采用16S rDNA鉴定甜瓜细菌性叶斑病菌

从甘肃河西、新疆阿勒泰甜瓜上分离获得的2株致病细菌,通过16S rDNA序列测定以及序列同源性比较,结合病原菌落培养性状、菌体形态观察和革兰氏染色反应等,初步确定当地甜瓜细菌性叶斑病菌为丁香假单胞杆菌[Pseudomonas syringae pv.lachrymans (Smith et Bryan) Young et al.]     

甘肃番茄细菌性斑点病病原菌鉴定

采自发病番茄植株上分离获得的菌株,经致病性测定、培养特性、革兰氏染色反应、菌体形态、16S rDNA基因序列分析、生理生化以及寄主范围测定,结果表明:甘肃省张掖市番茄细菌性叶斑病菌为丁香假单胞杆菌番茄致病变种[Pseudomonas syringae pv.tomato(Okabe) Young,Dye&;Wikie],为此病的综合防治提供了依据。     

大白菜细菌性叶斑病病原菌鉴定及其寄主范围的测定

 1988年秋,在北京和内蒙的大白菜上发生一种叶斑病,难以确诊何种病害,从其病叶分离到10个菌株,做了致病性测定,革兰氏染色、菌体形态、培养性状、生理生化反应,DNA的G+C含量测定及血清学反应鉴定,结果证明,这10个菌株均属菊苣假单胞菌Pseudomonas cichorii (Swingle) Stapp 1928。该病菌国内无发生记载,对大白菜危害国内外未曾有过报导,称之大白菜细菌性叶斑病。经人工喷雾接种结果表明,该病菌除危害大白菜和油菜外,还能不同程度地侵染甘蓝、菜花、番茄、青椒、芹菜、莴笋、芥菜、萝卜、黄瓜和菜豆,但不能侵染甜菜。     

番茄细菌性叶斑病菌单克隆抗体的制备与鉴定

用纯培养的番茄细菌性叶斑病菌(Pseudomonas syringae pv.tomato,Pst)免疫B ALB/c小鼠,取免疫好的小鼠脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞融合,采用有限稀释和间接ELISA法,筛选得到了1株稳定分泌Pst单克隆抗体的杂交瘤细胞株Pst 10号,经鉴定其分泌的免疫球蛋白亚类为IgG1型,轻链为...     

海南一品红细菌性叶斑病病原菌的分离与鉴定研究

 为明确海南省近几年发生的一品红细菌性叶部病害的病原菌特别是该病原菌的分子特征,为该病害的治理提供可行的依据,本文描述了2005年海南省部分花圃一品红植株上发生的细菌性叶斑病症状,并通过致病性测定、BIOLOG分析和16SrDNA序列比较将分离的病原菌鉴定为黄单胞菌属(Xanthomonas);部分碳源利用测定进一步显示2005年海南分离的菌株与2004年海南报道的细菌性疫病病原菌存在差异,但与杭州地区报道的一品红细菌性叶斑病菌基本一致。利用黄单胞菌模式种典型菌株的核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列构建系统发育树,结果显示3个海南菌株与巴豆黄单胞菌(Xanthomonas codiaei)和地毯草黄单胞菌(X.axonopodis)单独聚合成群,其中与巴豆黄单胞菌亲缘关系最近。     

甘肃省西瓜细菌性果斑病的诊断

对从甘肃采集到的疑似西瓜果斑病的病瓜及种子中分离获得的菌株,通过形态学特征、革兰氏染色、致病性测定以及利用美国Agdia公司的专化型免疫凝聚试剂条测定和16S rDNA分子生物学方法进行了诊断鉴定,结果表明,该菌株符合燕麦噬酸菌西瓜亚种(Acidovorax avenae subsp. citrulli)的特性,因此,确定甘肃省已发生西瓜果斑病,结果为甘肃省有效控制此病提供了依据。     

中华常春藤细菌性叶斑病病原菌的鉴定

 2015年春季在昆明市区绿化带种植的中华常春藤上发现一种由细菌侵染而引起的病害,称为中华常春藤细菌性叶斑病。通过发病症状、菌落形态观察、致病性测定、Biolog分析,16S rDNA序列和核糖体DNA内转录间隔区(internal trans-cribed spacer, ITS )序列分析比较,对昆明地区的常春藤叶斑病病原菌及其系统进化关系进行研究。分离病原菌接种中华常春藤叶片完成科赫法则验证,发病初期在叶片表面形成带有黄色叶晕的不规则褐色斑点,后期叶片边缘形成倒V字型坏死并起皱。将菌株CCT1和CCT6测序结果与现有的黄单胞菌菌株的16S rDNA序列和核糖体DNA的ITS序列构建进化树,结果均显示病原菌与野油菜黄单胞菌的序列相似度最大,属于同一支。研究确定该病原菌为野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris)。这是中国首次报道由X. campestris 引起的中华常春藤叶斑病。     

