云南小麦地方品种及铁壳麦遗传多样性比较分析*

 为了给云南省小麦新品种选育以及物种保护研究提供依据,选用20对SSR引物对37份云南铁壳麦和35份云南地方小麦品种的遗传多样性进行比较研究。结果表明：在20个SSR标记位点上共检测到54个等位变异,每一位点检测到的等位变异数目为1~5个,平均2.7个。综合Neis基因多样性指数和Shannon多样性指数两个指标分析结果表明,云南铁壳麦品种遗传多样性水平较低。根据SSR标记数据计算云南小麦品种间的遗传距离,其结果表明云南地方小麦品种具有更高的遗传多样性。从UPGMA法可将72个品种分为3个类群,聚类结果表明同一地方的品种没有整齐地聚为一类。     

陕西省水稻种质资源的遗传多样性分析和指纹图谱构建

对陕西省40份大田推广品种及其亲本和100份省水稻区域试验材料进行遗传多样性分析。结果表明,从陕西省40份大田推广品种及其亲本共检测到160个等位基因,平均每个标记检测到6个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量为0.29～0.97,平均为0.64。聚类分析表明,40份大田推广品种及其亲本的遗传相似系数为0.55～0.97。100份陕西省水稻区域试验材料中,72个晚熟水稻材料的遗传相似系数为0.43～0.91,平均为0.67。28个中早熟水稻材料的遗传相似系数为0.56～0.87。     

云南水稻种质资源的遗传多样性及群体结构分析

利用SSR分子标记对覆盖云南16个州(市)的908份水稻种质资源进行遗传多样性及群体结构分析。结果表明,22对SSR标记共检测到193个等位基因,每对标记的等位基因数为4～18,平均8.78;主要等位基因的频率为0.204 8～0.794 1,平均0.380 3;基因多样性指数为0.347 7～0.887 6,平均0.730 7;多态信息含量为0.320 2～0.877 7,平均0.698 6。以地理来源进行分类并分析其遗传多样性,结果表明,云南水稻种质资源在不同州(市)间的遗传差异较大,其中普洱市水稻种质资源的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性及Shannon’s指数最高,而迪庆州和楚雄州相对较低,说明普洱市水稻种质资源的遗传多样性最丰富,而迪庆州和楚雄州相对较低;遗传距离和遗传一致度分析表明,普洱市与西双版纳州水稻种质资源的遗传距离最小、遗传一致度较高,亲缘关系最近,而昆明市与楚雄州水稻种质资源的遗传距离最大、遗传一致度较低,亲缘关系最远。遗传分化分析显示,908份水稻种质资源的遗传变异主要来源于种质内个体间,且种质间的基因流为2.838 8,该值大于1,说明云南水稻种质资源间存在频繁的基因交流现象;NJ聚类分析、PCA主成分分析及Sturcture群体遗传结构分析均将供试材料分为2大类群,其中NJ聚类分析和PCA分析又在2大类群的基础上分为4个亚群,908份云南水稻种质资源并没有按照地理来源进行聚类,交错分布于各个类群中。表明云南水稻种质资源具有极其丰富的遗传多样性,且不同州(市)水稻种质资源的遗传差异较大,将为今后水稻新品种选育提供宝贵的资源材料。     

籽粒苋种质资源遗传多样性的SSR分析

为了解籽粒苋种质资源遗传多样性,本试验利用30对SSR引物对18份籽粒苋种质进行初步分析.结果表明:筛选出的21对S S R引物可扩增出清晰条带.试验共扩增出90个等位基因位点,其中81个为多态性位点,多态位点百分率(PPB)为90.00％.有效等位基因数(Ne)的变化范围在1.1892～1.9942之间;期望杂合度(...     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

原、异位保存普通野生稻种质资源的遗传多样性比较研究

 为了明确我国异位保存的普通野生稻是否能够代表原居群遗传多样性的完整性，利用SSR（简单序列重复）方法对江西省东乡县庵家山和水桃树2个普通野生稻居群的原、异位群体进行了遗传多样性比较研究。结果表明，庵家山居群原、异位保存群体的遗传多样性指数分别为0.5000和0.3555,异位保存群体的遗传多样性只有原位保存群体的71.1%，并且异位保存材料在聚类图中聚集在一起，仅为原位保护材料聚类图中的一个分支；虽然水桃树居群原、异位群体的遗传多样性指数分别为0.4100和0.4577,相差较小，并且原、异位保存材料在聚类图中混合聚类，似乎异位保存群体能够代表原居群的遗传多样性，但异位保存的14份材料在聚类图中有6份相邻的材料聚集在一起，说明异位保存取样时没有考虑野生稻植株的空间分布，属于重复取样，重复取样的比率高达42.9%。将2个分布点原、异位材料合并进行遗传多样性研究，结果与庵家山分布点的研究结果基本一致。据此推测我国保存的普通野生稻资源所包含的遗传变异相对较少，重复频率较高。建议进行普通野生稻遗传资源的再收集，并对已保存的野生稻种质资源进行全面鉴定，剔出重复样品。     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

