弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展

作为两栖鱼类的代表,弹涂鱼处于从水生鱼类进化到陆生四肢动物的重要过渡环节。从2012年开始,深圳华大基因研究院与深圳野生动物救护中心、厦门大学等单位合作,共同实施弹涂鱼全基因组测序计划,有关基因组(结合转录组)的第一篇文章已在Nature Communications上发表(2014,5:5594)。本文就弹涂鱼两栖习性的基因组学研究进展进行综述,探讨弹涂鱼适应两栖习性的分子机制,并对以基因组数据为基础的后续研究进行展望,以期为国内外同仁相关基因组学研究提供参考。     

青虾“太湖2号”

正青虾俗称河虾,是我国重要的淡水养殖虾类。2009年,国内外首个淡水虾蟹类新品种——杂交青虾"太湖1号"诞生,但其繁育规模仍受到制约,导致其亲本和苗种难以满足生产需求,屡屡供不应求。青虾"太湖2号"(品种登记号:GS-01-009-2017)是由中国水产科学研究院淡水渔业研究中心、无锡施瑞水产科技有限公司、深圳华大海洋科技有限公司、南京市水产科学研究所和江苏省渔业技     

大弹涂鱼孵化率研究

大弹涂鱼Boleophtalmus Pectinirostris(Linaeus)隶属虾虎鱼亚目、弹涂鱼科,我国主要产于福建、台湾、广东、浙江沿海,是一种暖水性广盐性的海洋经济盐类,栖息于底质为淤泥的低潮区或河口滩涂。关于大弹涂鱼人工繁殖、孵化和仔鱼等早期生活史曾有报导。厦门大学海洋系于1986年进行大弹涂鱼人工育苗研究,但对大弹涂鱼孵化率专题研究迄今尚未见到报道。本文研究了大弹涂鱼孵化密度,受精卵在不同环境条件下的孵化率,为今后大规模人工繁殖提供参考。     

大弹涂鱼育苗及规范化养殖通过现场验收

福建省沿海大弹涂鱼养殖面积已达5万亩，但目前苗种仍依赖天然苗，不能满足养殖发展的需求，而且严重破坏了大弹涂鱼自然资源；成鱼养殖缺乏科学管理，年产量低。为了大弹涂鱼养殖业的可持续发展，福建省霞浦县水产技术推广站和厦门大学海洋与环境学院等单位承担了福建省重大科技项目“大弹涂鱼生产性育苗技术及     

海洋浮游藻与巨型细菌大规模互换基因

<正>法国国家科研中心近日发现,一种名为"海洋浮游藻"的微藻会与一种巨型细菌交换基因,从而获取新的机能。这种名为"EhV"的巨型细菌呈20面体结构,研究人员将它与海洋浮游藻的基因组序列进行对比发现,     

国内顶级水产基因科技产业项目落户镇江新区

<正>我国国家基因库组建及运营者深圳华大基因研究院与新区携手,共同建立华大(镇江)水产科技产业园。国家基因库集生物资源样本库、生物信息数据库和生物资源信息网络为一体,通过建立高水平的生物资源样本库、高效的生物信息数据处理、存储与管理系统以及覆盖广泛的联盟网络,有效保护、合理开发和利用生物资源及基因数据资源。华大(镇江)水产科技产业园项目一期总投资1亿元,注册资本2000万元,将在新     

大弹涂鱼TLR基因分子进化研究及其在鳗弧菌胁迫后的表达分析

大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)是一种生活在潮间带的淤泥滩和红树林等两栖环境中的鱼类,其免疫系统面临比水生生活更大的选择压力。Toll样受体基因(简称TLR)是重要的先天免疫成员,一直是鱼类分子免疫学的研究热点之一。为了探究大弹涂鱼TLR基因是否因为其独特的生活环境而产生适应性进化以及其TLR基因在受到细菌攻击后的免疫应答模式,本研究从大弹涂鱼皮肤转录组中获得了TLR5, TLR8和TLR9完整序列以及TLR3和TLR7部分序列,采用分子生物信息学对大弹涂鱼TLR5, TLR8和TLR9基因序列以及氨基酸序列进行了分析,并根据所构建的系统发育树对5个TLR基因进行了分子进化分析,采用荧光定量PCR方法对大弹涂鱼5个TLR基因的组织表达分布和鳗弧菌攻击后5个TLR基因的免疫应答模式开展了研究。结果显示, TLR5基因全长3071 bp,包括长度为2646 bp的编码区,共编码882个氨基酸;TLR8基因全长3175 bp,包括长度为3033 bp的编码区,共编码1011个氨基酸;TLR9基因全长3398 bp,编码区长度为3093 bp,共编码1031个氨基酸。大弹涂鱼3个TLR基因与其他物种的TLR基因结构相似,具有高度保守性。位点模型结果表明,鱼类TLR3, TLR5和TLR8是高度保守的,而TLR7和TLR9在长期进化过程中产生了适应性进化;而进化枝-位点模型结果表明,为了适应更加复杂多变的两栖环境,大弹涂鱼TLR9基因可能产生了适应性进化。大弹涂鱼5个TLR基因在8个健康组织(肠,眼,肾,肝,脑,肌肉,脾和皮肤)中均有表达,在肝脏和脾脏中的表达量较高。在受到鳗弧菌(Vibrio anguillarum)攻击后的免疫表达模式表明了大弹涂鱼5个TLR基因在应对细菌入侵时起到了重要作用。     

