Real-time qPCR检测安氏隐孢子虫卵囊方法的建立及应用

根据GenBank公布的安氏隐孢子虫SSU rRNA基因序列设计1对引物和TaqMan探针,建立了基于TaqMan探针检测安氏隐孢子虫的实时荧光定量PCR方法,并对奶牛粪便进行了检测.结果显示,设计的探针对检测安氏隐孢子虫具有很高的特异性;粒DNA和卵囊的检测阈值分别达到5个拷贝和10个卵囊,奶牛粪便阳性率为21.15%(11/52).建立的安氏隐孢子虫TaqMan荧光定量PCR检测方法简便、快速,特异性强,敏感度高,可用于安氏隐孢子虫的快速定量检测.     

牦牛粪样中蓝氏贾第鞭毛虫巢式PCR检测方法的建立

采用建立的巢式PCR方法检测了297份牦牛粪样。结果表明:建立的巢式PCR方法一扩的最佳退火温度为55℃,二扩的最佳退火温度为53℃;对牦牛源贾第鞭毛虫的最低检测量为1个虫体DNA/m L;特异性试验表明,对隐孢子虫、弓形虫、柔嫩艾美尔球虫、阿米巴虫、牛巴贝斯虫等寄生虫DNA的扩增均为阴性;297份牦牛粪样中贾第鞭毛虫的检出率为7.4%。表明建立的方法具有较高的敏感性和特异性,可用于牦牛源贾第鞭毛虫感染的检测。     

牛新孢子虫内标双重荧光PCR检测方法的建立

为建立牛新孢子虫的快速准确检测方法,根据犬新孢子虫种属特异性基因Nc-5序列,设计高度保守的引物和荧光探针,通过引物设计和搭桥PCR法扩增,获得Nc-5荧光PCR内标模板。对内标模板的添加量和反应条件进行优化,建立了牛新孢子虫内标双重荧光PCR检测体系。该方法具有较好的特异性;可以检测到10个拷贝/PCR反应的核酸分子,与不加内标的荧光PCR检测灵敏度相当;通过对系列稀释的核酸样品的重复性检测,变异系数为0.50%～1.30%。通过对58份临床样品分别用该方法、不含内标的荧光PCR方法和普通PCR方法检测,结果显示,该方法与不含内标的荧光PCR方法的阳性检出率均为10.3%,比普通PCR方法阳性检出率（7.0%）高;表明该方法可用于临床样品中牛新孢子虫的快速检测,并能对实验室进行质量控制。     

犬源A型贾第虫real-time PCR检测方法的建立

为建立贾第虫定性定量的检测方法,本研究针对犬源贾第虫16S rRNA基因片段设计一对引物,将构建的重组质粒作为阳性对照,建立了贾第虫DNA的SYBR Green Ⅰ real-time PCR检测方法.结果显示,特异性产物Tm值为94.20℃,最低可检测到3.39 copy/μL的阳性质粒,标准曲线的相关系数为0.99.与其他常见原虫隐孢子虫、球虫、弓形虫均不发生交叉反应,重复性变异系数小于3％.该检测方法具有较好的特异性和敏感性,为贾第虫病的临床检测和流行病学调查提供了新的技术手段.     

恒温隔绝式荧光PCR检测非洲猪瘟病毒核酸方法的建立

恒温隔绝式荧光PCR(iiPCR)是一种简便、快速及可使用于现场检测的荧光PCR方法.本研究采用农业农村部推荐的检测非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)核酸的荧光定量PCR方法的引物和探针,通过对引物、探针、Taq酶等反应体系的优化,建立了基于恒温隔绝式荧光PCR的ASFV检测方...     

饲料及动物性食品中山羊源性和绵羊源性成分双重荧光PCR检测方法的建立

目的建立一种能同时检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分的双重荧光PCR方法,应用于动物源性饲料及动物性食品的快速检验.方法分别根据山羊、绵羊线粒体种间保守序列,设计合成针对山羊和绵羊的特异性引物及TaqMan探针,通过荧光PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立可同时检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分的双重荧光PCR方法.结果本研究所建立的双重荧光PCR检测方法可同时快速检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分,应用本方法检测山羊肉和绵羊肉模板的检出限均为10-5,与相应的单重荧光PCR方法的检出限一致,比国标法(GB/T20190-2006)的灵敏性高100倍.结论本研究建立的双重荧光PCR检测方法特异性好、敏感性强,适用于饲料、肉制品、乳制品等动物源性食品的快速检测     

