不同试剂盒对烟丝DNA提取及其微生物群落多样性分析效果的比较

筛选能高效提取烟丝DNA,并能获取其微生物群落多样性较高的试剂盒。选择3种不同的试剂盒提取烟丝DNA,比较DNA的纯度和浓度,并将提取的DNA进行原核生物16S rRNA基因V3~V4区和真菌ITS2区的PCR扩增及扩增子高通量测序,进而比较烟丝样品微生物群落多样性和结构差异。结果表明：（1）DNeasy? PowerPlant? Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)提取的烟丝DNA浓度为(103.67±1.7) ng/μL,显著高于其他试剂盒(P<0.01),且3种试剂盒提取的DNA纯度均达到合格水平。（2）3种试剂盒提取的DNA样本均能反映样本中原核生物群落多样性与结构,从门分类水平看,试剂盒P检测到11个门类,E.Z.N.A.TM HP Plant DNA Kit植物基因组提取试剂盒(M)检测到8个门类,DNeasy? PowerSoil? Kit土壤基因组提取试剂盒(S)检测到5个门类;从属分类水平看,试剂盒P检测到83个属,试剂盒S检测到71个属,试剂盒M检测到69个属。（3）3种试剂盒均能检测到Unclassified类群、子囊菌门Ascomycota、接合菌门Zygomycota和Others等4个真菌门类,但试剂盒P检测到的类群比例最高;在属分类水平上,试剂盒P检测出30个属,试剂盒S检测出20个属,试剂盒M检测出11个属。DNeasy? PowerPlant? Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)能有效提取烟丝及其所含微生物的总DNA,并能检测出更高的烟丝微生物群落多样性,推荐该试剂盒用于烟丝样品中微生物群落多样性与结构的分析。     

3种试剂盒对烟丝DNA提取及其微生物群落多样性分析效果的比较

筛选能高效提取烟丝DNA,并能获取其微生物群落多样性较高的试剂盒。选择3种不同的试剂盒提取烟丝DNA,比较DNA的纯度和浓度,并将提取的DNA进行原核生物16S rRNA基因V3～V4区和真菌ITS2区的PCR扩增及高通量扩增子测序,进而比较烟丝样品微生物群落多样性和结构差异。结果表明:(1)DNeasy?PowerPlant?Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)提取的烟丝DNA浓度为(103.67±1.7) ng/μL,显著高于其他试剂盒(P0.01),且3种试剂盒提取的DNA纯度均达到合格水平。(2)3种试剂盒提取的DNA样本均能反映样本中原核生物群落多样性与结构,从门分类水平看,试剂盒P检测到11个门类,E.Z.N.A.TMHP Plant DNA Kit植物基因组提取试剂盒(M)检测到8个门类,DNeasy?PowerSoil?Kit土壤基因组提取试剂盒(S)检测到5个门类;从属分类水平看,试剂盒P检测到83个属,试剂盒S检测到71个属,试剂盒M检测到69个属。(3)3种试剂盒均能检测到Unclassified类群、子囊菌门Ascomycota、接合菌门Zygomycota和Others等4个真菌门类,但试剂盒P检测到的类群比例最高;在属分类水平上,试剂盒P检测出30个属,试剂盒S检测出20个属,试剂盒M检测出11个属。DNeasy?PowerPlant?Pro Kit植物基因组提取试剂盒(P)能有效提取烟丝及其所含微生物的总DNA,并能检测出更高的烟丝微生物群落多样性,推荐该试剂盒用于烟丝样品中微生物群落多样性与结构的分析。     

石油污染土壤总DNA的提取

寻找一种可获得高浓度、大片段的石油污染土壤微生物总DNA的提取方法。分别采用SDS的细胞裂解法、溶菌酶和SDS裂解法、实验室改进法、试剂盒法提取石油污染土壤总DNA。研究结果表明4种方法都可获得石油污染土壤微生物总DNA,但每种方法在提取量和纯度上有一定差异;实验室改进法提取的DNA产率是最高的,试剂盒法提取DNA纯度最高。实验室改进法获得的微生物总DNA,稀释20倍可直接用于PCR扩增。土壤样品经过一定的预处理后提取的DNA片段大小在23100 bp,实验室改进法提取土壤微生物总DNA产率、纯度较好,不经过纯化可直接用于PCR扩增及其他分子生物学实验的操作。     

SSR分子标记在棉花遗传育种中的应用及进展

SSR（Simple Sequence Repeat）是在PCR（Polymerase Chain Reaction）基础上发展起来的一种新的分子标记技术,具有高度多态、共显性、保守性、且仅需少量的DNA、操作简便、重复性好、稳定可靠等优点,在动物、植物、微生物等研究领域中得到了广泛应用。简述了SSR分子标记技术在棉花上的DNA提取方法、引物开发、PCR反应体系、扩增后检测方法优化上的进展及其在棉花遗传育种中的遗传图谱的构建、遗传多样性的鉴定、功能基因和QTLs的定位、标记辅助育种和品种、杂种、突变体、亲缘关系的鉴定及种子纯度的检测方面的应用情况,从而为相关工作者在这方面的研究提供参考。     

