纤细病毒属病毒的分子生物学研究进展

纤细病毒属（Ｔｅｎｕｉｖｉｒｕｓ）病毒粒体呈丝状,由核衣壳蛋白和基因组ＲＮＡ组成。到目前为止,水稻条纹病毒基因组所有４个片段、水稻草状矮化病毒所有６个片段以及水稻白叶病毒和玉米条纹病毒除ＲＮＡ１外的其余自然的核苷酸序列已经测定。各成员所有ＲＮＡ片段末端均具有共同的保守序列,并且两端互补配对形成锅柄结构。美丽基因组主要采取双义编码策略,但大部分可能编码蛋白的功能未知。ｍＲＮＡ的转录可能采用了抓帽机制     

用基因枪将水稻齿裂矮缩病毒Spike蛋白cDNA转入水稻

水稻齿裂矮缩病毒（ＲｉｃｅＲａｇｇｅｄＳｔｕｎｔＶｉｒｕｓ,以下简称ＲＲＳＶ）是７０年代末新发现的一种植物呼肠孤病毒。主要流行于东南亚地区、日本和我国的福建、台湾等地,广东和江西也有此病发生的报道。已经查明,水稻ＲＲＳＶ颗粒呈二十面体对称结构,整个病毒直径约为７０ｎｍ,其中核心颗粒直径约５０ｍ,上面附着有２０ｎｍ宽、１０ｎｍ高的扁平突起（Ｓｐｉｋｅ）．ＲＲＳＶ基因组由１０条双链ＲＮＡ（Ｓ１－Ｓ１０）组成,其中Ｓ９片段全长１１３２ｂｐ,编码一个３３８个氨基酸残基的蛋白（ＰＳ９）．该蛋白为ＲＲＳＶ病…     

水稻条纹病毒楚雄分离物一个重组RNA序列分析

为检测水稻条纹病毒(Rice stripe virus,RSV)基因组存在的重组RNA,采用RT-PCR方法扩增并克隆云南楚雄分离物(YCX07)的RNA重组片段YCX07R.克隆重组片段并测定序列.序列分析表明,YCX07R由RSVRNA2的3''端序列与RNA3的3''端序列重组而成,具有RSV基因组结构特征,采取双义编码策略,即在正、负链的5''端分别存在一个阅读框,编码两个重组蛋白YCX07R-5P、YCX07R-3P.分析推测重组更可能通过类似于脊髓灰质炎病毒(Poliovirus)的引物互补延伸机制发生.     

A组轮状病毒研究动态

概述了有关Ａ组轮状病毒的病原特性,基因组结构,病毒蛋白,诊断,血清分型,基因工程等方面国内外研究情况,Ａ组轮状病毒属呼肠孤病毒科,是经起婴幼儿和多种幼龄动物严重胃肠炎的重要病原之一,基因组由１１个片段的双股ＲＮＡ组成,分别编码１１种病毒蛋白（６种结构蛋白和５种非结构蛋白）轮状病毒的诊断方法有多种,其中电镜法,酶联免疫吸附试验,核酸聚丙烯酰胺凝胶电泳等３种方法最为常用,轮状病毒有两套血清学分类系统,     

水稻瘤矮病毒基因组第6片段（S6）序列测定与分析

 【目的】了解水稻瘤矮病毒（RGDV）基因组结构与功能。【方法】根据已报道的RGDV基因组各片段末端序列及其反向重复特性，采用4轮RT-PCR的方法扩增RGDV基因组第6片段（S6），用生物学软件进行序列分析。【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1 651 bp，G+C含量39.13%，包含一个长的ORF，起始于第25位，终止于第1 497位，编码490个氨基酸，分子量为53.3 kD。 【结论】该蛋白与伤瘤病毒（WTV）的P7的相似性为30.0%，与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDV S6全序列的首次报道。     

利用RT-PCR快速检测水稻条纹叶枯病病毒

根据水稻条纹叶枯病病毒基因组序列的信息,在其RNA聚合酶基因、外壳蛋白基因和RNA沉默抑制子基因以及特异蛋白基因的两侧设计4对引物,对感染病毒的水稻植株总RNA并进行RT—PCR扩增,可以在感病植株中分别扩增出水稻条纹叶枯病病毒基因组特有的4个条带,并通过测序和Genbank blast证实。利用该方法可以对水稻和其它寄主进行条纹叶枯病病毒早期检测。     