谷子种质资源遗传多样性研究

利用谷子基因组序列开发出SSR引物205对,其中171对可以稳定扩增出目的条带,149对有多态性。利用30个多态性SSR标记对41份谷子种质资源进行遗传多样性分析,共检测出291个等位变异,平均每个位点9.7个。谷子地方品种基因多样性指数平均为0.7907,育成品种基因多样性指数平均为0.7571。对41个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.164时聚为6组,与生态型基本一致。     

SSR荧光标记毛细管电泳分析16个博落回种质资源的遗传多样性

为分析我国13个省份博落回种质资源的遗传多样性,明确其亲缘关系和遗传差异。利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对16份博落回种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：16个博落回种质资源多态信息含量(PIC)值的变化范围为0.375～0.687,遗传相似系数范围为0.071 4～0.714 2。聚类分析结果显示,在相似系数0.3处可将16份博落回种质资源分为3个大类群,第Ⅰ大类有7份种质资源,第Ⅱ大类有1份种质资源,第Ⅲ大类有8份种质资源。此外,构建了16份博落回种质资源的DNA指纹图谱数据库,开发了相对应的指纹图谱。研究结果可为博落回种质资源的分类鉴定、遗传多样性分析和品种选育提供可用的分子标记以及参考依据。     

品种多样性种植对水稻茎秆化学成分的影响*

 选择一种高秆优质稻品种黄壳糯和一种粳稻品种合系41,应用水稻多样性混合间栽技术,分别在净栽和混合间栽模式中测定水稻基部茎秆葡萄糖、纤维素、木质素的含量,并结合稻瘟病的发生程度说明混合间栽对抗倒伏的影响。结果表明,无论是糯稻还是粳稻,基部茎秆化学物质的含量混合间栽比净栽的高。与抗倒伏率和发病率的相关分析表明,葡萄糖,纤维素,木质素的含量与抗倒伏率呈正相关性,与发病率呈负相关性,且相关系数最大的均为木质素含量,表明木质素含量在这3种化学物质含量中对抗倒伏方面的贡献最大。     

香稻品种的遗传多样性研究

 【目的】研究香稻品种的遗传多样性。【方法】利用分布于12条水稻染色体上的60个SSR引物和22个水稻功能基因标记检测了32个香稻品种的遗传多样性。【结果】60对SSR引物共检测出188个等位基因,其中有效等位基因数126个。每对引物等位基因数在2～6之间,平均为3.13个。多态性信息含量（PIC）变幅为0.116～0.744,平均为0.467±0.175。32个品种间的遗传相似系数在0.51～0.96之间,平均为0.697。聚类分析将32个香稻品种在遗传相似系数0.58处分为籼、粳两类,分类结果与品种系谱分析比较吻合。【结论】SSR分子标记在香稻品种遗传多样性分析和育种应用方面具有重要价值。功能基因标记检测表明,部分功能基因在所研究材料中不存在等位变异。而存在等位变异的功能基因标记则表明不同产地来源、不同生态类型的香稻品种具有不同的等位基因。抗稻瘟病基因标记检测出宜香B、香恢1号和丝苗香3个品种同时含有两个抗稻瘟病等位基因,为香稻抗性育种提供了材料基础。     

微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析

从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2～8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1～5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0～0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0～1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段     

利用SSR标记进行粳稻品种的遗传多样性研究

水稻育成品种遗传基础的宽窄及品种间遗传距离的大小是品种能否在当地有效推广种植的关键因素。为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择,选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的18个粳稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,选取的30对SSR引物有28对具有多态性,多态性位点百分率为93%。这些多态性引物在18个材料中共扩增出144条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均5.14/位点。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将18份材料分为4个类群,同一生态型的稻种基本聚为一类,部分不同生态型的稻种聚在一起,说明这几个品种之间有了一定的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。育种亲本的选择不能单单考虑生态型。     

云南地方香稻与非香稻遗传多样性比较

[目的]比较云南地方香稻品种与非香稻地方栽培品种的遗传多样性。[方法]利用分布于水稻12条染色体上的64对SSR引物检测云南的10个香稻品种、45个非香稻地方栽培品种。[结果]在云南香稻资源中,每对引物检测到的等位基因数为2-12个,平均每个位点的等位基因数为5.44个,平均基因多样性（Hs）和平均多态信息含量（PIC）分别为0.46和0.43;而在云南非香稻栽培品种中,每对引物检测到等位基因数2-17个,平均每个位点的等位基因数为7.98个,平均基因多样性（Hs）和平均多态信息含量（PIC）为0.67和0.58。[结论]云南非香地方栽培稻资源比香稻资源具有更为丰富的遗传多样性。     