黄山木兰叶片基因组DNA提取方法的比较研究

以珍贵渐危植物黄山木兰的嫩叶为材料,利用改良CTAB法、SDS法、高盐低p H法和Bio Teke试剂盒法提取基因组DNA,通过超微量紫外分光光度计检测、琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶消化和EST-SSR引物扩增法系统地检测DNA的质量及得率。结果表明,在DNA纯度和得率方面,改良CTAB法提取的DNA结果最佳,Bio Teke试剂盒法提取的DNA纯度较好但得率较低,SDS法和高盐低p H法提取的DNA有明显的蛋白质杂质、多糖及其他次生代谢物和RNA的污染;酶切消化结果中改良CTAB法和Bio Teke试剂盒法表现良好;EST-SSR引物扩增结果中唯有改良CTAB法提取的DNA扩增目的基因条带数目最多且清晰。综合分析,改良CTAB法是最适合黄山木兰叶片基因组DNA提取的方法。     

高通量提取西红柿基因组DNA方法探究及其在SNP分型中的应用

随着植物分子生物学的发展，植物分子试验对于大规模样品DNA提取的需求越来越大。本研究旨在开发快速、简便、高通量的DNA提取技术。以西红柿叶片为试验材料，用96孔盒对西红柿叶片进行冷冻干燥及粉碎，基于改良的SDS提取DNA方法，采取排枪“两步加样一步抽提”，简化提取步骤，实现DNA的高通量提取。该方法提取DNA样品的平均浓度在138.6 ng/μL左右，满足一般性的PCR扩增要求；琼脂糖凝胶电泳结果显示绝大部分样品泳道可见清晰完整的DNA条带，无明显降解，并伴有少量的RNA污染。利用3个等位基因特异的定量PCR基因分型系统(AQP)分子标记对192个样本进行检测，结果显示3个标记的整体检测结果良好，均能有效区分样品间的不同等位基因位点。样品的有效荧光值占比在97%～99%之间，可以用于分子标记检测或遗传群体的基因分型。本研究在前人基础上探讨了一种简便、快速、高通量的西红柿基因组DNA提取方法，对于提取其他植物叶片组织DNA同样适用，并且该方法能够成功应用于AQP等其他类似的荧光分子标记检测，为大规模分子标记检测等实验DNA样品准备提供了借鉴。     

藏茴香总DNA提取方法探究

本试验取藏茴香叶片制成干样、鲜样,采用SDS法、CTAB法、改良SDS法、改良CTAB法、试剂盒法五种提取方法对其总DNA进行提取,比较DNA样品的纯度、得率、完整度等指标,以期获得优质高效的藏茴香总DNA的提取方法。试验结果如下:材料选用藏茴香叶片干样所提取的总DNA效果好。用试剂盒法和改良CTAB法提取的藏茴香总DNA样品质量优良、完整性好、纯度高,明显优于其他方法;使用改良CTAB法和试剂盒法所提取的藏茴香DNA进行PCR检测,获得了明亮清晰的扩增图谱;从成本方面考察,试剂盒法远高于其他方法。因此,改良CTAB法提取藏茴香干样总DNA效果最佳。     

辽东地区胡桃楸天然林ISSR分子标记体系的建立和优化

为建立胡桃楸天然林ISSR-PCR反应体系,本实验从DNA的提取到扩增进行了研究。通过对比CTAB和试剂盒两种方法,发现胡桃楸最佳DNA提取方法为试剂盒法。利用正交试验设计法确定了胡桃楸ISSR-PCR反应最佳体系,并对影响胡桃楸PCR反应的Taq酶浓度、Mg~(2+)浓度、dNTP浓度等因素进行了优化。最终获得胡桃揪ISSR-PCR反应的最优扩增程序为:95℃预变性3 min,95℃变性30 s,48.3℃复性30 s,72℃延伸1 min,28次循环,最后72℃终延伸5 min。优化胡桃楸ISSR-PCR的最佳反应体系为:Taq DNA聚合酶浓度为0.75 U/20μL、Mg~(2+)浓度为1.75 mmol/L、dNTP浓度为0.20 mmol/L、引物浓度为0.35μmol/L、DNA模板浓度为150 ng/20μL。该研究为以后利用ISSR分子标记技术研究胡桃楸的亲缘关系和遗传多样性提供高效的技术手段。     

