和田黑鸡mtDNA控制区D-Loop序列分析

试验旨在测定和田黑鸡mtDNA D-Loop序列,并分析其与其他5个品种鸡间的同源性及亲缘关系。结果发现,和田黑鸡mtDNA D-Loop序列全长为1230 bp,用DNAMAN软件进行序列比对,发现和田黑鸡与GenBank登录的5个品种鸡的同源性都在98%以上,测定样品mtDNA D-Loop核苷酸序列中富含A+T。聚类分析结果显示,和田黑鸡与丝羽乌骨鸡、红原鸡亲缘关系较近。     

鸡形目黑素皮质素受体1基因多态性研究

为了对已知的鸡形目禽类黑素皮质素受体1(MC1R)基因进行生物信息学和分子进化分析,根据已发表的12种鸡形目物种MC1R基因序列(包括棕色来航鸡、红色原鸡、土佐本地鸡、日系乌骨鸡、白色来航鸡、日本鹌鹑、火鸡、蓝胸鹑、珠鸡、朝鲜鹌鹑、河北柴鸡和略阳乌鸡),利用多种生物学软件进行遗传多态性研究。结果显示:12种鸡形目物种MC1R基因编码区碱基序列同源性和氨基酸序列同源性均较高(分别为98.84%,98.91%),蛋白质二级结构相似度极高,以α构螺旋为主(57.32%⁶7.83%),无规则卷曲次之(25.80%67.83%),无规则卷曲次之(25.80%²9.62%),β-折叠最少(6.05%29.62%),β-折叠最少(6.05%¹5.61%)。红色原鸡、土佐本地鸡和棕色来航鸡的二级结构组成相同,其中红色原鸡和土佐本地鸡的碱基CDS序列完全相同。分子进化分析发现,12个鸡形目物种可以明显地分为A、B、C 3个类群,火鸡、珠鸡、鹌鹑、蓝胸鹑、棕色来航鸡、红色原鸡和土佐本地鸡聚为A群;河北柴鸡、朝鲜鹌鹑和日系乌骨鸡聚为B群;白色来航鸡和略阳乌鸡聚为C群。火鸡较其他鸡形目起源较早,棕色来航鸡,白色来航鸡和略阳乌鸡起源较迟。但聚类结果中白色来航鸡和棕色来航鸡却属于不同类群,这可能是由于MC1R基因参与家禽羽色的调控,而白色来航鸡和棕色来航鸡羽毛色素存在明显差异,从而造成了二者在鸡形目MC1R基因分子进化树中的遗传距离较远。     

吐鲁番黑羊MC1R基因序列分析研究

为研究黑皮质素受体1（MC1R）基因对吐鲁番黑山羊毛色的影响,试验采用PCR扩增和测序技术,对吐鲁番黑羊MC1R基因编码区核苷酸序列及其与毛色的相关性进行了研究。结果表明：MC1R基因编码区核苷酸序列954 bp,编码317个氨基酸,编码区存在2个错义突变（c.218 T〉A,p.73 Met〉Lys;c.361 G〉A,p.121 Asp〉Asn）和3个同义突变（c.429 C〉T,p.143 Tyr〉Tyr;c.600 T〉G,p.200 Leu〉Leu;c.735 C〉T,p.245 Ile〉Ile）。SNPs分析表明,单倍型AATGT数量占62%。初步认为MC1R基因可以作为吐鲁番黑羊黑色被毛调控的候选基因。     

羊驼MC1R基因克隆及其在不同毛色个体中表达水平研究

为了获取羊驼MC1R基因序列,探索MC1R基因表达水平与羊驼毛色之间的相关性,根据GenBank已发表序列(EU1358800)设计1对引物,以羊驼皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增并成功获得了中华白色羊驼MC1R基因cDNA序列,长度为1 081 bp,编码317个氨基酸,与已发表序列进行对比,同源性为99%,发现7处突变.根据所克隆序列设计引物,采用实时荧光定量PCR技术(QRT-PCR),分析MC1R基因在白色和棕色羊驼皮肤中的基因表达量,并对结果进行统计分析.结果表明:经过内参基因校正后,棕色羊驼皮肤中MC1R基因的相对表达量是白色羊驼相对表达量的4.32倍(P<0.01).MC1R基因表达量的差异与羊驼毛色表型之间可能存在一定的相关性.     