Real-timeqPCR检测鸡胚中贝氏隐孢子虫方法研究

为检测鸡胚中贝氏隐孢子虫,本研究根据GenBank公布的贝氏隐孢子虫和原鸡18SrRNA基因序列设计针对贝氏隐孢子虫的特异性引物,并以贝氏隐孢子虫卵囊基因组DNA为模板,建立检测贝氏隐孢子虫SYBRGreen实时荧光定量PCR（Real—timeqPCR）方法,同时对贝氏隐孢子虫在鸡胚中培养7d后尿囊膜和尿囊液样品中虫体DNA进行检测。结果表明,建立的SYBRGreenreal—timeqPCR方法可特异性检测到贝氏隐孢子虫,建立的标准曲线线性关系良好（R2=0．998）,卵囊基因组DNA检测阈值为10个卵囊,重复检测结果显示试验重现性较好。该方法成功检测到尿囊膜和尿囊液中虫体DNA。本研究建立了快速、特异的定量检测鸡胚中贝氏隐孢子虫real—timeqPCR方法,可用于对贝氏隐孢子虫在鸡胚中繁殖规律分析和抗隐孢子虫药物筛选等研究。     

猪源肉孢子虫双重套式PCR检测方法的建立

为了准确快速检测猪源肉孢子虫的种类,本研究根据米氏肉孢子虫和猪人肉孢子虫的18S rRNA基因序列设计双重套式PCR引物,优化并建立能够同时检测这两种猪源肉孢子虫的双重套式PCR方法。结果显示,双重套式PCR对米氏肉孢子虫和猪人肉孢子虫扩增产物的大小分别为415 bp和591 bp,而对枯氏肉孢子虫、刚地弓形虫、犬新孢子虫的检测结果均为阴性,对两种猪源肉孢子虫重组质粒标准品的检测下限均为5拷贝/μL,表明该双重套式PCR具有较强的特异性和较高的敏感性。利用本研究建立的方法随机对22份猪肉样品的检测结果显示,本研究建立的方法与肌肉压片镜检法的阳性符合率为100%,阴性符合率为89.5%,总符合率为90.9%,本研究建立的双重套式PCR方法可以实现对猪肉样品中米氏肉孢子虫和猪人肉孢子虫的快速检测。     

鸡柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫双重PCR检测方法的建立

为了建立一种能够快速实现对鸡柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)和巨型艾美耳球虫(E.maxima)同时进行检测的双重PCR方法,基于2种艾美耳球虫各自的ITS-1基因筛选2对特异性引物,对制备的阳性DNA样品进行PCR扩增,凝胶电泳检测结果显示,分别在约450bp和150bp处出现目的条带。对PCR反应中的退火温度、MgCl2浓度、DNA模板量等进行优化。结果表明,当退火温度为59℃、MgCl2浓度为2.5mmol/L、DNA模板量为2μL时,双重PCR扩增结果最佳。特异性检测结果显示,所建立的双重PCR对环形泰勒虫、羊巴贝斯虫、隐孢子虫和蓝氏贾第虫的扩增结果均呈阴性,表明建立的方法具有较高的特异性。成功建立了柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫双重PCR检测方法,为临床中鸡球虫病的快速诊断提供了一种可靠的检测方法。     

罗非鱼链球菌双重荧光PCR方法的建立及临床应用

为构建一种无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)和海豚链球菌(Streptococcus iniae)的双重荧光PCR检测方法,根据筛选的海豚链球菌LysR基因和无乳链球菌Sip基因设计特异性引物和探针,优化反应浓度和退火温度,建立标准曲线,分析方法的敏感性、特异性和重复性,最后进行方法的初步应用。结果显示：当无乳链球菌引物和探针浓度分别为0.20和0.16μmol/L,海豚链球菌引物和探针浓度分别为0.20和0.32μmol/L,且退火温度为53℃时,建立的双重荧光PCR方法荧光曲线标准,线性关系线良好,有较高的扩增反应效率;无乳链球菌和海豚链球菌最低检测限分别为29.6和10.7 CFU/mL,与猪链球菌2型(Streptococcus suis serotype 2)和其他8种常见的水生动物疫病病原体无交叉反应,重复变异系数均小于2%;临床样品及人工污染样品检测结果与细菌分离鉴定方法符合率为100%。结果表明,本研究建立的罗非鱼链球菌双重荧光PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可同时对无乳链球菌和海豚链球菌进行检测,为罗非鱼链球菌病的临床诊断和研究...     

