新型标记SRAP及其在草业研究中的应用前景

相关序列扩增多态性(Sequence-related Amplified Polymorphism,SRAP)是最近发展起来的新型分子标记,具有简便、可靠、易于测序等优点。SRAP独特的引物设计使其可检测基因的可阅读框(ORFs)区域,正、反向引物分别与外显子和内含子(或启动子)区域配对,因不同物种、不同个体的内含子、启动子与间隔区长度不等而产生多态性,目前已开发出多个SRAP正、反向引物;SRAP-PCR扩增程序采用复性变温法,即前5个循环复性温度为35℃,后35个循环为50℃;目前SRAP已在植物图谱构建、遗传多样性评价、QTL定位以及杂种优势预测等方面成功应用。在草业研究方面,已有将SRAP标记用于野牛草种质资源遗传多样性分析的报道,其在草业研究中的应用前景十分广阔。     

CDDP结合SRAP标记分析杧果品种的遗传多样性

摘 要：分析全球各地主要栽培的杧果品种,明确各个品种之间的亲缘关系,为杧果的培育、保护与鉴别提供科学依据。应用CDDP和SRAP分子标记技术对35个杧果品种进行遗传多样性分析,统计遗传多样性信息数据,并进行聚类分析和主成分分析。12条CDDP引物和12对SRAP引物组合分别扩增得到263条和243条条带,其中多态性条带数分别为72条和110条,多态性比率(PPB)分别为95.4545%和94.6094,有效等位基因数( Ne)分别为1.5913和1.6217,Nei''s 基因多样性(H)分别为0.3247和0.2408,Shannon信息指数(I)分别为0.55和0.46,多态性信息含量( PIC)分别为0.60和0.59,遗传相似系数变化范围分别为0.64~0.96和0.64~0.92,CDDP结合SRAP标记遗传相似系数变化范围为0.62~0.94,平均遗传相似系数分别为0.80和0.78,CDDP结合SRAP标记平均遗传相似系数为0.78,CDDP标记、SRAP标记以及CDDP结合SRAP标记分别在遗传相似系数为0.7095、0.6947以及0.6850处可以将35个杧果品种分别分为3类、3类和5类,结果表明两种标记结合分析能够更加细腻地解释杧果品种间的亲缘关系。主成分分析结果和聚类分析结果有相似之处,但也有很大不同,划分结果与杧果原产地无紧密关系。     

20个黑麦草品系的SRAP遗传多样性分析

利用SRAP分子标记技术对20个黑麦草品系的遗传多样性进行了分析。结果发现,53个引物组合共扩增出765条带,其中多态性带共597条,多态性比率为78.95%。平均每对引物扩增出的带数和多态性条带数分别为14.4和11.2条。各黑麦草品系间的遗传相似系数在0.485～0.727,平均为0.627。从UPGMA聚类分析的结果来看,以阈值0.63可将这20个品系分为4类。2个多花黑麦草品系并不聚在一类,而是分散在18个多年生黑麦草品系中。另外,UPGMA聚类结果与这些品系的来源基本一致,这说明SRAP标记适用于黑麦草品系间的遗传多样性研究。     

野牛草种质基于SRAP标记的遗传多样性研究

野牛草(Buchloe dactyloides)是一种低养护的暖季型草坪草,本研究利用相关序列扩增多态性（SRAP）标记对来自美国、加拿大和日本的31份野牛草材料进行遗传多样性分析。结果表明,用19对引物组合共扩增出271条多态性条带,多态性位点百分率为86.86%,材料间的遗传相似系数(GS)为0.586 5~0.916 7,平均GS值为0.669 1。两个材料在不同的引物组合扩增下,分别出现特异性条带和缺失性条带,这些条带可用于野牛草基因型的鉴定。非加权成对算术平均法（UPGMA）聚类分析和主成分分析结果表明,供试材料可聚成两类,而相同地理来源的材料并未聚为一类。     

应用RAMP标记分析长白山地区中国林蛙的遗传多样性

应用随机扩增徽卫星多态性DNA（RAMP）标记技术对长白山地区中国林蛙60个个体间遗传多样性进行了分析。以便为中国林蛙种质资源的保护和利用以及物种分化研究提供基础资料。结果表明：120个RAMP引物中。有14个引物组合可扩增出清晰且具多态性的条带。这14个引物组合共扩增出107条带,其中105条具有多态性,多态条带比率为98．13％。每个引物可扩增出3～10条多态性条带,平均7．5条。多态条带比率、Shannon多样性指数（I）以及Nei氏基因多样度（h）均显示长白山地区中国林蛙具有较为丰富的遗传多样性。RAMP标记遗传相似性系数（岱）变异范围为0．4860～0．8505,平均值为0．6634,以GS平均值0．6634为闻值,可将所有供试材料划分为10类,其中大部分个体归为同一类,群体内并没有形成较明显的遗传分化。     

