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1.
为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16S rDNA克隆文库,采用限制性内切酶Hinf Ⅰ、Msp Ⅰ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析.结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌.本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息.  相似文献   

2.
为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfⅠ、MspⅠ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析。结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌。本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息。  相似文献   

3.
旨在探究大熊猫粪便中微生物组成以及耐药基因和寄生虫的真实情况。采集6只健康成年大熊猫的新鲜粪便,利用宏转录组学测序技术分析大熊猫粪便微生物组成及功能、耐药基因种类、丰度和寄生虫的组成,探讨优势细菌与耐药基因的相关性。结果表明,大熊猫粪便内微生物种类多样,包括细菌、真菌和病毒等,但以细菌为主。在门水平上,细菌类群中厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为优势菌门,在真菌菌门中担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉亚门(Mucoromycota)相对丰度较高,雌性和雄性大熊猫粪便菌群丰度没有显著性差异(P>0.05)。Unigenes功能分析表明,大熊猫粪便微生物的功能主要涉及碳水化合物、氨基酸代谢等过程。在大熊猫粪便中共检测出25大类、304种耐药基因,其中,外排泵类基因的种类最多、相对丰度最高。此外,在大熊猫粪便中共发现63属126种寄生虫,寄生虫种包括线虫、绦虫和吸虫,其中,线虫为优势虫种。通过相关性分析发现,链球菌属(Streptococcus)、埃希杆菌属(Escherichia)、肠球菌属(Enterococcus)、苏黎世杆菌属(Turicibacter)与外排泵类、喹诺酮类、四环素类、糖肽类、多肽类和磺胺类耐药基因呈显著正相关性(P<0.05)。本研究从宏转录组水平揭示了大熊猫粪便中微生物、耐药基因组成以及寄生虫种类,对大熊猫微生物相关疾病和寄生虫病防控具有重要意义。  相似文献   

4.
本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便,基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明,不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长,厚壁菌门的相对丰度逐渐增加,变形菌门的相对丰度逐渐降低;共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium_sensu_stricto_1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势,在18~22岁达最高;Beta多样性结果表明,组间差异大于组内差异,不同分组对样品差异的解释具有可信度。13~14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌,34...  相似文献   

5.
旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)(J_1(亚成年大熊猫个体)、J_2(成年大熊猫个体)、J_3(老年大熊猫个体))的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析(redundant analysis,RDA)分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明:在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J_2肠道最高,淀粉酶活力在J_3肠道最低,纤维素酶活力在J_1肠道最低,蛋白酶活力在J_1肠道最高,在J_3肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。  相似文献   

6.
圈养是濒危野生动物重引入的重要措施之一,为了阐明圈养与野生、散放与圈养条件下鸟类肠道菌群的差异,在Web of Science和CNKI数据库中检索已发表的中英文文献,提取肠道微生物群落数据并使用R(Meta)进行分析。结果表明:圈养与野生相比,鸟类肠道厚壁菌门(Firmicutes)的丰度显著增加,拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)的丰度显著下降,梭菌属(Clostridium)、拟杆菌属(Bacteroides)和双歧杆菌属(Bifidobacterium)的丰度显著下降,而粪球菌属(Coprococcus)和布劳特氏菌属(Blautia)的丰度显著增加;散放与圈养相比,鸟类肠道拟杆菌门和放线菌门(Actinobacteria)的丰度显著增加,Olsenella的丰度显著下降。圈养对鸟类肠道菌群组成产生影响,散放会减轻一部分圈养的影响使其更接近野生鸟类。  相似文献   

7.
探讨1只野生大熊猫和不同年龄段圈养大熊猫粪便菌群的多样性和相似性,并鉴定野生大熊猫圈养之后,其粪便中的优势菌群.对来自3个年龄段9只(3只亚成体、3只成年体、3只老年体)圈养大熊猫及1只野生大熊猫圈养前、后的11份粪便细菌的DNA进行ERIC-PCR指纹图谱分析,并利用16S rRNA基因序列分析对优势菌条带进行鉴定.结果显示:该只野生大熊猫粪便菌群多样性比圈养大熊猫丰富;圈养大熊猫粪便菌群多样性:成年体>亚成体>老年体;16s rRNA和ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定的优势菌结果有差异性.结果表明:大熊猫的肠道菌群多样性易受生长环境、年龄因素的影响;其次, 不同年龄段的圈养大熊猫,其肠道菌群的相似性与年龄因素不相关;利用ERIC-PCR指纹图谱优势条带鉴定优势菌的方法有一定的局限性.  相似文献   

