利用微卫星标记分析兴义鸭的遗传多样性

文章旨在阐明兴义鸭的遗传多样性,为其保种与开发利0用提供参考依据。采用20对引物扩增兴义鸭的微卫星片段和判型,计算每个微卫星座位的有效等位基因数(Ne)、等位基因频率(P)、基因杂合度(H)及多态信息含量(PIC)。结果显示:20对微卫星引物在兴义鸭群体中均检测到多态,共检测到85个等位基因,平均每个微卫星基因座等位基因数4.2500个,群体平均杂合度H=0.6850,平均多态含量PIC=0.6284,平均有效等位基因数Ne=3.4449个,其中AJ272578、AJ515883、AJ515889、AJ515895、AJ515897、AJ515900表现为中度多态,剩下的14个位点均表现出高度多态性,试验结果表明,在兴义鸭具有丰富的遗传多样性,具有重要的保种价值和选育开发潜能。     

4个微卫星标记分析6个鸭群体之间的遗传关系

利用4对微卫星引物（AJ272577、AJ272578、AJ272579和AJ272580）对6个鸭群体（绍鸭、番鸭、樱桃谷鸭、北京鸭（Z4、Z1）和奥白星鸭）300只鸭的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测。结果表明：4个微卫星基因座在6个鸭群体中均存在多态性，可以用于鸭的遗传多样性评估；且基因座AJ272578变异最大，基因座AJ272579变异最小，从不同群体来看，北京鸭Z1的遗传变异最大，奥白星鸭的遗传变异最小。基于Nei氏标准遗传距离，采用UPGMA方法构建了系统发生树，将绍鸭和樱桃谷鸭归为一类，北京鸭Z1、奥白星鸭和北京鸭Z4归为一类，番鸭归为一类。鸭的微卫星基因分型技术为检测品种（群体）之间的遗传关系提供了一个有用的工具。     

高邮鸭微卫星DNA标记遗传多样性的研究

利用9个微卫星标记分析了高邮鸭群体遗传多样性。结果9个微卫星座位共检出42个等位基因，基因频率分布在0．0135—0．6216之间，平均每对引物可检测4.7个等位基因，9个微卫星座位的平均杂合度为0．7375，平均多态性含量为0．6707，表明高邮鸭群体遗传变异大，遗传多样性丰富。     

利用微卫星标记分析中国和法国6个鸭群体的遗传关系

利用15个微卫星标记检测法国鲁昂鸭、合成品系INR A37与INR A444、北京鸭、金定鸭和绿头野鸭共6个群体223个个体的基因型,通过计算各项群体遗传参数,分析6个鸭群体的遗传结构和关系。结果表明:15个微卫星位点共检测到175个等位基因,其多态信息含量(PIC)介于0.245～0.884。鲁昂鸭的杂合度和PIC是最高的,其次是绿头野鸭,而其他4个鸭群基本处于同一水平。金定鸭和鲁昂鸭之间的奈氏标准遗传距离最远(DS=0.654),而法国2个鸭合成系之间最近(DS=0.140)。基于计算奈氏标准遗传距离所得数据,采用UPGMA方法构建了系统发生树,法国2个鸭合成系、北京鸭和鲁昂鸭聚为一类,而绿头野鸭和金定鸭聚为一类。综合分析,相对于金定鸭,法国的鲁昂鸭和北京鸭在遗传背景上更接近。     

基于微卫星标记的7个番鸭群体遗传多样性分析

为探讨不同番鸭群体遗传多样性和亲缘关系,本研究选取24对微卫星引物,对7个番鸭群体的DNA片段进行PCR扩增及毛细管电泳产物信息检测.结果表明,24个微卫星位点在7个番鸭群体上共检测到80个有效等位基因,基因流(Nm)为2.4181,多态信息含量(PIC)为0.4561,F-统计量(F-statistic)平均为0.0...     

