1株西藏H5N1亚型禽流感病毒HA和NA基因的遗传进化分析

分析1株西藏H5N1亚型禽流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化特征。利用RT-PCR法对H5亚型抗原阳性流感病毒核酸检测,并分子克隆、核苷酸测序,再利用DNASTAR、MEGA7.0软件进行同源性分析和基因遗传进化分析。经基因遗传进化分析表明,H5N1亚型禽流感病毒和2012年孟加拉国分离株亲缘关系最近,属于同一分支,HA蛋白裂解位点处有较多碱性氨基酸,从分子上表明西藏毒株H5N1是高致病性禽流感病毒。对西藏分离株H5N1亚型禽流感病毒HA和NA基因进行遗传进化分析,为西藏H5亚型禽流感病毒感染防控具有指导意义。     

H5N1禽流感病毒微磁粒捕捉系统和SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

利用禽流感H1N1抗体包被微磁珠制备免疫磁珠,再通过抗原抗体反应得到了含有N1亚型的病毒,然后设计针对H5亚型的特异性引物,同时构建含有H5亚型HA基因部分序列的标准质粒,定量后作为模板,建立了可以检测H5亚型禽流感病毒的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR(RRT-PCR)方法.结果表明,制备的免疫磁珠可以吸附4个血凝单位的H5N1流感病毒和5个血凝单位的H1N1流感病毒,而对H9N2亚型流感病毒无特异性结合,从而可以富集N1亚型的流感病毒.H5亚型RRT-PCR检测灵敏度可达到4.6拷贝/μL,线性范围达5个数量级;特异性强,与NDV和H1、H9亚型禽流感病毒不发生交叉反应.因此,利用该方法可以很好地检测H5N1禽流感病毒.     

2013—2014年H7亚型禽流感病毒遗传进化分析

对2013—2014年15株不同来源的H7亚型禽流感病毒国内分离株进行了基因组测序与遗传进化分析。结果显示,15株H7亚型禽流感病毒具有遗传多样性,可分为2种亚型:13株为H7N9亚型,2株为H7N3亚型。HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示所有H7亚型流感分离株均为低致病性毒株。基因组遗传进化分析显示,13株H7N9亚型禽流感病毒均与2013年人源分离株同源性较高,但具有2种遗传学特性,13株病毒的PB2、PA、HA、NP、NA、M和NS基因高度同源,而PB1基因来源于2个不同分支。2株H7N3亚型流感病毒与国内鸭源分离株同源性较高。15株H7亚型禽流感病毒PB2蛋白均未出现627K、701N等与哺乳动物适应性相关的氨基酸变异。13株H7N9亚型禽流感病毒HA裂解位点附近氨基酸(EIPKGR/GL)与人源H7N9病毒一致,且HA蛋白和M2蛋白分别具有与哺乳动物适应性和金刚烷胺耐药性相关的标志性变异,而2株H7N3亚型禽流感病毒未出现上述氨基酸变异。     

加强监测,从源头控制和根除家禽流感病毒

正我国自1992年家禽中发生H9N2亚型禽流感以来,又先后发生H5和H7亚型禽流感流行,不仅造成严重经济损失,给养殖业带来灾难性打击,而且这些亚型的禽流感病毒可感染部分人群,引发严重的公共卫生事件。虽然我国从家禽中曾分离到很多种亚型的A型流感病毒,但就危害性而言最重要的是H5N1(H5NX)、H7N9和H9N2三个亚型。1 H9N2亚型禽流感流行特点和进化动态H9N2亚型禽流感是我国家禽中存在最广泛、传播最快的禽流感。     

家禽H7N9流感防控

正1病原学禽流感病毒属正粘病毒科甲型流感病毒属,该型病毒颗粒呈多形性,其中球形直径80～120nm,有囊膜,基因组为分节段单股负链RNA。依据其外膜血凝素(H)和神经氨酸酶(N)蛋白抗原性不同,目前可分为16个H亚型(H1～H16)和9个N亚型(N1～N9)。H7N9流感病毒是禽流感病毒的一种亚型。H7N9病毒是新型重配病毒,可能由感染鸭的H7N3禽流感病毒与感染野鸟的H7N9禽     