不同产地麦冬遗传多样性的SRAP分析

本研究使用SRAP分子标记技术对48份不同产地的麦冬进行遗传多样性分析,筛选出11对有效引物组合。11对引物组合共扩增出621条清晰、可辨认条带,平均每对引物扩增出56.45条带纹,多态性条带为621条,多态性位点百分率为100%,遗传相似系数（GS）范围为 0.058 4～0.936 7,平均为0.497 5,说明供试材料具有丰富的遗传多样性。对所有材料聚类分析发现,在遗传距离0.81处可将材料分为六大类群,部分来自同一地理位置的材料可聚为一类     

20份马蹄金种质资源遗传多样性RAPD和SRAP分析

以1份美国进口马蹄金(Dichondra repens)品种为对照,用RAPD和SRAP两种分子标记方法研究20份野生马蹄金种质资源的遗传多样性。结果发现,20条RAPD引物扩增出多态性条带130条,多态性比率为68.78％;22对SRAP引物扩增出175条多态性条带,多态性比率为72.31％,表明20份野生马蹄金之间具有较丰富的遗传多样性。聚类结果表明,RAPD标记将供试材料聚为两大类群,SRAP标记也将材料划分为两大类。两种标记下,供试材料呈现出较好的地域性分布规律,地理来源相近的材料能大致聚为一类,部分同聚为一类的材料在形态上也具有相似性。两种标记方法相关系数r0.01=0.910,二者存在极显著正相关,表明应用这两种技术对马蹄金遗传多样性与亲缘关系的分析具有较高的一致性和可信度。     

多花黑麦草品种间杂交F2代分子标记遗传分析

运用序列相关扩增多态性(SRAP)和微卫星标记(SSR)技术对6个多花黑麦草亲本品种及其9个杂交F₂代组合80份材料进行遗传分析。筛选出具有多态性的15对SRAP引物、16对SSR引物,SRAP标记平均每对引物扩增出16.7条带,多态性位点百分率为68.88％。SSR标记平均每对引物扩增出14.75条带,多态性位点百分率为58.05％。通过聚类树状图分析得出结论,杂交F₂代内同一组合基本聚为一类,长江2号×剑宝和长江2号×阿伯德组合除外;父本和母本与其杂交F₂代遗传距离与聚类结果基本一致。同时还发现SRAP标记对杂交F₂代及亲代聚类分析可靠性高于SSR标记。     

杨梅种质资源遗传多样性分析

摘要：利用SRAP标记技术对66 份杨梅种质资源进行遗传多样性分析。从64对SRAP引物组合中筛选出57对多态性较好,扩增清晰的引物组合,共扩增出431条带,其中213条具有多态性,多态性占49.4%。采用NTSYS-pc 2.0分析软件对数据进行UPGMA聚类分析,结果表明66份杨梅种质间的遗传相似系数在0.59～0.85。在相似系数0.618处可划分为3大类：分别代表福建杨梅、浙江杨梅和江苏杨梅,地理来源相近的品种相对聚合,少数浙江品种与江苏品种间出现交叉聚类。SRAP分子标记的聚类分析揭示了杨梅品种间亲缘关系与地理分布以及来源相关。     

60Coγ辐射柱花草M3代的农艺性状及遗传多样性分析

为了探究辐射对柱花草（Stylosanthes spp.） M₃代农艺性状的影响及分子标记辅助诱变育种技术,利用经⁶⁰Coγ射线辐射诱变后的柱花草种子,种植后经过连续2代的单株选择筛选到17份性状优良的M₂代柱花草种子,种植成为M₃代后,对17份柱花草测定其株高、冠径、分枝数、第一分支长、病害级数、开花期、单株干重,并进行DNA保守序列多态性（Conserved DNA-derived polymorphism,CDDP）和相关序列扩增多态性（Sequence related amplified polymorphism,SRAP）的遗传多样性分析。运用NTSYS-pc 2.1软件计算17份柱花草的遗传相似系数,17条CDDP引物以及26对SRAP引物分别扩增出92条和177条带,其中多态性条带数分别为66条和111条,多态性比率分别为71.7%和62.7%,特异性条带各为13条和29条,特异性比率分别为14.1%和16.4%,种质间的遗传相似系数（GS）范围为0.54~0.90和0.60~0.94,平均遗传相似系数为0.76和0.79。按照非加权配对算术平均法基于CDDP标记和SRAP标记联合作17份柱花草的聚类图,在遗传相似系数为0.82时可将17份柱花草分成7个类群,聚类结果与农艺性状统计结果基本一致。本研究为今后辐射诱变柱花草育种提供一定的参考依据。