猪应激性状QTL微卫星标记与运输应激后肉质性状关系的研究

本研究在应激敏感品种皮特兰猪和抗应激品种二花脸猪为亲本建立的F2资源群体中选取52头140-150日龄、体重为65±5 kg的猪。2 h运输应激试验后静脉注射巴比妥钠麻醉屠宰取样。在已知的应激性状QTL座位区域内选择了22个微卫星标记,对各微卫星标记与运输应激后的pH45min、pH24h、嫩度、系水力、蒸煮损失以及肉色评分（l*, a*, b*）6项肉质指标进行了相关性分析。结果表明：各位点等位基因数为3～8个,杂合度为0.4155～0.7432,多态信息含量为0.3651～0.8150。方差分析显示：S0101对肉色a*有极显著影响(P<0.01);SW1023对系水力有显著影响(P<0.05);SW1808对系水力有极显著影响(P<0.01),对肉色l*、a*有显著影响(P<0.05);S0112和S0092对pH45min有显著影响(P<0.05)。研究结果表明在应激QTL座位内选取的这5个微卫星标记对运输后的猪肉品质存在显著影响。     

马铃薯表型性状与SRAP标记的相关分析

应用表型标记和SRAP分子标记研究方法,以变异系数、系统聚类和关联度分析为统计手段,研究了44份马铃薯种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传基础,进而对种质资源的育种利用价值进行评价。结果表明:表型性状与SRAP标记聚类结果的关联度在块茎品质性状上最大,在植株性状上和块茎外观性状上次之,在植株抗病性状上和块茎产量性状上最小。说明在对马铃薯种质资源进行评价时,块茎品质性状是一种理想的指标。     

与PPAR基因连锁的5个微卫星标记与猪肉质性状的相关性*

从已公布的猪13号染色体连锁图谱中选择与PPAR(peroxisome proliferator activated receptor)基因连锁的5个微卫星位点，在苏太猪群体中对这些位点进行群体遗传学特性分析。结果表明, 各位点等位基因数6~9个，杂合度0.59~0.81，多态信息含量0.51~0.76；背膘厚与嫩度、系水力和肌内脂间的相关系数分别为-0.358、0.020和0.311，且背膘厚与嫩度及肌内脂间的相关性达到极显著水平(P <0.01）。方差分析结果显示, 微卫星位点SW482对背膘厚影响显著(P <0.05)；SW937对系水力影响达到极显著水平(P <0.01)；其它位点S0222、S0281和S0021对各性状影响均未达到显著水平(P >0.05)。     

南阳牛IGF-IR、CAPNⅡ和UCP 3基因多态性与生长性状的相关分析

对南阳牛胰岛素样生长因子-Ⅰ受体(ICF-IR)、钙激活中性蛋白Ⅱ(CAPN Ⅱ)和解偶联蛋白3(UCP 3)3个位点PCR-RFLP与生长性状进行相关分析.在所研究群体中,IGF-IR/Taq Ⅰ多态位点上BB型个体仅检测到2头,IGF-IR/Taq Ⅰ位点等位基因A和CAPN Ⅱ/Hha Ⅰ位点等位基因B为优势等位基因.南阳牛在IGF-IR/Taq Ⅰ和CAPN Ⅱ/Hha Ⅰ位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,在UCP 3/Bgl Ⅰ位点偏离HardyWeinberg平衡状态.相关分析表明,IGF-IR/Taq Ⅰ位点不同基因型对南阳牛生长性状影响不显著.CAPN Ⅱ/Hha Ⅰ位点对6月龄的生长性状影响显著(P＜0.05);对不同生长阶段的体协长和胸围影响显著(P＜0.05或P＜0.01).UCP 3/Bgl Ⅰ位点对6月龄的体重、体高和体协长,24月龄体高、体协长和胸围影响显著(P＜0.05).在CAPN Ⅱ/Hha Ⅰ和UCP 3/Bgl Ⅰ位点上,南阳牛AB型个体生长性状表现最好.CAPN Ⅱ/Hha Ⅰ和UCP 3/Bgl Ⅰ多态可以作为南阳牛早期选育的有效标记.     

