独尾草DNA提取方法优化及ISSR反应体系的建立

为研究独尾草(Eremurus chinesis Fedtsch.)的遗传多样性,以独尾草的干燥叶片为研究材料,比较了SDS法和CTAB法提取独尾草总DNA的效果,并对CTAB法提取方法进行了优化.采用正交试验以Mg2+、dNTP、Taq酶、引物4因素3水平建立了独尾草的ISSR反应体系.结果表明,优化的CTAB法提取独尾草DNA的质量较好,在l0 μl的反应体系中,含10×PCR Buffer、1.0 mmol/l MgCl2、200 μmol/l dNTP、0.75 U Taq酶、0.4mol/l的引物和20 ng模板DNA.基于上述ISSR反应体系,筛选出了适合独尾草遗传多样性分析的21条ISSR引物.     

枫香树DNA提取及SRAP-PCR反应体系的建立与优化

通过不同处理的枫香树叶片及基因组DNA提取方法的对比,并采用L16(45)正交试验设计,对影响SRAP-PCR反应体系的Mg2+,d NTPs,引物浓度及Taq DNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行优化,确立枫香树SRAP-PCR最佳反应体系。结果表明,改良CTAB法提取枫香树基因组DNA的产率和纯度均可满足下游试验需要。SRAP-PCR最优反应体系为:总体积20μL,含1×PCR Buffer,1.5 mmol·L-1Mg2+,0.16mmol·L-1d NTPs,0.5μmol·L-1引物,0.9 U Taq DNA聚合酶和40 ng模板DNA。各因素对反应结果的影响大小顺序为Taq DNA聚合酶量d NTPs浓度Mg2+浓度模板DNA用量引物浓度。运用优化的SRAPPCR反应体系对10个不同居群的枫香树基因组DNA扩增检测,结果均能获得稳定性高、多态性丰富和重复性好的条带图谱。     

桃基因组DNA的提取及SSR反应体系的建立

针对桃树树种-大久保桃,进行了其基因组DNA的提取,探讨了SSR反应体系中各组分浓度对扩增反应产物的影响.结果表明,采用的提取方法所得的基因组DNA纯度好、片段完整,无明显降解;在25μL体系中的适宜浓度分别为:1×PCR Buffer,TaqDNA酶2 U,Mgcl22mmol/L,模板DNA80 ng,dNTPs 240~360μmol/L,每个引物0.4μmol/L.     

啤酒大麦SSR分子标记PCR反应体系的建立与优化

为建立及优化啤酒大麦SSR分子标记PCR反应体系,以35个啤酒大麦品种(系)为试验材料,利用L16(44)正交试验设计研究DNA、Taq酶、dNTPs及引物浓度对啤酒大麦SSR扩增效果的影响。结果表明:模板DNA 2.0ng、10×PCR buffer 1.0μL、dNTPs 0.6μL、引物(0.25mmol·L-1)1.5μL、Taq酶(2.5U·μL-1)0.45μL的扩增效果最优,扩增结果重复性好且稳定。     

柽柳cpSSR-PCR反应体系的建立和优化

[目的]建立并优化柽柳cpSSR-PCR反应体系和反应条件。[方法]对影响PCR反应的5个变量(Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA浓度)进行L_(16)(4~5)正交试验设计,并对引物退火温度进行梯度筛选。[结果]最优反应体系:Mg~(2+) 2.0 mmol/L、dNTPs 0.125 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.25 U、引物0.25μmol/L、模板DNA 20 ng,共10μL。反应程序:94℃预变性4 min;94℃30 s,引物退火温度30 s,72℃30 s,30个循环;72℃延伸10 min。[结论]该反应体系成功扩增1个柽柳天然群体的23个个体,为柽柳群体扩散路线的确定奠定基础。     

桑树ISSR-PCR反应体系建立及优化

采用正交试验设计L₁₆(4⁵)对桑树ISSR-PCR反应体系中的模板DNA、引物、Mg²⁺、dNTPs和rTaq酶5个因素及反应程序中变性时间、退火时间、延伸时间和循环数进行优化分析。结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响大小依次为DNA模板>rTaq酶>Mg²⁺>引物>dNTPs。最终确立了最佳反应体系,即在10μL反应体系中,含25 ng/μL DNA模板1μL、10×PCR buffer 1μL、20μmol/L引物0.2μL、2.5 mmol/L Mg²⁺ 0.8μL、2.5 mmol/L dNTPs 1μL、5 U/μL rTaq 0.1μL。优化得到的反应程序为94℃预变性5 min;94℃变性40 s,合适的退火温度退火45 s,72℃延伸90 s,40个循环;72℃延伸10 min,16℃保存。通过梯度PCR,确定引物ID37的退火温度为49.5℃。稳定性检测表明该体系能用于桑树ISSR分析。     

白木香基因组DNA提取与ISSR反应体系的优化

白木香为瑞香科沉香属植物,是中国特有的珍贵药用植物,也是国产沉香药材唯一资源植物,现已濒临灭绝,被载入<中国植物红皮书>采用改良CTAB法提取白木香DNA较传统方法简单高效.通过琼脂糖凝胶电泳和OD260/OD280比值测定,所得基因组DNA纯度高,可作为ISSR等以PCR为基础的DNA多态性标记.通过优化影响白木香ISSR-PCR的主要参数,确立了适用于白木香的ISSR反应体系和扩增条件.结果表明在20μl反应体中,模板DNA、引物、Mg2+、dNTP和Taq DNA聚合酶5种主要成分的最适浓度分别为25 ng、0.8 μmol/L、2.5 mm01/L、0.2 mmol/L、1.0 U,扩增出足量产物至少需要35个循环.     