香椿细菌性叶斑病病原菌初步研究

在山东省滨州市和泰安市田间调查,发现香椿上一种新的细菌病害。从采集的病叶上分离到15个细菌菌株,选出其中6个菌株,在自然条件下人工伤口接种香椿,发病症状与自然发病症状一致,从接种发病的病叶上又重新分离到与接种菌株相同的病原细菌,供试6个细菌菌株均为该病的致病菌。经染色反应、生理生化测定及菌体形态和培养性状等比较分析,确认香椿细菌性叶斑病致病菌为油菜黄单胞菌楝树致病变种[Xanthomonas campestris pv.azadirachtae(Desai.Gandhi.Pateletkotas thane 1966)Dye 1978]。     

青海省不同生态区蚕豆根瘤菌16S rDNA分析

为了阐明青海省蚕豆根瘤菌的遗传多样性和亲缘关系,同时为发现和获得新的根瘤菌物种提供资源,采集和分离了青海省不同生态区蚕豆主栽品种青蚕14中的根瘤菌,并对其中分离到的6个菌株(CD1~6)进行16S rDNA鉴定分析。将6株蚕豆根瘤菌的全序列结果与NCBI中已报道的序列进行相似性比对,发现其相似度较高,其中供试菌株CD4与KF008225.1相似度最高,达到98%,其余均在95%到96%之间。6株供试菌分属4个菌属,CD1和CD2共属节细菌属,CD3属于分枝杆菌属,CD4和CD5属于快生根瘤菌属,CD6属于中慢生根瘤菌属,表明来自不同地区的蚕豆根瘤菌存在较大差异。聚类分析结果显示,蚕豆根瘤菌的6个菌株分属5个不同系统发育分支,证明青海省不同生态区蚕豆根瘤菌种类多样性较为丰富。     

利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定

克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰（Dendrobiumsp.）叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属（Bacillus）,但不能准确鉴定到种;然后分别利用克隆的gyrA基因和gyrB基因以及其BLAST分析结果构建系统发育树,最终将该菌株确定为枯草芽孢杆菌（B.subtilis）。结果显示利用16S rDNA与gyrA基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌,利用16S rDNA与gyrB基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌及其近缘种。     

Phylogenetic analysis of the citrus Huanglongbing (HLB) bacterium based on the sequences of 16S rDNA and 16S/23S rDNA intergenic regions among isolates in China

Phylogenetic analysis of Chinese isolates of the citrus Huanglongbing (HLB) bacterium based on the 16S rDNA and 16S/23S rDNA intergenic regions sequences was carried out. Nine HLB samples collected from different hosts with different symptoms in seven Chinese provinces, were subjected to PCR for amplifying and sequencing the 16S rDNA. The identity level among Chinese isolates was 98.5% to 100% and was the same with the Indian HLB isolate ‘Poona’ (GenBank accession number: L22532). By contrast, identity values were 97.5% to 97.8% with Candidatus Liberibacter africanus strain ‘Nelspruit’ (L22533), 96.3% to 97.3% with Ca. L. africanus subsp. ‘Capensis’ (AF137368), 95.3% to 96.5% with the Ca. Liberibacter sp. ‘LSg2’ (AY919312), and 94.9% to 96.0% with a strain of Ca. L. americanus from Brazil (São Paulo State; AY742824). A phylogenetic tree constructed with 16S rDNA sequences showed that all Chinese isolates belong to Ca. L. asiaticum. Analysis of the 16S/23S rDNA intergenic region was conducted on 18 HLB-diseased citrus samples with different symptoms, collected in seven provinces. These isolates showed no obvious variation and had an identity level >99.0% with one another. Sequence analysis of 16S/23S rDNA intergenic region and the relative phylogenetic tree showed that the Chinese isolates are very close to Ca. L. asiaticus, and distinct from Ca. L. africanus and Ca. L. americanus. These results suggest that the Chinese HLB isolates belong to the species Candidatus Liberibacter asiaticus. This is the first report on the classification of HLB isolates from China based on molecular investigations.     