谷子产量性状与碾磨品质性状的相关分析

为研究谷子品种产量性状和碾磨品质性状的相关性,以150份谷子品种为材料,采用相关分析、通经分析及多元回归分析等方法,探讨7个产量性状（穗长、穗粗、码数、码粒数、单穗重、穗粒重和千粒重）和3个碾磨品质性状（脱壳率、出米率和整精米率）之间的关系,明确影响谷子整精米率的主要因子。结果表明,山西谷子品种产量性状和碾磨性状的变异系数为3.74%～38.57%,单穗重变异系数最大,脱壳率变异系数最小。整精米率与脱壳率（r=0.780）、出米率（r=0.796）及穗粗（r=0.218）呈极显著正相关,与穗长（r=-0.296）和单穗重（r=-0.283）呈极显著负相关,与穗粒重（r=-0.176）和码粒数（r=-0.163）呈显著负相关。逐步回归分析结果表明,穗长、穗粗、单穗重、穗粒重、脱壳率和出米率是决定整精米率的主要因子。通径分析结果表明,穗粗、出米率和脱壳率对整精米率产生了直接正向效应,穗长和单穗重对整精米率产生了直接负向效应,穗粒重主要通过单穗重对整精米率产生较大的负向效应。主成分分析结果表明,10个性状可归为5个主成分,累积贡献率达87.897%;其中,第1、第2主成分的贡献率较高（32....     

小麦形态性状与倒伏的相关分析

进行了小麦植株穗部性状及地上各节间性状与倒伏的相关分析以及节间长度性状的多元相关分析。结果表明,株高、重心高与倒伏为极显著正相关,基部节间长度与倒伏也呈极显著正相关,但穗长与稳下节间长与倒优无相关。穗下节间的茎杆直径、髓腔直径与倒伏相关很小,基部四个节间的茎杆直径、髓腔直径与倒伏为正相关,但只有基部的穗下第五节间髓腔直径与倒伏相关达显著水平。基部四个节间长度有按比例一致变化趋势,而穗长、穗下节间长度则无此一致变化趋势。     

筛选杂交鲤亲子鉴定的微卫星标记(英文)

微卫星的亲子鉴定技术既能减少分池饲养带来的遗传性状的差异又能减少其所占用饲养池的数量和管理强度,在水产养殖和品种选育中得到了广泛的应用。本研究应用21对微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)杂交家系(49-同胞家系:德国镜鲤(C.carpio var.mirror)♀×荷包红鲤(C.carpio var.wuynanensis)♂;24-同胞家系:荷包红鲤♀×德国镜鲤♂)进行遗传多样性及遗传特性的评价,并检测影响微卫星标记鉴定准确性的几个特性。研究结果标明,(1)筛选出的13对标记:在49-同胞家系中,平均有效等位基因数(K)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为0.505、0.648、0.791和0.5889;在24-同胞家系中,K、He、Ho和PIC分别为0.548、0.670、0.819和0.6138。(2)筛选出的13对标记:在49-同胞家系和24-同胞家系中的联合排除率(CPE)分别达到0.999997978和0.999999583。(3)在两个杂交家系中,4个核心位点(MFW29,HLJ392,HLJ044,HLJ855)的联合排除率均高于99%。(4)三种情况下(一个亲本已知,NE-1P;另一个亲本已知,NE-2P;双亲都已知,NE-PP;)的联合非父排除率在49全胞家系中分别为1.34E-02、3.91E-04和2.02E-06;在24全胞家系中分别为1.34E-02、3.91E-04和2.02E-06。(5)模拟分析显示(置信度为99%),当使用11个或更多标记时,在49全胞家系中亲本与子代的配对率为100%;当使用9个或更多标记时,在24全胞家系中亲本与子代的配对率大于98%。(6)UPGMA聚类图表明:在混养条件下,筛选出的13对标记可以明显地将子代与无亲缘关系的家系区分开。本研究筛选出13对微卫星标记完全适用于荷包红鲤与德国镜鲤杂交家系的鉴定,为品种选育提供有效的鉴定工具。     

鲮微卫星DNA分子标记的筛选与遗传多样性分析

采用磁珠富集法对已建立的生长较快的西江段野生浅色鲮群体的极大、极小群体各31尾基因组DNA进行了微卫星序列的筛选,128个阳性克隆成功测序93个,其中80个为的微卫星序列,微卫星序列完美型占85％,非完美型占6．25％,混合型占8．75％。利用微卫星序列合成了23对微卫星引物,扩增结果表明,等位基因数为1～10个,扩增片段大小为92～283bp,其中14对引物扩增条带清晰,为中度或高度多态位点,极大、极小群体的平均有效等位基因数和平均多态信息含量分别为3．0784、3．2079和0．5675、0．5974,反映出2个群体遗传多样性均较丰富;高度多态性引物4的位点b,片段大小为119bp,在极大群体中出现频率为61．3％,在极小群体占22．6％,出现频率极大群体高于极小群体近3倍,初步可作为候选差异性分子标记。     

