两种菜豆金色花叶病毒属病毒复合侵染番茄及重组特征

由菜豆金色花叶病毒属病毒引起的番茄曲叶病严重制约着世界范围内番茄的生产。自然条件下复合侵染引起的重组或假重组可能产生新株系、新种或新的病害复合体,导致致病性增强或减弱。从云南红河地区表现叶片黄化并伴随植株矮化的一株番茄中,获得了Y3080-32和Y3080-40两个菜豆金色花叶病毒属病毒分离物以及Y3080-1和Y3080-2两个beta卫星分离物。序列比对表明,Y3080-32属于红河赛葵黄脉病毒（MaYVHoV）分离物,Y3080-40属于云南辣椒曲叶病毒（PepLCYnV）分离物。重组分析显示,分离物Y3080-32是重组病毒,由MaYVHoV和PepLCYnV（Y3080-40）重组产生。Y3080-1和Y3080-2是赛葵黄脉beta卫星（MaYVB）分离物。MaYVHoV/MaYVB复合体和PepLCYnV复合侵染番茄,表明菜豆金色花叶病毒属病毒的复合侵染为重组和假重组的发生提供了机会。     

侵染番茄的苎麻花叶病毒分子特征及其基因序列分析

为明确侵染贵州番茄的菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)病毒种类及其变异分化情况,将采自贵州省关岭县的番茄病毒病样品提取DNA,用Begomovirus通用引物BegoAFor1/BegoARev1进行PCR检测,并用J4F/J4R引物扩增并克隆该分离物的DNA-A全长序列,用RaMV-B-F/RaMV-B-R扩增并克隆该分离物的DNA-B全长序列,所获序列用MEGA软件构建系统进化树,分析其亲缘关系。结果表明,该分离物序列与已报道Ramie mosaic virus(苎麻花叶病毒,RaMV)序列相比,其DNA-A的核苷酸一致性在94.7%～95.5%之间,DNA-B核苷酸一致性在90.4%～92.4%之间。从系统进化树分析,RaMV-GZ的DNA-A和DNA-B与中国其他地区的RaMV DNA-A和DNA-B序列都聚在一支。综上可知,侵染贵州番茄的Begomovirus为苎麻花叶病毒,且其与中国不同省份的RaMV亲缘关系较近。     

茄科作物基因组内源病毒元件的分析鉴定

利用6个茄科物种的35个公开基因组数据进行了茄科基因组内源性病毒元件（endogenous viralelement,EVE）的挖掘。结果发现，主要来源于花椰菜花叶病毒科（Caulimoviridae）等共17种疑似的植物EVE。其中，烟草脉明病毒（tobacco vein clearing virus,TVCV）序列以大片段的形式普遍存于几乎所有收集的茄科植物基因组中，含量大约在0.01%～0.32%，片段平均长度范围为500～2 300 bp，序列数量范围为200～5 000条。以马铃薯DM1-3基因组为例分析这些TVCV内源序列的分布和组成，发现内源性TVCV序列在马铃薯DM 1-3的12条染色体上分散排布，平均每条染色体上有57条序列；这些内源病毒序列与TVCV基因组比对，虽然它们无法覆盖TVCV完整基因组序列，但是能够覆盖完整的编码区。进一步通过RT-PCR和原位杂交定位，验证了TVCV在马铃薯材料中的存在和分布。     

北京番茄黄化曲叶病毒病的发生及分子检测

<正>番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curlvirus,TYLCV)为菜豆金色花叶病毒属(Begomoviruses)的一种双生病毒,由媒介昆虫烟粉虱传播(Zhang Huietal.,2009)。该病毒可以侵染茄科、豆科等多种植物,主要为害番茄、辣椒、茄子、甘蓝和黄瓜等蔬菜     

