马铃薯StDRO1基因的多态性鉴定及其与根系性状的关联分析

为鉴定与马铃薯根系性状相关联的StDRO1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,本研究对110份同源四倍体马铃薯材料StDRO1基因的编码区进行了克隆和测序,筛选其SNP,并对StDRO1的SNP位点与马铃薯总根表面积、总根体积和平均根系直径等主要根系性状参数进行了关联分析。结果显示,StDRO1第2外显子上检测到1个SNP位点,命名为G64C;第3外显子上检测到10个SNP位点,分别命名为G152A、A214G、A297G、C314T、A337T、T353C、T560A、C577A、C620A和C625A;在第4外显子上检测到1个SNP位点,命名为T793A。关联分析结果表明,StDRO1基因G152A位点在总根体积表现为GA类基因型>GG类基因型(P<0.05);C314T位点在平均根系直径表现为CC类基因型>CT类基因型(P<0.05); A337T位点在总根表面积、鲜重和干重均表现为AT类基因型>AA类基因型(P<0.05),而在平均根系直径则表现为AA类基因型>AT类基因型(...     

泰和丝羽乌骨鸡IGF-1基因与体重的关联分析

将类胰岛素生长因子1(IGF-1)作为研究泰和丝羽乌骨鸡体重的候选基因,以江西省泰和乌鸡原种场的12周龄鸡为试验材料,根据鸡IGF-1基因序列设计引物,采用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法进行基因型分析,探讨IGF-1基因多态性与泰和乌鸡体重之间的关系。在IGF-1基因第一外显子上发现一处突变,这个突变产生2种基因型(AA和AB),结果表明,泰和乌鸡体重在不同基因型之间均存在显著差异(P0.05)。AB基因型12周龄体重显著高于AA基因型个体(P0.05);IGF-1基因5′端进行PCR-RFLP分析,利用PstI酶切得到3种基因型,经统计分析与泰和乌鸡12周龄体重差异不显著。     

新疆褐牛产奶性状候选基因SNPs检测及其遗传效应分析

本研究旨在探索新疆褐牛产奶性状相关候选基因多态性与泌乳性状及体细胞评分(SCS)的相关性,探究新疆褐牛多态性位点的群体遗传特征。基于课题组前期DNA混池重测序的结果筛选17个SNPs突变信息,并采用基质辅助激光电离解吸飞行时间质谱法(Sequenom Mass Array Genotype)分型技术验证FASN、FSHR、HAL、GPIHBP1、NIBPL、C9、PDE9A、PTK2、STAT1、ZNF66、ZNF567、ZNF7、ZNF623和ZNF804A基因在新疆乌鲁木齐种牛场、新疆天山畜牧生物工程股份有限公司和新疆塔城地区种牛场共计262头新疆褐牛母牛群体中的遗传多态性,运用SAS 8.1软件GLM过程分析这14个基因多个SNP位点对新疆褐牛群体的遗传效应及其与305天产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳糖率、总固体和SCS的关联性。结果表明,17个SNPs均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),9个SNPs与新疆褐牛1个或多个泌乳性状达到显著(P0.005)或极显著(P0.001)关联,这些位点分别位于FASN、FSHR、HAL、ZNF66、ZNF7、ZNF804A、GPIHBP1和PDE9A基因上。提示这些基因可尝试作为新疆褐牛产奶性状分子标记的候选基因,为新疆褐牛产奶性状的分子标记辅助选育提供依据和参考。     

中国西门塔尔牛CANA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关联分析

旨在研究中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关系.本试验与所采用的传统的PCR-SSCP或者PCR-RFLP技术不同,首次借助高通量SNP芯片技术在136头中国西门塔尔牛群体中对CACNA2D1基因的遗传变异进行了研究.结果显示,在中国西门塔尔牛CACNA2D1基因上总计发现12个有效SNP位点...     