鹌鹑黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析

黑素皮质素受体-4(MC4R)是G蛋白偶联受体超家族的一个成员,在人、鼠和鸡的体重、能量稳态和采食量的调控中具有重要作用。实验根据GenBank中鸡MC4R基因全序列设计9对引物,对北京白羽蛋用鹌鹑和法国沙维玛特肉用鹌鹑MC4R基因序列进行PCR扩增及克隆测序,获得的序列长度分别为2154bp和2152bp。结果表明:所测的两段序列经GenBank中的Blast分析与鸡MC4R基因同源性均为97%;在MC4R基因核苷酸水平上,北京白羽蛋用鹌鹑与法国沙维玛特肉用鹌鹑的同源性为99.11%;在MC4R)基因氨基酸水平上两品种鹌鹑同源性也很高。     

鹅黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析

黑素皮质素受体-4（Melanocortin receptor-4,MC4R）是其黑素皮质素受体MCR（MC1-5R）家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅MC4R基因。结果表明,鹅MC4R基因编码区全长996 bp,其核苷酸序列与鸡的同源性为95.3%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性在75%-79%;其氨基酸序列与鸡的同源性达到98.5%。构建哺乳类、鸟类和鱼类MC4R基因核苷酸进化树显示,鹅较早地与哺乳类动物分化开来。分析MC4R蛋白的氨基酸残基特性参数表明,MC4R的7次跨膜结构与MC4R的亲水性区域、电荷密度以及氨基酸残基位于表面概率的变化规律相一致。     

4种犬科动物黑素皮质激素受体1基因序列比对及遗传进化分析简

基于GenBank中已公布的家犬(Canis familiaris)、赤狐(Vulpes vulpes)、北极狐(Alopex lagopus)和貉(Nyctereutes procyonoides)黑素皮质激素受体1(MC1R)基因序列,利用BioEdit 7.0等生物信息软件,对4种犬科动物MC1R基因进行序列比对和遗传进化分析。结果表明,家犬、赤狐、北极狐及貉MC1R基因为单一外显子,编码区序列长度均为954 bp,碱基组成表现为C＞G＞T＞A,且G+C百分含量高于A+T;编码区碱基序列中共检测到20个突变位点,包括16个单一突变和4个简约突变,转换类型多于颠换,核苷酸和氨基酸序列同源性较高;赤狐与北极狐间的遗传距离最短,邻近法(NJ)、最小进化法(ME)和非对组算数平均法(UPGMA)3种方法构建的进化树基本一致,赤狐与北极狐首先聚为一簇,貉比家犬、赤狐和北极狐分化时间更早。     

一株禽源高致病性H7N9亚型流感病毒分子特性研究

为了研究一株禽源高致病性H7N9亚型流感病毒,分析其变异进化及部分生物学特性,试验以从H7N9亚型流感病毒阳性病死鸡的肺脏组织中提取的总RNA为模板,利用特异性引物扩增出全基因序列,分析其核苷酸和氨基酸序列,利用同源建模在线服务软件SWISS-MODEL对突变位点附近的氨基酸序列空间结构进行研究。结果表明:PCR扩增出H7N9亚型流感病毒8个基因片段,即HA、NA、PA、PB1、PB2、NP、NS、M,这8个基因片段均与A/Chicken/Heinan/ZZ01/2017(H7N9)的相应片段具有较高的同源性; HA的第135,226位和NA第401,429位氨基酸存在突变;除A135V突变外,L226Q、A401T、K429R突变均能导致受体结合位点或唾液酸结合位点体积的改变。说明根据基因同源性分析结果,黑龙江省的H7N9流感疫情可能是从中国中部地区传播而来;根据受体结合位点的分析结果,L226Q、A401T和K429R突变可能影响病毒与宿主细胞间的相互作用。     