福建西番莲上首次检出东亚西番莲病毒

为明确东亚西番莲病毒（East Asian passiflora virus,EAPV）在福建西番莲上的发生情况,采用血清学和RT-PCR检测技术对采集的西番莲病样进行检测,并对阳性样品PCR产物进一步克隆、测序和序列分析。结果表明,11份样品的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）病毒血清学检测结果为阳性,大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）血清学检测结果均为阴性;应用Potyvirus属通用引物从11份样品中扩增得到预期大小约660 bp的目的片段,序列比对发现,其中10份阳性样品与已报道的夜来香花叶病毒（Telosma mosaic virus,TeMV）核苷酸序列高度一致,1份样品与已报道的EAPV核苷酸序列一致性超过98.3%。针对EAPV疑似样品（命名为FJBXG-P1）,利用特异性引物扩增得到预期大小约955 bp的目的片段,获得的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因序列全长870 bp（GenBank登录号：MG650164）。序列比对发现,EAPV分离物FJBXG-P1的CP基因序列与已报道的EAPV核苷酸序列、氨基酸序列一致性分别为81.0% ~ 97.6%和84.0% ~ 96.9%;系统发育分析结果表明,38个EAPV分离物在系统发育关系上聚为两簇（GroupⅠ和GroupⅡ）,其中GroupⅠ为AO株系,GroupⅡ为IB株系,FJBXG-P1分离物属于AO株系。福建西番莲上EPAV的检出,是该病毒在中国大陆地区发生的首次报道。     

番茄褪绿病毒与番茄黄化曲叶病毒复合侵染的分子鉴定

2013 年秋季，在山东寿光设施番茄植株上采集到叶片脉间褪绿黄化、叶片边缘卷曲、叶片皱缩，后期叶片变厚、变
脆，并伴随着植株矮化的疑似番茄褪绿病毒和番茄黄化曲叶病毒复合侵染的样本。分别利用番茄褪绿病毒（Tomato chlorosis
virus， ToCV）外壳蛋白基因（CP）序列引物CP-F/CP-R 和番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus， TYLCV）特异
引物TY1-R/TY1-F、TY2-R/TY2-F、TY3-R/TY3-F 对其进行检测、扩增，分别得到774 bp（GenBank 登录号KC709510）
和2 781 bp（GenBank 登录号KJ546418）的核苷酸序列。经序列测序后表明，KC709510 与GenBank 已登录的番茄褪绿病毒
ToCV-BJ （KC311375）分离物相似性为99.6%，KJ546418 与GenBank 已登录的番茄黄化曲叶病毒TYLCV-SDWF-L7（KC999850）
分离物相似性为99.6%。     

蚕豆中三叶草黄脉病毒编码的NIa-Pro蛋白亚细胞定位特征初步研究

三叶草黄脉病毒（Clover yellow vein virus，ClYVV）是马铃薯Y病毒属（Potyvirus）的重要成员。核内涵体a蛋白酶（Nuclear Inclusion a Protease，NIa-Pro）是一种由Potyvirus病毒编码的具有蛋白水解酶活性的蛋白，在病毒与寄主互作过程中参与多聚蛋白切割等多种功能的行使。选择2018年在江苏发现的ClYVV蚕豆分离物作为研究对象，对其NIa-Pro蛋白基因进行了克隆和序列测定，结果显示其全长729 bp，编码1个24.3 kD的蛋白。为进一步研究其亚细胞定位特征，构建了融合YFP荧光标签的重组表达载体YFP-NIa-Pro，利用农杆菌浸润法接种本氏烟（Nicotiana benthamiana）。激光共聚焦显微镜观察结果显示，浸润处理后本氏烟叶片表皮细胞的细胞质及细胞核都有较强的荧光信号。取浸润区样品通过Western-blot检测，结果显示YFP-NIa-Pro在本氏烟叶片中正常表达。这些结果初步表明ClYVV编码的NIa-Pro在细胞质和细胞核均有分布。     

PaLCuCNV和TYLCCNV复合侵染引起更严重的番茄黄化曲叶病

 从四川攀枝花市田间采集36份表现严重矮化、黄化和曲叶症状的番茄病株样本,利用双生病毒简并引物PA/PB从所有样本中均扩增得到约500 bp的片段,经全序列测定及分析,检测出中国番木瓜曲叶病毒（Papaya leaf curl China virus,PaLCuCNV）和中国番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl China virus,TYLCCNV）,这两种双生病毒的复合侵染率达97.2%。系统进化分析表明,这两种双生病毒分别与已报道的PaLCuCNV河南番茄分离物（PaLCuCNV-[HeNZMI]）及TYLCCNV云南元谋烟草分离物（TYLCCNV-[Y295]）的核苷酸序列相似性最高,分别为99.1%和97.9%。检测发现,所有分离物均伴随有卫星DNA β分子,全序列测定表明所得9个DNA β分子均为TYLCCNV的卫星TYLCCNB,且与其四川番茄分离物（TYLCCNB-[SC65]）的核苷酸序列相似性最高,为87.7% ~ 94.5%。本文首次报道PaLCuCNV与TYLCCNV/TYLCCNB病害复合体复合侵染番茄引起更严重的番茄黄化曲叶病。     