中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关联分析

旨在研究中国西门塔尔牛CACNA2D1基因的遗传变异及其与屠宰性状的关系。本试验与所采用的传统的PCR-SSCP或者PCR-RFLP技术不同,首次借助高通量SNP芯片技术在136头中国西门塔尔牛群体中对CACNA2D1基因的遗传变异进行了研究。结果显示,在中国西门塔尔牛CACNA2D1基因上总计发现12个有效SNP位点,其中4个位点Ho、He和PIC值较低属于中低度多态,8个位点属于高度多态。卡方适合性检验表明,10个位点处于HarDY-Weinberg平衡状态(P>0.05)。各位点遗传变异与屠宰性状进行关联分析显示,位点1不同基因型个体在肉色性状方面差异显著(P<0.05),位点2不同基因型个体在大腿肉厚方面差异显著(P<0.05),位点3不同基因型个体在胴体重、屠宰率、眼肌面积和大腿肉厚几个重要屠宰性状差异显著(P<0.05),在肉色性状达到了差异极显著(P<0.01)。位点3杂合子AB基因型为优势基因型,其他位点AA为优势基因型。本研究表明,CACNA2D1基因可以作为中国西门塔尔牛部分屠宰性状候选基因,尤其是位点3可以作为中国西门塔尔牛屠宰性状的重要潜在分子标记,从而为中国西门塔尔牛现代育种提供一定...     

谷子SiCCT基因的表达及其与主要农艺性状的关联分析

为了揭示SiCCT基因可能的功能效应,并进一步研究该基因在光温互作调控谷子开花过程中所起的作用。以光周期敏感谷子品种黄毛谷为材料,利用荧光定量PCR技术分析了SiCCT基因在长日照高温(LD,27℃)、长日照低温(LD,22℃)、短日照高温(SD,27℃)、短日照低温(SD,22℃)4个光温组合条件下的昼夜表达规律,并在连续2 a调查10个主要农艺性状的基础上,开展了基于候选基因的关联分析。结果表明,光照期SiCCT基因表达不受温度影响,长日照条件表达水平整体高于短日照,而黑暗期表达受温度影响,特别是短日照条件下SiCCT基因在低温环境的表达水平明显高于高温环境。基于候选基因关联分析发现,SiCCT基因中共检测到11个多态性位点与8个主要农艺性状显著关联(P0.05),其中SNP-10在河南洛阳、吉林吉林与抽穗期、叶片数和穗粒质量显著关联;SNP-100和SNP-104在河南洛阳同时都关联到株高、叶片数和穗长3个性状;SNP-51连续2 a在海南乐东、河南洛阳、吉林吉林都检测到,但关联到的性状不同,在海南乐东与穗粗关联,在河南洛阳与穗码数关联,在吉林吉林与叶片数关联。SiCCT基因表达受光周期调控,温度也影响其在短日照条件黑暗期的表达;SiCCT基因具有多效性,但其作用受光周期环境影响。     

内蒙古白绒山羊催乳素及其受体基因多态性与产绒性状的关联性分析

该研究以内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊为研究对象,选择绒山羊催乳素(PRL)及其受体(PRLR)基因部分序列作为候选基因,采用PCR-SSCP分子标记技术和DNA测序技术研究其多态性,然后运用最小二乘方差分析方法,对各基因型间生产性状指标进行差异显著性检验,分析绒山羊PRL、PRLR基因的SNP与绒山羊产绒性状的关系,寻找可用于辅助选择的分子标记。结果表明:PRL基因P1和PRLR基因P3引物位点存在SSCP多态,在PRL基因Exon 5区域存在X76049:g.576 bp C-A突变,该突变导致第176个密码子CCC变成ACC,从而使脯氨酸变成苏氨酸(Pro-Thr)。方差分析表明,该位点多态与绒厚度存在极显著相关(P<0.01),CA基因型羊绒厚度比CC基因型长0.674cm;在PRLR基因Exon 10区域存在HQ266606:g.1076 bp T-C突变,该突变导致第359个密码子CTT变成CCT,从而使亮氨酸变成脯氨酸(Lue-Pro),该位点多态对绒山羊羊绒细度有显著影响(P<0.05),AA基因型羊绒细度比BB基因型细0.38μm。因此,在绒山羊羊绒厚度性状上,P1-CA基因型可以作为标记基因型;在羊绒细度性状上,P3-AA基因型可以作为标记基因型,作为绒山羊产绒性状的辅助选择分子标记位点。     

