葡萄炭疽病菌SRAP遗传多样性分析

探讨葡萄炭疽病菌的变异和群体结构,为进一步深入研究葡萄炭疽病的发生、流行及防控技术提供理论依据。采用SRAP分子标记技术对不同地区的25个葡萄炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)菌株进行遗传多样性分析。利用4个菌株从100对引物组合中筛选出6对扩增条带多样性丰富、稳定性较好的引物组合;对供试的25个菌株进行SRAP扩增,共得到164条清晰可辨的条带,其中多态性条带为156条,多态性比率为95.12%;利用NTSYS-2.1软件进行病原菌的聚类分析,其相似性系数在0.61~0.95之间。不同地区葡萄炭疽菌的亲缘关系较近,遗传多样性丰富,但各菌株间存在遗传差异,且菌株之间的差异与地理来源无明显相关性。     

杏鲍菇遗传多样性的SRAP和ITS分析

研究来自中国不同地区和日本的27株杏鲍菇栽培菌株的遗传多样性,以期为杏鲍菇的鉴定和选育提供分子依据。利用SRAP和ITS标记联合使用的方法,通过聚类分析对供试杏鲍菇菌株进行研究。筛选出9对SRAP引物共扩增出151条条带,其中具有多态性条带130条,平均多态性比例为83.3%,多态性信息含量(PIC)变幅在0.27~0.42,平均为0.36。通过ITS序列对供试菌株进行亲缘关系分析,与SRAP分析的结果一致,均表明地域来源相近的部分菌株聚在一起,亲缘关系较近,而地域相隔较远的部分菌株也聚为一类,其亲缘关系也很近。2种标记均显示供试杏鲍菇栽培菌株的遗传多样性较为丰富,其遗传相似性与地理分布存在一定的联系。SRAP和ITS联合使用能够得到更好的效果,从而为杏鲍菇遗传多样性研究提供更为有力的参考。     

黑龙江省野生黑木耳菌株遗传多样性分析

利用SRAP标记对黑龙江地区采集的30株野生黑木耳菌株进行遗传多样性分析,利用8对扩增条带清晰、多态性丰富、稳定性较好的引物对30个供试菌株进行SRAP扩增,共得到157条重复性良好的DNA条带,其中多态性条带122条,占77.71%;使用UPGMA法构建进化树,30个菌株被分为6组。结果表明,黑龙江省野生黑木耳菌株间存在着丰富的遗传多样性。本研究为将来杂交育种亲本的选择提供很好的理论依据。     

不同寄主致病疫霉菌群体遗传结构的SSR比较分析

用SSR分子标记技术对采集自中国不同地区不同寄主来源的60个致病疫霉菌(Phytophthora infestans)群体遗传多样性进行比较分析。结果显示,番茄致病疫霉菌群体Nei氏基因多样性指数、Shannon信息指数及有效等位基因数等遗传多样性指数(分别为0.1528、0.2592、1.2170)均高于马铃薯致病疫霉菌（分别为0.1395、0.2447、1.1913）,表明番茄致病疫霉菌群体遗传多样性高于马铃薯致病疫霉菌群体;聚类分析结果表明：SSR标记分析的遗传系谱与菌株对甲霜灵敏感性、交配型无相关性,而与MtDNA单倍型有一定的相关性。     

黑龙江省马铃薯早疫病菌遗传多样性分析

为了解黑龙江省侵染马铃薯的早疫病菌菌株的遗传特性,利用RAPD和ISSR分子标记对来自黑龙江省马铃薯主产区不同地点的67株早疫病菌的遗传多样性进行分析,结果表明,用5条RAPD引物共扩增出53个条带,多态性位点占75.4%;用10条ISSR引物共扩增出93个条带,多态性位点占88.2%。聚类分析结果显示,RAPD和ISSR分子标记均可将供试早疫病菌株划分为不同的组,说明早疫病菌具有明显的遗传分化现象,但菌株聚类组群的划分与地理来源关系不大。研究结果可为黑龙江省马铃薯抗病育种和早疫病防治提供理论依据。     

云南玉米大斑病群体遗传多样性的RAPD分析

为了从分子水平上了解云南玉米大斑病菌遗传变异情况,为玉米大斑病菌种群致病力分化和病害有效控制提供理论依据。本研究采用RAPD分析技术,对采自云南省部分地区的56个大斑病菌株进行了RAPD分析。对供试菌株间的遗传距离进行聚类分析并构建系统树状图,聚类分析结果表明,供试56个菌株被划分为10个遗传聚类组,RAPD分组与菌株的地理来源无明显相关性。云南省不同地区的玉米大斑病菌株整体亲缘关系相近,但各菌株间存在遗传差异。     

