利用RAPD标记分析近交系小鼠的遗传多态性

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）标记，分析了BALB／c、57BL／6、DBA／2、C3H／He近交系小鼠的遗传多态性。结果表明，上述小鼠表现出了各自不同的多态性RAPD标记；RAPD可作为近交系小鼠的分子标记， 在DNA水平区别4种近交系小鼠。     

近交系小鼠RAPD标记的观察

采用随机扩增多态性DNA技术(RAPD),分析BALB/c、C57BL/6、DBA/2、C3H/He等4个近交系小鼠的基因多态性,探讨用RAPD作为遗传标记,对近交系小鼠进行遗传检测。结果表明,4种小鼠表现出了各自不同的多态性RAPD标记,证明RAPD可作为近交系小鼠的分子标记,在DNA水平区别4种近交系小鼠。     

三代测序技术及其应用研究进展

通过DNA测序不仅可以更好地认识生命的本质,了解生物的差异性、进化及发展史,而且为重组DNA的研究提供了方向,在疾病诊断及基因分型方面具有非常重要的实用价值。首先从发现DNA是遗传物质开始,简要回顾了第一、二和三代测序技术的整个发展历程,以及各自的优缺点和主要测序技术或平台;其次,重点介绍了由PacBio公司开发的第三代测序典型技术--单分子实时测序技术（SMRT）和ONT纳米孔测序技术的原理、方法和技术流程,并总结了第三代测序技术的应用领域,包括基因组重测序、do novo测序、转录组研究、甲基化检测、与疾病相关的结构变异检测,以及流行病学中病毒准种分析等应用;再次,比较了三代测序技术在转录组测序和表观遗传学研究中的技术优势,第三代测序技术在基因组重复区域或结构变异等研究领域具有非常明显的优势,对多种疾病的研究意义重大,已成为未来重要的精准诊断工具,此外,凭借对重要经济物种遗传信息的解析,育种工作者通过建立基因与性状的关联,对持有优良性状基因的个体进行人工选育,大大缩短了育种年限;最后,对第三代测序技术在医疗、农业、环境等领域的应用前景进行了展望。     

DNA指纹技术对近交系小鼠生产扩大群的遗传检测

采用生物素标记的（GGAT）4寡核苷酸探针对C57BL／6J、BALB／c和DBA／2三种近交系生产扩大群F4代小鼠进行了DNA指纹图分析。结果显示（GGAT）4寡核苷酸探针对上述三种近交系小鼠产生的DNA指纹图的图带数均为10-12条,具有良好的多态性,品系内平均DNA指纹图的相似系教（X）在0．88—0．95的范围内,具有相同指纹图的概率（P）均在0．35以上,极显著地高于品系间的相似系数（0．18—0．31）和相同指纹图的概率（P〈8．4×10^-7）。研究结果表明（GGAT）。寡核苷酸探针可用于制作近交系小鼠生产扩大群的DNA指纹图,以对其进行遗传检测。     

微卫星DNA在近交系小鼠遗传监测中的应用

用7对引物对5种不同品系近交系小鼠的微卫星位点进行多态性分析。结果显示,不同品系及同品系不同个体近交系小鼠的扩增产物在7个微卫星位点上均出现一清晰条带,在不同品系小鼠之间筛选出4个（D3Mit22、D6Mitl92、D6Mit36、D6Mitl49）具有多态性的位点;同品系内不同个体之间没有多态性。结果表明,所检测的小鼠符合近交系要求,筛选出的4个微卫星位点可用于国内有关近交系小鼠的遗传背景监测。     

