在白色杜洛克×二花脸F2资源家系中定位影响猪210日龄8个体尺性状的QTL

 【目的】通过测量猪体长、体高、管围、胸围、胸宽、胸深、腹围和腿臀围等8个体尺性状,应用全基因组扫描定位影响猪体尺性状的数量性状位点(QTL)。【方法】在210日龄,活体测量白色杜洛克×二花脸资源群体129头F2个体的上述8个体尺性状,利用分布于猪18条常染色体和X染色体上的183个微卫星标记,对这129头F2个体及其父母和祖代亲本进行基因型检测。应用基于最小二乘线性回归分析的复合区间作图法在QTL Express进行在线QTL定位分析,并通过1 000次的Permutation来确定不同显著水平的临界值。【结果】在8条染色体上共检测到19个影响猪体尺性状的QTL,其中位于4和7号染色体上的5个QTL达到基因组1%显著水平,位于2和7号染色体上的2个QTL达基因组5%显著水平,但是没有检测到影响胸深的QTL。【结论】影响猪体尺性状的QTL位点大多数分布于不同染色体区域,QTL所解释的表型方差介于5.23%—41.58%。白色杜洛克和二花脸中均存在增加表型值的有利等位基因。     

在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中定位猪四肢骨骨骼长度和直径QTL

 【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪四肢骨骨骼长度,股骨和肱骨的骨髓腔长度、骨髓腔直径以及股骨骨壁厚度的数量性状位点（QTL）。【方法】在白色杜洛克×二花脸资源群体中测定132头240日龄阉割公猪29类四肢骨骨骼的长度、6类四肢骨骨骼直径以及股骨和肱骨骨壁厚度、骨髓腔长度和骨髓腔直径等表型性状。选择多态信息含量丰富并覆盖猪全基因组19条染色体的183个微卫星标记,采用最小二乘区间定位法进行猪全基因组扫描,定位猪四肢骨骼各性状QTL。【结果】在39个表型性状中定位到14个基因组1%显著水平QTL,14个基因组5%显著水平QTL和47个染色体5%显著水平QTL。除SSC11没有检测到QTL外,其它各染色体都存在影响四肢骨骼QTL。【结论】定位75个影响猪四肢骨骼性状QTL,在SSC7上57～59 cM 发现影响多种骨骼生长的QTL。     

利用全基因组高通量SNP标记定位二花脸×沙子岭家系中的断奶体重QTL

 【目的】利用二花脸×沙子岭家系定位影响仔猪45日龄断奶体重的数量性状位点（quantitative trait loci,QTL）并搜寻QTL区间内与表型相关的位置候选基因,为最终鉴别因果基因奠定前期工作基础。【方法】构建二花脸×沙子岭猪F2资源家系,利用Illumina porcine 60k DNA芯片判定F2个体的基因型,对45日龄断奶体重表型进行全基因组连锁分析,定位影响二花脸×沙子岭家系F2家系仔猪45日龄断奶体重的QTL。在Ensemble（EMBL-EBI）和NCBI（National Center for Biotechnology Information）网站基因组数据库中搜寻相应的位置候选基因。【结果】在猪的2号染色体（sus scrofa chromosome 2,SSC2）上定位到了1个5%基因组水平显著的QTL,在猪的5号染色体（sus scrofa chromosome 5,SSC5）和猪的14号染色体（sus scrofa chromosome 14,SSC14）上分别定位到了1个1%基因组水平显著的QTL。在上述3个QTL区域内搜寻到了5个与仔猪45日龄断奶体重相关的候选基因,分别是SSC2上的CYP2R1、COPB1、PDE3B基因和SSC5上的NOP2、GDF3基因。【结论】本研究将影响二花脸×沙子岭家系仔猪45日龄断奶体重的QTL定位于SSC2、SSC5和SSC14,并揭示出5个与仔猪45日龄断奶体重相关的候选基因。     

苏淮猪肉滴水损失相关候选基因突变位点的鉴别

[目的]本试验旨在鉴别影响苏淮猪肉滴水损失的关键基因及位点,为苏淮猪肉品质选育提供重要分子标记.[方法]屠宰301头苏淮猪(胴体重平均为58.67 kg),测定肌肉滴水损失,分析含有胁迫相关蛋白(SAP)结构域的肌肉增强因子2激活基因(MAMSTR)rs337473375(C>T)位点、抵抗素基因(RETN)rs327...     