6个微卫星座位与北京荷斯坦母牛乳成分性状关系的研究

选择与奶牛乳成分性状紧密相关的6个微卫星座位BM711、BM143、BM1443、BM1905、BM415和BM4505,用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析其在200头北京荷斯坦母牛中的遗传变异。计算了其等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数,并利用最小二乘法拟合线性模型初步探索了这6个微卫星座位与北京荷斯坦母牛乳成分性状的关系。结果表明:与乳脂率显著相关的最有利基因型在BM4505座位上为225bp/225bp,在BM415座位上为168bp/168bp,在BM711座位上为190bp/190bp;与蛋白率显著相关的最有利基因型在BM1905座位上为201bp/201bp,在BM1443座位上为163bp/163bp,在BM415座位上为168bp/168bp,在BM143座位上为110bp/110bp;与乳糖率显著相关的最有利基因型在BM1905座位上为201bp/201bp,在BM415座位上为168bp/168bp,在BM143座位上为108bp/108bp;与干物质率显著相关的最有利基因型在BM4505座位上为225bp/225bp,在BM415座位上为168bp/168bp。     

鲢微卫星标记的荧光多重PCR体系建立及其应用

为了提高鲢微卫星(SSR)分型效率,本研究从已开发 SSR 标记中筛选出 14 对具有高多态性和扩增稳定性的SSR 引物,并组成一个四重 PCR(A)和两个五重 PCR(B 和 C)。以单对引物 PCR 为对照,对多重 PCR 的条件进行优化,包括退火温度、Taq DNA 聚合酶浓度、dNTPs 浓度、Mg2+浓度、PCR Buffer 使用量等。优化结果为,各体系最佳退火温度时,25 μL体系中包括 2 U Taq DNA 聚合酶,0.4 mmol/LdNTPs,2.3 mmol/L Mg2+,以及 3 μL的 10×PCR Buffer。优化后的多重 PCR 扩增稳定,各对引物扩增良好,SSR分型效率显著提高。利用建立的多重 PCR 体系对采自石首老河四大家鱼原种场和监利老江河四大家鱼原种场各 100 尾鲢(Hypophthalmichthys molitrix)样本进行 SSR 分析。结果显示,石首和监利两个原种场的样本都保持有较高的遗传多样性,其中观测杂合度分别是 0.8479 和 0.9443,期望杂合度分别为0.7967 和 0.8134。群体间分子方差分析(AMOVA)FST=0.00613,说明两个原种场鲢群体间没有发生遗传分化。本研究最终建立了三个准确、稳定的荧光标记多重 PCR 体系,具有较大应用价值。运用建立好的 3 个荧光标记多重PCR 对 2 个鲢群体进行遗传多样性分析,结果为两处原种场的进一步科学管理提供了可靠依据。     

黔中地区杂交稻播始历期与若干经济性状的相关性分析

贵州黔中地区是典型的喀斯特山区,生态复杂,气候多变,水稻生长后期易受低温影响造成减产。为选育适合黔中地区特殊气候环境种植的杂交水稻,选用安顺市农业科学研究所选育的耐冷性三系不育系与大面积推广的恢复系配组进行试验,结果表明:播始平均温度与穗总粒、穗实粒呈负相关;通过逐步回归和通径分析,发现每穗总粒对单株粒重的直接贡献最大,而每穗实粒数的直接作用负效应最高。该地区的育种栽培目标是严格控制生育期,选择大穗型,协调穗粒与群体间结构。     