基于COⅠ序列的海南岛8个弹涂鱼群体遗传多样性研究

使用线粒体COⅠ基因部分序列作为遗传标记,分析了中国海南岛8个弹涂鱼(Periophthalmus modestus)地理群体的遗传多样性、遗传分化、种群历史动态,以为更好的保护弹涂鱼种质资源提供依据。采集的236尾弹涂鱼样本的COⅠ基因片段序列共检测到59种单倍型,总体单倍型多样性较高(0.861±0.019),核苷酸多样性偏低(0.004 39±0.000 24);基于单倍型的邻接关系树没有呈现与地理群体成谱系的结构;分子方差分析表明,遗传变异主要来自群体内(99.36%);遗传分化指数(F_(st))显示,三亚与临高、东方两个群体存在中等程度遗传分化;群体间基因交流频繁,核苷酸不配对分布和中性检验表明,部分地方群体曾经发生过扩张。海南岛弹涂鱼整体遗传分化程度不高(F_(st)=0.006 37),是一个随机交配的群体,遗传多样性较低,建议加强弹涂鱼资源的保护。     

我国科学家破译东星斑基因组

正近日,海南省海洋与渔业科学院设施渔业工程与技术团队联合海南热带海洋学院热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室、海南大学海洋学院、海南晨海水产有限公司,借助华大海洋技术平台首次成功破译热带地区名贵海水鱼豹纹鳃棘鲈(东星斑)基因组,并绘制了豹纹鳃棘鲈的基因组染色体图谱。据了解,豹纹鳃棘鲈俗称东星斑,因其体色艳丽、肉质细嫩、营养价     

大弹涂鱼白细胞介素-8基因分子进化及不同病原体刺激对其表达的影响

实验从大弹涂鱼皮肤组织转录组中筛选出大弹涂鱼IL-8基因,并分析了其序列特征,构建了系统发生树,评估了IL-8基因在健康个体不同组织中的表达差异,以及在不同病原体刺激下IL-8基因在机体主要免疫器官肝脏和脾脏中的表达情况。结果显示,该基因的开放阅读框由306个碱基组成,编码101个氨基酸残基,包含典型的由18个氨基酸残基组成的信号肽,和1个由62个氨基酸残基组成的SCY结构域,该结构域还包含了4个保守的半胱氨酸残基,分别为Cys-30、Cys-32、Cys-57和Cys-73。大弹涂鱼IL-8氨基酸序列中的受体结合位点基序ELR (Glu-Leu-Arg)被Asn-Ser-His (NSH)取代,系统进化分析表明,纯化选择影响了鱼类该基序的多样性,且IL-8基因在大弹涂鱼乃至硬骨鱼中不可取代。荧光定量实验结果显示,IL-8基因在大弹涂鱼的健康组织中广泛表达,在鳃和脑中表达量最高。细菌和poly(I∶C)注射实验表明,在受到感染后,肝、脾和脑组织中IL-8的表达量均上调,说明IL-8基因在大弹涂鱼肝、脾和脑组织的炎性反应和免疫应答中起到了重要作用,为大弹涂鱼免疫基因的后续研究提供了参考。     

华大锐护首创受控式循环水集装箱养殖 打响养殖界的“房地产革命”,安全环保

<正>昔日,养殖户普遍钟爱大型的露天养殖场。随着时间的推移,人们逐渐发现这种单纯依赖大自然的生产方式背后存在不少隐忧,养殖场受到水源、土地、溶氧、光照等多种自然因素制约,同时养殖废水的排放也大大加重了生态压力。今天,广州华大锐护科技有限公司(以下简称"华大锐护")掀起了一场养殖界的"房地产革命",并以集装箱养殖模式打响     

我国大弹涂鱼增养殖技术的研究和生产概况、存在问题及其对策

目前,影响我国大弹涂鱼养殖发展的主要问题有4个方面,即苗种、饵料、越冬技术和市场等.对策是:重视资源增殖保护,加强技术研究和强化管理.今后大弹涂鱼养殖业的发展方向是实现"五个化":种苗生产批量化,养殖生产规模集约化,生产、加工、科研一体化,投资经营主体多样化,流通、营销(国内外)贸易化.其发展途径有5个方面:运用法律法规,保护大弹涂鱼的天然资源;开展规模化养殖,提高集约化程度;倡导健康养殖和生态养殖;加大科研投入,增加科技储备;加强深加工研究,增强(国内外)贸易能力.     