猪F2代资源家系的群体结构对QTL定位的影响

 【目的】研究猪F2代资源家系的群体结构对数量性状座位(quantitative trait loci,QTL)定位的影响,为QTL定位群体的构建提供参考。【方法】通过模拟的方法,模拟了18种不同的群体结构,研究F0代(亲本)、F1代和F2代群体大小、F0代和F1代公母比例以及祖代QTL基因频率等6种因素对QTL定位的影响。【结果】随着F2代群体的增大,QTL检测的效率明显提高,加性效应的估计值逐渐偏低,95%置信区间显著减小。造成加性效应降低的主要原因是QTL在两亲本群体中没有纯合。随着F0代母畜比例的增加,QTL 95%置信区间也明显降低;随着祖代QTL基因频率差异的增加,QTL检测的效率和准确性都显著提高。【结论】F2代群体大小、F0代母猪比例和祖代QTL基因频率对QTL定位有显著影响,而F1代的群体大小、F0代的群体大小和F1代公母比例对QTL定位的影响不显著。     

白色杜洛克×二花脸资源群体中屠宰季节对猪肉pH值和肉色的影响

以白色杜洛克×二花脸资源家系冬、夏两季的两批F2屠宰个体为材料,分析比较两个季节组背最长肌、半膜肌pH值和肉色问差异及pH值对肉色影响的差异.结果显示:背最长肌和半膜肌pH值和肉色均受季节的显著影响.冬季组背最长肌45 minpH值显著高于夏季组,而2种肌肉24 hpH值在两组间无差异;夏季组2种肌肉的L*值均显著高于冬季组,a*和b*值显著低于冬季组.2组的2种肌肉pH值与L*值显著中度相关,a*值和b*值与pH值仅在夏季组中呈中度相关.     

全基因组关联分析鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中猪阴囊疝易感基因位点的鉴定

【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系（Trio）群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率< 90%的个体,剔除SNP位点检出率< 90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率< 0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F2资源家系中每个个体的单倍型,并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控,并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT),进行重复验证。【结果】白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38 033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中,共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点,分别位于染色体2、8和17上,最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中,724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析,结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05),其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点,分别位于IQGAP2,CHMP4B,SERINC3,ZNF334 等4个基因内或其上下游。基于单倍型的TDT验证分析发现两个易感单倍型框,其中与基于单点TDT验证分析有重合的仅有SSC17上CHMP4B内及下游的两个易感位点。结合疝气发生机制及TDT分析结果,推测IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的两个重要的位置功能候选基因。【结论】本研究利用基于小样本的GWAS分析和较大样本群验证分析,在SSC2和SSC17上分别鉴别1个和4个阴囊疝易感位点,在SSC17上鉴别到两个易感单倍型。易感位点附近的2个基因IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的位置功能候选基因,值得进一步研究。     

乙酸镁对育肥猪肌肉pH值和滴水损失的影响

选用体重相近的氟烷基因杂合子(HalNHaln)大长猪(大白猪×长白猪)36头随机分为两组,即对照组、乙酸镁组,每组18头。乙酸镁组试猪在屠宰前5 d基础饲粮中添加1 500 mg/kg镁(以乙酸镁形式),对照组饲喂基础日粮,研究屠宰前饲粮中短期添加镁对氟烷基因杂合子猪肉质改善效果。结果表明,在猪屠宰前饲粮中短期添加1 500 mg/kg镁对试验猪的平均日采食量没有明显影响(P>0.05);可以提高肌肉起始pH值,同时还具有降低肌肉的滴水损失的作用(P<0.05)。     

猪10号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)定位

 【目的】检测定位猪10号染色体上影响血常规指标的数量性状位点。【方法】以3个品种(大白猪、长白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头试验猪组成资源群体,在猪10号染色体上共选取13个微卫星标记,采用基于线性混合模型方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测。通过似然比检验,利用置换法确定显著性阈值。【结果】()13个标记在群体中绝大多数的微卫星属于中度多态的遗传标记,所有微卫星标记在3个品种中的平均等位基因数为3.1754,平均杂合度为0.5215,平均多态信息含量为0.5999,平均香浓指数为1.3222。(2)达到了染色体极显著水平的3个QTL(P＜0.01),分别是影响着红细胞压积(HCT)、血红蛋白含量(HGB)和平均红细胞体积(MCV),影响血小板总数(PLT)的QTL也达到染色体显著水平(P＜0.05)。【结论】定位的4个影响猪血常规的QTL集中在10号染色体81—136cM区域,临近的标记分别为SW249、SWR136、S0070和SW1894。     

