基于 Roche 454 GS FLX 的钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)微卫星标记的开发

利用 Roche 454 GS FLX 平台测序技术进行了钝吻黄盖鲽微卫星引物筛选,并采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析,得到247种多态性位点,其中完美型占52.22%,非完美型占20.24%,复合型占27.54%,(AC)n、(AG)n 两碱基重复类型的比例是44%,重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物,采用5个野生个体,利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价,4个位点偏离 Hardy-Weinberg 平衡,不同位点得到的等位基因范围为3?8,平均等位基因数为5.0。平均观望杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态性信息含量(PIC)分别为0.588、0.788和0.670。结果表明,454 GS FLX 提供了一种直观、高效开发微卫星的方法。     

钝吻黄盖鲽野生群体遗传多样性分析

钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)隶属于鲽形目、鲽科、黄盖鲽属,为冷温性底层鱼类,是黄渤海常见的比目鱼,产量在黄渤海鲆鲽类中仅次于高眼鲽,是我国海洋渔业重要的经济鱼类.     

基于Roche 454 GS FLX的钝吻黄盖鲽(Pleuronectes yokohamae)微卫星标记的开发

利用Roche 454 GS FLX平台测序技术进行了钝吻黄盖鲽微卫星引物筛选,并采用聚类分析的方法对得到的5641个微卫星位点进行类比分析,得到247种多态性位点,其中完美型占52.22%,非完美型占20.24%,复合型占27.54%,(AC)n、(AG)n两碱基重复类型的比例是44%,重复次数在10次以上的占总数的87.5%。随机选取11个位点的微卫星引物,采用5个野生个体,利用荧光标记和毛细管电泳进行多样性评价,4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,不同位点得到的等位基因范围为3-8,平均等位基因数为5.0。平均观望杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态性信息含量(PIC)分别为0.588、0.788和0.670。结果表明,454 GS FLX提供了一种直观、高效开发微卫星的方法。     

钝吻黄盖鲽的工厂化人工育苗

钝吻黄盖鲽 (Pseudopleuronectesyoko hamae,Gunther)属鲽形目 (Pleuronectiformes)、鲽科 (Pleuronectidae)、黄盖鲽属 (Pseudopleuronectes) ,俗称黄盖、沙板、小嘴、小高眼、沙盖。我国多分布于北方 ,鱼体呈卵圆形 ,一般体长 1 5～ 2 0cm ,体重2 0 0～ 40 0g。黄盖鲽在我国主产于黄海和渤海 ,辽宁省长海县、山东省石岛等地产量较多 ,渔期多在5月份和 8月份。黄盖鲽肉质细嫩 ,鲜食为主 ,主要出口 ,山东、辽宁、江苏出口至日本。近年来渔业资源下降 ,黄盖鲽渔获量日趋减少 ,急需人工增养殖 ,为此我们于 2 0 0 1年春季 ,在威海北海水产开…     

钝吻黄盖鲽不同群体形态学比较研究

运用主成分分析、多变量分析和单因子方差分析方法,对蓬莱、朝鲜近海和日本釜石3个钝吻黄盖鲽Pleuronectes yokohamae群体(78尾)10个分节特征和7个量度特征进行了比较分析。多重比较和单因子方差结果显示,3个群体在2～5个形态特征上均存在显著差异(P=0.05)。采用逐步判别法对形态特征综合分析,利用贡献率大的参数对3个地理群体进行判别分析表明,判别准确率P1为83.3%～100.0%,综合判别率为92.31%。以上分析结果表明,3个群体间存在一定程度的分化,中、日群体间有明显的差异,研究结果可为钝吻黄盖鲽群体遗传学研究提供形态学依据。     

全封闭循环水养殖系统中养殖密度对钝吻黄盖鲽生长的影响

为了评估全封闭循环水养殖系统中养殖密度对钝吻黄盖鲽生长的影响及水质变化情况,将体质量为(250.00±50.83)g的钝吻黄盖鲽分成8个试验组(放养密度分别为18、22、26、30、34、38、42、46 kg/m³),进行了3个月的饲养试验,检测不同养殖密度下鱼的成活率、体质量增长率及饲料系数,同时对试验期间氨氮、亚硝酸盐和溶解氧等各项水质指标的动态变化进行监测。试验结果显示,各试验组鱼的成活率均达到96%以上,但随着养殖密度的增加,钝吻黄盖鲽的成活率总体呈现降低的趋势;低密度组(18 kg/m³)的体质量增长率最高,为36.1%,高密度组(46 kg/m³)的体质量增长率最低,为24.8%,且体质量增长率随着养殖密度的增加而逐渐降低;随着养殖密度的增加,饲料系数呈逐渐升高的趋势;养殖期间各项水质指标均保持在适宜钝吻黄盖鲽生长的范围内。结果表明,在本试验的循环水养殖系统中,综合考量养殖生长指标及单位面积产量,钝吻黄盖鲽规模化生产的最适养殖密度为42～46 kg/m³。     