应用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析氨气对小鼠肠道菌群的影响

旨在研究不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物多样性的影响。选取平均体质量为(23±2) g的KM小鼠90只,随机分为3个处理组,每组30个重复。分别饲养于3个独立的环境控制舱内,氨气平均质量浓度为0 (对照组)、20 (中质量浓度组)、50 mg/kg (高质量浓度组),于5,15,20 d取10只,颈椎脱臼处死后取肠道食糜,用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析微生物群落结构。结果表明:处理组的α、β多样性、Shannon指数较对照组降低,表明不同质量浓度氨气处理对小鼠肠道微生物菌群多样性有一定影响;在门水平,处理组厚壁杆菌丰度增加,结合KEGG代谢途径分析,能量代谢通路可能发生了改变;Lefse分析筛选出氨气影响肠道健康的相关菌群有3种,分别是Blautia菌属、脱硫弧菌(Desulfovibrio,DSV)与慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae);通过KEGG代谢途径的差异分析,第5天时对照组和中质量浓度组与免疫相关的代谢通路存在显著差异。由此可见,氨气处理能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性,且提示氨气致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

利用二代测序技术对鸡基因组内插入缺失变异进行检测分析

真核生物基因组内插入缺失变异是导致生物体内遗传和表型多样性的重要原因。家畜的很多性状和疾病都是由插入缺失变异引起的,目前,关于插入缺失变异的研究相对较少。中国农业大学杨宁教授课题组利用Illunima Hiseq 2000对12个鸡种进行了全基因组重测序并对鸡基因组内插入缺失变异情况进行检测分析。相关研究成果2014年8月发表于《PLoS ONE》。     

基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响

本研究旨在通过网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术分析丹参对感染大肠杆菌小鼠肠道菌群的影响。利用传统中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选丹参有效成分及靶点基因。使用基因数据库（Genecards）获得E.coli靶点基因。两者靶点基因取交集,通过STRING平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络,并运用Cytoscape 3.8.2软件构建“丹参活性成分-潜在作用靶点”网络。利用DAVID在线工具进行基因本体论（GO）功能富集分析,Metascape数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。试验选用110只雄性昆明小鼠,随机分为对照组、大肠杆菌组和低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组,每组22只。连续灌胃丹参液28 d后,用E.coli O₁₀₁进行腹腔注射,对照组注射无菌生理盐水,观察24 h后,收集各组粪便。应用16S rDNA高通量测序技术对各组小鼠肠道菌群进行分析。结果显示：1）网络药理学丹参有效成分36个,作用靶点669个,Genecards数据库搜索E.coli靶点8 902个,对两者取交集去除孤立点获得丹参治疗E.coli潜在靶点51个;GO、KEGG分析,获得关键靶点18个、关键通路47条,其中生物过程（BP）、分子功能（MF）和细胞成分（CC）各为174、76、45条;2）通过Illumina Miseq测序共获得950 855条有效序列,2 537个操作分类单元（OTUs）;3） Alpha多样性分析结果表明,不同剂量丹参组肠道菌群多样性与对照组具有显著差异,大肠杆菌组肠道菌群多样性显著低于对照组（P<0.05）;4）相比于大肠杆菌感染组,在门水平上,低、中、高剂量丹参大肠杆菌感染组Bacteroidetes （拟杆菌门）丰度极显著增高（P<0.01）,Firmicutes （厚壁菌门）丰度显著增高（P<0.05）,Proteobacteria （变形菌门）极显著降低（P<0.01）,在属水平上Bacteroides（拟杆菌属）丰度极显著增高（P<0.01）;5）基于LEfSe分析,对照组、大肠杆菌感染组、丹参高剂量大肠杆菌感染组共发现14种显著差异菌群;6） PICRUSt功能预测分析发现,丹参对大肠杆菌感染小鼠肠道菌群调节功能主要富集的途径是氨基酸、碳水化合物运输与代谢,翻译、核糖体结构和生物转化,细胞壁/膜/生物合成等方面。综上,基于网络药理学联合16S rDNA高通量测序技术全面揭示了丹参多成分、多靶点、多途径调节相关菌群生物丰富度,对大肠杆菌感染小鼠的肠道菌群紊乱有缓解作用,为临床应用丹参治疗大肠杆菌感染提供理论依据。     

