用16S rDNA序列分析方法鉴定4个拮抗细菌

用1对16SrDNA通用引物，对4个拮抗细菌96-38、96-41、96-79和9682的基因组DNA进行扩增，PCR产物经克隆、测序、同源性分析表明，这4个菌株的16SrDNA全长均为1513bp，同源性达99．79％，仅在13个碱基位点存在差异。Blast分析发现，这些菌株与Genbank收录的芽孢杆菌属5个菌株16SrDNA序列的同源性为99．1％～99．9％，由此推断这4个拮抗细菌为芽孢杆菌属细菌。     

鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位

应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinus carpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位.结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程.     

柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列的克隆及分析

 【目的】克隆柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列并和亚洲种相应区域进行比对,阐明黄龙病3个种核糖体RNA操纵子之间的关系。【方法】根据亚洲种23S-5S rRNA基因区域序列的保守性设计引物,在非洲种和美洲种DNA样品上扩增,对PCR产物进行克隆和测序,并对新获得的序列进行序列验证和分析。【结果】 非洲种获得了3 057 bp 序列包括23S rRNA 基因、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA 基因;美洲种获得了3 033 bp序列包括23S rRNA 基因、glpK基因和5S rRNA 基因。3个种核糖体基因顺序分别是：亚洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA 和 tRNAMet;非洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因和 5S rRNA;美洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、glpK 基因和5S rRNA。【结论】黄龙病病原菌核糖体RNA基因有特殊的排列方式,即在23S rRNA和5S rRNA基因区间均有反向编码的细胞壁脱氢酶基因,其中亚洲种和非洲种为假基因,美洲种为glpK基因。     

甘蔗近缘属种23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列分析

【目的】探讨叶绿体23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100％,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出-定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。     

小麦纹枯病菌拮抗链霉菌SCY505的筛选与鉴定

从河南省许昌地区的小麦田土样中分离到1株对小麦纹枯病菌有稳定拮抗作用的链霉菌菌株SCY505。在形态特征、生理生化特性和细胞壁化学组分分析的基础上,结合16S rDNA及16S-23S rDNA intergenic spacer region(ISR)序列分析,对菌株SCY505进行了分类鉴定,同时测定了该菌株的拮抗谱。结果表明,SCY505的基内菌丝无横隔,不断裂;气生菌丝多分枝,孢子丝直生或呈螺旋状,孢子椭圆形或圆柱形,表面光滑;细胞壁化学组分Ⅰ型;16S rDNA序列长度1521bp(GU045548),与淡紫灰链霉菌的16S rDNA序列同源性达99.7%,ISR序列长度372bp(GU358067),与淡紫灰链霉菌亚种(U93347)的ISR序列同源性为82.9%,初步认为SCY505是淡紫灰链霉菌的一个亚种,暂命名为淡紫灰链霉菌许昌亚种(Streptomyces lavendulaesub sp.xuchangensis)。该菌株对供试的10种植物病原真菌均有较好的抑制效果。     

Multicolor FISH analysis of rDNA and telomere on spinach

In this study, multicolor fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis on metaphase chromosomes of spinach with biotin-labeled 25S rDNA, DIG-labeled telomere sequences and biotin-labeled and DIG-labeled 5S rDNA was performed. There were six 25S rDNA loci located on the satellites of the third, the fifth and the sixth chromosomes, and four 5S rDNA loci located on the long arms of the third and the fifth chromosomes. The telomere loci were located on the end of the sixth chromosome and also on both the end and centromeric regions of other chromosomes. This study is an important complement to both traditional karyotype analysis and FISH karyotype analysis in spinach. __________ Translated from Hereditas (Beijing), 2007, 29(11): 1405–1408 [译自: 遗传(北京)]     

黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析

从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌（YLD81101）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515bp的核苷酸序列（GenBank登录号GQ261178）。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciud,S．sciuri）CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高（99．9％）。同时,用与该序列相关性较高的S．sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S．aureus S、saufeuss．bsp．anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。     

