我国6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

我国部分地方鸡种血浆蛋白质(酶)多态性分析

采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳和淀粉凝胶电泳法,检测我国12个地方鸡种淀粉酶、酯酶、运铁蛋白及碱性磷酸酶等4种血浆蛋白质(酶)结构基因座的多态性。12个地方鸡种中所测的4个座位均表现出多态。根据检测座位的基因频率,计算群体平均基因杂合度。并用模糊聚类法对所研究的12个地方鸡种进行聚类。结果表明：泰和乌骨鸡和白耳鸡在λ为0．996时首先聚在一起,然后再与狼山鸡、仙居鸡、河南斗鸡、萧山鸡、固始鸡和藏鸡等依次聚为一大类,表明泰和乌骨鸡和白耳鸡有较近的亲缘关系,而北京油鸡与其他鸡种距离较远。     

我国6个地方鸡品种线粒体CO I基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

云南4个地方鸡种PRL外显子5基因多态性研究

[目的]研究云南4个地方鸡种PRL外显子5基因的多态性。[方法]对云南地方鸡种剥隘小种鸡（BA）、大围山微型鸡（DW）、武定鸡（WD）、盐津乌骨鸡（YJ）4个鸡种P地基因第5外显子PCR-SSCP进行检测分析,并采用Progene,Editplus等软件进行数据分析。[结果]PcR-SSCP检测分析发现,PRL外显子5有4个SNP位点,均有多种基因型。在PRL-exon5681、742和816bp处呈现基因多态性,剥隘小种鸡、武定鸡、盐津乌骨鸡有AA、BB和AB3种基因型,大围山微型鸡有AA和AB2种基因型。PRLR-exon5950bp处有1个SNP,4种鸡均有AA、BB和AB3种基因型。[结论]A基因可能是影响繁殖性状的优势基因。     

基于线粒体COⅠ基因狼山鸡和鹿苑鸡DNA条形编码分析

以狼山鸡和鹿苑鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,探讨COⅠ基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡品种方面的可行性和有效性.结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有15个突变位点,共9个单倍型,其中狼山鸡有3个特异单倍型,鹿苑鸡有5个特异单倍型,这为寻找品种鉴定依据奠定了基础;平均单倍型多样度为0.835,平均核昔酸多样度为0.004 19,2个品种间核苷酸分歧度为0.003 89,表明2个地方鸡品种COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性.     

惠阳胡须鸡IGF-Ⅰ和GHRL基因多态性研究

以IGF-Ⅰ和GHRL基因为惠阳胡须鸡生长性状的候选基因,通过测序、酶切等方法对93日龄惠阳胡须鸡IGF-Ⅰ和GHRL基因多态性进行分析,并用GLM模型分析基因型与体质量的关联性。结果表明:IGF-Ⅰ基因在第181位发生碱基突变,A突变为G,属于同义突变,BsmⅠ酶切分析发现,IGF-Ⅰ基因只有1种基因型,表明该位点在胡须鸡保种群中已经纯合;GHRL基因在第124位发生碱基突变,T突变为G,改变了酶切位点,通过pfl MⅠ酶切分析发现,GHRL基因有3种基因型,即AA型、AB型和BB型。统计结果表明,93日龄惠阳胡须鸡3种基因型个体间体质量无显著差异。     

基于线粒体COⅠ基因15个鸡种的DNA编码研究

 【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ）基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种（除藏鸡外）;15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形态学分类基本一致,引进鸡种与地方鸡种分歧较远。【结论】利用线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ（COⅠ）这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定,具有可行性和有效性。     

湖北钉螺CO1基因差异及系统进化

采集9个地域株的湖北钉螺,用CTAB法抽提DNA,PCR法扩增线粒体CO1基因,纯化并测序.PCR扩增获得CO1基因大小约700 bp.将测序结果进行生物信息学分析,并构建系统发生树.结果显示,9个自然隔离株湖北钉螺CO1基因总体差异不大,显示为1个种,支持以往滇川亚种、指名亚种和福建亚种的分类方法.     