番茄黄化曲叶病毒石家庄分离物的分子鉴定及序列分析

根据番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV）基因组序列的复制酶保守区设计1对引物JC1,对石家庄具有典型番茄黄化曲叶病毒症状的番茄样品进行检测,经PCR扩增得到626 bp的片段,序列分析比对表明其为TYLCV的一部分。根据上述序列设计1对特异引物QC,通过PCR分离石家庄的TYLCV全长序列并进行测序。同时利用已报道的DNA-B的通用引物CR01/CR02进行PCR扩增。结果表明石家庄分离物只含有DNA-A组分,全长为2 781 bp（GenBank登录号：KF612971）,命名为TYLCV-Shijiazhuang。基因组序列比较发现,该分离物与TYLCV-Israel株系相似性为99.0%。基因组序列系统进化分析表明,石家庄病毒分离物与北京分离物TYLCV-Beijing3（GenBank登录号：GU983859）、山东分离物TYLCV-SDSG-XC（GenBank登录号：KC999851）序列相似性很高,均属于TYLCV-Israel分支。     

烟草花叶病毒山西番茄分离物的全基因组序列测定及分析

为明确山西省晋中市侵染番茄的病毒种类,采用双链RNA(double-stranded RNA,ds RNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病番茄进行分子鉴定。序列测定及分析发现,具有花叶、卷曲症状的番茄为烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)所侵染。进一步克隆TMV番茄分离物(TMV-SXFQ)的全基因组序列,得到TMV-SXFQ(Gen Bank登录号为JX993906)全长为6 394 bp,含4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。序列比对分析表明,TMV-SXFQ与烟草花叶病毒属其他分离物的同源性为86.3%~99.6%;系统进化分析表明,TMV-SXFQ与韩国分离物IM聚为一簇、亲缘关系最近。     

广东辣椒上首次检测到西瓜银斑驳病毒

2014 年在广东辣椒产区发现疑似番茄斑萎病毒属（Tospovirus）病毒侵染引起的辣椒褪绿坏死环斑症状。Dot-ELISA 检测显示,该病毒分离物与番茄斑萎病毒（Tomato spotted wilt virus,TSWV）单克隆抗体不产生血清学反应,表明该病毒不属于TSWV。利用Tospovirus 属病毒通用引物gL3637/gL4435C进行RT-PCR 检测,可以从所有辣椒病样总RNA 中扩增出预期大小约800 bp 的目的片段。基因克隆与序列分析表明,该片段序列与西瓜银斑驳病毒（Watermelon silver mottle virus,WSMoV）中国广州分离物的同源性最高,为97.5%。系统进化分析也显示,该病毒分离物与WSMoV 各分离物亲缘关系最近,并聚类在一个分支。因此,侵染广东辣椒的病毒分离物为WSMoV。     

冬瓜人工接种5种病毒后的症状观察

选择5种在葫芦科作物上常见的病毒病原：小西葫芦黄花叶病毒（Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV ）、西瓜花叶病毒（Watermelon mosaic virus,WMV）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）、番木 瓜环斑病毒（Papaya ringspot virus,PRSV）、南瓜花叶病毒（Squash mosaic virus,SqMV）,人工接种子叶 期的冬瓜幼苗,观察分析5种病毒在冬瓜上的症状差异。结果表明：这5种病毒均可侵染冬瓜,且不同病毒在冬瓜 上的发病时间、发病率及症状存在明显差异：显症最早的是SqMV,最迟的是WMV;发病率普遍较低,都在30 %以下 ,ZYMV的发病率仅为4 %。     

广西辣椒病毒的sRNA深度测序和RT-PCR鉴定

采用小RNA(sRNA)深度测序技术，结合RT-PCR技术对广西9个辣椒主产区具有典型病毒病症状的病样进行检测，共发现10种病毒，其中小米椒内源RNA病毒1(Capsicum frutescens endornavirus 1,CFEV 1)、辣椒潜隐病毒2(pepper cryptic virus 2,PCV 2)、烟草轻型绿花叶病毒（tobacco mild green mosaic virus,TMGMV）和辣椒黄脉病毒（pepper vein yellows virus,PeVYV）是在广西辣椒上首次发现，且CFEV 1在中国是首次发现。10种病毒在75份辣椒病样中的总检出率为8.00%～66.67%，前5位依次为辣椒脉斑驳病毒（chilli veinal mottle virus,ChiVMV,66.67%）、甜椒脉斑驳病毒（pepper veinal mottle virus,PVMV,62.67%）、黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV,41.33%）、CFEV 1(32.0%)以及PCV 2(26.67%)。ChiVMV、PVMV、CMV和C...     

豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征

从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒（Cowpea mild mottle virus，CpMMV）的豇豆病叶，采用RT-PCR 结合测序获得其全基因组序列，CpMMV 海南分离物（KY420906）基因组全长8 193 bp，与其他CpMMV 分离物的同源性为63.00%～83.22%。系统发育分析结果表明，CpMMV 海南分离物单独聚为一个亚簇；重组分析结果表明，CpMMV 基因组有一个重组事件，断点为3 212～3 592 bp。     

苹果茎沟病毒吉林沙果分离物全基因组序列分析

通过RT-PCR结合RACE技术扩增到苹果茎沟病毒（Apple stem grooving virus,ASGV）吉林沙果分离物（ASGV-JLSG）全长基因组（登录号：FM616381）,共含有6 496个核苷酸（nt）,编码两个彼此重叠的开放阅读框（Open reading frame,ORF）。ORF1（37 ~ 6 354 nt）编码1个241 kD的多聚蛋白,含有甲基转移酶（Methyltransferase）、木瓜蛋白酶（Papain-like-protease）、解旋酶（Nucleotide triphosphate-binding helicase）、RNA依赖的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase）和C端的外壳蛋白（Coat protein,CP）等结构域。ORF2（4 788 ~ 5 750 nt）编码1个36 kD的运动蛋白（Movement protein,MP）。ASGV-JLSG分离物与GenBank公布的29个ASGV分离物全基因核苷酸序列一致性为79.20% ~ 86.60%。系统发育分析结果表明,30个ASGV分离物分成2个组,分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。重组分析发现,ASGV-JLSG分离物是苹果茎沟病毒黄花梨分离物（ASGV-HH,JN701424）和柑橘碎叶病毒满头红分离物（CTLV-MTHK,C588948）的重组体。本研究中获得的ASGV-JLSG分离物基因组是来源于中国东北地区的首个ASGV基因组序列。     

新疆伽师县甜瓜病毒病种类鉴定

于2019和2021年对新疆伽师县12个乡镇进行厚皮甜瓜（通常称伽师瓜）病毒病进行调研采样，采用两步法RT-PCR鉴定西瓜花叶病毒（watermelon mosaic virus,WMV）、黄瓜花叶病毒（cucumber mosaicvirus,CMV）、小西葫芦黄化花叶病毒（zucchiniyellowmosaicvirus,ZYMV）、黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）、南瓜蚜传黄化病毒（cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV）和甜瓜蚜传黄化病毒（melon aphid-borne yellows virus,MABYV），并对WMV基因组进行分析。结果表明，伽师瓜病毒病发生较普遍，症状包括花叶、畸形、坏死和褪绿黄化等。采集的37份样品中，病毒的检出率为21.6%(8/37)，其中WMV的检出率最高，为18.9%(7/37),CMV和ZYMV次之，没有鉴定到CGMMV、CABYV和MABYV，复合侵染更普遍。不同WMV分离物的F2/R2(P1+HC-Pro)、F4/R4(P...     

猕猴桃病毒A和B的RT-PCR检测及分子变异初步研究

为明确猕猴桃病毒A（Actinidia virus A,AcVA）和猕猴桃病毒B（Actinidia virus B,AcVB）在中国猕猴桃（Actinidia sp.）上的侵染状况和分子特性,采用RT-PCR技术对151份猕猴桃样品的AcVA和AcVB进行检测,检出率分别为15.2%和17.9%,所收集的6种猕猴桃样品中均检测到一种或两种病毒。发现AcVA的ORF1、ORF4和ORF5扩增片段序列存在较大分子变异,不同分离物的269 bp片段（ORF1）核苷酸序列相似性为77.3% ~ 99.3%。在基于各扩增片段核苷酸序列的系统进化树中,AcVA分离物聚为2 ~ 3组。采用引物AcVB5F/5R扩增获得20个AcVB分离物的342 bp或338 bp的ORF5片段,核苷酸序列相似性为81% ~ 100%,与新西兰AcVB分离物TP7-93B相应片段的核苷酸序列相似性为83.9% ~ 99.7%,在系统进化树中聚为3组。     