两性生殖卤虫16S rDNA分子系统学研究

[目的]对两性生殖卤虫的分类地位和系统发育情况进行探讨。[方法]测定了中国分布的A.sinicatibetiana、未定名的新疆鲸鱼湖卤虫和青海小柴旦卤虫3种两性生殖卤虫的16SrDNA序列,测序结果与Genbank已发表的另外11个两性生殖种卤虫的16SrDNA序列进行分析比较,并选取丰年虫科Artemiopsisstefanssoni为外群,运用MEGA软件中的NJ法构建分子系统树。[结果]A.persimilis是卤虫属中原始的类群,A.franciscana和A.monica为进化类群,A.urmiana与A.s.sinica以及中国的其它种类有密切的亲缘关系。[结论]基于线粒体16SrDNA序列的两性生殖卤虫系统发育关系为：A.persimilis→A.urmiana、A.sinica和A.tibetiana→A.tunisiana→A.monica→A.Franciscan.     

酸马奶中酵母菌5.8 S rDNA及ITS的基因序列分析

实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR 扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树.结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母).酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定.     

甘蓝2号染色体的高分辨率5S rDNA荧光原位杂交

 【目的】羽衣甘蓝5S rDNA 的染色体定位和拷贝数分析,为进一步利用FISH进行2号染色体基因定位和细胞遗传图谱构建奠定基础。【方法】以羽衣甘蓝为材料,采用荧光原位杂交技术将DIG标记的5S rDNA探针定位于不同分辨率的绒毡层细胞中期染色体、粗线期染色体以及伸长DNA纤维上。【结果】在中期染色体和粗线期染色体上,都同时获得3个杂交信号位点（a、b、c）,且位于2号染色体的长臂近着丝粒区域,其信号强度为b＞a＞c;而在伸长DNA纤维上,出现了3种不同长度的念珠状长链（a、b、c）, 其物理大小分别为257、359和134 kb,这3种长链分别与3个信号位点形成一一对应关系。【结论】在羽衣甘蓝2号染色体上存在3个串联重复位点,粗略估算出3个5S rDNA位点的拷贝数分别为510、712和266。     

中国马铃薯疮痂病病原菌16S rDNA的遗传多样性分析

 【目的】利用16S rDNA序列对来自中国8个省（区）的34株马铃薯疮痂病菌和15株参比菌株进行系统发育分析。【方法】采用链霉菌通用引物对34株测试菌株的基因组进行16S rDNA序列扩增,测序后在GenBank中进行BLASTn比对,选取同源性较高的菌株构建系统发育树。【结果】34个测试菌株均为链霉菌属,其中Streptomyces scabies 12株、S. galilaeus 8株、S. bobili 6株、S. turgidiscabies 1株、S. acidiscabies 1株、S. diastatochromogenes 2株、S. setonii 1株、S. enissocaesilis 3株。其中S. galilaeus、S. bobili和S. enissocaesilis等种均为新发现的疮痂病病原。对各菌株的分布分析发现,山东省的疮痂病菌有4种,内蒙古自治区和陕西省有3种,四川省、河北省和山西省均有2种,黑龙江省为1种。【结论】中国马铃薯疮痂病菌存在明显的遗传多样性,且分布较为复杂。     

猪胸膜肺炎放线杆菌16SrDNA基因的克隆及序列分析

为了阐明猪胸膜肺炎放线杆菌16S rDNA基因的遗传变异情况,选择猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的16S rDNA基因设计引物,应用聚合酶链反应(PCR)扩增APP的16S rDNA基因的部分序列,将该产物克隆到pMDI8-T载体上,重组质粒通过菌落PCR鉴...     

基于16S rDNA序列的4株气单胞菌属细菌的分子鉴定

对分离自养殖水环境的4株气单胞菌属(A eromonas)细菌的16 S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,通过BLAST软件在GenBank中查找同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、ClustalV以及ClustalW 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(NJ)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树.由Jotun Hein法可知,Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1、DQ817645.1以及HM127065.1相似度最高,均为99.2％,Aeromonas sp.T4与序列DQ816364.1、HM77846.1以及HM778618.1相似度最高,均为97.9％,A eromonas sp.T5与序列GQ205446.1相似度最高,均为99.4％,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1相似度最高,为99.6％;其他两种方法的结果相似度略低.4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:Aeromonas sp.T3与序列DQ817542.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T4与序列HM778618.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T5与序列GQ232759.1亲缘关系最近,Aeromonas sp.T6与序列GQ205446.1亲缘关系最近.     