利用体外受精-胚胎移植技术对ALK3基因敲除小鼠进行保种鉴定

目的建立用于ALK3基因敲除小鼠品种保存的体外受精-胚胎移植(IVF-ET)模型.方法取杂合子雌性ALK3小鼠卵子与杂合子雄性ALK3小鼠精子进行体外受精,收集2-cell,进行胚胎冷冻,1周后进行胚胎复苏移植,通过PCR方法对仔代鉴定.结果冻存胚胎242枚,复苏获得存活胚胎196枚,移植78枚,产仔19只,获得杂合子...     

利用体外受精-胚胎移植技术进行ALK3基因敲除小鼠的保种鉴定

建立用于ALK3基因敲除小鼠品种保存的体外受精一胚胎移植(IVF-ET)模型.采用杂合子雌性ALK3小鼠卵子与杂合子雄性ALK3小鼠精子进行体外受精,收集2-cell,进行胚胎冷冻,1周后进行胚胎复苏移植,通过PCR方法进行子代鉴定.结果表明,冻存胚胎320枚,复苏获得存活胚胎96枚,移植80枚,产子23只,获得杂合子11只,通过体外受精一胚胎移植可对ALK3基因敲除小鼠进行保种鉴定.     

豫医无毛小鼠分离近交系的繁殖学特征及HLC小鼠近交系的建立

对豫医无毛小鼠和有毛小鼠生殖器官的大体形态、组织学结构及其繁殖能力进行了比较研究。结果表明，无毛小鼠生殖器官的位置、形态、组织学结构及发情周期与有毛小鼠无明显差异；无毛雄鼠明显具有生育能力，但其生育期短；无毛雌鼠有生育能力，但繁殖能力下降，受孕率较低，乳腺功能受损辑性差，不能很好地护理幼仔，幼鼠很难成活，一般1～3d内死亡。杂合子有毛小鼠的生育能力正常。在昆明小鼠繁殖群基础上，采用全同胞兄妹交配方式培育建立了HLC小鼠近交系，应用生化标记检测、皮肤移植试验和毛色基因测试法对育成的HLC小鼠进行遗传监测，证实其基因位点高度纯合；对其基本生物学特性进行研究，结果表明其为具有新特性的近交系小鼠，现已近交繁育30代。     

近交系大鼠STR复合扩增DNA多态性的分析

实验从已筛选出的近交系大鼠的 2 0个基因座位点中 6个位点 ,合成 6对引物 ,利用聚合酶链反应 (PCR)扩增技术对国内已知的SHR、SHRSP、L EW、RCS、WKY和 F3 44等 6个近交系大鼠各 4只进行了 DNA多态性的分析。结果表明同一品系不同个体之间没有多态性 ;不同品系个体之间具有显著多态性 ;利用这6个特异性的位点对国内 6种常用近交系大鼠可有效地进行遗传背景的鉴别。该方法能有效地对近交系与杂交系、品系与品系、品系与亚系加以区分 ,并大大地提高了其监测效率。因此 ,本实验为实验动物遗传背景的监测提供一个高效快捷、简便准确的方法     

BALB/c近交系小鼠的RAPD分析

采用随机扩增多态 DNA(RAPD)技术 ,分析了 BAL B/c近交系小鼠的基因多态性。结果表明 ,BAL B/c近交系小鼠表现出了多态性 RAPD标记 ,单个随机引物扩增的 DNA片段数目为 2至 11条不等 ,片段大小在 30 0～ 2 30 0 bp之间     