利用微卫星标记分析4个食蟹猴群体的遗传多样性

利用7个恒河猴源微卫星标记和4个人源微卫星标记共11个标记,分析了来源于束埔寨(Pop1)、老挝(Pop2)、越南1(Pop3)和越南2(Pop4)共4个群体食蟹猴的遗传多样性.研究结果显示,所选择的11个微卫星位点表现出很高的多态性,群体内的多态性较低,存在较严重的近亲交配.Hardy-Weinberg平衡检测说明4个群体在这11个位点上均处于不平衡状态,可能存在较严重的人工选择繁育.亚群体内的固定指数平均为0.526 2,说明群体内存在近亲交配;亚种群间的固定指数均值为0.016 6,说明各群体间的遗传分化很小;各位点上的基因流均值为14.814 2,说明其交流很活跃,可有效地防止因遗传漂移而产生的遗传分化.从基于Nei氏标准遗传距离的UPGMS聚类图看出,先是Pop3和Pop4聚为一类,再和Pop1聚在一起,最后和Pop2聚在一起,其结果和其地理分布所表现的遗传差异一致.     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

利用15个微卫星标记分析淮河流域3个地方鸭种间的遗传关系

利用15个微卫星标记分析了淮河流域的巢湖鸭、高邮鸭、淮南麻鸭3个地方鸭品种的多态信息含量(PIC)、杂合度以及群体间的遗传关系。结果表明3个群体的平均多态信息含量为0.5747,其中最高的是淮南麻鸭,为0.6030,最低的是高邮鸭,为0.5270,巢湖鸭为0.5940;3个群体的平均观察杂合度为0.4716,其中最高的是淮南麻鸭,为0.4989,最低的是巢湖鸭,为0.4288,高邮鸭为0.4870。各群体间的遗传距离(DA和DS)计算结果显示,巢湖鸭和淮南麻鸭的遗传距离最近,聚类结果也完全相同。3个地方品种的聚类结果与其地域分布吻合。     

6个微卫星DNA标记在陆川猪群体中的遗传多样性分析

采用6对微卫星引物对陆川猪群体的遗传多样性进行研究。结果发现,6个微卫星座在陆川猪中均具有多态性,基因杂合度分别为0·7937、0·7750、0·7926、0·8384、0·7959和0·8167;多态信息含量分别为0·7906、0·7706、0·7851、0·8337、0·7914和0·8366;有效等位基因数为4·8485、4·4444、4·8211、6·1896、4·8986和5·5406。实验结果表明,采用的6个微卫星座在陆川猪群体中属于高度多态性座位,可作为陆川猪群体遗传多样性的标记辅助选择位点。     

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。     

利用微卫星标记分析五个家兔群体的遗传多样性

利用15个微卫星座位,分析了新西兰白兔、德系安哥拉兔、美系獭兔、齐卡G系肉兔、福建黄兔5个家兔群体的遗传多样性。结果表明：15个微卫星位点的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为7．400±1．639个和5．694±1．470个;5个家兔群体的平均基因杂合度和平均多态信息含量分别为0．7367和0．6994;新西兰白的平均基因杂合度和平均多态信息含量最高,福建黄兔最低。5个家兔群体的平均总近交系数（F_is）为-0．03,群体内平均近交系数（F_is）为-0．151,群体平均分化系数（F_is）为0．105（P〈0．001）。采用UPGMA法进行聚类分析,5个家兔群体聚为三类：新西兰白兔和德系安哥拉兔聚为一类;齐卡兔G系和美系獭兔聚为一类,福建黄兔独自为一类。     

利用14个微卫星标记分析新疆北疆绵羊群体遗传多样性

研究利用14个微卫星标记,对新疆北疆9个绵羊群体的遗传多样性和系统发生关系进行了分析。结果表明:14个微卫星位点在9个绵羊群体中的多态信息含量(PIC)除BM1824、OarCP20为低、中度多态外,其余12个微卫星均为高度多态。绵羊群体的平均PIC为0.711,H为0.740,No为9.2,Ne为4.760。中国美利奴羊和新疆细毛羊与其他7个绵羊群体遗传距离较远;巴什拜羊与杂交F_1代、杂交F_2代和杂交F_3代遗传距离较远;哈萨克羊、阿勒泰羊、巴什拜羊和也木勒羊遗传距离较近;各绵羊品种与其来源、育成史和地理分布一致。     