基于SSR标记的49个大白菜自交系遗传多样性分析

利用扩增条带清晰且覆盖白菜10个连锁群的33个SSR标记分析了49个大白菜自交系的遗传多样性。结果表明,22对引物在供试材料间表现多态,11对引物表现单态扩增,多态引物频率达到66.7%,其中A1、A3、A8和A9连锁群上多态引物比例相对较高。多态引物共扩增出68个等位变异,每个位点2~8个,平均3.09个;不同引物的多态性信息含量0.05~0.88,平均0.48;品种间的遗传距离变异为0~0.93,所有成对遗传距离的平均值为0.51,UPGMA聚类结果与品种间亲缘关系及其农艺特征有较好的一致性。     

江西柑橘地方品种资源及野生近缘种SSR分子标记

利用SSR分子标记方法研究了63个江西柑橘地方品种资源及野生近缘种的遗传多样性,用30对SSR引物,检测到374条等位基因,平均每对引物检测到等位基因3～28个,平均12．47个,平均信息量为0．805。用UPGMA方法可将63个试材划分为8个类群．聚类结果可以推断出崇义野生橘可能是江西柑橘的始祖,井冈野生橙可能是橘类和橙类的杂交种。     

用SSR标记比较亚洲栽培稻与普通野生稻的遗传多样性

 用 30对SSR引物比较了 5 2份不同生态型的栽培稻和 34份不同省 (区 )的普通野生稻 (简称CWR)的遗传多样性 ,发现在 2 84条多态性带中 ,有栽培稻特异带 15条 (5 .2 % ) ,普通野生稻特异带 117条 (41.2 % ) ,栽培稻与普通野生稻的差异主要来自野生稻。栽培稻和普通野生稻的平均基因多样性分别为 0 .6 7和 0 .9,每一位点在栽培稻中的等位基因平均为 5 .3,而在野生稻中平均为 9.6 ,栽培稻中的等位基因数仅为野生稻的 6 2 % ;野生稻材料间的平均遗传距离为 0 .80 11,远大于栽培稻品种之间的 0 .6 6 0 3,说明野生稻的遗传多样性大于栽培稻。此外 ,籼稻品种与粳稻品种之间的平均遗传距离也明显大于籼、粳亚种内品种间的遗传距离 ,表明籼粳分化是亚洲栽培稻遗传分化的主流。聚类分析结果表明 ,SSR标记既能较好地将栽培稻与野生稻分开 ,又能较好地进行籼粳稻的分类。     

广西非香地方栽培稻与香稻的遗传多样性比较

利用分布于水稻12条染色体上的16对SSR引物,分析24份广西非香地方栽培稻资源和18份广西种植香稻的SSR等位变异、多态信息含量、基因多样性等。结果表明,在广西非香地方栽培稻资源中,每对引物检测到的等位基因数为2~7个,平均每个位点的等位基因数为4.38个,平均多态信息含量(PIC)和平均基因多样性(Hs)分别为0.53和0.60;而在广西种植香稻资源中,每对引物检测到等位基因数2~9个,平均每个位点的等位基因数为3.44个,平均多态信息含量(PIC)和平均基因多样性(Hs)为0.41和0.47。说明广西非香地方栽培稻资源比香稻资源具有更为丰富的遗传多样性。聚类结果表明,广西非香地方栽培稻和香稻资源各自聚为一类,说明二者存在较大的遗传差异。     

湖北省糯稻地方品种SSR遗传多样性研究

为评价湖北糯稻地方品种的遗传多样性,利用36对SSR标记对50份湖北地方糯稻品种进行PCR扩增和遗传多样性分析。结果表明,湖北糯稻地方品种的平均遗传多样性指数为0.710 7,多态信息含量平均为0.686 1,多样性较高。SSR标记聚类分析表明,湖北糯稻地方品种中遗传资源丰富,特别是籼粳糯稻成分互渗的品种,可广泛用于糯稻育种。     

54份甜玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对54份甜玉米自交系进行了遗传多样性分析,从150对引物中筛选出了56对扩增条带清晰、稳定性好的引物.结果表明:56对引物在54份甜玉米自交系中共检测到155个位点的等位基因变异,平均每对引物检测出的等位基因变异为2.77个,变异范围为2～5个,平均多态性信息含量为0.42,变异范围为0.13～0.71.UPGMA聚类结果表明,可将甜玉米自交系划分为三大类,其划分结果与系谱分析基本一致.