四个鲤鱼种群遗传多样性的AFLP分析

本文采用AFLP技术对黑龙江野鲤、黄河鲤、建鲤和荷包红鲤4个鲤鱼种群共96个个体进行了遗传多样性分析。结果显示,8对选择性扩增引物共扩增得到502个位点,其中多态性位点273个,多态性比率为54．38％。同时对4个种群的Shannon多样性指数,Nei’s基因多样性等参数进行了分析,结果表明,4个种群的Shannon多样性指数分别为0．2114±0．2705,0．1825±0．2694,0．1888±0．2587和0．1600±0．2426,Nei’s基因多样性指数分别为0．1398±0．1872,0．1225±0．1863,0．1235±0．1774和0．1036±0．1636;总基因多样性（H4）平均值为0．1721±0．0350;种群内基因多样性（Hs）平均值为0．1224±0．0190;基因分化系数（Gst）为0．2892,种群内的基因多样性占总群体的71．08％,种群间为28．92％,而基因流系数（Nm）为1．2291。另一方面,分子方差分析（AMOVA）结果表明,种群平均近交系数（Fst）为0-31191,变异31．19％来自种群间,68．81％来自种群内。4个种群中黑龙江野鲤的种内多态性比例最高,而荷包红鲤种群最低,并且4个鲤鱼种群当前的种质资源良好,具有一定的种群稳定性;建鲤已经开始分化,与亲本荷包红鲤亲缘关系逐渐分化,逐步形成自己稳定的遗传结构。本研究为探讨鲤鱼种群的遗传特性和遗传分化提供参考,也为其种质资源的保护及合理利用提供科学依据。     

Microsatellite Markers Revealed the Genetic Diversity of an Old Japanese Rice Landrace ‘Echizen’

Landraces of rice (Oryza sativa L.) are valuable sources of genetic variation that have been lost in advanced cultivars. Seeds of a rice landrace stored for almost 100 years were found on Sado Island in Niigata prefecture, Japan. This report aims to present basic data on the genetic variation of this landrace, which was known as ‘Echizen’. Five samples of ‘Echizen’, consisting of two old samples, one sample maintained on farm, and two lines regenerated from old seeds were compared with other advanced cultivars and landraces using 19 microsatellite markers. Among the five samples of Echizen, the two stored samples showed greater diversity than the other samples. Cluster analysis based on the UPGMA method also showed that old Echizen was a diverse landrace that could cover the genetic diversity of most Japanese rice cultivars.     

用鲤鱼EST-SSRs分子标记分析长江黑龙江鲤种群结构

从鲤鱼ESTs的数据库（10691个）中进行微卫星序列筛选，共发现微卫星序列127个，占整个ESTs数据库的1.19%，另外从本研究室构建的鲤鱼脑组织cDNA文库中筛选到微卫星序列20个。根据筛选得到的微卫星序列设计引物68对，合成引物40对，其中27对引物能够获得预期的目的片段，20对引物在所检测的群体内及群体间表现出多态性。用此20个多态性标记分析了长江鲤和黑龙江鲤的群体遗传结构，结果表明：长江鲤和黑龙江鲤在多数位点表现出较高的遗传多样性，20个位点的平均有效等位基因数分别为3.9135、3.4820；平均观察杂合度为0.6067、0.5667；平均期望杂合度为0.6737、0.6194；平均多态信息含量为0.6308、0.5714。长江鲤的遗传结构好于黑龙江鲤，两个群体的Hardy-Weinberg偏离指数较小，群体基本保持平衡，群体结构较合理；其中HLJE1、HLJE10位点在长江鲤和黑龙江鲤的扩增结果相差较大，长江鲤的多态性明显高于黑龙江鲤，位点多态信息含量相差一倍以上，可用于群体的鉴别。     

鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

本研究利用20对微卫星引物对鳜（Sinipelrca chuatsi）原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2．7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1-6之间,平均有效等位基因数为2．1284。原种群体的平均观察杂合度0．5708,Nei氏期望杂合度0．5295,平均多态信息含量PIC0．5353;养殖群体的平均观察杂合度0．3839,Nei氏期望杂合度0．4011,平均多态信息含量PIC0．5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。     

Microsatellite DNA Analysis of Wild Hops, Humulus lupulus L.

To study the relationships and genetic diversity among wild hops, Humulus lupulus, we analyzed 133 samples of wild hops collected from Europe, Asia and North America using polymorphism on 11 microsatellite loci. Although only three primers showed bands in Japanese hops, all other samples showed polymorphic bands at most loci. There were no duplicate genotypes among samples of European, Chinese and North American hops, and each individual hop could be distinguished completely. The phylogenetic tree constructed from DA distance with the UPGMA method showed a large cluster comprised of European hops, although Russian hops from the Caucasus and Altai regions were separate from the European cluster. Chinese and North American samples gave distinct clusters suggesting genetic differentiation. This study has indicated that hop microsatellite DNA is differentiated, and is dependent upon the origin in regions of Europe, Asia and North America.