放阅读框837 bp,编码 278 个氨基酸,与辣椒（Capsicum annuum L.）MYB 转录因子氨基酸序列相似性达71%;成熟蛋白的等电 点为8.47,具有2 个典型的DNA-binding 结构域且亚细胞定位于细胞核;gDNA 全长3 834 bp,包含3 个 外显子及2 个内含子。荧光半定量检测结果表明：SmMYB 在茄子根、茎、叶、花瓣、果皮中均有表达, 但表达水平具有组织特异性;遮光处理后紫色茄子果皮中该基因表达量变化与花青素合成量变化趋势相 似。推测SmMYB 为一个MYB 转录因子基因,正向调控茄子花青素的合成。     

抑制消减杂交法分离与鉴定灵芝G蛋白β亚基基因

灵芝细胞在液体静置和振荡培养方式下,抗癌物质灵芝酸的产量有显著的差别。采用抑制消减杂交法分离了灵芝细胞在两种不同培养方式下差异表达的基因,对构建的差减文库进行筛选后获得了一个灵芝的EST序列。根据这个EST序列,采用RACE-PCR的方法成功克隆到了灵芝G蛋白β亚基（Gb）基因（GenBank登录号GQ293361）。序列分析显示这个基因cDNA全长1217bp,编码了313个氨基酸。同源性分析表明其编码的氨基酸与其他蘑菇类真菌Gβ的氨基酸序列同源性较高,与Coprinopsis cinerea（XP₀01830441.1）、Lentinula edodes（AAP13580.2）和Schizophyllum commune（XP₀03029882.1）的一致性分别达到91%、91%和90%。实时荧光定量PCR结果表明这个基因在液体静置培养方式下的表达量显著高于振荡培养。     

茄子单性结实差异表达序列鉴定及分析

利用实时荧光定量PCR技术,研究茄子单性结实SSH-c DNA文库中的96条EST序列在单性结实自交系和非单性结实自交系果实发育过程中的表达模式。分析表明,在低温条件下,相对表达量有显著差异的EST序列有31条,总体上调表达的EST序列有17条,总体下调表达的EST序列有14条。通过NCBI对EST序列进行Blastx比对,得到与其同源性高的序列信息。其中5条EST与抵御低温相关,6条EST与植物激素代谢相关,多条EST与植物代谢过程中的蛋白质和碳水化合物合成相关,1条EST无比对结果,可能为新基因。差异表达序列可作为研究茄子单性结实和耐低温的候选基因。     

Screening differentially expressed genes involved in apoptosis of primary cultured rat cerebellar granule neurons by mRNA differential display RT-PCR

AIM: To Screen and identify differentially expressed genes that involved in apoptosis model in rat cerebellar granule neurons (CGNs).METHODS: The rat cerebellar granule neurons were isolated and primarily cultured.Fluorescent differential display RT-PCR (FDD RT-PCR) was performed to screen differentially expressed ESTs in the apoptosis model of primarily cultured rat CGNs.ESTs were subcloned into pGEM-T EasyTM vector and then sequenced.Alignment assay in non-redunant database was applied for encoding information.Reverse Northern blotting was used to appraise the results from DDRT-PCR.RESULTS: 164 pieces of differentially expressed ESTs were obtained by FDDRT-PCR.17 of them were subcloned and sequenced.5 ESTs of 17 were confirmed to be positive results by reverse Northern blotting.CONCLUSION: DD-PCR is a rapid,simple-operation and sensitive method for screening differentially expressed genes,which would contribute to the molecular mechanisms of apoptosis/survive of CGNs.     

枳根cDNA全长文库的构建与分析

为了解柑橘优良砧木枳（Poncirus trifoliata）根部的基因表达信息,利用SMART技术构建了枳的根组织全长cDNA文库。检测结果显示所建枳根原始文库的容量为1.08 × 106 cfu ? mL-1,扩增后文库容量为1.30 × 109 cfu ? mL-1,重组率为95%。通过文库随机测序获得182个长度大于100 bp的ESTs序列（GenBank登录号为JK316116 ~ JK316297）,序列拼接后得到96个Unigenes,包括12个Contigs和84个singletons。其中,68个Unigenes可与GenBank中登录的基因相匹配,56个与已知的柑橘基因相匹配,36个为全长基因。对24个全长基因完成了功能注释,并进一步开展了生物信息学分析,发现有6个应激反应基因和3个根发育相关基因。     

辣椒细胞质雄性不育系和保持系SSH-cDNA文库的构建

以辣椒细胞质雄性不育系A1、A5为驱动方(driver),以其相应的保持系B1、B5为测验方(tester),利用抑制差减杂交技术构建了1个辣椒细胞质雄性不育保持系表达基因的正向差减cDNA文库。从差减文库中筛选到189个阳性单克隆,经高密度点阵膜杂交筛选和测序分析,共获得了42条表达序列标签(ESTs)。BLAST比对分析后,得到了35条有比对结果的序列,其中包括26条已知功能基因序列和9条未知功能基因序列,已知基因功能多与基础物质代谢、胁迫应答、信号转导等方面有关;有7条ESTs没有比对结果,可能代表一些新基因。     

细叶百合休眠与解除SSH文库构建及其调控基因的初步筛选

 为了验证百合鳞茎休眠解除过程中基因表达的差异性，以细叶百合休眠鳞茎和休眠解除鳞 茎为材料，利用抑制消减杂交技术构建了百合鳞茎休眠及解除正、反向抑制消减文库。文库富集了差异 基因，消减效率符合要求，插入片段集中于250 ~ 1 000 bp 之间。对正、反向文库随机挑选阳性克隆测序， 各获得100 个表达序列标签（EST），在NCBI 上进行BLASTx 分析，并用KOBAS 系统将获得的unigene 定位到Pathways 中。分析结果表明，休眠文库ESTs 功能主要涉及胁迫响应方面，如苯丙氨酸代谢途径、 促分裂素原活化蛋白激酶途径等与休眠有关。休眠解除文库在糖代谢、激素响应及信号转导方面表达量 较高，如亚油酸代谢途径、淀粉及蔗糖代谢途径等参与了休眠解除过程。     

白菜离体春化相关基因表达的cDNA-AFLP分析

 借助cDNA-AFLP技术分离到15个与白菜离体春化反应相关的表达序列标签( EST) 。Blast结果表明: 低温春化处理抑制性表达的12个EST, 多与异化作用相关基因同源性较高; 春化诱导表达的3个EST, 分别与编码核糖体蛋白的亚基(或与自主开花途径相关的FAC基因连锁的因子) , ATPase的亚基,小G - 蛋白亚基的基因同源性较高。