猪IRS4基因多态性、表达差异及其与脂肪沉积性状的关联分析

本研究旨在检测猪IRS4基因多态性及其在17种组织中的表达水平,寻找基因内与脂肪沉积性状QTL效应相关的分子标记。本研究采用比较测序方法搜寻到IRS4基因的3个SNPs,分别是在启动子上的g.96CG,外显子上的同义突变g.1829TC和错义突变g.1794TC(p.Phe432Leu)。RT-PCR检测后发现,IRS4基因在垂体、下丘脑中高度表达,在其他组织中弱表达或不表达。在白色杜洛克×二花脸F2资源家系、苏太猪群体、二花脸群体、杜长大三元杂商品猪及中国地方野猪中,用PCR-RFLP方法对IRS4的3个SNPs位点进行判型,然后分析它们的基因频率及其与4点(肩、胸、腰、臀部)背膘厚、腹脂重、肌内脂肪含量和眼肌面积的相关性。结果发现,g.96CG位点在F2家系(含有SSCX QTL)中分离程度很低,被首先排除作为潜在因果突变(QTN)的可能性。g.1794TC和g.1829TC位点在所有检测的西方猪种(白色杜洛克和杜长大)是均为TT基因型,而它们的CC基因型频率在二花脸猪中分别为65%和100%。在不同群体中标记关联分析结果显示,g.1794TC与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P0.01),但它在苏太猪中仅与IMF显著相关(P0.05),且与二花脸猪表型关联不显著(P0.05);g.1829TC则不仅与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P0.01),而且与苏太猪的4点膘厚和眼肌面积呈显著或极显著相关。此外,生物信息学分析发现,g.1794TC错义突变可能对IRS4蛋白的功能影响不大。结果提示,该错义突变也不太可能是影响脂肪沉积的QTN,而g.1829TC与F2和苏太猪的脂肪沉积性状都显著关联,故其可作为这些性状选育的分子标记,并值得深入研究。     

海兰鸡PRL、OVR、OIH和GnRHR基因多态性及其与产蛋性能的关联分析

本研究以海兰褐与海兰白两个蛋鸡品系作为研究素材,选择催乳素基因(PRL)、卵细胞卵黄受体基因(OVR)、卵抑制剂基因(OIH)以及促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)4个基因作为产蛋性状相关候选基因,采用PCR-RFLP方法对候选基因进行多样性检测,并与蛋重及产蛋数两性状进行关联分析.结果表明,PRL、OVR和OIH3个基因候选位点在本研究海兰蛋鸡群体中存在SNPs,但3个基因候选位点不同基因型与产蛋性状关联分析均未能达到显著水平(P＞0.05);GnRHR基因候选位点在本研究群体中未检测到多态性的存在.     

欣华鸡DRD2基因多态性及其与蛋用性状的关联分析

试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P>0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P<0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P<0.01),SNP3与开产体重(P<0.05)、300日龄产蛋总数(P<0.01)、平均连产(P<0.01)和最长连产(P<0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P<0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P<0.01)、蛋黄颜色(P<0.01)和哈氏单位(P<0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P<0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P<0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P<0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P<0.01),与哈氏单位呈显著相关(P<0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。     

欣华鸡DRD2基因多态性及其与蛋用性状的关联分析

试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P0.01),SNP3与开产体重(P0.05)、300日龄产蛋总数(P0.01)、平均连产(P0.01)和最长连产(P0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P0.01)、蛋黄颜色(P0.01)和哈氏单位(P0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P0.01),与哈氏单位呈显著相关(P0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。     

牛CTSB基因第6内含子SNP与经济性状的关联分析

以174头西门塔尔牛和鲁西黄牛的杂交后代作为试验动物,利用PCR-RFLP方法对组织蛋白酶B基因(cathepsin B,CTSB)内含子6进行多态性检测,并应用SAS软件采用最小二乘法拟合线性模型,对不同基因型与牛部分经济性状进行关联分析。结果表明,CTSB基因内含子6的T5357C位点与大理石纹和活重2个经济性状显著相关,其中AA型大理石纹评分显著地高于BB型(P<0.05),BB型活重显著高于AA型(P<0.05)。上述结果为T5357C作为肉牛部分经济性状的分子标记提供了一定的理论依据。     

山羊MyoG基因内含子Ⅱ变异及其在体质量上的遗传效应分析

旨在研究M yoG基因内含子Ⅱ多态性与波尔山羊及其级进杂交后代部分生长性状的关系.以纯种波尔山羊及波尔山羊与唐山奶山羊级进杂交一代(F1)、二代(F2)和三代(F3)为研究对象,采用测序和PCR-RFLP方法对山羊MyoG基因遗传多态性进行分析,并研究基因型对初生体质量、1月龄体质量和断奶体质量的影响.结果在MyoG基因内含子Ⅱ的1 823 bp处(依据序列号:FJ607135)发现了1个SNP(C→T),且存在3种基因型(AA、AB和BB),这3种基因型在波尔山羊和波唐级进杂交后代4个群体中的分布基本一致,B等位基因为优势等位基因.通过对有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(H)、Shannon's信息指数(Ⅰ)和多态信息含量(PIC)等群体遗传参数的计算,发现此SNP是1个中、低多态位点.最小二乘分析结果表明,AA基因型与其它2种基因型比较有较小的初生体质量且达到显著水平(P＜0.05),而对于1月龄体质量和断奶体质量,3种基因型间虽未达显著水平(P＞0.05),但具AA基因型个体的表型值明显低于具其它2种基因型个体的表型值,AA、AB和BB 3种基因型在这3个生长性状的大小排列顺序均为BB＞ AB＞ AA.推测MyoG基因对山羊生长性状存在一定影响,提示选择带有B等位基因的个体有望提高山羊体质量相关的生长性状.     