8.
采用宏基因组技术分析规模化奶牛运动场不同位置土壤和新鲜粪便中微生物群落丰度。测序结果显示:土壤的样本中可见丰度最高的是变形菌门,其次是放线菌门,其余依次为拟杆菌门>绿湾菌门>浮霉菌门>芽单胞菌门>酸杆菌门>厚壁菌门>疣微菌门>蓝细菌门,且以运动场中央为圆心,距离越远的样本变形菌门丰度逐渐下降,而放线菌门丰度逐渐增加。研究还发现变形菌门、放线菌门是土壤中的优势细菌,子囊菌门和担子菌门为土壤中的优势真菌,奇古菌门和广古菌门为优势古菌群落。在新鲜粪便中的优势细菌为厚壁菌门和拟杆菌门,而担子菌门、毛霉门和壶菌门为优势真菌群落。  相似文献   

9.
为分析圈养幼年大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)向亚成体转变过程中的真菌菌群组成和变化规律,以北京动物园圈养的3只14~36月龄大熊猫为研究对象,通过Mi Seq测序平台分别测定3只大熊猫14、16、21、26、31、36月龄粪便样本的真菌菌群多样性和群落功能。结果表明:(1)3只大熊猫个体间的真菌群落多样性和丰富度均无显著差异,26月龄的真菌群落多样性和丰富度均最高;(2)门水平上,3只大熊猫的主要菌门均为子囊菌门(Ascomycota),36月龄与其他月龄差异较大,主要体现在担子菌门(Basidiomycota)、Phragmoplastophyta、unclassified_d__Eukaryota、unclassified_k__Metazoa__Animalia_和unclassified_k__Fungi等,说明不再饲用奶粉的36月龄大熊猫真菌组成发生较大变化;(3)真菌群落功能预测发现3只大熊猫的真菌主要属于腐生营养型。研究结果可为亚成体大熊猫肠道微生态健康状况评估提供基础数据参考。  相似文献   

10.
为研究患呼吸系统疾病(BRD)的牛鼻咽部微生物的多样性及其基因功能,搜集贵州省不同地区3个牛场的患病牛鼻拭子(分别为R1、R2和R3组),利用Illumina高通量测序技术鉴定牛鼻咽部微生物多样性。平均得到细菌类有效序列64 128条,聚类为3 675个操作分类单元(OTUs);真菌类有效序列65 472条,聚类为2 646个OTUs。经分类学鉴定,细菌类属32个门、52个纲、124个目、233个科和582个属;真菌类属14个门、32个纲、97个目、223个科和407个属。细菌中的优势菌群为拟杆菌门(19.19%~47.15%)和变形杆菌门(16.04%~48.53%);属水平下,致病性细菌有支原体(0.68%~7.82%)、曼氏杆菌(0.19%~3.06%)、不动杆菌(0.74%~10.92%)、巴氏杆菌(0.44%~3.97%)和金黄杆菌(0.25%~2.75%)等。真菌中的优势菌群为子囊菌门(40.73%~61.4%)和担子菌门(6.88%~24.3%);属水平下,致病性真菌有曲霉菌属(1.19%~16.26%)、假丝酵母属(0.19%~7.6%)和克柔氏菌属(2.28%~45.1%)等。细菌类KEGG功能分类注释显示,R1组和R2组代谢类的相关通路丰度增加,R3组疾病感染、信号转导等相关通路丰度增加。真菌功能注释显示3组样品中均存在动物病原菌丰度增加。结果表明,患BRD牛鼻咽部微生物组成相似,但相对丰度存在差异;除常见的菌群外,还存在致病性细菌和真菌。  相似文献   