水稻条纹叶枯病病毒RT-PCR快速检测研究

水稻条纹叶枯病是由灰飞虱传播的病毒性病害,近年来对长江下游地区的水稻生产带来严重危害。根据水稻条纹叶枯病病毒基因组序列的信息,在其外壳蛋白基因和毒蛋白基因的两侧设计2对引物,对感染病毒的植物和正常未感染植株进行扩增,可以在感病植株中分别扩增出水稻条纹叶枯病病毒基因组特有的2个条带,而在正常植株中未能扩增相关的条带。这就建立了水稻条纹叶枯病病毒检测体系,还对建立条纹叶枯病病毒检测体系在该病预测预报中的作用进行了讨论。     

水稻条纹病毒云南分离物病害特异性蛋白基因的分子变异

对采自云南大理、陆良、禄劝、石林、玉溪、保山和宜良等地的水稻条纹叶枯病病样,提取病叶总RNA,经RT-PCR、cDNA克隆和序列测定,获得了水稻条纹病毒(Rice strip virus,RSV)7个云南分离物的SP基因序列,核苷酸长为537 nts,并与GenBank中已报道的RSV SP基因进行同源性比较,综合分析了云南RSV不同分离物SP基因的分子变异.对纤细病毒属6种病毒的SP蛋白氨基酸序列进行进化分析,结果表明RSV与MStV亲缘关系最近,与RGSV亲缘关系最远.     

水貂肠炎病毒B株全基因克隆与序列分析

将水貂肠炎病毒基因组分4个重叠片段进行PCR扩增,并将产物克隆到pMD18-T载体中,测定基因组近全长序列。其中编码水貂肠炎病毒非结构蛋白基因(NS1基因)全长为2 007 bp,编码668个氨基酸;编码结构蛋白基因(VP2基因)全长为1 755 bp,编码584个氨基酸。序列分析结果表明:水貂肠炎病毒B株与犬细小病毒、猫泛白细胞减少症病毒NS1序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.8%～99.2%和98.8%～99.2%,与其他细小病毒毒株VP2序列之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.5%～99.8%和97.8%～99.5%,与MEVantigenic type 2株在亲缘上有着最密切关系。     

应用巢式PCR检测鸭圆环病毒浙江株及其全基因序列分析

应用巢式PCR（nested PCR）技术对收集自浙江温州种番鸭进行鸭圆环病毒核酸扩增,并对测定的序列进行分析,结果用套式引物扩增出目的条带片段大小约为340nt。根据序列测定结果设计1对反向引物用于测定病毒基因组余下的基因片段。序列分析表明该圆环病毒基因组全长为1995nt,其ORF-V1编码292个氨基酸,ORF—C1编码257个氨基酸。序列分析表明,本试验株与番鸭分离株（GenBank登录号EF451157）和半番鸭分离株（GenBank登录号EU344804）的同源性最高,均高达99．2％,与鸭圆环病毒欧洲（德国）分离株和北美（美国）分离株在同一支遗传进化关系上。     

水稻条纹病毒安徽分离物CP基因的克隆及序列分析

采集安徽庐江水稻条纹叶枯病感病稻株,提取病叶总RNA.设计特异性引物进行RT-PCR扩增,获得水稻条纹病毒安徽分离物(RSV-AH)的RNA3部分片段,克隆并测序.序列分析表明,该片段全长1051个核苷酸,其中包含的CP基因全长969个核苷酸,编码322个氨基酸.将RSV安徽分离物CP基因(AH-CP)与其它来源的RSV CP基因进行核甘酸序列相似性比较,结果表明,安徽庐江的RSV CP基因与江苏洪泽的RSV CP基因序列相似性最高,达99.3%.进一步构建RSV CP基因系统关系树,发现安徽庐江的RSV CP基因同样与江苏洪泽的RSV CP基因亲缘关系最近.     

RNAi-mediated transgenic rice resistance to Rice stripe virus

Rice stripe virus(RSV) often causes severe rice yield loss in temperate regions of East Asia. Although the correlation of small interfering RNAs(si RNAs) with transgenic virus resistance of plants using RNA interference(RNAi) is known for decades, no systematical research has been done on the profiling of si RNAs from a genomic scale. Our research is aiming to systematically study the RNAi impact in RSV-resistant transgenic rice, which was generated by introducing an inverted repeat construct that targets RSV nucleocapsid protein(NCP) gene. In this paper, three independent RSV-retsistant transgenic rice lines were generated, their stable integration of the T-DNA fragment and the expression of si RNAs were confirmed by Southern blotting and Northern blotting analyses, and the majority of si RNAs were in lengths of 21, 22, and 24 nucleotides(nt), which have validated a connection between the presence of the RSV NCP homologous si RNAs and the RSV resistance in those transgenic rice lines. In one of these transgenic lines(T4-B1), the T-DNA fragment was found to have been inserted at chromosome 1 of the rice genome, substituting the rice genome fragment from 32 158 773 to 32 158 787 nt. Bioinformatics analysis of small RNA-Seq data on the T4-B1 line also confirmed the large population of NCP-derived si RNAs in transgenic plants, and the RSV-infected library(T4-B1-V) possessed more si RNAs than its mock inoculated libraries(T4-B1-VF), these results indicating the inverted repeat construct and RSV could introduce abundance of si RNAs in transgenic rice. Moreover, a varied expression level of specific si RNAs was found among different segments of the NCP gene template, about 47% of NCP-derived si RNAs reads aligned with the fragment from 594 to 832 nt(239 nt in length) in NCP gene(969 nt in length) in the T4-B1-V, indicating a potential usage of hotspot regions for RNAi silencing in future research. In conclusion, as the first study to address the si RNA profile in RSV-resistant transgenic plant using next generation sequencing(NGS) technique, we confirmed that the massive abundance of si RNA derived from the inverted repeat of NCP is the major reason for RSV-resistance.     