灵昆鸡VLDLR和CTSD基因多态性与产蛋性状的相关性研究

为了研究极低密度脂蛋白受体(VLDLR)和溶酶体组织蛋白酶(CTSD)的单核苷酸多态性(SNPs),寻找与灵昆鸡产蛋性状相关的候选分子标记,以276只灵昆鸡母鸡为研究对象,采用直接测序法,检测VLDLR和CTSD基因在灵昆鸡中的SNPs,并分析各多态位点不同基因型与11个产蛋性状的相关性。结果表明:VLDLR基因存在1个突变位点C13444T,该位点不同基因型与哈氏单位、蛋黄重及蛋黄比例呈显著相关(P0.05),在哈氏单位性状中,ZTW型为优势基因型,在蛋黄重及蛋黄比例性状中,ZCW型为优势基因型;CTSD基因有5个突变位点,其中,T2614C对蛋白高度和哈氏单位有显著影响(P0.05),C9445T、C9475T对500日龄产蛋量和蛋重显著相关(P0.05),C9457T对蛋重有显著影响(P0.05),T11028C位点对蛋白高度有显著影响(P0.05)。C13444T、C9457T、T11028C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),其他9个位点均处Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。结果提示:VLDLR和CTSD基因多态性可能与产蛋性状有关,可尝试作为灵昆鸡产蛋性状分子标记的候选基因,为以后的选育工作提供理论依据。     

绵羊PRKAG3基因SNPs与肉质性状的相关性分析

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的PRKAG3基因多态性与屠宰性能和肉品质的相关性,探讨以PRKAG3为候选基因,提高绵羊屠宰性能和肉品质的可能性。采用PCR-SSCP技术对5个绵羊品种的PRKAG3基因外显子4,5和内含子4多态性进行检测,并就PRKAG3基因多态性与9月龄屠宰性能和肉品质进行相关性分析。结果表明,在PRKAG3基因2 689 bp处发生了AG的突变,位于第4内含子第23 bp处,表现出3种基因型,AA、AB和BB。纯合度(Ho)分别为0.67,0.69,0.76,0.69,0.59,杂合度(He)分别为0.333 3,0.306 1,0.244 9,0.307 7,0.408 2,有效等位基因(Ne)分别为1.62,1.66,1.69,1.48,1.79,多态信息含量(PIC)分别为0.31,0.32,0.33,0.27,0.34。除藏羊外其他4个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析表明,5个绵羊品种PRKAG3基因此变异位点的3个基因型间失水率性状差异显著(P0.05);BB基因型个体的胴体重显著高于AA型(P0.05),滩羊为极显著(P0.01),BB基因型个体的眼肌面积显著大于AA型(P0.05)(藏羊除外)。因此说明PRKAG3基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。     

亚麻全基因组关联分析的研究进展

全基因组关联分析(GWAS)是应用单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)在全基因组水平上发现影响复杂性状的基因变异的一种手段.为了加强GWAS在亚麻育种中的应用,本文归纳了GWAS的优势及分析流程,列举了近年来国内外利用GWAS定位到的亚麻产量及品质相关性状的标记位点和候...     