中国6个山羊群体微卫星标记的遗传多样性分析

利用30个微卫星座位，对中国6个群体山羊（阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善、辽宁绒山羊和陕南白山羊），共计240个个体的遗传多样性进行了分析。计算了各群体的等位基因频率，并以其为基础获得了各群体的平均杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均有效等位基因数（Ne），分别为0．367～0．467、0．533～0．639、2．571～4．915。分析了群体内和群体间的遗传变异，并根据遗传距离，进行了NJ聚类，结果将6个山羊群体分为两大类。为进一步对山羊品种的保存和利用提供科学的依据。     

利用微卫星遗传标记评估5个西藏牦牛群体遗传多样性及群体结构

【目的】 评估当前西藏主要牦牛群体遗传多样性,梳理不同地区群体间遗传结构,明确西藏5个牦牛群体（阿里牦牛、斯布牦牛、娘亚牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛）的保种情况和种群间系统发育关系。【方法】 利用13个微卫星标记（SSR）对5个牦牛群体共计195个个体进行基因分型,并对各群体的等位基因数量、基因杂合度、多态信息含量及群体间遗传距离等遗传参数进行评估。【结果】 阿里牦牛群体等位基因数最多（6.43）,类乌齐牦牛等位基因数最少（5.00）;观测杂合度范围为0.5311（娘亚牦牛）~0.5995（类乌齐牦牛）。各群体内偏离Hardy-Weinberg平衡的位点数为5（类乌齐牦牛）~9（阿里牦牛）个;群体内近交系数最高为0.172（阿里牦牛）,且4个群体（阿里牦牛、娘亚牦牛、斯布牦牛和帕里牦牛）存在显著近交风险（P<0.05）。从遗传结构来看,所有群体间均为显著遗传分歧（P<0.05）,STRUCTURE分析结果显示,5个牦牛群体划分为3个簇,其中阿里牦牛较其他牦牛群体具有更为丰富的遗传背景。系统发育树结果表明,不同群体间系统发育关系相对独立,且与种群栖息地分布不一致。主坐标分析（PCoA）结果显示,不同群体间部分个体存在较近亲缘关系,表明不同群体间存在遗传物质交流。【结论】 5个西藏牦牛群体具有丰富的遗传多样性水平,且种群系统发育关系相对独立,但多数群体存在群体事件风险。本研究不仅有助于明确西藏牦牛地方种群遗传多样性水平,同时可为今后的保种策略提升提供理论参考。     

中国6个双峰驼群体微卫星遗传多样性分析

为了解中国双峰驼群体的遗传多样性及不同种群间的遗传进化关系,本研究采用微卫星标记技术,对中国阿拉善驼、青海驼、南疆驼、北疆驼、肃北驼、苏尼特驼6个双峰驼群体进行了遗传多样性分析。通过计算杂合度（H）、多态信息含量（PIC）、有效等位基因（Ne）、Shannon信息指数等分析群体内遗传变异,通过计算F-统计量、基因流、遗传分化系数、遗传距离等分析群体间遗传进化关系。结果显示,10个微卫星位点共检测到了89个等位基因,平均每个位点检测到8.9个等位基因;所有位点均属中高度多态位点（YWLL08除外）,平均PIC值在0.488~0.752之间;6个群体观测杂合度值（0.355~0.448）都低于期望杂合度值（0.643~0.703）;几乎所有位点的Shannon指数都>1,且处于哈代-温伯格不平衡状态（P< 0.05）。群体间遗传分化系数Fst值为0.059,处于较低程度的中等分化状态; 6个双峰驼群体的平均Fis值均为正值,说明6个双峰驼群体都存在不同程度的近交。基于标准遗传距离D_S和遗传距离D_A进行聚类分析,南疆驼和北疆驼聚为一支,阿拉善驼、青海驼、肃北驼、苏尼特驼4个群体聚为一支。研究表明,中国双峰驼遗传多样性丰富,群体内遗传变异较大,存在一定近交现象;群体间存在着一定的基因流动,群体间的分化主要由群体内的遗传变异造成;6个群体分为2个类群。     