星突江鲽(Platichthys stellatus)、石鲽(Kareius bicoloratus)及其正反杂交种肌肉的营养成分分析及评价

以体重为338.32-445.98 g的星突江鲽(Platichthys stellatus)、石鲽(Kareius bicoloratus)及其正反杂交种为研究对象,采用国家标准方法对其肌肉的营养成分进行了分析,并对其营养品质进行了评价.结果显示,正交种(星突江鲽♀×石鲽♂)的粗蛋白含量显著高于反交种(石鲽♀×星突江鲽♂)(P＜0.05),与星突江鲽、石鲽差异不显著(P＞0.05);正交种的粗脂肪含量最高,为1.44％,显著高于其他3种鱼(P＜0.05);反交种粗脂肪含量最低,为0.43％,与星突江鲽差异显著(P＜0.05),与石鲽差异不显著(P＞0.05).正交种的水分含量显著低于反交种(P＜0.05),与星突江鲽、石鲽没有显著性差异(P＞0.05),反交种的水分含量最高.4种鱼的灰分含量差异不显著(P＞0.05);正交种的液体、水分、脂质流失率均显著低于星突江鲽和石鲽(P＜0.05),其熟肉率显著高于反交种(P＜0.05).正交种的必需氨基酸、鲜味氨基酸和氨基酸总量均明显高于其他3种鱼,且支/芳值接近人体正常水平.4种鱼的必需氨基酸总量均高于FAO/WHO标准,尤其是正交种,还高于鸡蛋蛋白质标准.正交种的氨基酸评分、化学评分和必需氨基酸指数也均为最高,而反交种均为最低.研究表明,正交种(星突江鲽♀×石鲽♂)营养价值较高,其肌肉品质更优于星突江鲽和石鲽,在营养物质方面具有一定的杂交优势;反交种(石鲽♀×星突江鲽♂)未表现出明显的杂交优势,这为星突江鲽和石鲽杂交育种性状的选择提供了参考.     

基于RAD测序技术的瓦氏黄颡鱼 (Pelteobagrus vachellii)微卫星标记的开发

采用RAD测序技术对瓦氏黄颡鱼进行简化基因组测序,利用MISA软件对拼接的数据进行SSR搜索.结果共获得2275778条contig序列,共检测到466983个SSR位点,其中二碱基重复位点最多,有335095个,占总数的71.8％.随机挑选碱基重复次数较多的微卫星引物25对进行合成,有19对引物通过PCR扩增可以获得...     

利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性

针对3个暗纹东方鲀养殖群体,采用21对微卫星引物对其遗传多样性进行分析,成功扩增出具有一定多态性片段的微卫星位点共19个。共得到125个等位基因,每位点等位基因数为3-11,平均值为6.58,有效等位基因数为1.7-7.8,平均值为4.5,平均观测杂合度为0.156-1.000,平均期望杂合度为0.399-0.876,平均多态信息含量(PIC)为0.353-0.858。广州、上海、江苏3个群体的PIC由小到大依次为0.588、0.633、0.655,三群体间遗传分化指数分别为0.048、0.062、0.076,平均值为0.081,表明三群体间发生了小程度的遗传分化。三群体间的遗传距离和UPGAM分析显示,广州和上海群体的遗传距离最远(0.351),广州和江苏群体的遗传距离最近(0.204),聚类分析显示,广州群体和江苏群体聚为一类,上海群体为一类。研究结果基本符合养殖群体的养殖环境,也表明3个养殖群体发生了一定程度的遗传分化,特别是江苏群体的遗传多样性较高,作为选育群体具有一定的遗传潜力。     

长牡蛎(Crassostrea gigas)壳宽快速生长选育群体遗传多样性及遗传结构的微卫星标记分析

为了监测长牡蛎(Crassostrea gigas)在选育过程中的遗传变异、分析选育对其遗传结构的影响,本研究以选育目标为壳宽快速生长的长牡蛎为实验材料,利用微卫星(Simple Sequence Repeats)标记技术,对长牡蛎基础群体(P0)和连续两代选育群体(F1和F2)进行遗传多样性评估。结果发现,所有微卫星位点在3个群体中都表现出了较高的多态性,P0、F1和F2代群体的平均等位基因数分别为16.5、12.2和12.8;P0、F1和F2代群体多态性信息含量(Pic)的平均数值分别为0.9068、0.8982和0.8836。所有群体10个位点的观测杂合度值(Ho)均小于期望杂合度值(He),观测杂合度平均值的大小范围为0.5775–0.6484,期望杂合度范围为0.8594–0.9279。哈迪-温伯格平衡(HWE)结果显示,3个群体在10个位点上有24个群体的位点组合显著偏离HWE(P<0.05),说明人工选育对选育群体的遗传结构有一定的影响。3个群体在10个位点上的Fis值均为正值,平均范围为0.1541–0.2341,表明群体内各位点上的杂合子比例有所下降;各群体间Fst值范围为0.0093–0.0245,遗传分化程度较弱。此研究表明,以壳宽快速生长为选育目的,长牡蛎连续选育群体仍具有很高遗传多样性,人工选育过程中保持一定选择压力,仍然会使长牡蛎的优良生长性状得到不断提高。     