蓝塘×长白猪F2资源群1、4和8号 染色体活体性状的QTL定位

 【目的】鉴定影响猪重要经济性状的QTL。【方法】利用中国地方猪种蓝塘猪（16头母猪）与外来品种长白猪（8头公猪）建立了资源家系,对257头F2代个体的11个活体性状进行测定。根据美国肉畜中心（USDA-MARC 2.0）公布的猪连锁图谱,在1、4和8号染色体上大约每间隔10—20 cM选择一个微卫星标记,共21个标记,采用ABI 377 DNA序列分析仪进行微卫星基因分型,运用QTL Express 软件包在http://latte.cap.ed.ac.uk网站在线分析,进行QTL定位分析。【结果】体高（body height,BodyHh）的QTL定位于SSC1的68 cM处,与标记SW2185（67.6cM）紧密联锁,达到染色体显著水平（P＜0.05）,解释表型变异的2.22%。体长（body length,BodyLh）的QTL定位于SSC4上的72cM处,位于标记SW839—SW0214,达到染色体显著水平（P＜0.05）。【结论】在猪1和4号染色体上分别检测到一个影响体高和体长的QTL,为今后的QTL精细定位、大片段功能基因的克隆分析、以及猪分子育种技术的应用提供参考依据。     

二花脸猪和大白猪背最长肌中肌肉生长抑制素和生肌调节因子基因的表达及其性别特点

用相对定量RT—PCR方法研究大白猪和二花脸猪背最长肌中肌肉生长抑制素（Myostatin）和生肌调节因子（Myo—genin）基因表达的发育性变化并进行品种及性别间比较。研究结果表明：大白猪公猪Myostatin mRNA表达水平在20日龄时达到高峰且显著高于相同日龄二花脸公猪（P〈0．05）,而二花脸公猪在45日龄时才显著升高,其他日龄品种间差异不显著。二花脸公猪和母猪出生后Myostatin mRNA表达水平均表现为上升,45日龄时达到高峰,120日龄时公母猪间差异显著（P〈0．05）。二花脸公猪与大白猪公猪Myogenin mRNA的表达发育模式基本相同,均在20日龄达到最高值,品种问差异不显著。90日龄二花脸母猪Myogenin mRNA表达水平较公猪显著下调（P〈0．05）。结果提示,猪背最长肌中Myostatin和Myogenin基因表达水平在猪出生后早期均较高,但没有出现随着日龄的增加而一直升高或降低的趋势;两种基因的表达在20日龄出现品种间差异;性成熟前后二花脸公母猪间表达有差异。     

猪精子黏合分子1(SPAM1)基因在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中的遗传变异及其与母猪产仔数的关联性

 【目的】猪精子黏合分子1(SPAM1)基因在精卵结合过程中发挥重要作用,是影响产仔数的重要候选基因。本试验分析SPAM1基因的遗传变异及其与母猪产仔数的相关性。【方法】以305头白色杜洛克×二花脸资源群体F2母猪为材料,记录连续3胎的产仔性状,利用PCR-RFLP检测intron1 g298 C＞T 、intron1 g357 C＞T 和intron3 g380 C＞T共3个SNP位点在F2群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与母猪产仔数、产活仔数、产死胎数的相关性。【结果】intron1 g298 C＞T位点CC型母猪的总产仔数显著低于CT、TT型母猪（P＜0.05）,CT基因型母猪产死胎数显著多于TT型（P＜0.05）。intron1 g357 C＞T位点CT基因型母猪产死胎数显著多于CC、TT基因型（P＜0.05）。intron3 g380 C＞T位点CC基因型母猪产活仔数显著低于CT型,产死胎数显著高于CT型（P＜0.05）。在6种单倍型中,TTT单倍型母猪的总产仔数和产活仔数明显高于其它5种（P＜0.05）;TCT、TTC单倍型母猪产死胎数显著低于CTC、TTT和TCC（P＜0.05）。【结论】SPAM1基因与母猪产仔数存在显著相关性。