62株草菇遗传多样性分析

为了借助分子标记手段对草菇菌株进行鉴别，利用7个RAPD、ISSR，对62个草菇菌株基因组DNA进行PCR扩增，对草菇菌株的遗传差异进行分析。结果表明，7个引物共扩增出46条清晰的DNA片段，其大小介于250-2000bp，其中多态性片段43条，平均多态性位点百分率为93.5%。DNA指纹图谱分析结果表明，所有的供试菌株间的DNA指纹均存在差异性，各菌株间的遗传相似系数在0.63~0.97之间。聚类分析结果表明，62个草菇菌株在遗传相似系数为0.80处可以分成25个群组 草菇V0062、V0079和V0004与其它菌株之间的遗传距离最远。菌株V0084和V0085相似系数为0，需要借助其它方法进行进一步的鉴定。     

六倍体小黑麦种质资源遗传多样性分析

利用RAPD标记对10份六倍体小黑麦、1份普通小麦和1份黑麦种质资源遗传多样性进行了分析,19个RAPD引物中,有10个引物(52.63%)可扩增出清晰且具多态性的条带。10个引物共产生385条DNA片段,其中384条具有多态性,多态性比率为99.74%,不同引物扩增带数变幅为8~71条,平均为38.5条,扩增产物的片段大小为298~3 054 bp,材料间的遗传距离变化范围在0.724~0.833之间。对12份供试材料的遗传关系进行聚类分析,在平均GD值0.77水平上可将12份供试材料分为3类。研究结果为将六倍体小黑麦的优良基因导入到普通小麦中提供了理论依据。     

温州盘菜地方品种鉴定与指纹图谱的分子标记分析

利用基因组DNA的RAPD、ISSR与SRAP等3种分子标记技术,以日本芜菁品种作为外类群,对来自于温州不同地区具有代表性的10个盘菜品种进行品种鉴定与遗传多样性分析。10个RAPD引物共产生多态性条带70条,多态率为71．7％;12个ISSR引物共产生142条清晰带,其中多态性条带70条,多态率为49．3％;8个SRAP引物组合共产生105条谱带,其中多态性谱带78条,多态性比率为74．3％,表明品种间存在较高的多态性。用单个引物NAURP299、NAUISR43以及SRAP引物组合mel／em2,都可以将11个品种完全区分开来。基于3种标记的聚类分析结果表明,11个材料可以分为3大类,一定程度上能够揭示品种之间园艺学性状的相似性及亲缘关系远近。     

利用RAPD、ISSR标记分析白芨种质资源遗传多样性的研究

旨在分析不同地区野生驯化白芨居群间亲缘关系,为白芨资源保护和利用提供支撑。利用RAPD和ISSR标记技术从分子层面鉴别源于湖南、湖北、贵州、云南、江西等地的12个白芨资源遗传多样性差异,并通过UPGMA对该差异性进行了聚类分析。结果表明,在36条供试RAPD引物中有13条扩增带型清晰、多态性高,15条供试ISSR引物中有2条扩增带型清晰、多态性高,共获得40条多态性条带;通过UPGMA聚类分析表明,12份供试白芨种质资源间具有较高的遗传多样性,遗传距离最大可达0.975,供试材料总体上可分为两个支系,湖南、江西为一个支系,湖北、贵州和云南为一个支系。利用ISSR和RAPD标记可以从分子水平上揭示白芨的种质资源遗传多样性,同时,研究还发现ISSR标记能比RAPD标记扩增出更多的多态条带和获得更高的多态比率,且分析不受时间和地点限制,结果更稳定、可靠。本研究结果显示白芨居群间遗传差异性与地理距离呈现一定的相关性,对研究白芨物种的演化及遗传多样性提供了相关数据和理论支持。     

中国东北地区马铃薯致病疫霉遗传多样性分析

为明确东北地区马铃薯致病疫霉在DNA分子水平上的遗传差异,利用SSR分子标记技术对2016年采自黑龙江、吉林、辽宁的117株致病疫霉的基因型进行鉴定和命名,并对其进行遗传多样性分析。结果显示,在SSR位点Pi4B和Pi4G上共检测到 10个等位基因,其中等位基因161和206出现频率最高,占明显优势。鉴定出的14个SSR基因型分别为A-03、A-10、B-01、D-03、E-01、F-01、F-02、F-06、G-02、G-03、G-07、K-01、L-01、N-01,其中A-10和N-01为这些地区之前未见报道的新基因型;F-06为主导基因型,占29.0%。经聚类分析,在遗传相似度为0.85时14种SSR基因型可划分为10个类群,表明菌株聚类与其地理来源无相关性。最后通过POPGENE1.32软件对3个省份的致病疫霉群体遗传多样性进行分析,结果显示它们之间的遗传差异较小,黑龙江省与吉林省的遗传距离最小,仅为0.0213。这些结果表明东北地区马铃薯致病疫霉的SSR基因型组成类群较多、且遗传多样性丰富。     