如何做好禽流感的防控工作

<正>1病原及传播途径禽流感是由正黏病毒科流感病毒属的A型流感病毒引起的一种禽类烈性传染病。禽流感病毒依据其外膜血凝素(H)和神经氨酸酶(N)蛋白抗原性不同,目前分为16个H亚型(H1～H16)和9个N亚型(N1～N9),其中感染人的禽流感病毒亚型主要为H5N1、H7N7和H9N2,而以H5N1的感染最为严重。     

纳米孔测序技术对一份禽流感病毒阳性样品的分子溯源

H5亚型禽流感为人兽共患病,可严重威胁人类和动物健康。直接对样品进行禽流感病毒靶向全基因组测序、系统进化分析,对于揭示禽流感病毒分子特征具有重要作用。本研究采用第三代靶向纳米孔测序技术,对1份禽流感病毒阳性拭子样品进行了全基因组测序。序列鉴定结果显示,病毒为H5N5亚型禽流感病毒,序列覆盖度达96.44%,仅PB1基因约480 bp的序列未被测出;HA蛋白裂解位点含有5个连续的碱性氨基酸,具备高致病性禽流感病毒分子特征,未发现向SAα2-6 Gal受体基因转变的氨基酸突变;HA基因进化分析结果显示,病毒为2.3.4谱系,NA基因为欧亚谱系。本研究采用靶向纳米孔测序技术,成功对灭活禽泄殖腔拭子中的禽流感病毒进行了基因组测序,证实该技术快速、便捷,可直接用于拭子样品的病毒全基因组测序,适用于动物流感病毒的快速分子鉴定与溯源。     

1株黑天鹅源H5N8亚型禽流感病毒遗传演化分析

为分析1株黑天鹅源H5N8亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化特征,对2021年从北京圆明园遗址公园送检的黑天鹅样品中鉴定出的1株H5N8亚型禽流感病毒(A/Wild swan/China/Beijing0201/2021)的全基因组进行扩增、克隆与序列测序,并应用分子生物学软件对其进行遗传演化及关键氨基酸位点分析。结果显示,该H5N8亚型禽流感病毒株属于clade2.3.4.4b进化分支,其PB2、PB1、PA、HA、NA、NP、MP、NS基因均与H5N8亚型AIV的相应基因片段具有较高同源性,且与2020-2021年越南、哈萨克斯坦、俄罗斯、柬埔寨、法国等地的H5N8毒株密切相关。氨基酸位点分析显示,该毒株HA蛋白裂解位点呈现高致病性禽流感病毒的分子特征,且出现S137A、T160A、T192I、S227R氨基酸突变,158位缺失糖基化位点,这些位点的突变均能够增强H5亚型禽流感病毒对人源唾液酸受体结合的能力;该毒株的PB2蛋白、NP蛋白、M1蛋白和NS1蛋白均存在多个可以增强流感病毒在哺乳动物体内的复制能力和致病性的关键氨基酸位点。研究结果可为H5N8亚型禽流感病毒的进化规律研究及...     

如何做好禽流感的防控工作

<正>1病原及传播途径禽流感是由正黏病毒科流感病毒属的A型流感病毒引起的一种禽类烈性传染病。禽流感病毒依据其外膜血凝素(H)和神经氨酸酶(N)蛋白抗原性不同,目前分为16个H亚型(H1～H16)和9个N亚型(N1～N9),其中感染人的禽流感病毒亚型主要为H5N1、H7N7和H9N2,而以H5N1的感染最为严重。     

免疫鸡群H5N1和H9N2亚型禽流感病毒混合感染及H9N2亚型病毒进化分析

本研究分析了免疫鸡群H5N1和H9N2亚型禽流感病毒混合感染中H9N2亚型分离毒株A/chicken/Yuyao/01/2010(H9N2)的基因组特征。氨基酸序列分析显示,HA蛋白裂解位点为PSRSSR/GL,具有低致病性禽流感病毒特征,HA受体结合位点出现了人流感病毒结合位点226L,D基因出现了S31N的突变。遗传分析表明,A/chicken/Yuyao/01/2010病毒的HA基因、NA基因和NS基因在进化上属于CK/BJ/94-Like谱系,D基因和PB2基因属于G1-Like谱系,NP基因、PA基因和PB1基因属于Ck/SH/F/98-Like谱系。结果表明,从H5N1和H9N2亚型混合感染鸡体内分离的H9N2亚型禽流感病毒是一株来源于CK/BJ/94-Like谱系、G1-Like谱系和Ck/SH/F/98-Like谱系的重组病毒。     