11.
通过对来自北京动物园10只圈养猕猴(Macaca mulatta)和来自河南济源五龙口风景区10只处于野外近人环境中的猕猴的粪便微生物进行鸟枪法测序,分析两种不同环境下猕猴的肠道菌群组成和差异。结果表明:20份样品共检测出9个门、18个纲、22个目、31个科、46个属和226个种。通过分析发现,圈养和野外近人环境群体共享了绝大部分细菌(200种),但是近人环境群体相比于圈养群体,独有更多种类的微生物。圈养猕猴肠道微生物主要由厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)组成。处于野外近人环境中的猕猴肠道微生物主要由厚壁菌门、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门组成。圈养猕猴和近人猕猴属水平上的肠道微生物结构存在显著差异(p=0.001)。圈养猕猴和野外近人环境猕猴肠道菌群组成的多样性与差异,可为猕猴的圈养以及景区野生动物管理提供指导和理论基础。  相似文献   

12.
旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)(J1(亚成年大熊猫个体)、J2(成年大熊猫个体)、J3(老年大熊猫个体))的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析(redundant analysis,RDA)分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明:在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J2肠道最高,淀粉酶活力在J3肠道最低,纤维素酶活力在J1肠道最低,蛋白酶活力在J1肠道最高,在J3肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。  相似文献   

13.
为了了解袋鼠粪便中菌群的多样性,分析成年和老年袋鼠粪便中菌群的差异性。应用高通量测序技术测定成年和老年袋鼠粪便细菌16S rDNA的V3-V4变异区序列,应用Prinseq和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析菌群物种丰度、分布和Alpha多样性。获得成年袋鼠粪便(AK)的OTU数为7 210,老年袋鼠粪便(OK)的OTU数为6 120。AK和OK的丰富度指数分别为4 377.028/7301.574和1 430.718/1858.623,香农指数分别为6.275和4.273。AK和OK肠道优势菌群均隶属厚壁菌门,分别占65%(AK)和78%(OK),除此之外,共有优势菌门还有变形菌门、拟杆菌门和螺旋菌门,但AK有四种独有菌门。获得了成年和老年袋鼠粪便中细菌的丰富度、菌群结构及差异性。  相似文献   

14.
《中国兽医学报》2020,(2):311-317
采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。  相似文献   

15.
为探究林木根际土壤真菌群落的演变规律,按照空间换时间法,基于Illumina高通量测序分析研究大时间跨度下不同栽植年限(10 a、80 a和200 a)桑树根际土壤真菌群落的组成变化情况。结果表明,10 a、80 a和200 a树龄桑树根际土壤真菌共有的门为9个,各树龄桑树根际土壤中优势菌门相同,但相对丰度存在差异,第1优势菌门为子囊菌门(Ascomycota),其次是担子菌门(Basidiomycota)和被孢霉门(Mortierellomycota);前5优势菌属均为杯盘菌属(Ciboria)、被孢霉属(Mortierella)、土球酵母属(Solicoccozyma)、镰刀菌属(Fusarium)、假裸囊菌属(Pseudogymnoascus),随着树龄的升高,土球酵母属的相对丰度增加,镰刀菌属和杯盘菌属的相对丰度先升高后降低,被孢霉属的相对丰度降低。对优势菌属影响最大的是土壤氯离子含量,其次是速效磷含量、有机质含量、速效钾含量、碱解氮含量、全盐量和钠离子含量。栽植年限的增长提高了桑树根际土壤真菌的相对丰度和均匀度,改变了桑树根际土壤真菌的群落组成,减少了子囊菌门真菌的积累。  相似文献   

16.
王国宝  刘微  张保仁  秦利 《蚕业科学》2021,47(4):310-315
为明确辽东栎白粉病叶片的菌群结构和多样性,利用Illumina MiSeq技术检测细菌16S rDNA和真菌ITS序列,分析辽东栎白粉病叶片的细菌和真菌类群.在门的水平上,辽东栎白粉病叶片细菌的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria);真菌的优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota).在属的水平,细菌的优势菌属为鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、薄层菌属(Hymenobacter)、甲基杆菌属(Meth ylobacterium)、金色单胞菌属(Aureimonas)、马赛菌属(Massilia);真菌的优势菌属为白粉菌属(Erysiphe)、球腔菌属(Myco-sphaerella)、短梗霉属(Aureobasidium).Alpha多样性分析显示,真菌菌群的Chao1指数大于细菌,细菌菌群的Shannon指数和Simpson指数大于真菌,表明检测到的真菌总数比细菌多,而细菌菌群的多样性、丰富度和均匀度高于真菌.研究结果为进一步探究柞树白粉病致病菌群及发病机制提供了理论依据.  相似文献   

