不同产地黄芩ITS2和psbA-trnH条形码序列分析

为吉林省野生黄芩种质鉴定提供参考,为建立黄芩鉴定标准化体系提供依据。使用中药DNA条形码鉴定技术,对目的片段进行扩增并分析,比较不同产地黄芩样本ITS2和psbA-trnH条形码片段的差异,寻找鉴别位点。10个不同产地野生黄芩药材的ITS2和psbA-trnH序列比对结果显示,在232 bp(ITS2)+318 bp(psbA-trnH),共550 bp的序列比对中,仅检测到1个"G"位点的插入/缺失,该位点位于ITS2矩阵的第53 bp处。在吉林省长春、向海、前郭、镇赉、洮南5个地区的野生样品中检测到1个"G"位点的插入/缺失,其他5个省份的样品中无此位点。     

云南黄毛草莓的nrDNA ITS和cpDNA psbA-trnH序列分子鉴定及进化特征分析

[目的]利用核糖体DNA(nrDNA)ITS序列和叶绿体DNA(cpDNA)psbA-trnH序列对云南不同地理区域的黄毛草莓进行分子鉴定,并分析不同地理居群间的分子进化及地理分布特征,为黄毛草莓种质鉴定、保护及开发利用提供理论依据.[方法]以云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品为材料,PCR扩增其ITS和psbA-trnH序列,并进行双向测序及序列合并,分别基于ITS和psbA-trnH序列及二者合并序列构建系统发育进化树.最后利用DnaSP 5.10对ITS和psbA-trnH序列进行核苷酸多样性(π)及单倍型数目、类型和多样性(Hd)分析,并对黄毛草莓居群进行中性检验及分子进化特征分析.[结果]基于ITS和psbA-trnH序列的聚类分析结果均显示,12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品均与GenBank数据库中下载的黄毛草莓聚在一个分支上,分支自展值均大于阈值(75%),表明这两种序列均可用于黄毛草莓种质的分子鉴定.基于二者合并序列的聚类分析结果与上述结果基本一致,但分支自展值达99%,表明该聚类分析结果更可靠.不同地理区域的黄毛草莓ITS序列间的遗传距离为0~0.014,排序为迪庆州>昆明市>文山州,psbA-trnH序列间的遗传距离为0~0.025,排序为昆明市>迪庆州>文山州,推测ITS和psbA-trnH序列均能显示黄毛草莓居群遗传分化与地理分布格局的相关性.ITS序列长度为668 bp,变异位点百分率为1.8%,共有8种单倍型,Hd和π分别为0.894±0.078和0.006,以昆明市黄毛草莓样品的单倍型最多,为4种;psbA-trnH序列有203 bp,变异位点百分率为2.5%,psbA-trnH序列共有5种单倍型,Hd和π分别为0.788±0.090和0.009,以昆明市黄毛草莓样品单倍型最多,为3种,表明两种序列的单倍型均呈现地理分布格局.黄毛草莓ITS和psbA-trnH序列的中性检验Tajima's D值分别为-0.673和0.227(P>0.1),表明云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群保持稳定状态,在截至目前的历史时间内不存在扩张.[结论]从云南不同地理区域采集的样品均为黄毛草莓.ITS序列和psbA-trnH序列均可作为黄毛草莓的DNA条形码,二者的合并序列更能准确鉴定黄毛草莓种,适用于黄毛草莓分子谱系地理学研究.     