基于16S rDNA序列的小贯小绿叶蝉共生细菌多样性研究

利用Illumina HiSeq技术,对赤壁、大悟、武汉、咸安和英山5个茶园小贯小绿叶蝉地理种群的成虫共生细菌16SrDNA-V4变异区进行测序,应用Uparse和RDP Classifier等软件统计和分析样本的物种组成、丰度和多样性。5个地区小贯小绿叶蝉成虫的16SrDNA基因序列文库共获得239 645条有效tags,在97%相似阈值下将其聚类为3 403个OTUs。共注释到41个门,116个纲,197个目,272个科,372个属,105个种。5个样本的共生菌在不同分类水平上的组成有所不同,其中在门水平上,主要优势菌为变形菌门Proteobacteria(相对丰度60.6%~97.1%);在纲水平上,相对丰度排名前5位中共有的优势菌为γ-变形菌纲Gammaproteobacteria和α-变形菌纲Alphaproteobacteria;在属水平上,排名前10位中5个样本共有的优势菌为盐单胞菌属Halomonas、希瓦氏菌属Shewanella和沃尔巴克氏体属Wolbachia。小贯小绿叶蝉成虫细菌的Chao指数、Ace指数、Shannon指数和Simpson指数分别为1 065.55~2 841.89,1 130.76~2 914.90,1.07~8.63和0.18~0.99。茶园小贯小绿叶蝉成虫共生细菌多样性比较丰富,不同地理种群的小贯小绿叶蝉细菌群落结构和多样性有差异。本研究结果为进一步研究细菌对小贯小绿叶蝉种群生物学的影响奠定了基础。     

洛阳核桃黑斑病病原菌鉴定

<正>0引言核桃黑斑病是核桃的三大主要病害之一,发病范围广,危害严重,一般植株受害率70%～90%,果实受害率10%～40%,严重时达65%以上,导致核桃栽培经济效益大幅降低^[1]。核桃黑斑病病菌在病枝、芽鳞和残留的病果等处越冬,从气孔、皮孔、柱头、伤口等处侵入,借雨水、花粉、昆虫传播,可多次侵染^[2]。     

16S nested-PCR技术检测玉米细菌性枯萎病菌

 玉米细菌性枯萎病是玉米上的重要种传病害,病原菌为Pantoea stewartii subsp.stewartii。本研究设计了16S通用引物,扩增该病菌及其近似种的16S rDNA,通过序列测定和分析,针对该病菌设计了特异性引物,采用nested-PCR技术,能够准确地区别该病菌及其近似种,检测的灵敏度在DNA水平上达到10^-3 pg级,检测活菌则达到2 cfu。检测人工污染的玉米种子时,不受种子提取液中其它物质的干扰,灵敏度依然达到2 cfu。     

海南槟榔细菌性叶斑病病原鉴定

In 2008, a severe bacterial disease was observed in Wenchang, Hainan Province. Symptoms consisted of small circular to elongated brown lesions surrounded by yellow halos. All isolates, which formed white colonies, were gram-negative and each had a single, polar, sheathed flagellum. Isolates were oxidase and catalase positive, negative for arginine dihydrolase, gelatin hydrolysis and starch hydrolysis, and acid production from levan. Sequences of the 16S rDNA gene of the isolates shared 98% sequence identity with that of Burkholderia andropogonis strain LMG2129 (GenBank accession No. NR118985). Pathogenicity tests were conducted and fulfilled Koch's postulates, indicating that these isolates are causative agent of the disease. The results led to the conclusion that the causal pathogen of betel palm bacterial leaf spot was B. andropogonis. It is the first report of B. andropogonis causing bacterial leaf spot of betel palm in mainland China.     

西瓜细菌性果斑病菌的16S rDNA序列分析及特异性引物的设计

 利用细菌16S rDNA基因的通用引物对16个供试菌株进行PCR扩增,把扩增产物进行核苷酸序列测定。将获得的序列与GenBank中相关菌株的16S rDNA序列进行同源性分析。以此设计出检测A.a.c的特异性引物,并利用最大简约法构建了16S rDNA系统演化树。系统演化关系分析表明,6~9号供试菌株的16S rDNA序列与A.a.c标准菌株仅有3个位点的差异,其同源性均在99.8%以上,在构建的系统演化树上,它们聚为同一个族群。利用设计的一对特异性引物(BFB64/65),对各供试菌株进行PCR检测,结果只有A.a.c相关菌株产生扩增条带,产物大小与预期一致。     

甘肃省定西市当归“水烂病”病原鉴定及致病性测定

水烂病是甘肃省当归上发生的一种病害.本试验对水烂病病原菌的形态特征、培养特性、生理生化指标进行了测定,同时结合16SrDNA序列测定和相似性比对,发现该病原菌与GenBank数据库已知荧光假单胞杆菌第2生物型(Pseudornonas fluorescens生物型Ⅱ)的序列相似性达99％,其片段大小为1445 bp,编号为ZB1.致病性测定结果表明,该病原菌对‘岷归2号’(新繁品种)致病力最强,‘岷归1号’(主栽品种)次之,对‘朝鲜当归’(引进品种)的致病力最弱.本研究首次报道了荧光假单胞杆菌第2生物型能引起当归水烂病.