重庆南瓜病毒病病原ELISA 检测及CMV 变异分析

 利用7 种植物病毒的抗体,对采自重庆7 个区县的67 份南瓜病毒病样品进行了抗原直接包被酶联免疫吸附分析（ACP-ELISA）检测。检测结果表明,在这67 份样品中,至少59 份感染了所要检测病毒,其中,感染黄瓜花叶病毒 (Cucumber mosaic virus, CMV)、烟草花叶病毒 (Tobacco mosaic virus,TMV)、番茄花叶病毒 (Tomato mosaic virus, ToMV)、芜菁花叶病毒 (Turnip mosaic virus, TuMV)、蚕豆萎蔫病毒2 号 (Broad bean wilt virus 2, BBWV-2)、马铃薯Y 病毒 (Potato virus Y, PVY)和马铃薯X 病毒(Potato virus X, PVX) 的样品分别为80.60%、77.61%、74.63%、82.09%、76.12%、83.58%和55.22%。在检测呈阳性的59 份样品中有93.22%的样品受到2 种以上病毒的复合侵染,而受7 种病毒复合侵染的样品高达60.00%,表明在南瓜上病毒复合侵染现象相当严重。进一步对54 份受CMV 侵染的南瓜样品检测发现,CMV 亚组Ⅰ (CMVⅠ) 病毒侵染的样品有49 份,占90.74%,CMV 亚组Ⅱ (CMVⅡ) 病毒侵染的样品为11 份,占20.37%;其中6 份（11.11%）样品检测到CMVⅠ和CMVⅡ的复合侵染。以免疫捕获反转录PCR (IC-RT-PCR) 扩增了一个CMVⅠ分离物 (CMV-CQ) 近全长CP 基因并进行序列分析,结果证实其属于CMV 亚组Ⅰ型,其核苷酸序列与国内CMVⅠ型赤豆分离物 (CMV-RB) 的同源性最高,为98.1%。     

重庆地区侵染抱子芥和茎瘤芥的病毒及其株系的分子鉴定

为了明确当前重庆地区抱子芥和茎瘤芥病毒病的病原种类和株系,在重庆13个区县的18个乡镇采集疑似病毒感染的样品进行病毒RT-PCR检测和株系分析。结果表明:在57份抱子芥样品中,黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和芸薹黄化病毒(Brassica yellows virus,BrYV)的检出率分别为31.58%、85.86%、49.12%、59.65%和77.19%,其中87.72%的样品受两种及以上病毒的复合侵染,45.61%的样品受3种病毒的复合侵染;在41份茎瘤芥样品中,CMV、TuMV、PVX和BrYV的检出率分别为36.59%、73.17%、75.61%和70.73%,其中80.49%的样品受两种及以上病毒的复合侵染,51.22%的样品受3种病毒的复合侵染。对各检出病毒分离物CP基因进行扩增、序列测定和系统发育分析,明确抱子芥和茎瘤芥中TuMV分离物归属于TuMV的World-B组;CMV分离物归属于CMV亚组Ⅰ;PVX分离物归属于PVX的X3株系;BrYV和TMV与已报道的病毒株系CP基因核苷酸序列具有很高的相似性,存在一定的地域相关性,BrYV为重庆地区首次报道。     

感染北京地区大葱的胡葱黄条病毒外壳蛋白基因的克隆及分析

以感染胡葱黄条病毒（Shallot yellow stripe virus,SYSV）的大葱为材料,通过反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）获得包含SYSV-CP全部编码序列、NIb蛋白基因5′端的部分序列和3′UTR的2个基因片段,分别命名为SYSV-CP1和SYSV-CP2,它们的编码区碱基数均为774 bp,均编码258个氨基酸|在该编码区内存在2个碱基的差异,编码的蛋白存在1个氨基酸的差异。系统进化树分析表明：SYSV分离物可以区分为两个主要群体,SYSV-CP1和SYSV-CP2位于第Ⅱ组内,它们与来自浙江的SYSV的分离物亲缘关系最近,表现出一定的地理分布相关性。