肠艾美耳球虫河北株18S rDNA部分序列测定及系统发育分析

从河北某兔场单卵囊分离肠艾美耳球虫并接种无球虫兔进行增殖,CTAB法提取肠艾美耳球虫卵囊基因组DNA.利用艾美耳属球虫18S rDNA保守引物,PCR扩增肠艾美耳球虫18S rDNA片段,产物纯化后测序.测得的序列用DNAstar软件分析并与GenBank公布的11种兔球虫(EF694007-EF694017)的相应序列进行同源性分析,并绘制系统进化树.结果表明,扩增出的18S rDNA片段大小为1 521 bp.序列分析显示,肠艾美耳球虫河北株18S rDNA与GenBank公布的11种兔球虫相应序列同源性为92.6%～99.9%,肠艾美耳球虫河北株与国外肠艾美耳球虫(EF694012)18S rDNA相似性达99.9%.系统发育进化树显示,肠艾美耳球虫河北株与肠艾美耳球虫(EF694012)亲缘关系最近.     

24株剑麻根际联合固氮菌的16S rDNA序列分析

对海南、广西和广东剑麻主产区种植基地的剑麻根际联合固氮菌进行了分离、纯化及固氮活性测定,获得了24株具有固氮活性的菌株,其固氮酶活性为5.8742～1765.6590 nmol/(mL.h)。16S rDNA序列分析结果表明:参试菌株的16S rDNA扩增区约为1500 bp,无太大的长度变异,其系统发育树表明这24株菌株分别属于6个不同的属。     

有齿食道口线虫ITS及5.8S DNA片段的PCR扩增、克隆及序列分析

 运用PCR方法以保守引物NC5及NC2扩增了从广东阳江地区猪体分离的食道口线虫rDNA 的内转录间隔区（ITS）及5.8S序列。将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体，用PCR技术及酶切鉴定阳性菌落，对阳性菌落质粒DNA进行测序。结果表明，扩增的片段大小为828 bp，包含部分的18S、28S及全部的ITS-1（362 bp）、5.8S(153 bp)及ITS-2（217 bp）序列。序列比较表明，该食道口线虫为有齿食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪有齿食道口线虫的ITS及5.8S序列，为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。     

三种簇角飞虱属昆虫16 S rDNA序列及系统进化研究

通过PCR扩增获得了飞虱科3属5种昆虫的16 S rDNA序列,对DNA序列进行测定,分析了其序列组成及变异.采用Mega 4.0软件,利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行5种飞虱的系统发育分析,结果显示构建的MP和NJ分子系统树拓扑结构一致,3个簇角飞虱属物种中华簇角飞虱(Belocera.sinensis)、褐额簇角飞虱(B.fuscifrons)和爬竹簇角飞虱(B.ampelocalamus)单独聚为一支,与偏角飞虱属海南偏角飞虱(Neobelocera hainanensis)的亲缘关系较近,与短头飞虱属显脊短头飞虱(Epeurysa distincta)的亲缘关系较远,分子生物学分析结果与形态学研究结果一致.     

莲属分类与遗传资源多样性及其应用

莲是集观赏、食用和药用于一身的重要水生经济植物。分类学结果表明美洲黄莲应归为中国莲亚种。我国拥有丰富的莲遗传资源,不仅体现在地方和栽培品种种类多上,而且在基因组DNA上也得到充分体现。研究表明莲属、中国莲的野莲和花莲均具有较高遗传多样性。针对当前我国研究相对薄弱的藕产品加工和资源综合利用,及以中国莲为试材开发药物的药理学研究,对莲资源分类、遗传多样性及国外相关研究进展进行了综述。