17.
奶酒营养丰富,保健效果好。本文研究了奶酒在酿造过程中微生物多样性的动态变化,结果表明:细菌的Shannon指数先下降后上升,共发现变形菌门、厚壁菌门、蓝藻门、拟杆菌门和放线菌门5个门,其中,变形菌门和厚壁菌门的相对丰度占比最高。乳球菌属的相对丰度在发酵前期不断增长,到第3天达到峰值,为37.99%,然后开始下降并保持一定的比例。奶酒发酵过程中真菌的Shannon指数一直处于下降趋势,共鉴定到6个门,分别是壶菌门、担子菌门、孢霉门、隐真菌门、芽枝霉门和子囊菌门,其中,芽枝霉门的相对丰度随着发酵时间的延长而不断下降,子囊菌门的相对丰度随着发酵时间的延长而不断增加。在发酵的前6d,丰度占比最高的为酵母菌属,其相对丰度基本保持在62%左右,其次是曲霉属,比例约为33%。  相似文献   

18.
通过粪菌移植可以调节肠道菌群的组成,已成为降低肠道菌群抗药性的方法之一,而筛选合适的粪菌移植供体尤为重要。本研究利用16S rRNA基因高通量测序技术分析了两种候选供体SPF鸡和商品蛋鸡在不同养殖模式下5个不同日龄粪便菌群的组成,并利用药物敏感性试验比较了粪便中大肠杆菌的抗药性水平。结果表明,两种蛋鸡粪便菌群的丰富度都表现出随日龄增加而增加的趋势,其中商品蛋鸡粪便菌群的种类更加丰富,而SPF鸡粪便菌群的组成更加均一。在门水平上,SPF鸡拥有更多的厚壁菌门细菌,而商品蛋鸡含有更多的变形菌门、拟杆菌门和放线菌门细菌。在属水平上,两种蛋鸡粪便中的优势菌均为乳酸杆菌属和埃希氏-志贺氏菌属,其中SPF鸡存在更多的乳酸菌属和隐秘杆菌属,而商品蛋鸡含有更多的拟杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、梭菌属、链球菌属和克雷伯菌属。药敏试验结果表明,SPF鸡粪便中大肠杆菌对抗生素的抗药率、多重抗药性比例和最低抑菌浓度(MIC)的频率分布均显著低于商品蛋鸡。该结果深入分析了两种养殖模式下不同日龄蛋鸡的粪便菌群,结合粪便中大肠杆菌抗药性水平的比较分析,进一步表明SPF鸡粪便菌群更加安全、敏感,可以作为粪菌移植的供体用于降低肠道菌群的抗药性。  相似文献   

19.
摘 要:以连作1年和连作3年的百香果根际土壤作为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析根际土壤中的微生物群落结构组成和多样性变化,以期为克服百香果连作障碍提供指导。结果表明:连作显著降低百香果根际土壤细菌群落多样性和真菌群落丰富度,增加百香果根际土壤的细菌群落丰富度和真菌群落多样性。根际土壤微生物群落组成发生了较大的变化,在门分类水平上,连作三年的根际土壤中变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度增加了5.86%和2.21%;放线菌门(Actinobacteria)减少了3.40%,子囊菌门(Ascomycota)减少了28.41%,而毛霉门(Mucoromycota)增加了14.73%,在属分类水平上,连作三年的根际土壤中根际土壤中的γ-变形菌纲中未分类属unclassified_Gammaproteobacteria、黄单胞杆菌科未分类属unclassified_Xanthomonadaceae相对丰度显著增加,酸杆菌门中而Gp2相对丰度显著降低,子囊菌属(Archaeorhizomyces)、孢子丝菌属(Sporothrix)、粪壳菌属(Sordaria)相对丰度减少,小被孢霉(Mortierella)、镰刀菌属(Fusarium)两个病原菌属相对丰度增加。结论:连作改变了百香果根际土壤微生物群落结构,细菌多样性降低,真菌多样性升高,病原菌相对丰度增加,土壤由细菌型向真菌型转化。  相似文献   

20.
为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3~V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明:山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科_RC9_肠道菌群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)和普式菌属_1(Prevotella_1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....  相似文献   

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