利用微卫星标记分析云南省10个山羊品种的遗传多样性

本研究应用微卫星标记技术,选取15个微卫星位点分析云南省10个地方山羊品种(弥勒红骨山羊、圭山山羊、马关无角山羊、师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊)以及参照群波尔山羊的遗传多样性及遗传关系。结果表明:除MCM200外,其他14个微卫星位点均属于高度多态位点;11个群体观测杂合度值(0.573～0.692)、期望杂合度值(0.608～0.696)、平均多态信息含量(0.562～0.655)均大于0.5,表明群体遗传多样性丰富;群体间遗传变异系数为0.112,处于中等以下分化程度,群体近交系数均为正值(除马关无角山羊),表明云南省地方山羊品种内都存在不同程度的近交;群体间的基因流大于1,说明品种间存在着一定程度的基因交流;基于Nei氏遗传距离计算和UPGMA聚类分析,波尔山羊与10个云南地方山羊品种亲缘关系较远,单独为一支;10个云南地方山羊品种分为2个类群,弥勒红骨山羊、圭山山羊和马关无角山羊聚为一支,师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊聚为一支。     

利用微卫星标记分析北京油鸡遗传多样性的研究

采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群192个个体进行了遗传多样性检测,通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分析了群体内的遗传变异。共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的观察等位基因数在2~14个之间,观察等位基因数平均为5.90个,多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0.53和0.59,均大于0.50,表现为高度多态性;除MCW0069、ADL0112、MCW0183、LEI0234和MCW0016 5个位点,其余微卫星位点都处于基因平衡状态。说明北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性,北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存,研究结果对该品种的保种工作具有指导意义。     

兴国灰鹅微卫星标记的遗传多样性分析

为了解兴国灰鹅的遗传多样性,揭示其群体遗传结构,利用10个微卫星标记对兴国灰鹅进行哈代-温伯格平衡(HW)检验,统计群体基因频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)等。结果显示:10个微卫星标记位点共检测到30个Na,其中Ne为20.549个;Ho、He及PIC值最高的标记为CKW21,分别为0.700、0.734 5、0.679 5;群体平均Ho为0.384、He为0.477 5,平均PIC为0.411 1,表明兴国灰鹅遗传多样性丰富;经HW检验,兴国灰鹅在10个标记位点中存在3个不平衡点,表明群体的遗传结构处于一个逐渐不平衡的状态。     

利用微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个品种185个个体的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系,共检测到58个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为5.8个,从4(BM1818)到8个(ETH225和TGLA53)不等;有效等位基因数为2.5417～3.5849个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.2270～0.5459、0.6082～0.7230和0.5482～0.6791,均属高度多态性位点。群体间遗传分化明显,有34.49%的遗传分化来自群体间的变异。以Nei氏遗传距离(D_A)构建UPGMA系统进化树,聚类结果表明,渤海黑牛与鲁西黄牛首先聚为一类,布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。布莱凯特肉牛的3个微卫星座位10个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已提交GenBank,登录号分别为：GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、GQ368903、GQ368904、GQ368905。10对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于4个肉牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

3个品种兔微卫星标记的遗传多样性研究

为分析福建黄兔、新西兰兔、日本大耳白兔群体内的遗传变异情况和群体间的遗传相关性,本试验选取3个品种兔各25只,分别耳静脉采血并采用试剂盒抽提全血基因组,运用15个微卫星标记,结合荧光PCR技术和毛细管电泳方法获得目的片段,通过计算等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量和遗传距离,分析3个品种兔的遗传多样性。结果显示,3个品种兔在15个座位共检测到110个等位基因,平均等位基因数为7.3个,其中福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别检测到95、95和88个等位基因,且分别在11、12和11个微卫星座位表现为高度多态,表明3个品种兔在筛选的15个微卫星座位均呈现较丰富的遗传多态信息。Hardy-Weinberg遗传平衡检验结果表明,福建黄兔、新西兰兔和日本大耳白兔分别有8、8和6个座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。Nei氏遗传距离分析显示,福建黄兔与新西兰兔、福建黄兔与日本大耳白兔、新西兰兔与日本大耳白兔的Nei氏遗传距离分别为0.1761、0.2347和0.0432。遗传距离越小时,相似度越高,亲缘关系越近,因此,新西兰兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最近,福建黄兔与日本大耳白兔间的亲缘关系最远。