基于ITS、Nad intron2 和psbA-trnH序列探讨霍山石斛的分类位置

《中国植物志》将铁皮石斛(Dendrobium officinale)、霍山石斛(D.huoshane~e)、细茎石斛(D.moniliforme)和黄石斛(D.tosaense)处理为4个独立的种,但《Flora of China》却将铁皮石斛(D.officinale)、霍山石斛(D.huoshanense)和D.tosaense处理为黄石斛(D.catenatum)的异名.通过对以上4种石斛的ITS、Nad intron2和sbA-trnH三段DNA序列分析发现,铁皮石斛和黄石斛在ITS、Nad intron2的碱基差异较小,仅在psbA-trnH上有一段碱基序列的缺失;霍山石斛与铁皮石斛、黄石斛在ITS、Nad intron2和psbA-trnH序列上都有明显的碱基差异,但与细茎石斛没有明显的碱基差异.遗传距离计算结果表明,霍山石斛和细茎石斛之间的遗传距离比霍山石斛和铁皮石斛、黄石斛之间的遗传距离小,因此认为霍山石斛应该处理为细茎石斛的异名.     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件优化

对杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件进行了优化,建立的最优体系为:20μL反应体积含1μL模板DNA,O.125mM dNTPs.0.5μM 正向引物,1U Taq酶,2.0μL 10 xTaq PCR buffer;退火温度为61℃,在此条件下充分保证了psbA-trnH PCR产物的质量和纯度要求.对该片段进行了直接测序,结果为510bp左右,在NCBI中比较分析表明其测序结果准确可靠.经ClustW分析表明含有丰富的系统学信息.     

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件(95℃4 min;94℃30 s,52℃45 s,72℃45 s,35个循环;72℃10 min,4℃保存)。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

仲彬草属植物ITS序列PCR产物直接测序与克隆测序比较分析

通过PCR产物克隆测序和直接产物测序的方法对禾本科小麦族仲彬草属10个物种的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA进行了序列测定和系统发育分析。结果表明:该属植物ITS区直接产物测序与克隆测序存在较大差异,克隆测序序列反映的系统发育关系与形态学、地理分布、细胞学、分子标记分析结果基本一致。因此,采用克隆测序的方法对仲彬草属植物系统发育分析比直接测序方法更为可靠。     

石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。     

基于ITS序列的鸢尾属植物部分种的系统分类

通过引物设计、PCR、基因克隆、测序,获得了10种鸢尾属植物和1个外类群种的ITS序列。鸢尾属植物ITS1区长度219~243bp,5.8S序列长度均为165bp,ITS2区长度变异范围为196~239bp。5.8S序列过于保守,保守位点占81.9%。ITS序列对于区分鸢尾属植物组级的较大分类等级较好。用近缘属射干属的Belamcandachinensiss作为外类群,用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析,得到了较一致的系统树,且分析表明,ITS序列对于建立属间的分类等级更加有效。结合Genebank中的中国鸢尾属植物的序列,比较支持赵毓棠建立的中国鸢尾属植物组以上的分类系统。     

基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系

通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分支间的关系作出了与传统的形态分类方法不同的推断:与在形态分类中不同,短花冠亚属(Ligustrina)并未与其余种构成姐妹群关系,而是和巧玲花系(Pubescentes)关系最近,二者组成的分支与欧丁香系(Vulgares)形成姐妹群关系;顶生花序系(Villosae)是系统树中的基部分支。     

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件（英文）

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件（95℃4 min;[35 cycles：94℃30 s;52℃45 s;72℃45 s];72℃10 min;4℃保存）。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。     

水稻PCR反应体系的正交设计优化及验证

[目的]筛选经济、稳定性好的水稻PCR反应体系,并检测所选体系在不同的基于PCR反应的分子标记中的通用性。[方法]以CTAB法提取的水稻叶片DNA为模板,应用L16（45）正交设计进行PCR反应体系优化。[结果]16个不同处理组合均扩增出了清晰谱带,但扩增效果及PCR产量有差异。最经济、适用的体系：20μl反应体系,20ng模板DNA,浓度150μmol/LdNTP,浓度0.2μmol/L引物,1.0UTaqDNA聚合酶,浓度1.5mmol/LMg^2＋,1×Taqbuffer,剩余体积用超纯水补齐。[结论]试验确定了水稻PCR优化反应体系,该体系也适用于一些其他基于PCR反应的标记。     