CALCA 基因遗传变异及其与肉质性状关联分析

旨在分析早胜牛及其杂交牛CALCA基因第4外显子的多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉质性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程提供参考。利用PCR-SSCP 技术对早胜牛、南杂牛、秦杂牛和西杂牛共362个个体的CALCA基因第4外显子进行了遗传变异检测,并运用SPSS 17．0软件对早胜牛（平凉类群）遗传变异与经济性状关联性进行了分析。结果表明,CALCA基因第4外显子存在2个突变位点T3237 A和G3289 A,并检测到AA和AB 2种基因型。相关性分析表明,CALCA基因突变位点与剪切力、眼肌面积、热胴体重和熟肉率显著相关（P＜0．05）,AA基因型个体剪切力、热胴体重和熟肉率显著高于AB基因型个体（ P＜0．05）,而AB基因型个体眼肌面积显著高于AA基因型个体（P＜0．05）,其他性状在各基因型间差异不显著。因此,初步推测CALCA 基因的突变位点可以作为评定早胜牛肉质性状的遗传标记。     

玉米雌穗产量相关性状全基因组关联分析与候选基因鉴定

玉米雌穗产量相关性状直接影响玉米最终产量,解析其遗传机制可为玉米高产提供有益指导。本研究以733份玉米自交系作为关联群体,在2个环境下随机区组种植,调查穗行数(KRN)、穗长(EL)和穗粗(ED) 3个产量相关性状,利用MaizeSNP3072芯片对其进行基因分型,采用FarmCPU模型进行全基因组关联分析,分别鉴定出16、13和24个与3个性状显著关联的单核苷酸多态性位点(SNP),对表型变异的解释率分别为0.01%～7.08%、0.01%～5.34%和0.07%～4.34%。其中,分别有6、2和5个与3个性状存在显著关联的高可信度(highconfidence,HC)SNP,而且有2个HC-SNP同时与KRN和ED显著相关, 1个KRN HC-SNP和3个ED HC-SNP为本研究首次报道。在所鉴定HC-SNP上下游200 kb范围内筛选出33个重要候选基因,其中9号染色体SNP标记PZE-109003046所在基因PIN1a为控制生长素极性运输从而调控雌穗性状的已知基因。另一些候选基因编码不同转录因子,以及参与生长素、赤霉素和乙烯等激素介导的信号转导、DNA甲基化和蛋白磷酸化等翻...     

牦牛LPL基因外显子7多态性与生长性状相关性的研究

采用PCR-SSCP技术对5个牦牛品种共398头牦牛脂蛋白脂肪酶基因(LPL)外显子7进行了多态性研究,分析了该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛LPL基因外显子7存在2个等位基因3种基因型.各群体在该基因座上呈Hardy-Weinberg平衡状态.三种基因型与牦牛部分生长性状的最小二乘法分析表明,该位点多态与牦牛的体重、体高、胸围存在显著相关(P<0.05),BB型个体体重、体高、胸围显著高于AA和AB型个体.初步推断牦牛LPL基因第7外显子可作为牦牛标记辅助选择的遗传标记之一.     

草原红牛CAPN3基因多态性及与胴体性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法对58头草原红牛钙激活中性蛋白酶3基因(CAPN3)的单核苷酸多态性进行研究分析,发现其外显子1存在三种基因型AA、AB和BB,测序发现,在外显子1的124位存在碱基突变,由原来的A突变为G,氨基酸水平由天冬氨酸Asp变为天冬酰胺Asn,此SNP位点在此前的研究中未见报道.经遗传多样性分析表明,该位点等位基因A占优势地位,且三种基因型分布符合Hardy-weinberg平衡.通过显著性差异检验发现,CAPN3基因此位点的多态性对该牛群的屠宰率、净肉率和大理石花纹这三个性状有显著影响(P＜0.05),这将为CAPN3作为牛肉肉质性状候选基因提供进一步依据.     

甜叶菊重要农艺性状关联分析

为挖掘与甜叶菊重要农艺性状显著相关标记,利用相关标记辅助甜叶菊育种。本研究对93份甜叶菊种质材料11个重要农艺性状描述性统计,并利用58对EST-SSR引物对其扩增,群体遗传结构分析,基于以上分析采用Tassel 5.0的GLM (generalized linear model)模型进行EST-SSR标记与甜叶菊11个重要农艺性状的关联分析。分析检测到10个标记与6个农艺性状极显著相关,各标记对表型变异的解释率范围为0.071 6～0.189 3,部分标记与2～3个农艺性状极显著关联。     