海洋

<正>深圳:推进"十个一"工程打造全球海洋中心城市近日从深圳市规划和自然资源局获悉,深圳正全力推进"十个一"工程建设,着力打造全球海洋中心城市。"十个一"建设工程包括:一所国际化综合性海洋大学、一个海洋科学研究院、一个全球海洋智库、一个深远海综合保障基地、一个国际金枪鱼交易中心、一个以"中国海工"为代表的海     

中国海洋经济博览会今年将在深圳举办

<正>日前,广东省自然资源厅发布消息称,今年10月,中国海洋经济博览会将在深圳举办。根据《自然资源部关于同意深圳市作为中国海洋经济博览会举办城市的函》,深圳将成为2018年后海博会的举办城市。自然资源部将与广东省共同把海博会打造成"高质量、高水平、有广泛影响力"的展会,助推海洋经济高质量发展。据了解,海博会被誉为"中国海洋第一展",自2012年     

闽东发展大弹涂鱼养殖

2003年8月26日由福建省海洋与渔业局渔业处主持,在福鼎市召开了“福建省大弹涂鱼养殖现场会议”,邀请厦门大学海洋系张其永、洪万树专家与会指导。前往福鼎市秦屿镇东埕村养殖大户叶乐敏大弹涂鱼养殖现场参观后,洪万树教授在会上作了“大弹涂鱼生物学及养殖”报告。目前宁德地区大弹涂鱼养殖已发展到14,000亩,其中霞浦8,000亩,福鼎5,000多亩,宁德市蕉城区800多亩,福安市100多亩,已形成福鼎秦屿、硖门、前岐、霞浦州洋、沙江、下浒、长春、蕉城漳湾等连片上千亩的规模养殖基地,鲜活鱼年产量     

高盐胁迫下大弹涂鱼MHC Iα基因对病毒拟似物poly(I:C)的免疫反应

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)是一类编码细胞表面糖蛋白的基因,在所有硬骨鱼的适应性免疫系统中起着至关重要的作用,而关于 MHC 基因的研究一直是鱼类分子免疫学和鱼类抗病辅助育种的研究热点之一。本研究首次分析了大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris) MHC Iα基因的 cDNA 序列特征,构建了系统发生树,评估了大弹涂鱼 MHC Iα基因 mRNA在健康个体不同组织中的表达差异,研究了注射病毒拟似物 poly(I:C)后 MHC Iα基因在机体主要免疫器官肝和脾的表达情况。结果显示,大弹涂鱼 MHC Iα基因具有由1101 个碱基组成的开放阅读框(ORF),共编码 366 个氨基酸残基,具有 3 个蛋白激酶 C-磷酸化位点、1 个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和 1 个 N-糖基化位点。系统发育分析显示与大弹涂鱼 MHC Iα基因亲缘关系最密切的是河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)。RT-PCR 分析显示, MHC Iα基因 mRNA 在不同组织中均有表达,其中肾和脾组织中表达量最高,鳃和肠组织中表达次之。大弹涂鱼在腹腔注射 poly(I:C)后,肝和脾组织中 mRNA 表达量明显上升,在12 h 时, MHC Iα基因 mRNA 表达量在肝和脾中均达到峰值。本研究结果表明, MHC Iα基因参与了大弹涂鱼在高盐胁迫下的免疫应答。     

大弹涂鱼人工育苗验收会在厦门大学召开

厦门大学海洋系在厦门市水产研究所的协作下，于1986年5月开始进行大弹涂鱼人工育苗研究。     

深圳罗芳小学 向孩子播种海洋环保梦

正一所海洋主题的小学!听起来很新鲜,这就是深圳罗湖的罗芳小学。"保护我们的地球,从海洋开始;关爱地球,保护海洋……"正如网络上这些流行的标语所言,保护地球,海洋的保护要放在第一位。"当环保上升为一种社会共识,我们的基础教育是否可以从海洋开始?"2018年新学期伊始,罗芳小学校园也迎来了崭新的面貌。800多平方米的校园     

海洋

<正>深圳合作共建首个海洋高等学府科研机构近日,深圳市大鹏新区与广东海洋大学签订全面战略合作协议,双方将合作共建广东海洋大学深圳研究院,填补深圳没有海洋高等学府科研机构的空白。据悉,广东海洋大学深圳研究院下设海洋生物研究所、海洋资源综合利用研究所、海洋生态保护研究所、海洋能源与设备研究所、珊瑚保育中心等5个部门,拥有多项国内领先或独有的优势项目。例如,通过珊瑚礁生物复合底播技术建设国内首个海底多营养级生态牧场,可以形成鱼群风暴等景观供游客们观赏。建成以海洋为主题,集创客研发、孵化、中试、科技     

科技下海 深圳海洋产业迈向“新蓝”

<正>近日,深圳正式公布《深圳出台海洋产业发展规划(2013-2020年)》(以下简称"规划")。规划明确提出,按照重点突破原则,深圳将有取有舍,集中力量发展基础条件较好、技术条件成熟、成长潜力大、产业关联度高的海洋产业领域;引导电子信息、生物等现有优势产业向海洋领域拓展延伸,构建具有较强国际竞争力的优势现代海洋产业群。培育海水淡化、天然气水合物(可燃冰)、深海矿产、海藻生物质能等海洋资源利用产业。