Swimming behaviour of winter flounder (Pleuronectes americanus) on natural fishing grounds as observed by an underwater video camera

Swimming behaviour of winter flounder (Pleuronectes americanus) was recorded near baited hooks on natural fishing grounds using an underwater video camera. Winter flounder were observed to stay on or very close to the seabed, never rising to more than 0.6 m off bottom during 1 month of observation. Winter flounder were recorded to take bait actively at temperatures as low as −1.2 °C. Movement of winter flounder was characterised by a period of swimming off seabed followed by a period of resting on the seabed. The proportion of time swimming off seabed as opposed to resting on the seabed was positively related to water temperature. Flounder spent an average of 32% of time in swimming when at −1.2 °C compared with 67% when at 4.4 °C. Voluntary swimming speed of the flounder during the period of swimming was lower at lower temperatures. An average swimming speed of 0.52 body lengths per second (L s⁻¹) at −1.2 °C was recorded compared with 0.95 L s⁻¹ at 4.4 °C. Overall rate of movement was reduced by three-fold when water temperature fell from 4.4 to −1.2 °C. The reduced rate of movement at lower temperatures is discussed in relation to potential fishing area of fixed fishing gears such as gillnets.     

大菱鲆饲料转化率相关微卫星标记的筛选

饲料转化率(FCR)是大菱鲆重要的经济性状,通过选择育种提高饲料转化率,能够有效地降低大菱鲆的养殖成本,进而推动产业的发展。微卫星标记是鱼类分子标记辅助选育中常用的分子标记,为了筛选出与大菱鲆饲料转化率相关的微卫星标记,提高育种效率,实验以300尾大菱鲆幼鱼为研究对象,通过特制的网箱养殖系统,测定个体饲料转化率,分别选取饲料转化率最高和最低的30个样本作为高饲料转化率组(H组)和低饲料转化率组(L组)。利用40对大菱鲆微卫星引物,对H组和L组的DNA混池进行PCR扩增,统计两组个体PCR产物的基因型,筛选两池之间出现差异等位基因片段的位点,通过进一步的群体验证和家系验证,分析微卫星位点与大菱鲆饲料转化率的相关性。结果显示,微卫星位点YSKr148在238 bp的等位基因片段与大菱鲆饲料转化率存在极显著正相关,相关系数达到0.359,家系验证中该位点的阳性组的饲料转化率显著高于阴性组。研究表明,大菱鲆微卫星位点YSKr148与饲料转化率性状显著相关,可以用于该性状的分子标记辅助选育。本研究首次获得了与大菱鲆饲料转化率性状显著相关的分子标记,为研究该性状的遗传基础以及相关分子机制提供了依据...     

Microsatellite polymorphism in Italian populations of northern pike (Esox lucius L.)

Northern pike (Esox lucius) is not considered an endangered species in Italy, but since recent studies indicate the decline of this population, conservation and management strategies based on the genetic differentiation of natural northern pike populations are needed. In this paper, genetic diversity was analysed in 10 Italian and 2 East European northern pike populations by means of seven microsatellite loci. Data indicated an appreciable genetic differentiation, in spite of a low genetic variation, and agreed with the low level of genetic polymorphism already observed for this species in North America and North Europe. Results of statistical tests revealed genetic peculiarities of the Italian populations, even though signals of recent contact between populations were found and discussed in relation to anthropic impacts, particularly to the stocking practice. This investigation represents the first approach to the knowledge of the genetic variability of Italian pike populations using microsatellite markers, and reported results could be of interest for future management and conservation programmes of this species in Italy.     

凡纳滨对虾全基因组SSR标记开发及不同养殖群体的遗传多样性

为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响,为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记,基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星,约占基因组序列总长度的18.56%,其中,二碱基微卫星最丰富,占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)],及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示,14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异,等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918;遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>...     

异源精子诱导栉孔扇贝雌核发育后代的微卫星分析

采用紫外线遗传灭活的长牡蛎精子激活栉孔扇贝卵子,6-DMAP诱导染色体加倍的方法,获得第二极体抑制型雌核发育二倍体早期胚胎。通过优化PCR反应条件,在11对栉孔扇贝和10对长牡蛎微卫星引物中共筛选出3对引物,可以同时在长牡蛎和栉孔扇贝基因组中获得稳定性,多态性较好的特异性扩增条带,其中2对引物为栉孔扇贝引物。利用筛选出的3对通用微卫星引物对雌核发育后代进行检验及遗传分析。结果表明,雌核发育个体基因完全来自于母本,后代中没有父本基因的表达;部分雌核发育后代在3个座位上发生了纯合,部分个体发生了不同程度的基因重组,3个座位上的重组率分别为40%、55%和35%。研究结果从分子水平上证实,利用遗传失活的长牡蛎精子诱导栉孔扇贝雌核发育是可行的,只进行一次第二极体抑制型雌核发育二倍体的诱导只能获得部分后代个体的基因纯合,但后代与母本具有较高的遗传同质性。