信息博览

正中国科学家在H_5N_6禽流感病毒研究中取得突破近日,从中国科学院流感研究与预警中心获悉,在中国科学院院士高福的带领下,科学家们在H_5N_6禽流感病毒起源和进化机制研究取得突破。甲型流感病毒是依据病毒表面的血细胞凝集素(H)和神经氨酸酶(N)来命名,其中H有16个亚型,N有9个亚型。2014年,首次报道人感     

2019—2021年华东地区6株禽源H3亚型流感病毒的遗传进化分析

H3亚型流感病毒在自然界广泛存在,可感染人、猪、马、犬、禽等众多宿主并能发生跨种间传播,危害不容忽视。本研究于2019—2021年在华东地区活禽市场采集表观健康的家禽喉头与泄殖腔棉拭,通过血清学试验鉴定、筛选出6株代表性水禽源H3亚型流感病毒,并经RT-PCR试验确定5株为H3N2亚型、1株为H3N1亚型。进一步对6株分离株进行全基因组测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示：HA蛋白裂解位点处均为PEKQTR/GLF,不存在连续碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合位点处均为禽源特征性的226Q和228S,提示其跨种传播至哺乳动物的潜能较低;内部基因片段来源多样化,与H3N8、H4N6、H5N8、H6N1、H7N7、H0N3等众多亚型禽流感病毒的亲缘关系密切;除JS1018/19和JS1094/19的NS基因属于北美谱系以外,其余均属于欧亚谱系的禽源分支,与犬、马、猪、人等哺乳动物源毒株的亲缘关系较远,提示虽然可能存在不同进化谱系间的基因重组但并未发生从禽到哺乳动物宿主的基因交换。该研究结果丰富了H3亚型禽流感病毒的流行病学数据,为进一步了解我国低致病性禽流感病毒的分...     

谈谈H7N9亚型流感的主要防控措施

<正>禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)属于正黏病毒科流感病毒属,是一种呈球形或杆状、有包膜的单股负链RNA病毒,为A型流感病毒,可分为16个H亚型(H1-H16)和9个N亚型(N1-N9),因此,禽流感病毒可分为HXNX共144种亚型,H7N9亚型流感病毒是其中的一种。目前,国内引起家禽发病的主要是H5N1和H9N2亚型,还没有H7N9     

2株海鸭源H3亚型禽流感病毒全基因组分子特征分析

【目的】了解广西沿海地区水禽H3亚型禽流感病毒的基因组分子特征。【方法】本研究通过RT-PCR一步法分段扩增法,对2020年从广西沿海地区分离到的2株海鸭源H3亚型禽流感病毒A/duck/Guangxi/S11359/2020(H3N1)与A/duck/Guangxi/S11374/2020(H3N8)进行全基因组测序与进化分析。【结果】2株H3亚型禽流感病毒的HA蛋白裂解位点序列均为³⁴⁰PEKQTR↓GLFG³⁴⁹,为低致病性禽流感病毒的分子特征,与受体嗜性关联的第226、228位氨基酸均为Q和T,可能仍主要结合禽类受体;BLAST分析结果显示,本研究H3N1亚型禽流感病毒的M、NP基因及H3N8亚型禽流感病毒的PA基因,与H7亚型禽流感病毒相似性最高,分别为99.5%、98.7%和98.9%,表明H3可能与H7亚型禽流感病毒发生了基因交换;2株H3亚型禽流感病毒与越南、孟加拉国、韩国等周边国家水禽源的H3、H4、H6、H7、H9等亚型相似性较高,可能拥有相同的进化来源;遗传进化分析表明,H3亚型禽流感病毒各基因进化分支均属于欧亚谱系,与...     

北美H7亚型禽流感病毒RT-PCR检测方法的建立

本研究通过分析NCBI数据库中H7亚型禽流感病毒HA基因序列,根据该基因设计引物,建立了针对北美H7亚型禽流感病毒HA基因的一步法RT-PCR检测方法,并对反应条件进行了优化。该方法可特异地检出北美H7亚型禽流感病毒HA基因,而未检出欧亚分支H7亚型禽流感病毒H7N2和H7N9、其他亚型流感病毒(H1N1、H3N2、H5N1、H5N8和H9N2),以及新城疫病毒和鸡传染性支气管炎病毒;检测方法的灵敏度可达0.1 pg/μL。该检测方法的建立为监测北美H7亚型禽流感病毒提供了良好的技术支撑,可用于外来禽流感病毒的检测。     

