犬冠状病毒核酸探针的制备及其基因序列的测定与比较

采用RT—PCR方法扩增犬冠状病毒(CCV)YSl、CI1和NL—18株5’端部分S基因序列，以随机插入DNA法对CCV YSl株纯化的PCR产物标记^32P同位素，制备核酸探针，并与3株CCV反转录产物杂交。用平端连接法将3株CCV PCR产物克隆于pUCl9 SmaI位点或pGEM—T载体中，经PCR鉴定为正确重组质粒。以双脱氧末端终止法测定了重组质粒的cDNA核苷酸序列，并用DNASIS计算机软件进行多重比较分析，绘制系统树。结果表明，所制备的核酸探针可与3株CCV反转录产物杂交，其核苷酸序列与多株CCV相应序列的同源性高达91．9％-99．1％，为CCV的保守区。由此说明，制备的酸破探针可用于犬CCV感染的分于流行病学研究。     

核酸探针检测犬冠状病毒方法的建立和初步应用

以^32P标记犬冠状病毒特异性RT—PCR及产物制成核酸探针，与CCV NL-18株、犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒、狂犬病病毒反转录产物、正常CRFK细胞以及做10～10000倍稀释的CCV NL-18株反转录产物杂交，进行核酸探针的敏感性和特异性试验。结果表明，该探针仅与CCV HLl8株反转录产物呈阳性杂交，与对照病毒和正常细胞反转录产物均呈阴性反应。初步应用试验结果，该探针可与国内CCV分离病毒YSl、CI1株杂交，且可从8份腹泻犬粪便中检出5份CCV阳性病料。本研究为在我国开展犬冠状病毒感染的分子流行病学调查和临床诊断提供了一种敏感、特异的检测方法。     

犬细小病毒和犬冠状病毒双重PCR方法的建立及应用

根据GenBank中犬细小病毒(CPV)和犬冠状病毒(CCV)基因序列各设计了一对引物,经试验条件的优化,建立了检测CPV的PCR方法和CCV的RT-PCR方法,扩增目的片段大小分别为337 bp和852 bp.在此基础上建立了检测CPV和CCV双重PCR方法.该双重PCR方法能特异的扩增CPV和CCV,且分别扩增出1...     

犬冠状病毒核酸探针的制备及其基因序列的测定与比较

采用RT-PCR方法扩增犬冠状病毒(CCV)YS1、C11和NL-18株5′端部分S基因序列,以随机插入DNA法对CCV YS1株纯化的PCR产物标记32P同位素,制备核酸探针,并与3株CCV反转录产物杂交.用平端连接法将3株CCV PCR产物克隆于pUC19 Sma I位点或pGEM-T载体中,经PCR鉴定为正确重组质粒.以双脱氧末端终止法测定了重组质粒的cDNA核苷酸序列,并用DNASIS计算机软件进行多重比较分析,绘制系统树.结果表明,所制备的核酸探针可与3株CCV反转录产物杂交,其核苷酸序列与多株CCV相应序列的同源性高达91.9%～99.1%,为CCV的保守区.由此说明,制备的核酸探针可用于犬CCV感染的分子流行病学研究.     

大熊猫犬冠状病毒部分S基因的克隆与全S基因序列分析

从重庆某动物园死亡的大熊猫肝脏中分离到一株病毒，经鉴定为犬冠状病毒（命名为CCV DXMV）。本实验根据CCV K378和CCV Insavc-1株基因序列设计合成了普通PCR引物SF1-SR1和SF2-SR2，以及半套式引物SF3-SR3、SR13、SF13、SF4-SR4和SF14，分段扩增了CCVDXMV株部分S基因，得到了368bp、792bp、737bp、1178bp和985bp5个基因片段。将纯化的RCR产物分别克隆到pGEM—T载体中，通过筛选和鉴定，获得了5个阳性重组质粒。将重组质粒送生物公司测序，将测得的基因序列与先前测定的该株病毒部分S基因序列，拼接成全S基因序列，并与其它株CCV及TGEV HN2002和FIPV79—1146株的S基因序列进行分析比较，绘制进化树。结果表明，该株病毒与CCV K378株的同源性最高，达到99．4％；而与CCV 23／03株的同源性最低，为56．9％；与FIPV和TGEV分别有90．4％和82．1％的同源性。     

上海株犬冠状病毒的分离鉴定及S基因的遗传进化分析

利用A72细胞(犬纤维肉瘤细胞系)从上海市某宠物医院临床表现为急性胃肠炎症状的幼犬腹泻粪便中分离到1株病毒,通过噬斑纯化、病毒理化特性检测以及动物回归实验和RT-PCR鉴定,证明所分离到的病毒为犬冠状病毒(Canine coronavirus,CCV),将其命名为CCV-SHdc株。根据Gen Bank公布的CCV S基因序列,设计合成4对特异性引物,利用RT-PCR成功扩增获得CCV-SHdc株S基因序列,同时进行序列测定和核苷酸系统发育进化树绘制。结果显示,CCV-SHdc株的S基因序列全长4 364 bp;该毒株与日本分离的CCV 5821株亲缘关系最近,处于同一分支,与意大利分离的CCV 23/03和CCV Elmo/02株亲缘关系较远。核苷酸与氨基酸同源性分析表明,CCV-SHdc株与CCV 23/03和CCV Elmo/02株可能属于不同基因型,已有很多点发生突变,这种突变的累积有可能引起病毒毒力的变化。     