鸡GNAS基因启动子突变及其与肤色性状的相关性

为研究鸡GNAS基因突变情况及其对乌骨鸡肤色的影响,本试验选择东乡绿壳蛋鸡样本,采用PCRRFLP和DNA测序方法,筛查肤色相关的GNAS突变位点;采用荧光定量PCR方法,检测EDN3、MC1R、GNAS、ADCY3基因的表达量;本试验还对3个鸡种进行了突变检测。结果显示,在家鸡20号染色体的11 167 660碱基位置存在T/C突变,该T2270C突变点是GNAS基因启动子的关键位点。PCR产物经DraI酶切电泳后,CC纯合基因型出现一条342bp的条带;TC杂合基因型出现171和342bp两条带;TT隐性纯合基因型出现一条171bp的条带。3种基因型的肤色L值差异极显著(P0.01),CC基因型的L值最小,表现为肤色最深;TT基因型的L值最大,表现为肤色浅白。EDN3基因的表达量以CC基因型最高,TT基因型最低,3种基因型间差异极显著(P0.01)。MC1R、GNAS和ADCY3基因的表达量以CC基因型最高,但基因型间的表达差异均不显著(P0.05);GNAS与上游MC1R基因的表达量无显著相关性,而与下游ADCY3基因的表达量极显著相关(P0.01)。江山乌骨鸡、伊莎蛋鸡、东乡×伊莎测交组合鸡的突变分型结果符合理论值(P0.05)。本研究表明,鸡GNAS基因启动子T2270C突变与肤色性状强相关,突变检测可辅助用于乌骨鸡的肤色分型育种。     

太行鸡MC1R基因的克隆测序、表达及生物信息学分析

为研究影响太行鸡不同羽色性状的重要候选基因MC1R的表达及生物信息学特性,试验以太行鸡麻、白两种羽色为研究对象,采用PCR克隆、实时荧光定量PCR技术和生物信息学分析进行探讨。测序结果显示:太行鸡MC1R基因CDS序列为945 bp,编码蛋白为314个氨基酸;蛋白理化性质分析发现,MC1R蛋白存在7个跨膜区,为跨膜受体;CDS区序列比对发现,太行鸡MC1R基因存在c.637CT的突变,突变造成编码氨基酸mRNA二级结构和编码蛋白空间结构发生改变;实时荧光定量PCR检测发现,太行鸡麻羽品系毛囊中MC1R的表达量极显著高于白羽品系(P0.01)。研究结果表明:MC1R基因的c.637CT突变显著影响太行鸡的羽色,可以作为太行鸡羽色选育的候选分子标记。     

鸡传染性支气管炎病毒HQ P_(10)毒株非编码区序列分析

研究旨在探讨鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异情况,为鸡传染性支气管炎的防控提供基础数据。通过对IBV HQ毒株第10代鸡胚培养病毒的5′端非编码区(5′UTR)和3′UTR序列进行c DNA末端快速扩增(RACE)和序列分析。结果表明:HQ P10的5′UTR长度为525 nt,相较于Beaudette毒株,序列中发生4个位点的碱基缺失突变,1个位点的碱基插入突变,导致其SL1-SL4茎环结构有所改变,与参考毒株的相应序列同源性在94%~99%之间;而3′UTR长度为363 nt,与参考毒株相应序列的同源性在45%~98%之间,与H120的同源性在93.3%,而与H52株、M41株的同源性则较低,分别为46.4%和45.9%。UTR对病毒RNA的合成具有重要作用,HQ P10毒株UTR中的突变对病毒复制效率的影响还有待进一步研究。     

鸡传染性支气管炎病毒HN99株S1基因的克隆与序列测定

根据基因库中收录的鸡传染性支气管炎病毒 (IBV)S1基因的序列 ,设计了一对引物并采用RT -PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒HN99株的S1基因 ,扩增产物进行了克隆、测序 ,获得了IBVHN99株S1基因片段 ,其大小为1 739bp(含前导序列 ) ,其核苷酸序列与H1 2 0、H52、M41、Gray、Holte的S1基因核苷酸序列同源性较低 ,分别为 79.1 %,79.2 %,77.3%,77.8%,79 .4%,有大量的点突变并伴有基因插入和缺失 ;IBVHN99株的S1基因推导的氨基酸与H1 2 0、H52、M41、Gray、Holte株氨基酸的同源性分别为80 .1 %,79.9%,79.5%,78.5%,78.5%,经S1基因系统进化分析 ,提示IBVHN99株与其它各毒株的亲缘关系较远 ,初步证实IBVHN99株为一新的IBV毒株     