流感病毒血凝素在宿主特异性转变中的分子基础

流感病毒宿主感染谱很广,除野生鸟类外,还广泛存在于家禽、家畜、野生哺乳动物甚至海生哺乳动物和人类[1]。种系发生研究表明,感染其他物种的所有A型流感病毒都来源于野生鸟类,野生鸟类是迄今发现所有16个HA亚型和9个NA亚型流感病毒的天然宿主[2-3]在一定条件下,流感病毒可在不同物种之间发生直接或间接的相互传播。历史上流感病毒跨越种间屏障的现象屡见不鲜。例如,禽流感病毒长期以来仅在禽间存在与流行,但1918年H1N1亚型病毒导致了“西班牙人流感”;1957年,H2N2亚型病毒酿成“亚洲人流感”;1968年,H3N2亚型病毒导致“香港流感”的蔓延;1977年,H1N1亚型病毒再次导致了“俄罗斯流感”;1997年,香港发生了H5N1亚型禽流感病毒感染并致死人的事件[4];2003年底至2008年4月30日,H5N1亚型禽流感病毒再次于东南亚等国家肆虐,引发382人感染,其中241人死亡的事件。由此,流感病毒跨越种间屏障的现象引起了全球的关注。很多学者对流感病毒跨种间屏障机制的研究给予了高度重视并取得了诸多的研究进展。不同病毒的感染机制表明,当病毒在一个物种群体中经过多次感染,就会受到1次与宿主特性相关的自然选择过程...     

青海启动紧急措施严控禽流感

本刊讯:中国农科院哈尔滨兽医研究所国家禽流感参考实验室负责人孔宪刚博士4月22日宣布,我国科研人员采用国际先进的流感病毒反向基因操作技术,构建出一株与高致病“H5N1亚型”禽流感病毒流行株抗原一致、鸡胚增殖滴度高的低致病禽流感病毒的新型疫苗。这两种疫苗分别是,“H5N1亚型重组禽流感病毒灭活疫苗”和“H5亚型禽流感重组鸡痘病毒载体活疫苗”。孔宪刚博士介绍,科研人员是用重组DNA技术,把“H5N1亚型”禽流感病毒早期分离株的两个基因同源,重组到鸡痘病毒疫苗株的基因组中,从而构建出重组鸡痘病毒。动物试验表明,重组鸡痘疫苗免…     

1株鹅H5N6亚型流感病毒的分离鉴定与遗传进化分析

在散养鹅群中检测到流感病毒,经全基因组测序和遗传进化分析,结果显示该分离株为H5N6亚型流感病毒,其HA基因属于Clade2.3.4.4分支,裂解位点序列符合高致病性禽流感病毒的特性。NP基因与M基因均与人源H5N6亚型同源性最近,提示该分离株可能与人源H5N6亚型流感分离株发生过基因重组,并具有感染人类的潜在风险。对SPF鸡致病性试验结果显示,攻毒组和同居组中的所有鸡均死亡;在肺脏、肝脏、肾脏、脾脏、心脏、脑等组织器官均检测到病毒,表明该分离株对鸡具有高致病性和水平传播能力,这警示应该继续加强对H5N6亚型流感病毒的监视和防控。     

流感病毒受体识别以及流感病毒跨宿主感染的分子机理

近年来禽流感病毒在亚洲流行,使家禽养殖业受到很大冲击。令人担心的是,从东南亚疫情爆发地区还报道了人类感染禽流感病毒的病例,我国湖南等省也有人类感染禽流感病毒。目前疫情虽然已经得到控制,但是H5N1亚型禽流感病毒将长期在亚洲存在。由于流感病毒的自身基因组极易产生变异和亚洲地区家禽业的养殖模式特点,禽流感病毒极有可能进化成可以跨宿主感染的新型流感毒株。本文对流感病毒的受体识别和跨宿主感染的分子机理作一综述,并讨论若出现流感大流行时的药物控制措施。     

H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的序列分析

禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)是正黏病毒科流感病毒属A型流感病毒。禽流感又称真性鸡瘟或欧洲鸡瘟,被国际兽医局(OIE)列为A类传染病。H9N2亚型AIV为低致病性禽流感病毒,虽然毒力较H5N1亚型AIV弱,但自1966年HoMee从患温