多倍体植物复杂性状全基因组关联分析研究进展

多倍体普遍存在于植物界尤其是被子植物中,多倍化的发生有利于植物进化,其在物种遗传多样性和适应性等方面有着显著优势。研究表明植物几乎所有的重要经济性状均为复杂性状,这些复杂性状往往由多基因控制,且与非遗传(环境)因素共同决定。高通量测序技术的发展使得测序成本不断降低,高密度覆盖的标记使得基因型鉴定更加精确化,因此全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)已成为研究多倍体植物复杂性状的新策略。本综述介绍了植物多倍体研究的意义、复杂性状的遗传学背景以及GWAS的一般流程,简要分析了多倍体GWAS的特点,并回顾了当前多倍体植物GWAS在复杂性状基因位点中所取得的研究进展,旨在为多倍体植物重要性状的遗传改良及分子辅助育种提供理论支持。     

植物数量性状关联分析研究进展

关联分析是新近开始在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种分析方法。它以连锁不平衡为基础鉴定某一群体内性状与遗传标记或候选基因间的关系。本文在介绍连锁不平衡的定义和度量方法的基础上,综述了连锁不平衡和关联分析在植物方面的研究进展,并讨论了交配体系、重组、遗传漂变等对连锁不平衡程度的影响,以及连锁不平衡程度、群体结构对关联分析的影响,最后讨论了关联分析在植物数量性状和分子育种研究中可能的应用。     

玉米行粒数的全基因组关联分析

行粒数是玉米重要的产量构成性状之一,对其遗传机理进行深入研究具有重要的理论和现实意义。本研究以吉林省80份核心玉米自交系作为关联群体,于2014年和2015年分别在吉林省长春和梅河口进行行粒数测定。同时利用第2代测序技术对关联群体进行全基因组重测序,获得的SNP标记用于后续分析。结果显示,不同环境下玉米行粒数表型性状变异范围在12.0~41.6之间,遗传力为36.4%。关联分析结果共得到19个与玉米行粒数显著关联的SNP标记,其中位于染色体框2.04和3.08的两个标记在2015年长春和梅河口均被检测到,14个SNP标记位于前人已定位到的QTL置信区间内。在显著性SNP标记的连锁不平衡区域内挖掘出4个候选基因,分别预测编码泛素化目标受体蛋白、金属依赖性磷酸水解酶、重金属转运/解毒蛋白及一个无特征功能的假定蛋白,可能与玉米行粒数的发育形成密切相关。     

玉米花期性状的全基因组关联分析

花期性状是玉米的重要性状,与熟期、散粉结实率和产量关系密切,对玉米品种选育至关重要。为探究玉米花期性状的遗传基础,本研究以248份遗传多样性丰富的玉米自交系作为关联群体,通过2017年和2018年在河北保定和辛集的田间试验调查抽雄期、散粉期、吐丝期和散粉吐丝间隔期4个花期相关性状,利用分布于全基因组的83057个SNP标记进行关联分析。结果表明,4个花期相关性状的基因型、年份、地点、基因型与地点的互作、基因型与年份的互作均达到极显著水平;抽雄期、散粉期、吐丝期的遗传率分别为71.77%、71.27%、73.93%,并且两两性状间呈极显著正相关,散粉吐丝间隔期遗传率为62.50%,仅与吐丝期呈极显著正相关;4个花期性状共检测到18个SNPs-性状关联(共涉及16个SNP位点),单个位点的表型贡献率范围为5.46%~28.36%,仅1个位点在不同性状中检测到;筛选到81个候选基因,其中36个在GO分析中具有功能注释。潜在候选基因GRMZM5G877647编码early flowering 4蛋白,参与光周期的调节;GRMZM2G173630编码类赤霉素受体蛋白参与植物激素信号转导;GRMZM2G001139、GRMZM2G375707编码与花器官建成的MADS转录因子。这些潜在候选基因为解析玉米花期性状遗传基础和分子辅助选择育种提供参考。