珍稀植物攀枝花苏铁ISSR扩增条件的优化

在利用ISSR技术对攀枝花苏铁（Cycas panzhihuaensis）种质资源遗传多样性进行研究的实验过程中, 对影响PCR扩增效果的一些因素如DNA的提取、模板DNA质量浓度、Taq酶用量、引物用量、dNTP的用量以及退火温度等指标进行筛选和优化。试验结果表明,20μl的反应体系中采用15~25ng 的模板DNA、2.0~2.5mmol/L的Mg2 + 浓度、0.2mmol/L的dNTPs、0.2μmol/L ISSR 引物、0.2U Tag DNA 聚合酶、48 ℃~55 ℃(退火温度随引物不同而定)的复性温度,以及35个循环数为攀枝花苏铁ISSR—PCR 扩增条件的最佳选择。攀枝花苏铁ISSR—PCR 扩增条件的优化为进行攀枝花苏铁种群间遗传分化的研究奠定了基础。     

苦瓜ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立适合于苦瓜的ISSR反应体系,为后续苦瓜的遗传多样性分析和亲缘关系鉴定奠定基础,本研究以"609"苦瓜品种作为模板DNA,试验采用单因素试验设计对影响反应体系的DNA模板、引物、d NTP和Taq酶的含量进行优化,并对单因素结果进行L9(33)正交试验设计。研究结果表明,苦瓜ISSR:20μL最佳反应体系为:2μL的10×Buffer(含Mg2+),30 ng模板DNA,0.25 mmol/L的d NTP,0.5μmol/L的引物,1.25 U的Taq DNA聚合酶。在此基础上,对优化引物的退火温度,确定最适宜的退火温度。验证优化的最佳反应体系,选用引物cw39132对48个苦瓜品种进行所确立扩增体系的验证,结果显示扩增产物条带清晰明亮、多态性丰富,且特异性强和重复性好,表明本研究所确定的反应体系适用于苦瓜的ISSR分子标记。     

两种方法对广玉兰ISSR-PCR反应体系的优化比较

采用单因子和正交设计2种方法,对影响广玉兰ISSR-PCR反应体系的5个因素（Taq酶、Mg^2＋、dNTP、引模板DNA）进行优化。结果表明：正交设计采用直观分析法获得影响因素最佳反应水平与单因子试验找出影响因素最佳反应水平有一定差异,通过综合比较分析,最终建立了广玉兰ISSR．PCR的最佳反应体系：在20μl的反应体系中,TaqDNA聚合酶1．0U、Mg^2＋1．2—1．5mmoL／L、dNTP1．80mmoL／L、引物0．5—0．6μmoL／L、30ng模板DNA、10×PCR buffer。同时,通过PCR比较,确定延伸时间为2min,循环次数为35个较为合适,确定了引物最佳退火温度,得到了广玉兰ISSR—PCR反应的最佳扩增程序。     

薰衣草ISSR-PCR反应体系的正交优化

本研究以19份薰衣草品种为材料,采用正交设计对ISSR-PCR反应中的5个影响因素:DNA浓度、Taq DNA聚合酶用量、Mg2+浓度、引物浓度、d NTP浓度,进行5个水平的优化试验,并在48℃~59℃范围内摸索退火温度。研究结果建立了稳定的、可重复的薰衣草ISSR最佳反应体系和PCR扩增参数。在20μL的反应体系中,DNA模板浓度为2.50 ng/μL,Mg2+浓度为2.00 mmol/L,d NTP浓度为0.20 mmol/L,引物浓度为0.40μmol/L,Taq DNA聚合酶为0.75 U,退火温度为52℃。该体系可为开展薰衣草种质资源的遗传多样性分析评价奠定基础。     

苎麻基因组SRAP扩增体系的优化研究

以苎麻自交系品种为材料,研究了苎麻SRAP分析过程中的影响因素,包括10xPCR Buffer、模板浓度、Mg^2＋、dNTP、引物、Taq酶、循环次数、退火温度等,建立了适于苎麻SRAP分析的PCR反应体系：即在201．1反应体系中,引物浓度为0．3μmol／L;模板DNA的用量为60～100ng;Mg^2＋浓度为2．0mmol／L;dNTP浓度为0．2mmol／L;砌酶用量为1U。适宜的扩增程序为先94℃变性1min,前5个循环以94℃变性1min、33℃复性1min、72℃延伸1min进行,接下来将复性温度提高到52℃,其它条件不变,进行30个循环,最后72℃延伸5min,4℃保存。本文讨论了SRAP分子标记在苎麻上的应用前景,提出了应用SRAP分子标记构建苎麻遗传图谱的可行性。     