崂山奶山羊瘤胃微生物总DNA的提取方法优化

本试验对对瘤胃微生物总DNA提取方法进行了改进,将冻融法和CATB法相结合,可以将细菌、真菌和古细菌在内的各种微生物的细胞壁充分的粉碎,且DNA提取效果稳定,可以获得足够大的DNA片段（23kb）,可以满足后续试验的需要     

碱解法快速提取菠菜基因组DNA方法的优化

为了优化碱解法提取菠菜基因组DNA的方法,并为大批量育种材料的分子标记筛选奠定基础,本试验以菠菜幼嫩叶片为试材,以PCR扩增效果为主要依据,研究NaOH浓度、水浴温度与方法、吐温20浓度对菠菜DNA提取质量的影响。结果表明：以0.4 mol/L NaOH为提取液研磨后沸水浴1 min提取的菠菜DNA的PCR扩增效果明显好于常温处理。样品不经研磨、可直接用PCR扩增仪99℃、4 min代替沸水浴加温并省去离心步骤,此时以0.4 mol/L NaOH+0.5%吐温20为提取液时PCR扩增效果最佳。提取DNA的A₂₆₀/A₂₃₀比值较高时PCR扩增效果较好,因此A₂₆₀/A₂₃₀比值是评价提取DNA质量的最优指标。本试验优化了碱解法简便快速提取菠菜DNA的技术规程,达到了理想的PCR扩增效果。     

普洱茶英文科技论文研究概述

具有醇和、陈香等独特品质的普洱茶是云南特有茶类,由于特殊的保健功效,近年来受到了国内外茶学界的广泛关注。与其相关的研究论文日益增多,英文研究论文也逐年增加。本文从“Pubmed”、“ACS Publications”、“ScienceDirect-Elsevier”、“Wiley”和 “SpringerLink”数据库检索到96篇（2012年3月止）与普洱茶研究有关的英文论文,整理分析、归纳了这些论文的研究结果与进展,分析了其中存在的问题。     

Microbial Community Structure and Ecological Variation in TISTD Reactor

Based on the sewage treatment device of Two-phase Integrated Sludge Thickening and Digestion reactor (TISTD), microbial community structure in stable operation and its ecological variation when load changes are investigated. During a stable operation with 30% sludge dosage rate, 20 dominant bacterial strains are individually isolated from acid-phase and methane-phase of the reactor. Sequence analysis of 16S rDNA reveals that six of the achieved strains belong to Bacillus, Methanospirillum and Methanococcus respectively. Ten sludge samples are collected separately in 5 periods when the reactor operates with 10%, 20% and 30% sludge dosage rate and in the state of started-up and disordered, and followed by DNA extraction, purification, 16S rDNA PCR amplification and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE). The good quality of DNA extraction and amplification demonstrates that there is an abundant biomass in the sludge under mid-temperature condition. The results show that TISTD reactor has a high biodiversity in microbial communities and is complex and stable in ecosystem structure, which effectively supports the good digestion in sludge thickening.     

转基因棉子油的快速PCR检测研究

 以棉子油为原料,探索出了一种快速、简便的转基因棉子油的PCR检测方法。该方法能从15 mL棉子油中提取0.4 μg高纯度DNA,用于PCR检测。针对18S rDNA、CaMV35S、NOS、NPTⅡ和Cry1A（c）等基因进行了棉子油中内外源基因PCR检测,分别扩增出不同的目的片段。本研究为油脂类产品的外源基因检测提供了可行方法。     

一步法RT-PCR和两步法RT-PCR对马铃薯病毒诊断研究的比较

本研究采用试剂盒和Total试剂两种方法从马铃薯叶片和茎秆中提取总RNA,同时设计了一步法RT-PCR和两步法RT-PCR的反应体系,依据马铃薯X病毒、马铃薯Y病毒、马铃薯S病毒、马铃薯A病毒以及马铃薯卷叶病毒的基因组RNA保守序列设计特异性引物对,并运用两种RT-PCR反应体系对染病的马铃薯进行病毒检测,结果与报道的这五种马铃薯病毒核苷酸序列进行BLAST比对, 表明扩增的五种马铃薯病毒靶带的序列与靶序列完全一致。两种诊断方法对马铃薯病毒核酸进行浓度检测,结果证明,两步法RT-PCR具有较高灵敏性。但这两种方法均可快速、简便、有效地诊断马铃薯病毒。     

一株甘蔗黑穗病菌的分离与系统发育分析

甘蔗黑穗病是由黑粉菌（Ustilago scitaminea Syd.）引起的一种世界性病害,严重危害甘蔗的生产,对该病病原菌的研究有助于甘蔗抗黑穗病育种。由于rDNA序列兼具保守区域和进化水平不同所致可变区,因此,rDNA序列分析是研究真菌系统发育、分类鉴定和分子检测非常有效的手段。笔者采用单孢分离方法,从高抗品种NCo376的病株上分离单孢,培养菌丝体,提取基因组DNA,分析其rDNA序列,以期丰富该真菌的遗传多样性研究。用真菌rDNA序列分析的通用引物ITS1和ITS4,通过ITS-PCR得到目的片段,克隆在pMD18-T载体上后进行测序,结果显示该片段的长度为692 bp,与Genebank中已报道的真菌序列进行Blast和系统发育树分析,表明所获得的序列与Sporisorium属真菌具有更高的亲缘关系,而与Ustilago属真菌的亲缘关系较远,这与一直沿用的甘蔗黑穗病菌的命名似乎并不吻合,有待进行更多的研究以证实。     