用于区别不同棉花品种基因组特征的微卫星位点筛选

保守性强、重复性好、多态性高的微卫星位点可被有效用于构建作物DNA条形码。选取目前生产上主要推广种植、代表不同来源系统的12个棉花品种作为微卫星位点筛选材料,参考我室构建的四倍体栽培棉种种间高密度遗传图谱信息,从376对覆盖全基因组的SSR引物中,筛选出51对引物可扩增出带型清晰且多态性高的微卫星位点。这些引物在12个供试品种中共产生155个等位位点,每对引物揭示的等位基因位点在2~7之间,平均值为3.04。参照微卫星位点的染色体定位和多态信息,在每条染色体上选择一个多态性相对高的SSR位点,其相应的26对SSR引物被推荐为构建棉花品种DNA条形码的一套首选引物,并初步应用于12个品种的DNA条形码编制。其余25对引物作为候选引物。使用该套引物扩增出的微卫星位点可用于大量棉花品种DNA条形码构建,为棉花品种真实性和纯度的分子鉴定奠定基础。     

豫南地区野生大豆种质资源的SSR遗传多样性分析

为了研究豫南地区的野生大豆种质资源分布和种群间的亲缘关系,利用SSR分子标记采用20对引物对豫南地区12份野生大豆进行鉴定和遗传多样性分析。结果表明,20对引物对12份野生大豆共扩增63个等位基因,平均每对引物扩增3.1个等位基因;12份野生大豆在分子水平上发生了一定的遗传变化,聚类结果可以看出,12份材料聚类分成了三大类,SSR分子标记与材料的地理来源并没有明显的相关性。野生大豆的亲缘关系与生长的地理环境、表型性状等具有一定的相关性,同一区域收集到的野生大豆也表现出遗传分化。     

微卫星分子标记鉴定黑龙江主要水稻品种及遗传多样性的研究

选用分布于水稻12条染色体上的75对SSR引物,对25个水稻品种进行DNA扩增,筛选到特异扩增条带的SSR引物25对。共检测出71条多态性条带,用UPGMA聚类分析结果分析,遗传相似性系数为0.54处可分成2类,在第一类中遗传相似系数在0.73~0.94之间,除了松粳3号和龙粳14不能区分之外,其它品种均能区别,表明近缘品种之间的检出率较低。     

142份甜高粱品种的分子身份证构建

从分布在高粱染色体10个连锁群上的103对SSR引物中,筛选出41对多态性引物, 并用其扩增国内外142份甜高粱种质资源, 检测到189个多态性片段, 每对引物的等位基因数在2~11之间,平均为4.6个。引物位点的多态信息含量指数(PIC)变幅为0.089~0.850,平均为0.543。品种间特异指数差异较大,介于109.1~454.7之间,平均为189.0。结果表明, 根据引物的等位基因数确定11对引物(Xtxp329、Xtxp258、Xtxp113、Xtxp303、Xtxp61、Xtxp201、Xtxp14、Xtxp91、Xtxp47、Xtxp217和Xtxp67)组合, 并用于构建142份品种资源的分子身份证, 有效地区分了各品种。     

两优932中不同串粉混杂株型的DNA指纹分析

采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合快速银染检测,利用筛选到的5对SSR引物建立了两优932的6种不同串粉混杂株型的DNA指纹图谱。分析结果表明,6份材料的SSR指纹不同,5对SSR引物区分这6份材料的能力也各不相同,其中RM277的区分能力最差,在4份材料中扩增出与真杂种F1相同的带,RM287和RM302的区分能力最强,在4份材料中都扩增出与真杂种F1不同的带型。最后根据区分特异带与真杂种F1带型的难易程度,确定RM302为鉴定两优932种子纯度的首选引物。     

SSR标记应用于烟草品种遗传多样性研究

SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。本研究应用最近公布的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离（GD）,13个品种之间遗传距离介于0.0090-0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。     

利用SRAP标记分析彩色棉与白色棉的遗传差异

利用SRAP分子标记技术对彩色棉遗传多样性进行研究,应用NTSYS软件对30种供试棉花材料的SRAP-PCR结果进行分析,从中筛选得到29对条带清晰的多态性引物,共产生1067条清晰条带,多态性条带132条,平均每个引物组合得到4.55条多态性条带。聚类分析29对引物组合的扩增结果,Jaccard’s相似系数在0.5405-0.9109之间,利用SRAP标记可以判明彩色棉和白色棉的遗传差异,可有效地应用于彩色棉的遗传多样性及亲缘关系的研究。