日照海蝉DNA条形码及其分子系统进化分析

[目的]研究COI基因区段作为DNA条形码在识别日照海蝉地理群体的可行性和有效性。[方法]以日照海蝉为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体COI基因片段序列,产物双向测序,用Clustal W进行DNA序列比对,用MEGA 6.0软件采用邻接法(Neighbor-Joing,NJ)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建分子系统发育树。[结果]获得大小为658 bp的COI基因,A、T、C、G的平均含量分别为30.24%、36.63%、16.41%、16.72%,其中A+T平均含量(66.87%)明显高于G+C平均含量(33.13%),NJ和MP系统发育树均表明日照海蝉属于蝉蟹总科(Hippoidea)眉足蟹科(Blepharipoda),与形态学的分属结果一致。[结论]采用COI基因序列作为DNA条形码进行海蝉分类鉴定具有一定的可行性。     

贵州部分地方鸡品种血浆淀粉酶的多态性

采用水平板聚丙烯酰胺凝胶电泳法,对贵州、河南、广东、江西部分地方鸡品种及有关外来鸡种共１３个种群１２２５只个体的血分酶的多态性进行了检测。结果显示：在Ａｍｙ－１位点,出现Ａ和Ｂ两条活性带,形成ＡＡ、ＡＢ、ＢＢ３种表型类型。χ＾２检验表明,以ＡＢ型杂合子的频率显著为高,３种表型的分布极显著偏离了Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡比例。贵州小香乌骨鸡只有ＡＢ型,没有ＡＡ型和ＢＢ型。在Ａｍｙ－２位点发现在     

鸡FABP基因多态性研究

采用PCR-RFLP方法对金水乌鸡、武定鸡、湖北红鸡、青脚麻鸡、矮黄鸡和隐性白羽肉鸡6个品种共计360只鸡的FABP基因进行多态性分析,选用HhaⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ、BamHⅠ、EcoRⅠ和PstⅠ6种限制性内切酶对PCR产物进行单酶切,结果发现HhaⅠ-RFLP具有多态性,有AA和AB两种基因型,该基因座频率分布经独立性χ2检验,结果表明,蛋用品种湖北红鸡与其他品种间存在显著或极显著差异,群体中B基因频率占明显优势;矮黄鸡与隐性白羽肉鸡2个肉用品种鸡与其他品种间也存在显著或极显著差异,这2个品种的优势基因为A基因。     

中国部分地方鸡种肌肉氨基酸含量比较

采用高效液相技术对中国肖山鸡,白耳鸡,乌骨鸡,油鸡以及耳鸡＊肖山鸡肖,山鸡＊白耳鸡等７个地方鸡种进行胸肌氨基酸含量的比较研究。结果表明：（１）地方鸡种胸肌中大多数氨基酸含量在品种间差异显著,必须氨基酸,氨基酸总量在品种间差异显著,７个地方鸡种肌肉蛋白质的营养价值乌骨鸡最高。     

3个鸡种A-FABP基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR—RFLP技术(限制性内切酶为TaqⅠ)检测尤溪麻鸡、鹿苑鸡、隐性白羽鸡3个鸡种的脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A—FABP)基因第1和第3外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果表明：在该位点上,3个鸡种的A—FABP基因均存在SNP,外来品种隐性白羽鸡以杂合子cc居多,地方鸡种以cc居多,3个鸡种均含有较高频率的等位基因c,其中以尤溪麻鸡最高,而以隐性白羽鸡最低;对第3外显子扩增片段(375bp)进行回收测序,发现在第3外显子1805位存在SNP,尤溪麻鸡与鹿苑鸡c突变为r,的频率(分别为0．7344、0．7188)明显高于隐性白羽鸡c突变为71的频率(0．5156)。A—FABP第1外显子(85位点)的SNP不影响A—FABP的氨基酸序列变化,而第3外显子(1805位点)的SNP影响A—FABP的氨基酸序列变化,由脯氨酸转变为丝氨酸,说明该多态性可能通过A—FABP基因表达水平而影响鸡的肉质。     

我国部分地方鸡种羽型伴性遗传观察

对我国地方部分地方鸡种泰和鸡,仙居鸡,固始鸡,萧山鸡,油鸡,狼山鸡（Ｎ系）等进行了羽性伴性遗传观察,结果表明,泰和鸡,仙居鸡为快羽型,固始鸡,萧山鸡,油鸡为羽羽型,狼山鸡（Ｎ系）为快慢羽型。这些鸡按快慢伴性遗传配套杂交,Ｆ１代均能自别雌雄。     