犬轮状病毒荧光定量RT—PCR检测方法的建立

目的:建立轮状病毒快速准确的检测方法,为研发诊断试剂盒和疫苗奠定基础。方法:用Primer5软件设计VP7引物,从采集的腹泻犬粪便样品抽提病毒RNA,用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,将RNA反转录为cDNA,并进行PCR扩增,对扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和测序,与代表株的VP7进行同源性比较。结果:从腹泻病犬粪便样品中抽提到了轮状病毒RNA,反转录后扩增产物为51bp的基因片段,经核苷酸序列分析,其PCR序列与犬轮状病毒VP7基因编码源序列的同源性为86.3%。结论:正确克隆了轮状病毒主要保护性抗VP7基因中抗原表位区,建立了犬轮状病毒实时定量诊断方法,为研制实时定量诊断试剂盒奠定了基础。     

RT-PCR检测和区分猪传染性胃肠炎病毒和猪呼吸道冠状病毒的研究

根据猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）和猪呼吸道冠状病毒（PRCV）的基因组核苷酸序列，在S基因（纤突蛋白基因）5′端保守区设计了一对引物P3／P4，该对引物在TGEV扩增跨幅约为2.4kb；而PRCV由于在此区域存在一约0.6kb碱基缺失，扩增跨幅约为1.8kb。用引物P3／P4对TGEV Miller株、Purdue株和PRCV AR310株分别进行RT－PCR，根据RT－PCR扩增片段大小可以直接区分TGEV和PRCV。用引物P3／P4与引物P1／P2作Nested-PCR,提高了该RT－PCR的特异性和敏感性，建立的RT－PCR可为临床上诊断TGEV及调查我国是否存在PRCV感染提供可靠的鉴别手段。     

检测和鉴别犬瘟热病毒强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)的建立及初步应用

根据GenBank上登录的犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）基因组全序列，选择CDV强、弱毒株间有区别保守区设计了一对通用引物P1和P4，并在该对引物跨越区域的内部设计了CDV强毒株特异性引物P2及弱毒株特异性引物P3，用引物P1／P4进行RT—PCR，然后用引物P2／P3／P4进行复合套式PCR，建立了一种能区分CDV强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应（RT—nPCR）的鉴别诊断方法。应用该方法从CDV强、弱毒株的基因组中分别扩增出了大小为247bp和177bp的特异性片段，从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为247bp和177bp的两条特异性片段，与犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒的细胞培养物以及正常细胞对照组进行复合RT—nPCR扩增时均为阴性。对从黑龙江省和吉林省采集的20份疑似CDV病料进行的检测结果表明，有15份类似CDV强毒，5份类似CDV弱毒。本研究建立的复合RT—nPCR可以有效检测CDV感染，能够将强、弱毒株区分开，可用于临床快速检测、流行病学监测以及追踪疫苗免疫效果等。     

布鲁菌S2疫苗株的核酸探针检测方法的建立

为了鉴别布鲁菌疫苗免疫和自然感染,建立鉴别布鲁菌S2疫苗株与其他菌株的斑点杂交法。针对布鲁菌基因序列保守区S2疫苗株与其他菌株的差异设计探针,同时根据差异部分设计引物进行PCR扩增;PCR产物经过回收、纯化、变性后固定在NC膜上,与探针杂交、显色。结果显示,PCR引物能够对S2疫苗株扩增出约330bp的核酸片段,对其他布鲁菌扩增出约360bp的核酸片段;探针只能和S2疫苗株的PCR产物杂交,最低检测到10pg DNA,能够在10h内鉴别出布鲁菌S2疫苗株。     

Detection of canine coronaviruses genotype I and II in raised Canidae animals in China

An RT-nPCR assay was used for testing fecal samples of dogs, foxes, raccoon dogs and minks for the presence of canine coronavirus (CCV). The animals were raised in homes, dog schools or farms. Seventy out of 81 healthy dog feces from three cities and 21 out of 48 diarrhea feces from pet dogs were positive for type II CCV. From a total of 61 healthy fox feces, 43 were positive for type II and 29 for type I CCV, out of which 25 were simultaneously positive for the two different genotypes. Among 24 raccoon dogs samples, 22 were CCV type II-positive, and from those 16 were additionally type I positive. No CCVs was detected from healthy mink feces. Sequence analysis found that ten type II CCVs fragments of M gene shared a high similarity with reference strain CCV 1-71 (96.5-99.5%), and four type I CCVs shared a high similarity (96.7%-98.1%) with a reported FCV-like CCV strain. The sequence of one particular M gene fragment was found to cluster between the type I and type II CCV branches in phylogenetic analysis, suggesting the existence of a novel strain. Our study confirmed that type II CCVs infection is very common in domestic dog, fox, and raccoon dog populations in China. This is also the first report on the co-existence of two CCV genotypes in healthy foxes and raccoon dogs.     