水貂黑素皮质素受体-4基因部分序列的克隆测序

对水貂黑素皮质素受体-4(MC4R)基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展水貂MC4R基因与其肥胖性状的相关分析及基因定位等研究提供理论基础。首先采用特定引物对水貂MC4R基因进行PCR扩增、克隆和测序,然后用DNAMAN软件拼接MC4R基因全序列,并进行序列的同源性分析。试验获得水貂MC4R基因序列816 bp。水貂MC4R基因序列与同一种属的水獭的同源性最高,达96%,而与犬、狐、大熊猫、河马、野猪、山羊、人及小鼠这些哺乳动物的同源性在89%～95%之间,另外,与贝加尔湖海豹和加州海狮的同源性也较高,均为94%。本研究成功克隆了水貂的MC4R基因,结果表明,其在物种间具有较高的保守性。     

广西麻鸡CYP19A1基因的克隆、序列分析和组织表达谱研究

为了克隆和分析广西麻鸡CYP19A1基因的编码区序列和产蛋期CYP19A1在各组织中的表达谱,根据Gen Bank已公布的鸡CYP19A1基因序列,设计特异性引物,从广西麻鸡卵巢PCR扩增CYP19A1基因编码区序列,将其克隆至p MD-18T载体,测序获得CYP19A1基因全序并对其进行序列分析。设计定量引物,对卵巢、睾丸和子宫等16个组织CYP19A1的表达谱进行了分析。结果表明:广西麻鸡CYP19A1基因的编码区长度为1 509 bp,共编码502个氨基酸。与参考序列相比,存在两处同义突变,一处错义突变(天冬氨酸突变为谷氨酸);物种间的同源性分析显示,广西麻鸡CYP19A1基因与鸡(Gallus gallus)、牛(Bos taurus)、马(Equus caballus)、人(Homo sapiens)、猕猴(Macaca muiatta)、小鼠(Mus musculus)、猪(Sus scrofa)的序列同源性分别为99.8%、72.5%、84.3%、84.4%、97.4%、81.5%、80.3%;进化树分析显示,广西麻鸡与鸡亲缘关系最近,与猪的亲缘关系最远。产蛋期CYP19A1的表达谱显示,CYP19A1在产蛋期特异在卵巢中表达,在其他组织中的表达量极低或不表达。结果为进一步研究鸡CYP19A1基因对鸡产蛋性能的影响奠定了基础。     

绵羊MC4R基因的半定量RT-PCR及生物信息学分析

本研究旨在对绵羊MC4R基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛MC4R基因序列设计引物,采用PCR技术克隆绵羊MC4R基因序列,并利用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;同时对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆的绵羊MC4R基因全长1 919 bp,含有999 bp的完整CDS编码区,编码332个氨基酸。其CDS编码区的核苷酸序列与牛、人、猪、大鼠、小鼠MC4R基因对应序列的同源性分别为95.2%、68.8%、82.7%、76.6%、77.1%,预测的氨基酸序列同源性分别为97.0%、92.8%、93.7%、92.2%、91.6%。组织表达谱分析表明MC4R基因在各组织均不同程度的表达,其中在大脑表达量很高,其他组织较低。生物信息学预测MC4R蛋白功能发现,绵羊的MC4R蛋白存在7个跨膜螺旋结构域,同时预测MC4R存在10个磷酸化位点和1个特异性蛋白激酶磷酸化位点。结果表明,MC4R是一个非常保守的蛋白,在绵羊的生长发育中起着重要作用。     

鹌鹑MC3R基因多态性与体重关系的研究

以MC3R基因为候选基因,根据鸡的MC3R基因序列(GenBank登录号:AB017137)在编码区设计2对引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测该基因在蛋用鹌鹑群体中的单核苷酸多态性(SNPs),同时对候选基因与鹌鹑体重的相关性进行分析。结果表明,鹌鹑MC3R基因在所测序列的27(G→A)和138(C→T)碱基处发生了2个突变,检测到AA、BB、CC、AB、AC、BC6种基因型;A等位基因频率为0.347,B等位基因频率为0.218,C等位基因频率为0.435。方差分析结果显示,MC3R基因型显著影响公、母鹌鹑的体重。因此推测MC3R基因可以作为影响和控制鹌鹑体重的候选基因。     