华北蓝盆花ISSR-PCR引物筛选及反应体系优化

本研究以内蒙古自治区境内8个自然居群野生华北蓝盆花叶片作为供试材料,进行基因组总DNA的提取检测、ISSR引物筛选和引物退火温度的筛选。针对华北蓝盆花ISSR-PCR反应中的模板DNA浓度和引物浓度2个影响因素,在4个水平上对华北蓝盆花ISSR-PCR反应体系进行优化,确定最佳反应水平,最终建立华北蓝盆花ISSR-PCR扩增的最佳反应体系。结果筛选出了8条多态性较好的华北蓝盆花ISSR引物及其退火温度,平均每条ISSR引物扩增出12.3条带,多态性条带占93.88%;华北蓝盆花ISSR-PCR反应的最佳体系为总体积20μL,DNA模板1μL,DNA模板浓度为60 ng/μL,引物0.6μL,引物浓度为0.8μmol/L,Ex Taq DNA聚合酶10μL,ddH_2O 8.4μL,扩增程序为94℃预变性5 min;94℃变性0.5 min,不同引物最佳退火温度下退火1 min,72℃延伸1.5 min,35个循环;循环结束后72℃继续延伸7 min;4℃保存。本研究结果为进一步研究华北蓝盆花居群遗传多样性提供科学依据。     

枣ISSR扩增体系的建立

以冬枣DNA为研究对象,利用单因素试验,分析了Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶含量、引物浓度、模板DNA含量以及退火温度对ISSR-PCR扩增的影响,经优化建立了枣属植物最适ISSR-PCR反应体系,25μL反应液中包含1×PCR Buffer、2.0 mmol/L Mg2+、0.25 mmol/L dNTP、1.5 UTaq酶、1.25μmol/L引物和50 ng模板,最适退火温度为58℃。PCR反应体系的建立为应用ISSR标记技术开展枣种群遗传变异分析和构建遗传图谱奠定基础。     

利用正交设计优化水曲柳ISSR-PCR反应体系

利用正交设计L16(4^5）对水曲柳ISSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶,Mg^2 ,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,PCR结果用统计软件MINITAB分析：①各因素的不同水平对PCR反应结果都有显著的影响,其中Taq酶量影响最大;②筛选出各反应因素的最佳水平,建立水曲柳ISSR-PCR反应的最佳体系(20μl)为：Taq酶1．0U,Mg^2 2．0mmol/L,模板DNA50-200ng,dNTP0．15mmol/L,引物0．31μmol／L。最后,对水曲柳ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火,得到最佳退火温度为58．3℃。这一优化系统的建立为今后利用ISSR标记技术,研究水曲柳的地理变异提供一个标准化程序。     

丝瓜ISSR反应体系的优化

以丝瓜基因组DNA为模板,对ISSR反应中主要5个影响因素Mg~(2+)浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、引物浓度和DNA模板浓度,建立丝瓜ISSR-PCR反应的体系。根据实验确定的最佳反应体系为:25μL ISSR体系:50 ng DNA,0.2 mmol/L dNTP,1 U Taq酶,0.4μmol/L的单条引物,2.5μL 10×Buffer,2.0 mmol/L Mg~(2+)。在此基础上,对12个引物的退火温度进行优化。最终选用60份丝瓜品种对所确定的扩增体系及扩增程序进行验证,检测结果表现为扩增产物条带清晰明亮、亮度高和重复性好,表明本试验所确定的反应体系及反应程序适用于丝瓜的ISSR分子标记为丝瓜种质资源的鉴定、分类和丝瓜的杂交育种提供参考依据。     

文冠果ISSR反应体系的建立及优化

为了建立文冠果ISSR-PCR最佳反应体系,从而为文冠果遗传多样性研究提供理论依据,从定西巉口林场文冠果人工林内选取健康嫩叶为试验材料,通过单因子试验研究了影响ISSR-PCR反应各因素的浓度,分析因子包括模板DNA用量、退火温度、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度及TaqDNA聚合酶用量等。通过研究,找出了各因子合适的条件,建立并优化了文冠果ISSR反应体系,即20μL总反应体系含模板DNA约30 ng,Mg²⁺2.5 mmol/L,引物0.2μmol/L,dNTP 0.20 mmol/L,Taq聚合酶1 U。试验结果表明,在此反应体系下可得到多样性好、条带清晰的图谱。