犬瘟热病毒h基因克隆测序与原核表达

根据GenBank中登录的犬瘟热病毒h基因序列设计一对引物,利用RT-PCR方法扩增出犬瘟热病毒弱毒疫苗株的h基因,将其插入到克隆载体pMD18-T中,经蓝白斑筛选及SalⅠ和XhoⅠ双酶切鉴定挑出阳性克隆进行序列测定,序列分析结果表明,该基因与GenBank上标准代表毒株序列完全同源;与扬州分离株、长春分离株、新疆分离株、日本分离株D85755同源性分别为90.6%、91.3%、90.5%、91%;与Onderstepoort、Convac株、美国分离株98-2666-2同源性较高,分别为97.7%、97.2%、98.1%。再将其定向克隆于原核表达载体pET-32a(+)中,转化感受态E.coli BL21细胞,经IPTG诱导表达分子质量约64 ku的重组H蛋白。     

猪瘟病毒野毒株与疫苗株酶切检测方法的建立、优化及应用

为有效鉴别猪瘟病毒强毒株(Shimen)与弱毒疫苗株(HCLV),根据GenBank上已发表的猪瘟病毒囊膜糖蛋白E2基因高度保守区设计一对特异性引物,在其跨越区内部有Shimen株独有的限制性内切酶Bgl Ⅱ酶切位点,采取酶切RT-PCR产物的方法鉴别Shimen株和疫苗株,同时对该方法的特异性和敏感性进行检测。结果表明,应用该方法从Shimen株和疫苗株中均能扩增出一条大小为750 bp的特异性片段,疫苗株的RT-PCR产物不能被Bgl Ⅱ酶切,Shimen株的RT-PCR产物则被酶切为大小分别为520和230 bp的两条带。此方法可扩增猪瘟病毒的E2基因保守片段,对病毒RNA的最小检出量为3.96×10^-4 μg/mL。采用此方法检查了30例临床疑似猪瘟病料,结果3例感染猪瘟病毒强毒,21例为猪瘟弱毒疫苗株,其他为猪瘟阴性。     

日本脑炎病毒套式RT-PCR方法的建立与初步应用

根据GenBank上登录的日本脑炎病毒(JEV)E基因序列,设计内外2对引物.以JEV疫苗株为模板,建立了检测猪JEV的套式RT-PCR方法.应用该方法对JEV疫苗株RNA进行扩增,获得与预期大小相符,长度为228 bp的目的片段;检出JEV-RNA的灵敏度约为0.3 pg.表明所建立的套式RT-PCR方法对JEV的检测敏感性高、特异性强.     

犬瘟热病毒贵州分离株H基因的克隆及其序列分析

根据GenBank中犬瘟热病毒Onderstepoort株序列设计特异性引物,以犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)RNA为模板,应用RT-PCR对病毒H蛋白编码基因进行了扩增、克隆及序列分析.测序结果表明,CDV-GZ1 H基因ORF由1 824 bp组成,可编码607个氨基酸;与已发表23株其它CDV H基因核苷...     

犬冠状病毒YS1株人工感染犬试验

使用从腹泻犬体内分离获得的犬冠状病毒ＹＳ１第５代ＣＲＦＫ细胞培养物,以不同剂量人工感染５０只２￣３月龄健康幼犬 ,１４ｄ内计有１６只犬发病,其中１４只耐过,２只死亡,发病率为３２％,死亡率为１２．５％,患犬粪便经电镜检查和ＲＴ－ＰＣＲ检测,前者见有ＣＣＶ样病毒,后者扩增出ＣＣＶ特异核酸片段。４８只试验犬血清对该病毒的ＳＮ抗体效价随接毒量的不同分别平均为１：３１０、１：２４５、１：１８５、１：１１５     

犬瘟热病毒疫苗株附着蛋白基因的克隆及同源性比较

根据发表的犬瘟热病毒(CDV)参考株Ondetstepoort的序列设计1对引物,以犬瘟热病毒疫苗株感染Vero细胞总RNA为模板,利用RT-PCR扩增出附着蛋白基因843 bp片段,将这个片段连接到pMD18-T载体上,经过PCR鉴定、酶切鉴定得到1个阳性克隆,将阳性质粒进行序列测定,结果表明,该片段与Onderstepoort株核苷酸同源性为95.9%。从基因角度为犬瘟热的预防、诊断和治疗提供理论依据。     

犬瘟热病毒贵州分离株N基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株N蛋白基因序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的N基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株N基因的ORF全长1572 bp,其编码氨基酸序列与国外Shuskiy株和01-2689株的同源性分别为98.9%和97.1%,与部分国内分离株同源性在95%以上,说明N蛋白是保守性较强的结构蛋白。