小尾寒羊LHR基因组织表达、多态性及其与产羔性状的关联分析

为了揭示LHR基因在小尾寒羊下丘脑-垂体-卵巢轴(hypothalamic-pituitary-ovarian axis,HPOA)中的表达规律、多态性及其与产羔数的关系,深入了解其对小尾寒羊产羔性状的作用。本研究采用实时荧光定量PCR技术对6只小尾寒羊(FecB++型单、多羔母羊各3只)的生殖及脑组织中LHR基因的表达谱进行分析,同时采用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对380只小尾寒羊和380只其他品种绵羊(小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、策勒黑羊、湖羊和草原型藏羊)LHR基因7个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms, SNPs)的多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果显示,LHR基因在小尾寒羊大脑、下丘脑和卵巢中均有表达,其中在卵巢高表达。LHR基因在小尾寒羊多羔群体卵巢、大脑和下丘脑的表达均极显著高于单羔群体(P<0.01)。分型发现LHR基因中,4个SNPs位点的等位基因频率和基因型频率在多羔和单羔品种间差异均达到极显著水平(P<0.01);7个SNPs在大多数绵羊品种中均表现为中度多态(0.250.05);关联分析表明,LHR基因有1个SNP多态性与小尾寒羊各胎产羔数显著相关(P<0.05),2个SNPs多态性与小尾寒羊各胎产羔数呈极显著相关(P<0.01)。本研究发现,LHR基因的3个SNPs位点的多态性与小尾寒羊产羔性状存在一定程度相关,暗示其可能参与小尾寒羊多羔性状调控。     

绵羊PER3基因组织表达及多态性与季节性繁殖的相关性研究

为了探究PER3基因的组织表达水平及其多态性与绵羊季节性繁殖的关系,为绵羊育种提供理论基础,该试验通过实时荧光定量PCR(qPCR)研究PER3基因在季节性发情的苏尼特羊和常年发情的小尾寒羊松果体、下丘脑、垂体、卵巢、输卵管以及子宫组织中的表达情况,同时利用SequenomMassARRAY~(○R)SNP技术对季节性发情绵羊品种(草原型藏羊、苏尼特羊、滩羊共204只)和常年发情绵羊品种(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊共564只)PER3基因的13个SNPs进行分型检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:PER3基因在绵羊的松果体、下丘脑、垂体、卵巢、输卵管以及子宫组织中均有表达,且其在季节性繁殖的苏尼特羊的表达均高于常年发情的小尾寒羊(卵巢组织除外),在松果体和子宫组织中达到显著差异水平(P0.05);分型结果表明,在该实验室前期通过重测序得到的PER3基因13个SNPs中,g.43657503AG、g.43670012TC、g.43670807AG、g.43677259TC和g.43707227GA 5个SNPs在季节性发情和常年发情绵羊品种之间的基因型频率、等位基因频率均达到显著差异水平(P0.05);关联分析结果表明,PER3基因的13个SNPs与小尾寒羊产羔数并无显著关联(P0.05)。该研究表明,PER3基因在松果体、下丘脑和垂体等繁殖相关组织的表达,在苏尼特羊中均高于小尾寒羊,暗示着较高水平的PER3的表达可能与绵羊的季节性发情调控有关。     

基于全基因组填充重测序关联分析鉴别影响苏山猪初生体尺与乳头数性状的遗传位点

旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点,开发可用于辅助育种的分子标记,为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定,并采集耳组织样品。基于全基因组重测序及基因型填充策略,利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)和群体分化指数(fixation index,Fst)的方法挖掘与目的性状强关联位点,并对位置功能候选基因开展GO和KEGG分析,确定最有可能的主效基因。本研究共鉴别到4个候选位点,分布在13、14和X染色体上,其中与初生体尺性状显著关联的位点有2个,与乳头数性状显著关联的位点有2个。本研究筛选出1个与体长性状相关的候选基因ACTA2;1个与胸围性状相关的候选基因COL4A6;3个与乳头数性状相关的候选基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6,为苏山猪初生体尺性状和乳头数性状的遗传改良提供了重要的分子标记。     

西藏绒山羊WNT4和HOXC13基因对绒毛纤维直径性状的遗传效应分析

试验旨在探索WNT4和HOXC13基因多态性及其对西藏绒山羊绒毛纤维直径性状的影响,寻找与西藏绒山羊绒毛纤维直径性状相关的分子标记。以380只1岁西藏绒山羊群体为研究对象,利用混池DNA直接测序法检测WNT4和HOXC13基因的SNP,利用飞行时间质谱技术对SNP分型,利用SAS 9.1软件中最小二乘方差模型对SNP位点与绒毛平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数进行关联分析。结果表明,WNT4基因第3外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP1和SNP2),HOXC13基因第2外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP3和SNP4),均处于中度多态(0.25PIC0.50)。χ~2检验表明,群体中WNT4基因的SNP1和SNP2位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,4个SNPs位点均与平均纤维直径呈极显著相关(P0.01),SNP2和SNP3与纤维直径标准差呈极显著相关(P0.01),SNP2与纤维直径变异系数呈极显著相关(P0.01)。综上,WNT4和HOXC13基因对西藏绒山羊绒毛纤维直径有显著影响,可以尝试将其SNPs位点作为影响西藏绒山羊绒毛纤维直径的分子标记之一,为超细型西藏绒山羊选育工作提供理论依据。