家鸽及边鸡的MC1R基因片段的克隆及分析

为了研究黑素皮质素受体1(MC1R)基因与家鸡、家鸽羽色的相关关系,根据Gen Bank上原鸡MC1R基因序列,利用在线引物设计软件Primer3(V.0.4.0)在编码区设计1对引物PE,试验以家鸽和边鸡DNA为模板,PCR扩增,测序,分别获得长度为303 bp和335 bp的基因片段。结果表明:家鸽与原鸡MC1R基因核苷酸序列存在10处变异,边鸡与原鸡存在3处变异,其序列相似性分别为95.71%、99.10%。二级结构分析结果表明,家鸽和边鸡α螺旋、β折叠、无规则卷曲所占比例分别为47.92%、31.25%、20.83%,64.80%、21.90%、13.30%,均有2个跨膜区。针对2个物种氨基酸序列同源与变异预测其三级结构,结果表明,MC1R基因可能是表达禽类羽色的主效基因。     

猪MC4R基因突变体真核表达载体的构建及功能研究

为研究MC4R基因不同突变体的功能差异,本研究从猪肌肉组织中克隆得到MC4R基因的编码序列,将克隆片段与pcDNA3.1真核表达载体进行KpnⅠ和EcoRⅠ双酶切,连接形成重组表达载体MC4R1,将载体转染BHK细胞后Western blotting检测蛋白表达。通过点突变法得到MC4R基因在707/892位点的3个突变载体,将突变载体瞬时转染到BHK细胞,采用免疫荧光对细胞进行标记,通过激光共聚焦显微镜和流式细胞检测荧光表达,结果发现,克隆的MC4R1基因序列长度大约1 000bp,在707/892位点序列为G/G,将构建的真核表达载体MC4R1转染BHK细胞,经过Western blotting检测发现MC4R1蛋白正常表达;通过点突变法得到在707/892位点突变的突变载体MC4R2(G/A)、MC4R3(A/G)、MC4R4(A/A),经过激光共聚焦观察荧光表达后发现,突变受体在细胞膜上均有正常表达,流式检测发现4个突变受体表达的荧光平均强度并没有显著差异(P0.05)。通过构建MC4R基因突变载体后发现,707/892位点突变对于MC4R受体在细胞膜的表达没有显著影响,其具体机制作用还需深入研究。     

鸡肉质鲜味特性相关基因的克隆及序列分析

本研究对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因的cDNA进行了克隆,并对序列进行了分析,共发现有6处碱基突变249 G→A(TH)、717 C→G(TH)、985 A→G(TH)仅在泰和乌骨鸡中出现;992 T→C(RW)、1400 C→T(RW)仅在隐性白羽肉鸡中出现;而在泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡中均检测到突变1179 A→C(TH,RW).其中985 A→G(TH)、1400C→T(RW)处突变导致两处氨基酸突变Thr→Ala(305)、Ala→Val(443),其它4处碱基突变均为同义突变.另外对几种脊椎动物Adsl基因核苷酸序列水平、蛋白质水平同源性进行了比较分析.     

鸭脂肪酸结合蛋白基因的克隆和序列多态性分析

根据鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因序列设计1对引物对鸭基因组进行PCR扩增，将扩增出的475bp片段进行克隆和测序，序列分析表明该基因片段包含部分外显子2、3和完整的内含子2序列，与鸡、鹅、猪的A-FABP基因分别有84％、94％和77％的同源性。在此基础上又设计3对引物利用PCR—SSCP方法对获得的序列进行多态性研究。结果引物P3在樱桃谷鸭、山麻鸭等品种中发现4处单碱基突变，分别为：241处“A～T”突变；243处的“T—C”突变；258处的“T—C”突变；299处的“C—T”突变。这些点突变共产生了3种基因型，且基因型分布在各鸭品种间有显著差异。