水稻抗条纹叶枯病遗传育种研究

水稻条纹叶枯病在中国的大流行,给部分省份造成了巨大的经济损失,因此进行水稻抗条纹叶枯病遗传育种研究具有十分重要的意义。在此,笔者概述了水稻抗条纹叶枯病基因资源的筛选与利用、水稻品种抗条纹病毒和抗介体灰飞虱之间的关系、水稻条纹叶枯病抗性基因定位以及转条纹病毒基因工程水稻研究进展,着重讨论了水稻抗条纹叶枯病遗传育种研究存在的问题和今后的研究方向。     

主栽品种镇稻88对水稻条纹叶枯的抗性特征及其遗传研究

 【目的】明确镇稻88对水稻条纹叶枯病的抗性特征及其抗性遗传模式,寻找与抗条纹叶枯病基因连锁的分子标记。【方法】利用单分蘖鉴定、苗期接种鉴定、非嗜性测验和抗生性测验分析镇稻88对水稻条纹叶枯病和介体灰飞虱的抗性;分别采用单分蘖鉴定和苗期接种鉴定方法对武育粳3号与镇稻88构建的F2群体、F2:3家系进行水稻条纹叶枯病抗性遗传分析;以SSR标记连锁分析方法对抗病基因进行定位。【结果】镇稻88表现出较强的病毒抗性和较弱的抗虫性;其对水稻条纹叶枯病的抗性表现为显性单基因的遗传模式;SSR标记分析显示该抗病基因位于水稻第11染色体上,与标记RM229间的遗传距离为4.7 cM。【结论】镇稻88对水稻条纹叶枯病的抗性主要来自于对病毒的抗性,由一对主效核基因控制,以镇稻88为抗病亲本结合本研究结果,可望加快水稻条纹叶枯病抗性品种选育的速度。     

水稻条纹病毒云南分离物CP基因克隆及序列比较分析

 对采自云南保山、楚雄、石林和宜良等4地的水稻条纹叶枯病感病稻株,提取病叶总RNA,经RT-PCR扩增,获得4个RSV云南分离物的CP基因片段。序列测定表明,该片段长999 bp,其中CP基因由969个核苷酸组成,编码322个氨基酸。与其它已报道的RSV分离物CP基因进行同源性比较,发现我国RSV分离物可以划分为2个不同的组,大部分RSV云南分离物为一组,其它的RSV 分离物为另一组。以RSV-CXi分离物的CP与纤细病毒属的其它5种病毒的CP进行氨基酸同源性比较,结果表明RSV与MStV亲缘关系最近,而与RGSV亲缘关系最远。     

水稻条纹叶枯病毒RNA干扰载体的构建及遗传转化

利用已知的水稻条纹叶枯病毒的序列设计了12对引物,利用这些引物经RT-PCR获得了5条序列,经BLAST分析,它们均与水稻基因组内的序列完全不匹配,可以用来作为干扰序列。将这5个序列构建入由pUC19改造的一段内含子两侧各含有一对同尾酶的干扰载体中,然后再将整个RNA干扰片段构建入经改造的以玉米泛素Ubi为启动子、以生物安全性的bar基因为选择标记的植物双元表达载体pCAMBIA1300中,经农杆菌介导对黄淮稻区主栽水稻品种圣稻13进行遗传转化,为抗条纹叶枯病水稻新品种的培育提供了候选材料。     

ISSR分子标记技术在植物病原菌研究中的应用

ISSR分子标记是PCR基础上发展起来的一种新技术,其基本原理是在SSR的5′或3′端加锚1～4个嘌呤或嘧啶碱基,然后以此为引物对两侧具有反向排列的一段基因组序列进行扩增。阐述了ISSR的原理和特点,并论述了ISSR标记技术目前在植物病原菌分类、亲缘关系和遗传多样性等方面的研究及应用。