BALB/C近交系裸鼠的染色体研究

用骨髓细胞染色体直接制片技术,以及G分带、C分带、银染带技术,对昆明种小鼠、BALB/C近交系小鼠、BALB/C近交系裸鼠的染色体组型、G分带带型、结构性异染色质的分布、18S+28S rDNA的定位和数目进行了比较分析。结果,三种鼠二倍体染色体数为40,均为端着丝点;裸鼠的第3号染色体有明显的浅染色区,15号染色体也有浅染色区;各种小鼠的G带带型基本一致,与已报道的小鼠标准G带带型基本相符;C带分析结果,昆明种小鼠所有常染色体管丝点区包括X染色体均有结构性异染色质的分布;呈大小不等的浓染,而体臂着色浅淡,仅Y染色体的着丝点及体臂呈均一深染,极易辨认,需BALB/C近交系小鼠的第1、7,18号染色体浓染点缩小。裸鼠第3号染色体浓染点很大,而第1、7、11号染色体浓染点缩小。银染分析显示昆明种小鼠Ag-NOR数目众数为7条,分布范围为3～8条。BALB/C近交系小鼠、裸鼠的Ag一NOR众数均为5条,分布范围为2～7条。     

AMMS／13近交系小鼠的培育及其生物学特性

ＡＭＭＳ／１３近交系小鼠由本中心用ＡＭＭＳ／１与Ｃ３Ｈ／ＨｅＭｓ２种近交系小鼠杂交育成，现已繁殖至Ｆ４０多代。毛色为桂皮色，毛色基因为ＡＡｂｂＣＣＤＤ；经组织相容性基因、生化基因及染色体组型分析等遗传检测，符合近交系标准。其初孕期产仔数为６．５２±１．４３，离乳率为８８．８１％（１～６胎），成年雌鼠体重为（２２．８０±１．４７）ｇ，雄鼠为（２４．７７±１．６５）ｇ，经产母鼠乳腺癌发病率为５６．７％。血清ＩｇＧ含量随日龄而增加，相同条件下，雌性比雄性高。该系小鼠可作为莱姆螺旋体病的模型动物。     

豫医无毛小鼠遗传特性

通过时遗传规律、G带核型、13个生化标记位点及毛色基因等的测定，观察了豫医无毛小鼠的遗传特性。结果：该突变小鼠遗传性状符合孟德尔定律，且无性别差异；G显带核型分析发现，大带带型与正常昆明小鼠基本相同；生化标记位点纯合；毛色基因型为AABBccDD。结论：该突变无毛小钉是常染色体上单一隐性基因突变所致，毛色基因纯合，遗传纯度达近交系的要求。     

大肠杆菌肠毒素ST1b基因的亚克隆及其核苷酸序列分析

以大肠杆菌pSLM004菌株为始发菌株,利用合成的一对与ST_1基因特定序列相匹配的引物,通过PCR扩增出了ST_(1b)基因。该基因片段扩增物经适当纯化,与克隆载体pUC18的HincⅡ切点平端连接,转化到受体菌JM101中。利用Ap抗性作为压力选择标志以及LacZ基因插入失活显色反应,在Ap/Xgal-IPTG培养基上,筛选出转化子。将白色菌落转化子经酚/氯仿法抽提重组质粒,利用所扩增ST_(1b)基因片段上所设计的BglⅡ位点及pUC18载体具有的PvuⅡ切点,经酶切反应鉴定重组子,得到了理想重组子pBST2-6。该重组质粒经双脱氧法双向核苷酸序列分析,确定了插入的ST_(1b)基因与载体的连接向位及其全部核苷酸序列。     

鸡腺胃型传染性支气管炎病毒金坛分离株核蛋白基因的克隆和测序

应用逆转录多聚酶链反应技术，参照Boursnell等发表的鸡传染性支气管炎病毒核蛋白基因序列，自行设计并合成1对引物，应用该引物，从感染IBV金坛株的第五代SPF鸡胚尿囊液中扩增出片段大小为828bp的JT N基因，与设计相符，表明扩增片段为IBVJT株N基因。将扩增片段与pGEM-T Easy载体连接，经核酸序列测定，与Genebank中报道的IBV其它株N基因同源性较高。