江西地方鸡种6种血清酶多态性的研究

采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳法测定了江西４个地方鸡种（泰和乌骨鸡、万载康乐鸡、南城五黑鸡、广丰三黄白耳鸡）的碱性磷酸酶（ＡＫＰ－１，ＡＫＰ－２）、淀粉酶（Ａｍｙ－１，Ａｍｙ－２）、酯酶（ＥＳ－１，ＥＳ－２）等６种血清酶的多态性，结果显示，这４个鸡种在这６个位点上均表现出多态。根据所测位点的基因频率，计算了各品种的平均杂合度和遗传距离，并运用最短距离法进行了聚类分析，结果表明各鸡种间均具有较大的遗传距离。     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

鸡钙蛋白酶Ⅰ基因(CAPN1)多态性与鸡肉嫩度性状的相关性

为了探讨钙蛋白酶l基因(CAPN1)的多态性,并分析其对优良地方鸡种清远麻鸡和国外引进的隐性白羽鸡肌肉剪切力和系水力等性状的遗传效应,采用PCR-SSCP及测序的方法对CAPN1基因的编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)扫描,并使用SAS软件进行最小二乘分析.发现了3个SNPs,分别为外显子5中的T2507C突变和C2546T突变,以及外显子6中的G3535A突变.各基因型与嫩度性状的方差分析结果表明:虽然各基因型在不同品种中表现出的效应存在差异,但趋势一致.结合CAPN1基凶的生理功能和已有的研究结果来看,可在特定的群体中将其作为影响鸡肉嫩度性状的候选基因.     

我国地方鸡种遗传多样性研究进展

中国地方鸡种类繁多,研究地方鸡种的遗传多样性,不仅能加强生物多样性的保护,同时对起源、进化、分类鉴定及遗传育种等都有重要意义.分子生物学技术的快速发展为遗传多样性检测提供了更直接、更精确的方法,即直接通过分析DNA水平的序列变化检测动物遗传多样性,DNA分析方法已成为目前最有效的遗传分析方法,避免了根据表型性推断基因型时可能产生的误差.对近3年来中国鸡种在形态学水平、细胞学水平、蛋白质水平、DNA水平上的遗传多样性研究进行综述,为中国优质地方鸡种的培育和选育工作提供参考.     

我国部分地方鸡种羽性伴性遗传观察

对我国部分地方鸡种泰和鸡、仙居鸡、固始鸡、萧山鸡、油鸡、狼山鸡（Ｎ系）等进行了羽性伴性遗传观察。结果表明,泰和鸡、仙居鸡为快羽型,固始鸡、萧山鸡、油鸡为慢羽型,狼山鸡（Ｎ系）为快慢羽型。这些鸡种按快慢羽伴性遗传配套杂交,Ｆ１代均能自别雌雄。     

中国部分地方鸡种血浆、肌肉磷脂含量比较研究

对我国肖山鸡、白耳鸡、狼山鸡、乌骨鸡、油鸡、白耳鸡(♂)×肖山鸡(♀)、肖山鸡(♂)×白耳鸡(♀)7个地方鸡种进行了血浆、肌肉磷脂含量的比较研究.结果表明:①血浆中磷脂含量由高到低依次为乌骨鸡、狼山鸡、白耳鸡、白耳鸡(♂)×肖山鸡(♀)、肖山鸡、肖山鸡(♂)×白耳鸡(♀)、油鸡,其中乌骨鸡显着高于其它鸡种(P<0.05),狼山鸡、白耳鸡显着高于肖山鸡、肖山鸡(♂)×白耳鸡(♀)、油鸡,白耳鸡(♂)×肖山鸡(♀)显着高于油鸡(P<0.05);②肌肉中磷脂含量由高到低依次为肖山鸡、乌骨鸡、狼山鸡、肖山鸡(♂)×白耳鸡(♀)、白耳鸡、白耳鸡(♂)×肖山鸡(♀)、油鸡,但鸡种间不存在显着性差异(P>0.05);③血浆、肌肉磷脂含量有公鸡高于母鸡的趋势,但差异不显着(P>0.05).血浆、肌肉磷脂含量及12周龄体重相关分析显示,血浆磷脂含量与肌肉磷脂含量呈极显着正相关(P<0.01),血浆磷脂含量与12周龄体重呈显着负相关(P<0.01),而肌肉磷脂含量与12周龄体重相关不显着(P>0.05).