椰子SSR反应体系的建立和优化

为摸索适宜椰子的SSR反应体系,分析了PCR反应体系中的Mg2 浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、模板浓度以及退火温度对扩增结果的影响,建立了适合椰子的SSR反应体系。研究结果表明:在20μL反应体系中,Mg2 、引物和dNTP的最适浓度分别为2.5 mmol/L、0.3μmol/L、0.2 mmol/L;TaqDNA聚合酶的最佳使用量为1 U,模板DNA应加入50 ng,引物最佳退火温度比Tm值较小者低2~3℃。在参数优化的基础上,应用标记分析该反应体系对24个海南不同地区高种椰子样品进行SSR分析,不同样品间DNA谱带多态性丰富,本研究建立的分析体系将为今后椰子资源的SSR分析奠定良好的研究基础。     

桃SSR反应体系的优化

以‘新大久保’桃为试材,利用正交设计直观分析法和2因素完全随机试验优化了桃SSR技术中PCR反应体系.试验结果表明,适宜桃遗传分析的SSR技术体系为：在25 μL反应体系中Taq DNA聚合酶和DNA最适用量分别为1 U和50～100 ng;Mg^2＋ 、dNTP和引物最适终浓度分别为1.5～2.0 mmol/L、0.20～0.28 mmol/L和0.2～0.6 μmol/L.利用30个桃品种验证此反应体系,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物在100～300 bp,多态性高,且反应体系的稳定性和可重复性好.     

三七ISSR-PCR反应体系建立及优化

 为建立和优化三七 ISSR PCR反应体系,运用正交试验和单因子试验分析模板DNA,TaqDNA聚合酶、引物、Mg2+和dNTPs 5个因子对ISSR PCR反应影响。结果发现,三七 ISSR PCR 25μL反应体系中5个因子最佳水平：DNA模板为9.6ng,TaqDNA聚合酶为2.0u, Primer浓度为1.0mmol/L,dNTPs浓度为0.68mmol/L,Mg2+浓度为2.8mmol/L。研究结果为利用ISSR分子标记技术研究三七提供了理论支持。     

陆地棉SSR分子标记优化体系的建立

针对陆地棉富含酚类、多糖等次生产物的特点,建立了一种简便、快速的提取高纯度DNA的方法.同时建立了适合陆地棉SSR标记的优化体系和试验方案,并对所构建的QTL定位群体进行了SSRPCR检测,得到了清晰的多态性SSR标记,为SSR分子标记技术在棉花育种中的应用打下了基础.     

大蒜SSR体系的建立与优化

为建立适宜大蒜(Allium sativum L.)的SSR反应体系和扩增程序,应用L16(45)正交设计对影响SSR-PCR的主要参数进行优化。结果表明,适宜大蒜的SSR反应体系总体积为20μL,其中含TaqDNA聚合酶0.02 U/μL、引物为0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、DNA 30 mg/L;PCR适宜扩增程序为:94℃预变性3 min,94℃变性30 s,55℃45 s,72℃延伸90 s,35次循环,94℃变性30 s,53℃45 s,72℃延伸1 min,10次循环的最后一个循环延伸增加为10 min。并优化引物最适合退火温度为53.5~58.5℃。利用此反应体系对40份大蒜品种进行SSR扩增并电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,证明此体系稳定可靠。在此基础上,利用优化的SSR反应体系对100对大葱SSR引物进行筛选,从中筛选出1对扩增谱带清晰稳定性好的SSR引物,并对40份大蒜品种进行遗传多样性分析。这一对SSR引物共检测出3个多态性条带可将供试材料聚为2大类,大部分品种(系)都按照其地理来源和遗传背景进行聚类。     

甜柿SSR扩增反应体系的建立

本试验采用正交试验设计法,对"阳丰"甜柿SSR-PCR体系中DNA模板浓度、MgCl2浓度、dNTPs浓度、引物、Taq酶用量等进行了优化,通过琼脂糖凝胶电泳对谱带进行分析,结果表明体系10为最佳体系:20μL扩增反应体系中,25mmol·L-1 MgCl2溶液1.4μL,10 mmol·L-1 dNTPs混合液0.4μL,10 mmol·L-1引物1.1μL,5U·μL-1 Taq酶液0.4μL,10ng·μL-1 DNA溶液4.0μL。所有参试因素中Taq酶对"阳丰"甜柿SSR-PCR扩增结果影响最大,dNTPs对PCR结果影响最小。     