不同磷钙元素水平番茄营养液中细菌多样性

采用从营养液中直接提取微生物总DNA,并用细菌16S rDNA 特异性引物进行PCR 扩增、变性梯度凝胶电泳（DGGE）、克隆和测序等一系列分子生物学手段,对不同磷钙元素水平番茄营养液中细菌多样性进行了研究。结果表明,各种元素水平的番茄营养液,均有相似的条带,只是亮度上有些差异。与对照相比,各处理元素水平营养液中的细菌DGGE条带均有变化。对照DGGE的条带分布相对均匀,而其它样品的DGGE条带分布多不均匀。测序结果表明,番茄营养液中的细菌类群主要包括：Proteobacteria（Alpha,Beta,Gamma和Unclassified）,Bacteroidetes和Gram Positive Bacteria。     

RT-PCR法检测非酒精性脂肪肝细胞中CYP2E1基因的表达与普洱茶（熟茶）、铁观音、红茶的关系

探讨普洱茶（熟茶）、铁观音、红茶对高脂饮食诱发的大鼠非酒精性脂肪肝中P450 2E1基因表达的影响。将Wistar大鼠随机分为正常对照组、高脂模型组、药物组以及（低、中、高剂量）普洱茶（熟茶）、铁观音、红茶组[0.5、1.0、2.0 g/（kg·bw）]。试验大鼠灌胃授试茶样水浸提物35天后采血牺牲,分离血清测定抗氧化指标丙二醛（MDA）、谷胱甘肽（GSH-Px）和超氧化物歧化酶（SOD）的活性;采摘肝脏并进行肝脏病理检测;用RT-PCR检测试验大鼠肝脏细胞中P450 2E1的表达量。与高脂模型组相比,（低剂量组）普洱茶（熟茶）降低MDA效果显著（P〈0.05）;普洱茶（熟茶）、红茶和铁观音组中GSH-Px酶活力、SOD酶活性显著提高;（高剂量）普洱茶（熟茶）、红茶显著降低P450 2E1表达量（P〈0.05）;通过试验大鼠病理检测发现,普洱茶（熟茶）和（高剂量组）铁观音能明显改善由高脂饮食引起的肝脏脂肪病变。普洱茶（熟茶）、铁观音、红茶对P450 2E1在非酒精性脂肪肝中的基因表达具有不同程度的积极作用,但普洱茶（熟茶）的作用最显著。     

美味猕猴桃基因组DNA的高效提取

为了从富含多糖和多酚等次生代谢物质的猕猴桃叶片及野外采集保存的叶样中分离出高质量的基因组DNA，以美味猕猴桃幼叶为试材，对4种不同的DNA提取方法与3种不同的样品保存处理的DNA提取效果进行了试验研究，并首次采用CTAB区室法提取猕猴桃基因组DNA。结果表明，CTAB区室法与硅胶脱水干样保存处理所提取的DNA效果最佳，其OD260/OD280值为1.8以上，能完全被EcoR I酶切消化，1%琼脂糖凝胶电泳谱带明亮清晰，并能获得条带清晰、多态性好的PCR扩增图谱。     

剑麻不同组织RNA提取方法比较分析

本研究以剑麻茎尖、花和成熟叶片为材料,比较了SDSⅠ、SDSⅡ、CTABⅠ、CTABⅡ共4种提取缓冲液组成以及Promega公司RNA提取试剂盒、Qiagen植物RNA分离试剂盒、改良Trizol法、改良SDSⅠ法、改良CTABⅠ法以及优化后的改良CTABⅠ法等6种RNA提取方法提取RNA的效果,结果表明:不同缓冲液组成对实验结果影响很大,其中缓冲液CTABⅠ提取的RNA质量和产率均较理想。6种RNA提取方法提取的RNA差异明显,其中优化后的改良CTABⅠ法可同时适合于剑麻茎尖、花和成熟叶片RNA的提取,不仅产率高,而且RNA的质量也较好,无DNA污染,OD260/OD280分别为1.87、2.04和1.98,OD260/OD230分别为2.46、2.10和2.15,产率分别为84.7μg/gFW、65.8μg/gFW和4μg/gFW。用该方法提取的RNA可满足下一步文库构建及基因克隆等分子生物学研究。