蓝灰团网菌ITS rDNA的PCR扩增及序列测定

为了探讨蓝灰团网菌(Arcyria nigellaEmoto)的分子系统学的关系,对基物湿室培养获得的标本进行了rDNA的提取及ITS序列的扩增。首次通过玻璃棒研磨的方法对蓝灰团网菌DNA进行了提取,并得到了高质量的DNA。采用ITS引物进行PCR扩增得到了序列长度为587bp的rDNA片段,并在Genbank上进行了注册,登陆号为HM101140。同时,将该序列与大粉瘤菌(Lycogala flavofuscum)的相应序列(Genbank登陆号为AY743240)进行了比对,其序列同源性为70.6%。     

基于psbA-trnH和rDNA ITS序列的不同地理居群巴戟天聚类分析

[目的]基于psbA-trnH和rDNA ITS序列进行不同地理居群巴戟天聚类分析,探讨不同地理居群巴戟天遗传变异与地理分布之间的相关性,为其道地性研究提供理论参考.[方法]以13个来自广东、广西和福建的不同地理居群巴戟天为研究对象,采用改良CTAB法提取其新鲜叶片DNA,以其为模板分别扩增psbA-trnH和rDNA ITS序列.采用ClustalX 1.81进行多重对位排列,应用MEGA 6.06中K2P(Kimura 2-parameter)模型计算遗传距离,并运用邻近法构建系统发育进化树.[结果]不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列长度为306 bp,GC含量为27.2%,保守率83.33%,变异率16.67%,简约信息率26.14%;不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列长度为571 bp,GC含量为64.1%,保守率91.42%,变异率8.58%,简约信息率14.19%.不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列遗传距离为0~0.128,其中广东省的5个样品间遗传距离整体较小;福建省的4个样品与广西和广东的样品间遗传距离整体较大.不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列遗传距离为0~0.102,其中福建省的永定2号与其他样品遗传距离均较大.基于psbA-trnH和rDNA ITS序列构建的系统发育进化树均将广东省的5个巴戟天样品聚为一支,但rDNA ITS序列构建的系统发育进化树还将广西区的4个巴戟天样品聚为一支,说明其可较好地区分广东省和广西区不同地理居群的巴戟天.[结论]巴戟天遗传结构与地理分布存在一定的相关性,深入研究巴戟天遗传变异与地理分布间的相关性时应以rDNA ITS序列为主、psbA-trnH序列为辅.     

苎麻属植物RAPD PCR反应体系的双重正交法优化*

 以苎麻属植物为材料,研究苎麻属植物RAPD分析中的主要影响因素,采用差异性材料DNA为模板和双重正交优化设计的方法。建立苎麻属植物RAPD PCR反应体系：25μL反应体系中含Taq DNA聚合酶1.5U,Mg2+2.1 mmol/L,dNTP 0.2μmol/L,Primer 0.75μmol/L,模板DNA 150ng。最佳扩增程序：先94℃变性4min,再94℃变性45s,37℃复性45s,72℃延伸90s共36个循环,最后 72℃延伸5min,4℃保存。经检验,该体系能适应苎麻属多个种植物的RAPD PCR的正常扩增。     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

基于ITS条形码序列的枸杞属植物鉴定

采用改进CTAB法提取枸杞(Lycium Chinense Mill.)叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nr DNA ITS区进行扩增,利用ITS条形码序列,对枸杞属种质资源进行鉴定,分析其亲缘关系。结果表明,测序得到了17份枸杞属近缘种的ITS条形码序列,整个ITS序列长度变异范围为603~632 bp,平均为624 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,有194个变异位点,占40%;保守位点288个,占60%。聚类分析结果表明,17份种质资源可分为5个大类群。基于ITS条形码序列分析在鉴定枸杞属种质遗传多样性及其亲缘关系具有一定的优越性。