槟榔SSR反应体系的建立

以鸡心槟榔为试材,用QIAGEN公司的DNeasy Plant Mini Kit提取基因组DNA,对SSR反应体系进行建立与优化,探讨了槟榔SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响。最终确定了引物C7549的最佳退火温度为56℃,在PCR反应体系中最佳条件:Mg2+浓度为3.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.1 mmol/L,Taq酶量为1.5 U,引物浓度为0.8μmol/L,DNA模板为2.0 ng/μL。利用此反应体系对部分槟榔品种进行PCR扩增并Page胶电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合槟榔的亲缘关系分析。     

单头肿腿蜂DNA提取方法及多个基因片段PCR反应体系建立

[目的]采用分子生物学技术研究肿腿蜂类天敌昆虫近缘种关系。[方法]利用SDS法和试剂盒法2种方法对8种肿腿蜂的单头个体进行基因组DNA提取。[结果]琼脂糖凝胶电泳结果表明,试剂盒法提取的单头肿腿蜂基因组DNA虽成本较高,但提取总量大、提取成功率高、单位浓度高。且利用试剂盒法提取的基因组DNA进行多个基因片段PCR扩增,均得到正确的扩增产物。[结论]该研究为进一步分析肿腿蜂种类及遗传进化关系奠定基础。     

棕榈科植物SSR分子标记反应体系的建立

以棕榈科植物的DNA为材料,通过对SSR反应体系中模板DNA、dNTPs、引物、Taq聚合酶和MgCl25个因素采用单因素试验法设定5个梯度,并比较不同的浓度、不同的用量对扩增效果的影响,建立最佳反应体系。研究最终确定了20μLPCR反应体系的最佳条件为：模板DNA2μL,dNTPs0．2μL,引物1．0μL,Taq聚合酶O．2μL,MgCl22．0μL。该优化体系稳定可靠,适合应用于棕榈科植物SSR分析。     

天麻PCR反应体系的建立

 通过对Mg²⁺,dNTP,随机引物、模板DNA,TaqDNA聚合酶浓度等反应参数的系统研究,建立了天麻RAPD分析体系。该体系反应总体积20 μL, 其中MgCl₂ 2.5 mmol/L, dNTP 0.25 mmol/L,模板20 ng,随机引物0.3 μmol/L,Taq酶1.5 U. 反应程序为94 ℃预变性5 min,94 ℃变性35 s,36 ℃退火35 s,72 ℃延伸1 min,40个循环,最后72 ℃延伸5 min. 结果表明该体系具有良好的稳定性和重复性,可应用于天麻的演化、系统分类、品种鉴定等研究。     

黑麦特异性PCR反应体系的建立（摘要）

[目的]建立黑麦特异性PCR反应优化体系。[方法]以普通小麦＂中国春＂、S165、黑麦、八倍体小黑麦、六倍体小黑麦为试验材料,研究了模板DNA、引物、dNTPs、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶用量及退火温度对黑麦特异性PCR反应体系的影响。[结果]采用改良的CTABDNA微量提取法可以得到高质量的基因组DNA,满足PCR反应模板的要求,黑麦特异PCR扩增反应体系为：在25μl反应体系中,10×缓冲液,1.5mmol/LMgCl2,200μmol/LdNTP,40ng引物,40～60ng模板DNA,1UTaq酶。[结论]建立了适宜的黑麦特异PCR扩增反应体系,可为小麦背景下黑麦外源种质的检测奠定基础。     

黑麦特异性PCR反应体系的建立

[目的]建立黑麦特异性PCR反应优化体系。[方法]以普通小麦＂中国春＂、S165、黑麦、八倍体小黑麦、六倍体小黑麦为试验材料,研究了模板DNA、引物、dNTPs、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶用量及退火温度对黑麦特异性PCR反应体系的影响。[结果]采用改良的CTAB DNA微量提取法可以得到高质量的基因组DNA,满足PCR反应模板的要求,黑麦特异PCR扩增反应体系为：在25μl反应体系中,10×缓冲液,1.5 mmol/LMgCl2,200μmol/LdNTP,40 ng引物,40~60 ng模板DNA,1 UTaq酶。[结论]建立了适宜的黑麦特异PCR扩增反应体系,为小麦背景下黑麦外源种质的检测奠定了基础。     

东北山葡萄SSR反应体系的建立及优化

以东北山葡萄(左山二)叶片为材料,对SSR反应体系中的主要影响因子进行了优化。研究了模板浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶量对扩增的影响。结果表明,在20μL SSR体系中各组分的适宜浓度为:1×PCR buffer,引物0.3μmol/L,模板DNA 30 ng,dNTP 0.2 mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U。应用该SSR体系,用3对引物对5份山葡萄材料进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。