牛新孢子虫病和弓形虫病双重PCR检测方法的建立与应用

为了建立区分检测牛新孢子虫病和弓形虫病的双重PCR方法,本研究以已发表的牛新孢子虫Nc-5基因和弓形虫GRA6基因分别作为目的基因,各设计一对引物,可分别扩增出222bp和124bp的目的条带。经优化反应条件,建立了可同时检测牛新孢子虫病和弓形虫病的双重PCR方法。该方法对上述两种基因的检测灵敏度均为103copies/反应,只比单PCR的灵敏度低10倍,且具有较好的特异性和重复性。经临床应用验证,该方法可用来对新孢子虫病和弓形虫病进行同步快速检测。     

同时检测多杀性巴氏杆菌及其荚膜A型的双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

为建立可以同时检测多杀性巴氏杆菌(Pm)及其荚膜A型的快速敏感检测方法,本研究在建立的Pm kmt 1基因的荧光定量PCR基础上,设计了该菌capA基因特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件建立了双重TaqMan荧光定量PCR检测方法.本实验从荚膜A型Pm C48-1菌株中扩增了 capA基因,构建了重组质粒pM...     

非洲猪瘟病毒K196R基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种准确、特异、高效、快速的非洲猪瘟病毒定量检测方法,本研究根据非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)早期表达基因K196R的基因序列,设计了TaqMan荧光定量PCR引物及探针,通过优化退火温度、引物及探针浓度,建立了快速检测ASFV的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法选择的引物具有高度灵敏性和特异性,以构建的重组质粒为标准品建立的TaqMan荧光定量PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系(R~2=0.998),对ASFV核酸最低检测下限为1.3拷贝,且与猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型等多种病原不存在交叉反应。本研究建立的K196R基因实时荧光定量PCR检测方法为非洲猪瘟疫情提供了一种新型、灵敏和特异的早期检测方法。     

新孢子虫荧光PCR检测方法的研究

根据已知的犬新孢子虫种属特异性基因片段Nc-5基因序列,设计荧光定量PCR引物和荧光探针,经反应条件的优化,建立了检测新孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法的检测灵敏度为10拷贝/反应。通过对系列稀释的重组质粒进行重复性检测,Ct值的变异系数为0.50%~1.18%。应用该方法对50份牛全血和8份流产胎儿样本进行检测,有5份全血和1份流产胎儿样本为阳性,阳性检出率均为10.3%,比普通PCR方法阳性检出率（7%）高。且具有较好的特异性和可重复性,可用来对新孢子虫病快速准确检测。     

隐孢子虫LAMP检测方法的建立及其在牦牛中的应用

为了探索和建立隐孢子虫LAMP检测方法,以便能快速、简便检测牦牛隐孢子虫的感染情况,基于GenBank中牦牛源隐孢子虫18SrRNA基因序列,设计1组LAMP引物,优化并建立LAMP反应体系。对所建立的LAMP方法进行特异性、重复性、敏感性试验,并用该方法对牦牛的临床样本进行检测。结果显示,建立的LAMP方法特异性、重复性良好,其敏感性是套式PCR的8倍。LAMP方法与套式PCR临床检出率对比,符合率100%。表明成功建立了隐孢子虫的LAMP检测方法,该方法特异性和灵敏性良好,可以应用于牦牛粪便临床样本的检测。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪肺炎支原体双重荧光PCR检测方法的建立

为了建立快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪肺炎支原体(Mhp)的双重荧光PCR检测方法，本试验根据NCBI数据库中的PRRSV ORF7和Mhp P36基因，分别设计引物和TaqMan探针，通过优化扩增反应条件，建立PRRSV和Mhp的双重荧光PCR检测方法；分析所建立PCR方法的特异性、敏感性和重复性，并初步应用于临床样品检测。结果显示，25μL PCR反应体系中各引物最佳添加量：PRRSV-F 1.5μL、PRRSV-R 1.0μL、PRRSV-P 0.8μL、Mhp-F 1.2μL、Mhp-R 1.3μL、Mhp-P 0.7μL。优化后的PCR反应程序：50℃反转录20 min, 95℃预变性2 min, 95℃变性5 s, 55℃退火10 s, 72℃延伸20 s (此处收集荧光),40个循环。建立的双重荧光PCR方法特异性较好，与其他猪常见病原体无交叉反应；检测PRRSV和Mhp的敏感性分别为4.2拷贝/μL和9.6拷贝/μL;批内和批间变异系数均不高于2%,具有很好的重复性。因此，本试验建立的双重荧光PCR方法可同时检测PRRSV和Mhp,为猪繁殖与呼吸综合征...     

沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7双重荧光PCR检测方法的研究

目的建立一种能同时检测沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7的双重荧光PCR方法,应用于动物源性食品的快速检验。方法根据沙门氏菌invA基因和大肠杆菌O157:H7 RFBE基因的保守序列,设计引物和探针,通过优化反应条件,建立可同时检测沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7的双重荧光PCR方法,应用于动物源性食品的检验,并与miniVIDAS快速初筛方法和SN标准方法进行比较。结果本研究建立的双重荧光PCR方法可同时快速检测沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7,对纯菌的检测灵敏度均低于10CFU/双重荧光PCR反应体系。应用本方法检测36株标准/参考菌株,结果只有9株目的菌标准/参考菌株出现特异性扩增,其余27株非目的菌均呈阴性反应。定量检测重复性试验结果,批内和批间的变异系数均小于2%。应用本方法检测人工染菌样品,结果与miniVIDAS和SN方法检测结果一致,但检测时间比miniVIDAS快了3倍,比SN标准快了10多倍。结论本研究建立的双重荧光PCR方法具有快速、灵敏、特异、重复性好的优点,可在8小时内完成样品沙门氏菌和大肠杆菌O157:H7的检验。     

河南省中牟地区奶牛隐孢子虫、贾第虫病感染情况调查及基因型鉴定

为了解河南省中牟地区隐孢子虫、贾第虫病感染情况,本研究采用离心沉淀法、卢戈氏碘液染色法和饱和蔗糖溶液漂浮法对该地区5个奶牛养殖场共432份新鲜粪便样本进行检查。结果显示,隐孢子虫、贾第虫的感染率分别为6.7%和7.9%,且感染率均呈现随年龄增加而降低的趋势(P0.01)。同时,应用基于隐孢子虫的18Sr RNA、贾第虫的TPI基因的巢氏PCR方法对所分离的隐孢子虫和贾第虫虫株进行种类或基因型鉴定,发现三个隐孢子虫虫种,分别为C.andersoni(27个)、C.bovis C(6个)和C.parvum(1个),且前者为优势种;贾第虫发现集聚体E(26个)和集聚体A(3个)。该研究可为牛贾第虫病、牛隐孢子虫病的防治工作及其在地方公共卫生学的研究提供一定的基础数据。     

贝类派琴虫LUX荧光PCR检测方法的建立

为满足贝类派琴虫病的快速检测需要,本研究选择派琴虫保守的核糖体DNAITS-2区域设计引物,通过对反应体系和反应条件的优化,首次建立了LUX荧光PCR检测派琴虫的方法。试验表明,所建立方法检测质粒模板DNA的动态范围为1.0×101-1.0×108,敏感性为10拷贝质粒DNA。采用模拟阳性样品试验,可检测到100拷贝质粒DNA。而且与贝类的包拉米原虫、隐孢子虫等其它寄生性原虫无交叉反应,也不受组织DNA的干扰。50份采集样品的检测结果与RFTM培养方法一致。本研究所构建的派琴虫LUX荧光PCR检测方法具有快速、灵敏、特异等优点,可满足国内养殖场及进出口水生动物携带派琴虫的检测需要。     

副猪嗜血杆菌及巴氏杆菌双重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立副猪嗜血杆菌(Hps)、多杀性巴氏杆菌(Pm)的双重荧光定量PCR检测方法,本研究基于Hps的Omp P2基因,Pm的PlpE基因设计两对特异性引物及探针,通过对反应条件优化,建立了一种同时检测Hps及Pm的双重荧光定量PCR方法。该方法能够特异性地检测Hps和Pm,其对重组质粒标准品的最低检测浓度分别为5.60×10^2拷贝/μL、7.58×10^2拷贝/μL。双重与单一荧光定量PCR最低检测限相同,且均是常规PCR的100倍。重复性试验结果显示,该方法的组内和组间变异系数均小于2.5%。临床应用结果显示:该方法对阳性样品的检出率为53.57%,明显优于常规PCR和细菌分离鉴定。该方法能够用于两种疾病的同时检测和快速排查疾病。为两种疾病的防治提供有效检测工具。